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人事委員会のある政令市では、「廃止の予定はない」（川崎市、相模原市など）と、地方自治体の独立性を強調する。
「手当を廃止しただけでは（民間の方が給与が高くなるため）基本給を引き上げなければならない」（神奈川県）と
“逆官民格差”を挙げた自治体もあった。
制度上は持ち家手当を廃止しながら、数年間の経過措置を設けている自治体も。平成２１年３月まで、
月に最大９千円の手当を支給し、２４年３月まで経過措置として減額しながら支給するのは岡山市。
栃木県は、手当を廃止した２１年１２月から、２７年３月まで５年あまりにわたり、毎年４００～１０００円ずつ減額支給を続ける。
手当の存続や、こうした長期に及ぶ経過措置の背景には、職員労組の抵抗を指摘する声もある。
経過措置を設けている岡山市と栃木県はそれぞれ、「労組との折衝がすんなりといかなかった」、
「労組との話し合いの結果、減額率の幅を決めるしかなかった」と説明。前橋市も経過措置の理由として、
「労組の反対で設けざるを得なかった」としている。
こうした状況に、行政改革に詳しい同志社大の市川喜崇教授（地方自治論）は「長期にわたる手当の経過措置は不自然。
手当の見直しはスピードにも配慮すべきだ」と指摘する。
高崎経済大の八木秀次教授（憲法学）も「公務員に住宅手当を支給すること自体に違和感がある。
まして、持ち家手当は、公務員の財産形成に公金が使われていることになる」と話している。（終）