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新幹線鉄道の建設
国土交通大臣は、「基本計画」を決定したときは、同意を得たうえで営業主体及び建設主体を指名することができる（第6条第1項）。その後、やはりそれぞれの同意を得たうえで「整備計画」を決定し、建設主体に建設を指示する。なお、鉄道建設・運輸施設整備支援機構が行う建設工事の費用は、国および当該新幹線鉄道の存する都道府県が負担するとされている。
かつては、建設主体や営業主体が日本国有鉄道または日本鉄道建設公団（鉄道建設・運輸施設整備支援機構の前身）に法定されていたほか、各段階の同意も必要なく、国の裁量のみによって事業が進められていたが、国鉄改革の際に現在の形に改められた。
2011年（平成23年）5月20日に建設主体・営業主体の指名が行われた中央新幹線（リニア中央新幹線）[4] は、営業主体だけではなく建設主体も東海旅客鉄道（JR東海）で、本法を根拠とする新幹線鉄道では初めて建設主体がJR本体に指名された。JR東海は、地元要望に基づく途中駅の建設費を全額地元の地方公共団体に求め、それ以外は全額自主財源で建設する意向を示していたが、後に駅も自主財源で建設する方針に変更した。
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