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脂質やたんぱく質は消化のために体に負担がかかる上、過剰摂取すると体内で毒物に変化しやすい。
臭い臭いの元、それは蛋白質です。
腸内で有害物となったり、臭いにおいを出したりするのは、アンモニア、アミン類、インドール類、フェノール類、硫化水素、メルカプタンなど、蛋白質由来の化合物です。
蛋白質といえば、肉、卵、乳製品、魚ですから食事中に、肉や魚、乳製品などの動物性食品の割合が多い人は要注意です。
腐敗の大きな原因となりうるものは食事由来の未消化タンパク質（大腸にまで達するのはおよそ10%）と、尿素です。
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悪玉菌の代表のウェルシュ菌は、私たちが取り入れた栄養素を腐敗物質（インドール、フェノール、アンモニア、硫化水素、アミンなど）に作りかえてしまいます。
これらの物質は、大便やおならの悪臭の元凶で、ウェルシュ菌によって蛋白質が分解されてできた産物です。
便秘で便が出なくなると、ウェルシュ菌は増殖し、腐敗物質を増産する結果、腸内には毒素が蔓延して、過敏性腸症候群を起こしたり、発がん物質を作るといわれています。
このほか、悪玉菌の代表的なものには、ブドウ球菌や大腸菌などがあります。
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食事の違いによって住みつく菌の縄張りが変化していく。普通、善玉菌が主導権を握っている。その間は問題はない。
しかし、肉食が増えてくると悪玉菌（ウェルシュ菌など）が増えてくる。
すると、善玉菌の下ではおとなしくしていた日和見菌が悪玉族に変化して悪事を働き始める。腸内腐敗に加担するようになる。
「老化や万病の原因は、腸内の腐敗毒素による中毒である。」
こう言ったのは、ロシアのメチニコフ博士（ノーベル医学賞受賞者）である。
「たんぱく質（肉、魚、卵など）をたくさん取ると、腸内が腐る」と主張したのは東大の名誉教授、光岡知足博士である。
我々が食べたたんぱく質は腸でアミノ酸に分解される。このアミノ酸をさらに分解するのが悪玉菌である。
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