14/03/08 14:01:19.77
>>347
これのことですね
kahoの日記： STAP細胞の非実在について＃４
NCBIのデータにもあるそうですが、kahoさんが指摘されていたように、CHIP-seqで使用している細胞のマウス系統がばらばらのようなので、
CD45+cell(derived from Oct3/4::gfp C57BL/6)
URLﾘﾝｸ(www.ncbi.nlm.nih.gov) [nih.gov] [nih.gov]
ESCell(derived from C57BL/6 x 129/sv )
URLﾘﾝｸ(www.ncbi.nlm.nih.gov) [nih.gov] [nih.gov]
STAP Cell(derived from C57BL/6 x 129/sv)
URLﾘﾝｸ(www.ncbi.nlm.nih.gov) [nih.gov] [nih.gov]
STAP Stem Cell (derived from C57BL/6 x 129/sv)
URLﾘﾝｸ(www.ncbi.nlm.nih.gov) [nih.gov] [nih.gov]
RNA-seqの方もばらばらなのかと思いきや、
こちらは、C57BL/6 x 129/svでそろっているようですね（もしかしてTruSeqとSMARTerとでバックグラウンドがちがうのかと思いました）。
ところでChip-seqでもRNA-seqでも利用しているES細胞はC57BL/6 x 129/svマウス由来なのですが、
彼らのマニュアルの一文「C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2), and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16)」からすると、
cfg-gfpマウスに関連したものではないかと思われます。
この辺あまり詳しくないのですが（ちがっていたらごめんなさい）、ES細胞って普通B6、とか129とか純粋な系統のものを利用することが多い気がします。
従来はcag-gfpのようなCAGのトランスジェニックマウスを作る場合、129系統のESに入れてキメラマウスを作ったのち、B6にバッククロスしていく気がします。
もしそうならcag-gfpのESはもともと129バッククラウンドのはず。このES細胞は、バッククロスした後（例えばF1マウス）、再度ES細胞を取り直したということなのでしょうか？
何のために？遺伝的バックグラウンドをそろえるため？そこまでやってなんでChip-seqのCD45+細胞だけが、Oct4-gfpなのか？という疑問が残ります。