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日本人最優勢遺伝子の縄文Y-D系染色体(他国ではほとんど見られない)をアイヌ・琉球も同様に保有します。
<アイヌの父系Y染色体平均値>
「2004 田島敦」
Y-C3-M217 (原シベリアツングース)13%
Y-D2-P37.1(北回りアイヌ縄文系)81%
Y-D2a1-M125(北回り?縄文系)6%
「2005 MFハマー」
Y-C3-M217 (原シベリアツングース)25.0%
Y-D2-P37.1(北回りアイヌ縄文系)50.0%
Y-D2a1-M125(北回り?縄文系)25.0%
Y-C3系は東アジア最古のハプログループで、インドからバイカル湖に北上後再南下、もしくは新大陸まで東進したと考えられている。
Y-D系は、Y-DEとY-EとYAP+遺伝子で共通する最近似ハプログループで、日本人とチベット系だけが東アジアから隔絶されている。
Y-E系は環地中海、欧州(白人)、中近東(アラブ系アジア人)、北アフリカ(黒人)と民族の垣根を越えて検出されている。
Y-D2系にはアイヌが保有しない南回りの染色体もあり、それが「日本・琉球語族」と「アイヌ語」の差異を生んでいるとする説もある。