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原則として、選手は「日本陸上競技連盟の登記登録者」かつ「日本国籍を有する男子競技者であること」となっている。
但し、外国人選手であっても日本で生まれ、引き続き生活拠点を日本国内としている場合は出場できる。
出場チームは原則として、現在登録している陸上競技協会（陸協）の都道府県チームからとなる（下記）。
中学生・高校生 ： 所属する学校の都道府県
大学生 ： 「出身高等学校の所在地」「大学所在地」「居住地」の何れか（登録時に選択可）
社会人 ： 実業団等に加入している場合はその本拠地。個人登録の場合は居住地
但し、この大会の特徴として以下に述べる「ふるさと選手としての出場制度」が挙げられる。
これにより、選手は生まれ育った都道府県からも概ね出場可能となり、郷土色の濃いレースを演出している。
社会人・学生競技者は、「ふるさと制度」において出身高等学校（中学校）所在地の都道府県から、
当該年の登録にかかわらず、特別に出場することができる。（適用区間 1区間以内）
出身中学校と出身高等学校の所在地都道府県が異なる場合は、出身高等学校の所在都道府県からの出場となる。
静岡で生まれ育ち 高校「だけ」を長野で過ごした悠基が長野に拘る義理はない
かといって静岡の実業団に入らない限り 静岡からも出られない よって都道府県駅伝へのモチベーションは低い