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4月29日、山田正彦副大臣宮崎入りも、宮崎県知事の説明を聞いたのみ。
赤松広隆農林水産大臣が被害の拡大を認識した上で、4月30日から10日間の日程でメキシコ、キューバ、コロンビアを外遊した
（外遊中の大臣臨時代理は宮崎出身の福島瑞穂）。翌5月10日には、戸別所得補償制度の周知と加入促進PRのために秋田へ行く予定であったが、
8日の時点で急遽延期し、宮崎県口蹄疫防疫対策本部への出張決定。外遊から帰国後、「外遊したことに地元から反感が出ているが、
どう認識しているか」と問われ、「対策へ支障があったことはないし、全く問題はない。万全の態勢でやってきた」と回答。
4月30日、自民党口蹄疫病対策本部が政府に対し42項目に渡る対策を申し入れるが、面会に応じたのは舟山大臣政務官のみで
「県の初動が悪かったせい」「十分対策をとっている」「自衛隊の協力は、国民に不安を与えかねないので、慎重に考えたい」と回答。
その後5月3日には、船山はデンマークへ外遊。
5月10日、赤松農相は宮崎県知事との会談中に、同席した自民党議員に対し「“参院選前だから”みんな色々言いたいことはあるんだろうけど、
それぞれの（国会の）委員会で」と発言。「家畜を埋める場所を自分たちで確保できるはずがない。国有林や県畜産試験場などを開放してほしい」
等の農業関係者らの要望に対し、「権限の問題ですべてを国がやれないのが宿命」と返答。
5月7日の支援要請に対し、民主党小沢一郎幹事長は、口蹄疫対策を「大変大きな県の課題」と発言。
畜産農家への融資を担う独立行政法人や社団法人は政府の事業仕分けの対象となり、口蹄疫発生後に基金の返納や事業の縮小などの判定を受け、
動きが鈍くなっているとされている。