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ふたりはエクシア
世界を私色に染めようとする悪の勢力大使ゾーンは、7つのGNドライブを奪うため「光の園」を侵略していた。
5つものGNドライブが奪われるも、光の園の妖精・マモーとハロは2つのGNドライブを携え「虹の園」（地球）に逃げ込むことに成功。
その妖精たちを偶然発見したソレスタ学院中学女子部の2年生、アストレアFとアストレアは、妖精を追いかけてきた大使ゾーンの怪物に突然襲われてしまう。
アストレアFとアストレアが危機に陥る中、妖精たちは2人に伝説の戦士・エクシアへの変身の力を与えた。
こうして、性格も得意分野も全く異なる2人がエクシアとしてコンビを組み、大使ゾーンからGNドライブを奪還する戦いに挑むこととなった。