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同省などによると、同県都農町で水牛を飼育する農家から、かかりつけの獣医師を通じ、
県家畜保健衛生所に「水牛が発熱している。牛乳の出も悪い」という連絡があったのは３月３１日。
この日のうちに同衛生所の職員は立ち入り検査を実施し、
４頭の水牛に発熱や下痢などの症状が出ているのを確認した。
しかし、「普段の下痢」と判断して口蹄疫の可能性を疑うことなく、
通常の風邪の検査をしただけで、同省にも報告しなかったという。
この水牛農家から南東に６００メートル離れた繁殖牛農家では４月９日、
口の中がただれた牛が１頭見つかった。同衛生所はこの時も口蹄疫と見抜けず、
２０日に「最初の感染事例」として発表した。
このため最初の水牛についても２２日に血液の遺伝子検査を行った結果、
ようやく２３日に口蹄疫の感染疑いが判明したが、
この時点で既に５例の感染（疑い含む）が発覚していた。
口蹄疫の検査結果は通常、１日か２日で判明するため、
もし３月末の段階で実施していれば４月初旬には拡散防止対策がとれたとみられる。
口蹄疫は、早期に家畜の移動制限などを講じる必要があり、
口蹄疫に詳しい後藤義孝・宮崎大教授（家畜微生物学）は
「県が３月の時点で徹底した消毒などの対策を取っていれば、
ここまで感染は広がっていなかった可能性がある」と指摘している。