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優勝校、準優勝校
2000年 東福岡（九州・福岡） 尽誠学園（四国・香川）
ちなみに、2000年第31回大会 招待・代表校を地区優勝校に規定
1999年以前は、高校野球の各地区大会の開催時期の関係もあり、
必ずしも地区出場校は優勝校ではなかった。
地区により事情はさまざまで、通年で優勝校を出場させる地区もあれば、
地区大会のスケジュール上で決定が間に合わない地区では、地区大会未出場校、初戦敗退校、
エントリー決定リミット時点で地区大会に残っているなかから推薦出場するなどになっていた。
特に四国地区大会は、1999年までは完全に明治神宮野球大会までに優勝校が決定しないスケジュールで行われていた