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公聴会向け論文には中核部分の実験内容がしっかりと書かれていたことは、プレゼン資料とその論文とを付き合わせながら読んでいた出席者による証言でも明らかであり、
修正指摘された部分をわざわざ無視したままにしておく理由もないから、
草稿段階のものを製本してしまったという小保方氏の主張には信用性がある。また、学位論文の提出をこのようにないがしろにしてしまった背景として、
「本件博士論文を作成していた当時、小保方氏は、大病を患う母親の看病、U 氏とのキメラマウスの作製に関する実験等において、本件博士論文の作成に多くの時間をかけられなかった。」
等、許されない重大な過失とはいえ、情状として理解できる余地もある。
小保方氏からは、真に提出すべきだった最終論文とされるものも、5月に提出されているが、そこでは、草稿段階でのコピペその他の問題は見受けられない。ただ、その提出を受けた最終論文が、
真に公聴会向け論文に必要な修正を加えたものかどうか、あるいは問題が露見したあと、その問題解消のために追加修正した部分がないのかどうか、
等の点は証明はできないものの、内容で不正確な記述のままになっている部分もあることや、
その間小保方氏は入院しており、修正する時間的精神的余裕もなかったはずであること等から、それが当時本来用意された最終論文だったであろうことは推認できる。なお、
小保方氏は製本は2冊しか行っておらず、ともに提出してしまっているので、同氏の手元にはなかったという事情もある。
そして、公聴会向け論文を基にした真の最終論文が、正しくきちんと製本されて提出されていたのであれば、何らの問題もなく授与され、このような早稲田の名を傷つけるような事態にはならなかった。