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人間が食べる大豆は発酵したものに限る
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自然の大豆には、人体に有害な作用を持つ植物性化学物質がある。
反栄養素の代表として、フィチン酸塩、酵素阻害物質、ゴイトロゲン（甲状腺腫誘発物質）の三つがある。
すべての豆類には、フィチン酸塩がある程度存在するが、大豆には特に大量にある。
フィチン酸塩は、消化管の中で、ミネラル（例えば亜鉛、銅、鉄、マグネシウム、カルシウム）をきつく拘束する働きがある。
特に亜鉛との親和性が強い。発展途上国に住んでいる人々が先進国よりも身長が低いのは、豆類を多く食べることに起因する亜鉛不足が原因と考えられている。
未発酵大豆に多く含まれる酵素阻害物質は、消化作用を妨害し、大豆の炭水化物とタンパク質が完全に消化できないようにする。
大豆には、ゴイトロゲンが豊富である。この物質は、甲状腺腫を形成するだけでなく、甲状腺ホルモンの生成を妨害することもありうる。
甲状腺ホルモンは、細胞の燃焼炉（ミトコンドリア）に火を付ける。従って、甲状腺ホルモンの生成が少ないと、体温とエネルギー・レベルが低くなる。
参考文献
Dr. John Lee, What Your Doctor May Not Tell You About Breast Cancer, Warner Books.