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2005年 Homecoming Day 第一回APU校友会総会を開催。
収容定員の増加に関わる学則変更認可により入学定員が、アジア太平洋学部445名から650名、アジア太平洋マネジメント学部445名から600名へと増加し、学部全体の収容定員が5,000名となる。
2006年 大分大学と包括的交流協定を締結。
国際社会貢献センター（ABIC：Action for a Better International Community）と学術交流協定を締結。
インスティテュート「Crossover Advanced Program」設置。
大学院アジア太平洋研究科に「日独共同修士プログラム：国際原料流通マネジメントプログラム(IMAT)」を開設。
2007年 ニューチャレンジに伴う建設事業竣工式。日本の教育機関では初となる世界観光機関（UNWTO）と、「アジア太平洋地域のツーリズムおよびホスピタリティマネジメントに関する教育、研究そして業界支援活動を相互協力するための覚書」を締結。
株式会社大分銀行と「連携・協力に関する協定」を締結。
株式会社大分放送と学術交流協定を締結。
教室棟、研究棟、スチューデントユニオン、APハウス（学生寮）を増築し、2月に竣工。
2007年度より共用開始。
2008年 南部陽一郎アカデミック・アドバイザー、ノーベル物理学賞受賞。
2009年 アジア太平洋マネジメント学部を国際経営学部に名称変更。
2009年 スタンフォード大学と新エネルギー研究協定を締結