12/01/31 07:36:20.22
もう一丁
Actin5C ,5 -agc aag cgt ggt
atc ctc ac-3 and 5 -acg tc c aca tct gct gga ag-3
これ自体はK00667.1に完全マッチするので、この配列を参考にしたものと思われる
ただ、K00667.1自体配列を決めたのが古いためかポリモルフィズムか、ゲノム配列とずれが生じている。
で、たまたま2塩基ミスマッチのところをプライマーの配列としているわけだが・・・
3' CTTCCAGCAGATGTGGAtcT 5' ← 小文字部がミスマッチ。このくらいなら走るかも試練が
このプライマー対はイントロンを挟まず増幅断片長は895bpと長い。
さらにゲノムも3箇所同塩基長で引っかかる。それでもアクチンだったらいいのかね。
>chrX:5796911+5797805 895bp AGCAAGCGTGGTATCCTCAC ACGTCCACATCTGCTGGAAG
>chr2R:16832489+16833383 895bp AGCAAGCGTGGTATCCTCAC ACGTCCACATCTGCTGGAAG
>chr3R:9252506+9253400 895bp AGCAAGCGTGGTATCCTCAC ACGTCCACATCTGCTGGAAG