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大本営は1893年（明治26年）5月19日に勅令第52号戦時大本営条例によって法制化された制度であり、日清戦争において初めて設置された。
このときの大本営は1894年6月5日に東京の参謀本部内に設置され、同年8月1日に皇居内に移った。
その後、当時東京を起点とする鉄道網の西端であったこと（広島駅）、
また大型船が運用出来る港（宇品港（現・広島港））が有ったことで、前線に向かう兵站基地となった広島市に移ることとなった[1]。
9月13日に大本営が宮中からこの地に移転し、2日後の15日には戦争指揮のために明治天皇が移った。
このため、行宮の役割も果たした。明治天皇は日清講和条約（下関条約）調印後の1895年（明治28年）5月30日までの227日間この地で指揮を執った後、東京に還幸した。
大本営はその後も台湾の統治機構整備など戦後処理のために広島に留まり、1896年（明治29年）4月1日に大本営解散の詔勅によって解散した。