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博士論文は、骨髄から採取した細胞が様々な細胞に変化できることなどを示したもので、１１年２月に発行された。
約１００ページの論文のうち、冒頭の２６ページを割いて幹細胞研究の意義や背景を説明しているが、うち２０ページはＮＩＨの「幹細胞の基礎」というサイトとほぼ同じ記述だった。
これに対し早大の岩崎秀雄教授（実験生物学＝４２）は「言語道断」と厳しく批判する。
「今回のものはあまりにも大規模で、後から見たら、あまりにもずさん。『気付けよ』とは思うが、博士論文がコピーだとは思わないし、そうそうググったり（ネット検索したり）しないので見過ごすこともあるのかもしれない」
大学生のリポートなどと違い、博士論文は性善説で見ており、パクリが行われるなどと思わないのが一般的で
「（丸写し論文の提出は）大学の時でも単位の抹消があるのに、博士の時までやってしまうのは正常ではない」という。
それこそ、毎日のように世界で多くの論文が提出されており、ピンポイントで同じ文献を見る可能性は高くない。
小保方氏のコピペ（コピー＆ペーストの略。丸写しのこと）論文はそのスキを突いたようだ。
それでも、「バックグラウンドに引用文献が全くない。それはありえない。引用文献に関しては指摘をして書き直させる。重要なことですから」と論文を評価した主査、副査も気付くタイミングは十分にあったという。
だが、最大の責任は論文の２０ページにわたって丸々コピーしたかのような記述をした小保方氏にあるだろう。
岩崎教授は「（小保方氏が）やったことは完全にクロ。非常に厳しく対処すべきだと思う」と指摘した。
論文の盗用には早大でも厳しい規定があり、小保方氏の件も盗用となれば博士号の取り消しも取り沙汰される問題になりかねない。
また、ＳＴＡＰ細胞に関しては小保方氏の証言が重要になる。同細胞の作製で問題視される再現性については、過去にも再現性が低い論文はあった。
「再現性があるかどうかよりも本人の自供。１００％捏造であるかどうかは、本人の証言がないと。全てのデータがクロなのかは分からない。信頼性をなくすようなものは多いが…」（岩崎教授）