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笹井 芳樹（ささい よしき、1962年(昭和37年)3月5日 - 2014年(平成26年)8月5日）は日本の医学者、研究者。京都大学博士（医学）
神経系の初期発生の遺伝子・細胞レベルの研究者として知られる。世界で初めてES細胞による網膜の分化誘導に成功し、立体的な網膜を生成することにも成功した
京都大学助教授、教授、理化学研究所発生・再生科学総合研究センター（Center for Developmental Biology）グループディレクター、同 副センター長を歴任。受賞実績多数。2014年に発表・撤回されたSTAP論文では、様々な責任が追究されている。