04/03/16 05:20
結局この分野っていみないだろ？
ばかばっかだしな
501:あるケミストさん
04/03/16 07:52
そうだな。素粒子論の次の次くらいにいみないし
物性理論ほど著しくはないがその次くらいにばかの割合がおおい。
502:あるケミストさん
04/03/16 07:58
>>500-501
うーん、煽り慣れてない人の文章、って感じだなあ。
ガンバレ。
503:501
04/03/16 09:37
煽りではないぞ。世間知らずのど素人には困ったものだ。
504:あるケミストさん
04/03/16 09:59
じゃ私怨か。
どっちにしろガンバレ。
505:あるケミストさん
04/03/16 10:05
釣られるなよ。まったく。
506:あるケミストさん
04/03/16 10:29
煽りだの私怨だの釣りだのと失礼な連中だな。
冷静になってよく考えそして周りを見回してみろ。
>>501 はお前らが噛み締めるべき紛れもない現実だと気付くはずだ。
507:有機の人
04/03/16 10:46
いずれ整理・体系化された知識として帰ってくるんですよ。
素粒子は素粒子で裾野産業を育成してるのかなぁ～
東大のあの人も「国民の税金で夢見させてもらってる」とか言っといて
いざ、予算が出なさそうになったらぶーたれるって言うのはあれだと思うけど。
508:あるケミストさん
04/03/17 02:44
みなさん何を食べたらそんなに頭良くなるんですか？
509:あるケミストさん
04/03/17 03:19
>>508
卵
ひたすら卵ｸｴ
510:あるケミストさん
04/03/17 07:58
>>509
コレステロールに気を付けろ！
511:あるケミストさん
04/03/17 10:56
Pople逝っちゃいましたね。
512:あるケミストさん
04/03/17 12:01
>>511
ソースｷﾎﾞﾝﾇ。
513:あるケミストさん
04/03/17 12:25
マジすか！
いくつだったっけ？
514:あるケミストさん
04/03/17 15:59
見当たらないなあ。
今、西北大学だっけ？
515:あるケミストさん
04/03/17 19:49
ガセやないやろな。
516:あるケミストさん
04/03/17 20:56
こんだけメールが飛び交ってるのに、その一つも届かない環境にいるっての
はなんだなあ。
517:あるケミストさん
04/03/17 21:34
学生で悪かったね。
518:あるケミストさん
04/03/17 23:32
誰か生存確認メール送れ
URLﾘﾝｸ(www.nanofabrication.northwestern.edu)
519:あるケミストさん
04/03/17 23:49
たまご食べても一向に頭良くならないんですけど。
やっぱ勉強しなきゃダメなんですか？そうですか。
じゃあ量子化学・量子力学は何の教科書使いましたか？
520:あるケミストさん
04/03/18 00:01
早っ！
それはともかく、乾燥大蒜が頭にいいらしいね。
量子化学の教科書はザボとマッキーニを読んだ。
量子力学はJ. J. サクライとフェッタ・ワレチカを読んだ。
あと、ブレゾ・リプカも読んだけど、かなりハード。主に誤植の多さが。
素人にはおすすめできない。
521:508
04/03/18 01:57
>>520
わかりました。大蒜とたまご重視にします。
過去レス呼んでもＪＪサクライ（日本人？）って人は評判いいみたいですね。
そいつからやっつけてみようと思います。
早く兄貴みたいになりやす！
あ！便乗質問なんですけど、
量子力学→量子化学の順の方がいいんですよね？
522:あるケミストさん
04/03/18 02:13
量子力学の基本事項さえ分かってれば
あとは量子化学の本だけで理解できるかと。
量子化学の勉強って、どっちかっていうと数学なんだよな。
ひたすら多体系のシュレディンガー方程式を解くだけ。
523:あるケミストさん
04/03/18 07:53
大蒜と卵の話もいいのだが、Popleどうなったんだ。
>>511のネタだったのか？
524:あるケミストさん
04/03/18 08:08
>>522
数学というよりはただの線形代数だな大部分は。
ダイナミクス（特に量子）周辺の方が物理的内容が豊か。
525:あるケミストさん
04/03/18 11:04
URLﾘﾝｸ(pubs.acs.org)
ご冥福をお祈りします。
526:あるケミストさん
04/03/18 11:27
本当だったんですね...。
ご冥福をお祈りします。
去年見た時かなりお年を召されてると思ってはいましたが、
まさかあれから１年でお亡くなりになるとは...。
527:あるケミストさん
04/03/18 16:13
>>525
こちらでも祭りが始まっています。。。
URLﾘﾝｸ(www.gaussian.com)
528:あるケミストさん
04/03/19 04:46
結局MOPACはなんでだめなの？たのむから教えてくれ。何に使えるの？
529:あるケミストさん
04/03/19 18:31
実験値に合わせているので、炭化水素の安定構造などを求めたいのなら
計算量も少ないし、良いのでは。
ただ、それで遷移状態とか、hypervalentの構造などを求め始めると、問題。
530:あるケミストさん
04/03/19 22:40
>>528
そんなにだめかなぁ・・
ところで、MOPACは疎水性相互作用はきちんと見積もれているのであろうか・・
531:あるケミストさん
04/03/19 23:12
>>530
「疎水性」は指してる範囲が広いので、MOPACどころか量子化学的に
扱うこと自体が厳しい効果もあったりする。
MOPACは別にダメじゃないと思うよ。もちろん用途によるけど、
「全面的にダメ」と主張している人はそもそも少ないのでは。>>528の
早とちりかと。
532:あるケミストさん
04/03/20 00:37
>>530
疎水性相互作用ってなに？ 親水性相互作用もある？
533:あるケミストさん
04/03/21 07:59
あーーー量子力学わかんねーーー
534:あるケミストさん
04/03/22 09:37
ＭＯＰＡＣ系統はタンパク質の研究には良いと思うよ、分子量
何千の分子なんて、そう簡単にab initioで計算なんかできん。
ＭＯＰＡＣで問題なのは「計算が精密だから実験値に合う」
んじゃなくて、「実験値に合うように計算している」というのが
問題。人によってはそこら辺が胡散臭く感じるらしい。
535:あるケミストさん
04/03/22 12:29
DFT もそんなもんだよ。
実験値に合う汎関数を選んでる。
536:あるケミストさん
04/03/27 21:35
Woodsっていう糖化学の研究者の論文で
半経験的だとだいぶab initioと（energy profileが）違っているのがあった。
たしかこのprofileは糖の5つのCと1つのOからなるﾘﾝｸﾞにﾒﾄｷｼかなにかが付いていて
dihedralを変化させるよう回転させたものだった。
あ 、わかった J Phy Chem (1995)99,3832-だ。 そのFig7
537:あるケミストさん
04/03/27 22:04
あってる領域で使えば大丈夫。
大体dihedralはab initioでも苦手。
538:あるケミストさん
04/03/27 22:40
そこで UDFT ですよ。
539:あるケミストさん
04/03/28 00:22
藻前らの脳内コンピューターでfull CI計算汁！
540:分子力場
04/03/28 12:49
小生は糖鎖の水中での分子動力学ｼﾐｭﾚｰｼｮﾝのための分子力場ﾊﾟﾗﾒｰﾀを準備しています。
このようなとき、ab initioによるdihedral角のenergy profile描出したとして、それをどこまで利用してよいのかが良く分かりません。
ab initioで、（もちろん水のない条件で）profileを作成。
それに一致するように、Amberなどの力場のtorsional ﾊﾟﾗﾒﾀを決めていくのだが、
完全に一致するようにすべきなのか、そもそも別のものなので無理に一致させるべきではないのかがどうも良くわからないのです。
どうすべきかは状況によるのかなあ？
たとえば分子内の原子どうしが水素結合のように引き合う というとき
水溶液中では、水分子によって その水素結合形成が阻害されてしまう。。。
こんなとき、無理に（水の非存在下で）一致させる意味がないという気がする。。
同じような経験のある方はいらっしゃいますか？
541:経験者
04/03/28 13:00
厳密に言うとab initioにしても計算なんてあてにならない。
実験しなさい。どうしても計算したいのならば力場とパラメータ
は誰かのを引用して、大量に計算して都合のいいのを選ぶべし。
ところで>>540は理科大ですか？
542:分子力場
04/03/28 14:58
ありがとうございます。理科大ではなく医学系です。周りにやっている人がいないものでね。。
543:541
04/03/28 16:14
>>542
医学系ならば尚更パラメータ設定なんていう時間のかかる割りに
効果のない計算をしないことをお勧めする。
Amber力場ならば結構前（8年位前）から糖鎖用のパラメータの
論文が出ている。
544:あるケミストさん
04/03/29 07:41
医学系だったらそもそも計算なんてしてはいけないのではなかろうか。
545:あるケミストさん
04/03/29 12:31
なんでだい。
546:あるケミストさん
04/03/29 13:47
ガウシアンを使って電子密度分布をcubeファイルに書かせたく思います。
手持ちの計算結果を利用したいのですが、guess=readとguess=(read,only)
では何が違うのでしょうか？
547:あるケミストさん
04/03/29 19:39
今日の脳内full CI計算終了！
>>546
guess=readだと、読み込んだMOを収束させるために、SCF計算を始めちゃうんだよ。
guess=only,readだと、読み込んだMOだけ使って計算する。
548:あるケミストさん
04/03/29 22:27
>>547
chkファイルには収束したSCFに関する情報が含まれていると理解していますが、
そのchkファイルを読み込んで（指定して）guess=readで計算したときに得られた
全エネルギーが、元の計算（chkファイルを生成した計算）で得られた全エネルギー
と大きく違っています。
そういうことって有り得ますか？
549:あるケミストさん
04/03/29 22:52
>>548
座標や基底関数などを変えてたらありうるけども。
550:あるケミストさん
04/03/29 22:54
あっと、>>549 は only つけてる場合の話ね。
あと、計算するマシンや Gaussian のバージョンやコンパイル方法が違っても若干違う。
only がなければ最低でも一回 SCF 回すので、微妙に変わる。
551:あるケミストさん
04/03/30 19:34
>>549
>>550
どうもありがとうございました。助かりました。
552:あるケミストさん
04/03/30 20:38
私は物理学科に在籍してるのですが
化学の知識が無くいきなり量子化学を勉強しても理解する事が出来ますか？
553:あるケミストさん
04/03/30 20:48
物理にどっぷり浸かってたら
色々慣れないところはあるかもしれないけど、
理論だけなら理解できるんじゃないかな？
Schroedinger 方程式解いてそこからプロパティ求めるだけだし、
解くための技術はかなり物理から入ってきてるし。
ただ、結果の解析とかなると化学的思考がいるかもしれない。
554:あるケミストさん
04/03/30 23:30
>>553
なるほど…
ありがとうございます。
555:あるケミストさん
04/03/31 21:44
>>459
>最近の巨大分子軌道計算がはやってるから、Elongationも評価高そうですものねぇ。
Elongationてとっくにぽしゃったのでは。
最初から発想が悪すぎるとおもってましたが。
誤差が積み重なって、だめなのは自明では？
556:あるケミストさん
04/03/31 22:01
なんで、RCCSのGaussian98には、Fのaug-cc-pV6Zがはいってないのだろう？
マニュアルでは使える事になってるのに。
Genを使わざるおえなかった。
557:あるケミストさん
04/03/31 23:53
現在ある方法のうちで、タンパク質、DNA,RNAに対する有力な計算方法を教えてください。
558:あるケミストさん
04/04/01 00:01
>>557
何を計算する？
559:あるケミストさん
04/04/01 00:10
>>528
私はとっくにMOPACやAMPACなどを使わない事にしてます。
理由は、水素結合がある分子や超分子(たとえば、水の2量体）の構造を再現できないからです。
それと、スーパーコンピュータが早くなったので、ab initio計算が手軽にできるようになったからです。
semiemmpricalは好んで使う方法ではないと思ってます。
タンパク質のような水素結合が多い場合、とても怖くて使う気がしません。
560:あるケミストさん
04/04/01 00:13
>>558
酵素反応です。
561:あるケミストさん
04/04/01 00:15
>>555
>最初から発想が悪すぎるとおもってましたが。
最初から、って・・・ あんた、いくつ？
562:あるケミストさん
04/04/01 00:19
その方法の論文がJCPに出だしたころから知ってます。
563:あるケミストさん
04/04/01 02:32
FMOもやばそうだけどなあ。
564:あるケミストさん
04/04/01 07:32
はい、やばいです。
565:あるケミストさん
04/04/01 07:33
ついでに ●I●M-SCF も M●●DPT もやばいといえばやばいです。
566:あるケミストさん
04/04/01 11:21
論文に発表するﾃﾞｰﾀ作成で、MOPACがab initioより役に立つ状況というのはあるのでしょうか。
大きな分子の静電ﾎﾟﾃﾝｼｬﾙ曲面を、限られた計算資源を用い描出する などでしょうか。
567:561
04/04/01 11:49
>>562
ていうことは、すくなくとも45の大先生？
>>563, 565
使える範囲が限られない方法なんて今のところないんだから、
そらやばいところはあるわな。それに、名も通らず消えてくあ
またの理論よりはマシ。ていうか、おれなんかむしろうらやま
しいよ。
568:あるケミストさん
04/04/01 19:56
研究者としてのセンスの問題かも？
巨大系の場合、やっぱりOnion法だけが残っていくのでは？
溶液化学で、RISM-SCF法がはたした役割は大きいと思いますがどうでしょう。
569:あるケミストさん
04/04/01 20:02
>>568
計算なんて所詮は自己満の世界。ソフトが充実したものが残り、
その他は無くなっていく・・・。それだけ。。。
570:あるケミストさん
04/04/01 20:03
理論研究の真価はどのような現象をどのように説明しあるいは新たな視点を提示した
かによって問われるべきなのだが、その辺を無視して方法論的な新規さ（珍奇さ？）
のみを求めているかのように見える仕事が見受けられる。まあそれも一つのスタイル
なのだが。
571:あるケミストさん
04/04/01 20:08
>>568
大きくはありません。ただしあれはオリジナリティーの高いとても面白い方法です。
だけどあれによって初めて納得のいく説明がなされた現象は未だないと思います。
572:あるケミストさん
04/04/01 20:55
>>571
そうなんですか。
ちょっと関係ない話ですいませんが、H先生がRISM-SCF法を開発されたころ
お会いしました。たいへんいい先生で、いろいろRISM-SCF法のことを教えて下さいました。
これからいろいろなことをRISM-SCF法でするとたいへん意気込んでおられました。
たしかにその後たいへん多くの論文を出され、びっくりしました。
573:あるケミストさん
04/04/01 21:20
>>568
>研究者としてのセンスの問題かも？
>巨大系の場合、やっぱりOnion法だけが残っていくのでは？
その”センス”が理解不能なんだが？
574:あるケミストさん
04/04/01 22:16
Onion じゃなくて ONIOM だし。
575:あるケミストさん
04/04/01 22:24
>>573
570の方が言われてるような意味です。
直感的にOnion法はわかりやすく、タンパク質などを高精度で切り込んでいけそうです。
うまくいけば、酵素反応も解明できるのではと期待してます。
もちろん、まだコンピュータが遅いし、改良（たとえば第１層にCASを加えるとか）も必要ですが。
それに比べて、他の方法はいずれやっぱりだめでしたで終わるのが見えてるのですが。
１．誤差が大きすぎて信頼性に疑問。
２．信用できないデータからどんな現象を説明できるのでしょうか？
３．タンパク質などの場合、小さい系よりもっと高精度が必要と予想されます。
だけど、ときどき現実は逆に進めてる感じを受けます。巨大系だから粗い計算でいいとか。
要するに、小さい系でテストして（超）高精度がでない方法は見込みなしと考えてます。
576:あるケミストさん
04/04/01 22:30
失礼しました。
ちょうと雑談になりますが、
分子構造討論会で、M先生が最初は「たまねぎ法」と命名しょうかと言われましたね。
577:あるケミストさん
04/04/01 23:41
>>575
574も書いてるが、ONIOMなんだけど？
一度でもONIOMを使って、研究したことあるんかな？やってみたら、そ
んな幻想はふっ飛ぶと思うぞ。
それに、ONIOMは、確かによく考えられた方法なんだけど、一言で言え
ばモデル化とエネルギー評価の方法であって、理論や計算手法と比較
して論じるものではないのでは？
578:あるケミストさん
04/04/02 00:05
>>577
いろいろ思ってる事書いて失礼しました。
１．ONIOM法です。
２．一度もないです。今度、小さい系などでテストしてみます。
３．すいませんが、最後の段落よくわかりません。
私は、理論化学というよりも計算機化学をしてます。
他の人の作ったプログラム（Gaussian,Molpro,Gamess）を普通のスーパーコンピュータで計算してるだけです。
４．それだけに、実用的な方法には興味がありますが、役にたちそうにもない方法には疑問を感じてしまいます。
579:あるケミストさん
04/04/02 00:39
ONIOM は随分いい加減な手法だと思ったけどな。
でも、計算手法をちゃんと勉強すれば、
高速で精度の良い計算手法を作るのがどれだけ大変なことか分かるよ。
巨大系で精度の良い計算なんて途方も無い話で、
ONIOM くらいになっちゃうのも分からんでもない。
580:あるケミストさん
04/04/02 07:45
うーん、ONIOMに幻想を抱きすぎだな。
正直、FMOやProteinDFやMOZYMEのほうがマシではないか、とさえ思うよ。
おそらくきみが「役に立ちそうもない」と表現しているのはこれらの
手法のことだと思うけど。
ま、どれも大して高精度じゃない、というのが現実だけどさ。
こういう手法の開発者たちはそれぞれ頑張ってるし、もともと余りにも険しい
目標なので、もちろん責めるのは間違ってるけどね。
581:あるケミストさん
04/04/02 09:40
いろいろありがとうございました。
582:あるケミストさん
04/04/02 09:44
マシということはないだろう。どれも目くそ鼻くそ。
問題は何のためにやっているのかあるいはその目的（あったとして）のために
現実的に最善と判断してやっているのかどうか今ひとつ不明な事。
取り敢えず計算してみようという以上の哲学があまり感じられないのではなか
ろうか。それで良いのだと言えばまあそうなんだが。
583:あるケミストさん
04/04/02 12:38
とりあえず計算してみる、というのだけでもどれだけ大変なことか！
584:あるケミストさん
04/04/02 14:58
現状で目的を前面に押し出すのは無理だろう。
たとえばUDを量子で！とかいわれても逆にひいちゃうよ。
585:あるケミストさん
04/04/02 21:44
ちょっと話題が変わりますが、
昨年のあるアメリカの学会では、MRMP法ばかりでした。
ところが、昨年の分子構造討論会では、ほとんど見ませんでした。
なぜなんでしょうか？
586:あるケミストさん
04/04/02 23:31
アメリカと日本では評価が違うのでしょうか？
587:あるケミストさん
04/04/03 08:05
今年のあるアメリカの学会で MRMP なんて見たっけかな。
分子計算は CC と DFT が多かった稀ガス。
学会によっても違うんでないの？
588:あるケミストさん
04/04/03 14:18
昨年のThe Midwest Theoretical Chemistry ConferenceのAbstract見て、そう思いました。
589:あるケミストさん
04/04/04 01:18
DFTは長距離相互作用を正しく評価できないのですね？
もしそうなら、たんぱく質をDFTで計算するときの欠点になりませんか？
590:あるケミストさん
04/04/04 02:34
たんぱく質を計算するときに
欠点のない手法はないという肝。
591:あるケミストさん
04/04/04 13:35
たしかにそれはいえるよ。
592:あるケミストさん
04/04/04 19:32
欠点のない手法はないから欠点があってもいいのだという言い訳は醜悪だよ
593:あるケミストさん
04/04/04 20:57
あってもいいなんて誰も言ってない罠。
594:あるケミストさん
04/04/04 22:06
Cramer教授の本「Essential of Computational Chemistry]
では、RISM-SCFとONIOM法の事はかいてありますが、他の方法の記述はないです。
595:あるケミストさん
04/04/04 22:18
欠点のない手法はないので、「○○が欠点になる」ではなく
「○○という長所がある」を話したほうが建設的では、という
程度の意味じゃないの。
実際タンパク質計算の話で欠点ばかり挙げていったら、（数が多すぎて）
建設的な話をする間もなくそのうち大荒れになって終わると思うぞ。
596:あるケミストさん
04/04/04 22:23
たしかにそうですね。
597:あるケミストさん
04/04/04 23:41
>594
実質を言わずに、どこかの本に書いてあったからとか、誰かが言った
からという視点でいるかぎり、いつまで経っても、その分野の「お客
さん」だよ。
598:あるケミストさん
04/04/04 23:42
>>594
Effectuve Fragment すらも書いていないのか、ひどいな。
まあ言っちゃ悪いが名著とは到底言えない代物だからな。
599:あるケミストさん
04/04/04 23:53
改訂の参考にするから意見を送ってくれと出版社から依頼が来たよ。
送られて来た本をざっと見て時間の無駄と思ったからうっちゃってある。
600:あるケミストさん
04/04/05 00:16
>>598
>>Effectuve Fragment
詳細ｷﾎﾞﾝﾇ
601:あるケミストさん
04/04/05 02:01
>>598
どの出版社？
602:５９４
04/04/05 02:07
あまりがっかりさせる事書かないでね。
こっちは、本気でいろいろ学問的議論をしたいだけですから。
603:本音
04/04/05 02:10
同じレベルで書くなら、
FMOは税金と時間の無駄。
604:あるケミストさん
04/04/05 02:53
>>603
よくわからんが・・・
この文脈で、なぜ、FMOがでる？
Effective fragment法の話をしてるんじゃないの？
605:本音
04/04/05 03:26
結局、「才能の差」。
いつも後に残るホームランを打つM先生。
いつも莫大なお金と時間をつかったあげく三振するK先生。（M先生との共同研究だけ、後に残ってるけど）
いつも悪ふざけばかりしてる雲子研究。便器にほかすしかしかたない代物ばかり。
それと、人格の差も関係あるのかも。
ノーベル賞とられたF先生に質問したら、返事がすぐに来た。
N先生もすぐ返事下さった。
ElongationのIとAには、これでも人間かとなんども？な気分にさせられた。
K先生にIMSで初めて出くわしたとき、さんざんわけのわからん事をワーワー言ってた。
なにが言いたいのかわけわからんかった。
５９９のように悪ふざけのうそを書いてる奴。
５９８のように大研究者よりも実力があると思ってる学生さんたち。
やっぱり、謙虚は必要条件。
606:本音
04/04/05 03:36
そんな方法日本でだけ、認めてるだけ。
（ただし、もしかしたらちょっとだけ外国でもしてるかも？HPで１つだけそれらしきものみた）
607:あるケミストさん
04/04/05 03:50
ずっと我慢してたが、俺も本音いうよ。
FMOでSTO-3GやB3LYP/３－２１Gなんか、高精度云々するレベルじゃない。
608:あるケミストさん
04/04/05 04:52
学生レベルで大研究者を批判するのは、100年早い。
できるかぎり学び取ってから、沈黙せよ。
後はデータだして、論文にして自説を認めさすしかない。
謙虚に努力してたら、本に引用されることだってある。
後世に残るような研究かてできると信じたい。
609:あるケミストさん
04/04/05 05:12
>５９８のように大研究者よりも実力があると思ってる学生さんたち。
おいおい、あの著者に大はつかんだろさすがに。
610:あるケミストさん
04/04/05 05:16
>>605
>やっぱり、謙虚は必要条件。
救いようのない自己矛盾だな。
611:あるケミストさん
04/04/05 05:26
>>601
John Wiley and Sons
612:あるケミストさん
04/04/05 06:19
>>609
そういうことを書く事が謙虚でないというてるのだ。
もし違うと思っても、沈黙するのが当たり前。
それに、あんた、TCAレベルの編集長か。
それくらいになってから、発言してくれ。
それどころか、たいして論文も書いてない口先者の臭いまでしてる。
613:あるケミストさん
04/04/05 06:21
>>610
我慢の限界ということ。
それで、封印を切ったのだ。
614:あるケミストさん
04/04/05 06:36
>>609
俺はもう一人の大研究者（M先生）のこともいうてるのだ。
ONIOM法のことを目くそ鼻くそのように書いてる奴もいたが、言語道断。
もしそう思っても、そのようなことは書くな。
ONIOM法がだめと思うなら、黙って、ONIOM法が駄目というデータ出して、論文だして、世間に認めさせろ。
口先三寸では、世界の流れは変わりません。
俺みたいなレベルでも、QM/MMからONIOM法へ発展していくのはごく自然。
615:あるケミストさん
04/04/05 06:45
>>611
Cramer教授とYoung教授の本は役立ちました。
Handbookとして、読むべし。
616:あるケミストさん
04/04/05 07:02
ついでだから、もっと本音をいうと、
とにかく、Simple is best. Simple is beutiful.
そういう簡単で美しい方法や解釈が結局後世に残ってるみたいです。
MRMP法、ONIOM法、RISM-SCF法などもそういう方法です。
617:臭いに関係あること
04/04/05 07:18
>>609
それと専門ばかにならないのも大事ですね。
ごく普通に常識を働かすと、どれが真実かぐらいわかることもけっこうあります。
臭い(口臭）取り除くのに、歯医者は普通の歯ブラシで磨くように命じます。
電動歯ブラシや超音波ブラシで磨いてもいいですかと聞くと、駄目と言われました。
だれが考えても、電動歯ブラシや超音波ブラシのほうがいい。パワーが違う。
それでも、歯医者は駄目という。教科書にそうかいてあるからて言われました。
こういうのを専門ばかというのでしょう。
618:あるケミストさん
04/04/05 08:40
急に書き込みが増えたと思ったら…。
>>594が叩かれたことに腹を立てているのなら、仕方ないと思ってくれ。
きみが>>614で書いている通り、もしONIOMが良くて他の手法がダメだと思っているのなら、
他人の著作だけからうんぬんするのではなく、データを出して世間に認めさせろ。
もし他の手法がダメだと思っても、「そのようなことは書くな」。
そう、まさにきみが言っている通りだよ。他人の著作にこう書いてました、
なんて見苦しいことを書いていてはいけない。
実際、QM/MMやONIOMの問題点を取り上げた論文なんていっぱいある。
ただ、それでも有望な点が多々あるのも事実。
「この手法が最高！」というほどのものでもないし、「こんなのダメだ」
というほどのものでもない。
どうもきみの書き込みを見ていると、同窓生意識か何かで先入観いっぱいに
凝り固まった年寄り先生の台詞みたいに見えるのだが。
今からきみが誰なのか推測していい？
619:あるケミストさん
04/04/05 09:38
>>617
歯磨きにパワーはあんまり関係ないよ。
毛先が歯に満遍なく当たることが重要。
当たらないと菌は取れないし、
当たればそこまでパワー無くてもちゃんと取れる。
620:あるケミストさん
04/04/05 12:06
>たいして論文も書いてない口先者の臭い
だの >>605 だのずいぶん口汚い香具師が荒らしているな。何を苛ついているんだか。
621:あるケミストさん
04/04/05 12:09
いや、面白いからもう少し続けてほしい。
622:あるケミストさん
04/04/05 12:16
まあ、本に引用されるだの雑誌の編集長するだのを判断基準にしてるみたいだしな。
623:あるケミストさん
04/04/05 12:20
>>616
しかしまあ、凡庸な意見だな。
だけど最後の行の方法らは「後世に残る」ってほど時間経っていないだろ。
624:あるケミストさん
04/04/05 14:06
あんたのかきこの内容を逆にしたら、真実です。(世の中の常識になってるから）
もう馬鹿相手するのうんざり。
625:あるケミストさん
04/04/05 14:10
どんぐりころころどんぶりこ
荒らしに煽られさぁ大変
同類出てきてこんにちは
ぼっちゃん一緒に荒らしましょう
626:面白い話
04/04/05 14:25
>>618
あるR歯医者に聞いた話をして、笑わせてあげておひらきにしましょう。
その歯医者の同門にO大学院生ていう「こっぱ天狗」がいました。
それが、大学院生1年目にして、東京の国立公衆衛生院とかいうところへ1年間行かしてくれといい、
教授もいかしました。
そして1年間虫歯か歯槽膿漏の疫学研究をしたらしい。
林の数量化理論とかいう難しい統計学を使って。
東京から帰ってきたら、1年間の成果を冊子にして印刷までしました。
ところがそれを見たR歯医者は唖然としました。
Conclusionのところに、「年齢とともに歯が減少することを明らかにした｣とかいてあったそうです。
そんなの計算する前からわかりきった事。(だれでもわかってる常識）
俺はこの話聞いて、計算機化学にも同じような馬鹿いると思いました。
専門ばかにならないようにしないと。
627:面白い話 II
04/04/05 14:44
ついでにO大学院生のその後を書いておきます。
まず、統計学自慢のOは、「猿でもわかる統計学」という輪講を若手（Rも含めて）でしたそうです。
Rはそういう題にたいへん不愉快だけどだまってたそうです。
Oはそういう人間なんだと。
それ以外は、研究もせずに4年目になり、ちょっとデータだしただけで歯学博士もらったそうです。
そして、厚生省の技官になり、今は富山に行かされてるそうです。
元々は、大学に残って疫学の研究者になるつもりで大学院に他大学から入学したのに。
Oの研究者としてのセンスのなさ。うぬぼれ。傲慢なところ。なまけもの。
それらは、謙虚な気持ちで研究すれば防げる事ばかりです。
Rから聞いて、教訓にしてます。
628:あるケミストさん
04/04/05 15:01
URLﾘﾝｸ(www.honda.or.jp)
629:あるケミストさん
04/04/05 15:07
当たり前のことに難癖つけるのもやめたほうがいい。
それとも、わざとやってるのか。
それだったら、こんな板見ないほうがいい。(センスが悪くなるから）
ある学会で、ある６０代に0.0-0.1 kcal/molしか誤差ないのに、いつまでもごじゃごじゃ言われて困った。
どこにでもこういう連中ているのですね。
これからは、適当にシャットアウトして済ます事にします。
630:あるケミストさん
04/04/05 15:30
おまえら雲子歯だろ。
しまいに、悪ふざけしてると兵を失うぞ。
631:雲子戦法：兵を損じるだけ
04/04/05 16:33
なんか、雲子（B)さんのやり方と似てますね。
A: ＠＠＠とQSARとどうちがうのですか？
B: QSARてなんや
A: 定量的構造活性相関です。
B: 定量的構造活性相関てなんや。
A: Hansh-Fujita法と...
B: ........
B: ＠＠＠でビタミンEが甘味があるので特許とった会社もある。
A: （からかわれてるだけか）（Bの顔が変になってる。狂ってるのか？）
（もういいや）
B: その後Bの高等部に大きなホール発見。
その１０年くらい前に、Aは構造活性相関討論会でB(当時IMS助手）をみかけましたが。
こういう人をくったとぼけたやり方を雲子戦法Iとなずけてます。
ただし、こういう戦法使うとやられたほうは００になりますから乱用しないように。
DFTも乱用しないように。
632:あるケミストさん
04/04/05 17:43
一部の方法については開発者の人格にまで及んで口汚く罵っておきながら、
別の方法へのコメントに対しては（身内なんだか知らんが）「謙虚になれ」
だの「沈黙しろ」だのと恫喝する。全く恐れ入ったよ。教育の失敗だろうな。
633:あるケミストさん
04/04/05 17:53
>>629
>0.0-0.1 kcal/molしか誤差ないのに、いつまでもごじゃごじゃ言われて困った。
偶然の一致だろうな。そんなに精度の高い計算は現状ではないだろう。そんな偶然の
一致を論拠にする輩はどうせ消えるだろうから無視しておけば良いのだろうが、中には
わざわざ難癖つけてみる暇な人もいるのだろう。
634:あるケミストさん
04/04/05 18:01
雲さんの血液型は、B型みたいですね。
635:あるケミストさん
04/04/05 18:07
>>626-627
特定人物の中傷か。こんなもので「笑わせてあげて」などと書く輩の品性を疑うよ。
636:あるケミストさん
04/04/05 18:14
>>632,633
無知からはずれなことばかりいえるのだよ。
俺がだれで、どういう計算をしてるか知ればはずれてわかるのだが。
それともいつもの手みたいなきもするな。
とにかく、シャットアウトさせてもらうよ。
もっと多くの論文読みな。
小さい系では、その程度の誤差で計算できない事もあります。
637:あるケミストさん
04/04/05 18:30
>>626
「年齢とともに歯が増加する」という結果がでたら面白かったが。
頭の悪い奴ならそのとき、次のように考えるかも。
タイプI:インプラントなどで歯が増えた。
タイプII:年齢とともに歯が増えるのが真実だ。
そうだ、子供の場合歯が増える。
もう一度、データチェック（年齢の）
タイプIII:？？？
一番ありそうなのは、統計学上の誤差で変な結果がでた。
次にデータ入力ミス。
でもいるんだよね、計算機化学にもタイプI,II,IIIなどが。
638:あるケミストさん
04/04/05 18:34
謙虚になれだの言う香具師に限って少々いじるだけで化けの皮が剥けるという典型だな。
「当たり前の事」「世の中の常識」で逃げる香具師は科学研究をする資格がない。
639:あるケミストさん
04/04/05 18:39
>>633
現在では、standardな方法でも簡単。
たとえば、CCSD(T)とDunningのaug-cc-pVXZ (X=D,T,Q,5,6)で計算し、次にCBSを求めたらいいだけ。
一度、Dunningの２０００年ころのJPC-Aでもお読み
640:あるケミストさん
04/04/05 19:04
そもそも実験値に 0.1 kcal/mol の精度があるのか？
それよりどういう観測量のことを言ってるんだ？励起エネルギーではあるまい。
641:あるケミストさん
04/04/05 19:15
>>638
もちろん、言いたい放題になってますが、このさいもっと本音書きます。
将棋と似てるということで。
「当たり前の事」「世の中の常識」＝定石
直観力、常識（定石）、本筋を読む(見える）、芋筋を読まない等は、有段者ではあたりまえ。
睡眠不足などで体調が悪いと変な手ばかり見えて、格下のものにも全然勝てません。
最近の将棋は、作戦勝ち負けだけで勝負が終わってしまうから怖い。
昔のように逆転勝ちは難しい。
だから、優秀な戦法(作戦）は本に書いてあります。
FMO等の作戦負けは、明々白々。観戦者たちはほかの対局を見に行ってしまった。
ONIOM法の作戦勝ちは明白。本にも書いてあるのはそのせいです。
私は、あくまでも公平に見て判断してます。
もちろん、他の人がどう判断して、何をされてもその人の自由です。
ただ、５９８や５９９の暴言は許せませんので、まねさせてもらいました。
642:あるケミストさん
04/04/05 19:17
因に例の本の著者はポストに就いてからも大ボス（真実ler）の子分として働き政治的に
のし上がった人。日本ではありふれたことだが米国特に理論では珍しい。人当たりの良い
ナイスガイなのだろうが大研究者と呼ぶのは現段階では憚られる。
643:あるケミストさん
04/04/05 19:21
>>640
悪いけど、しばらくこのスレから落ちます。
論文の改訂、雑用などで極めて多忙なので。
644:あるケミストさん
04/04/05 19:27
奇妙だな。 >>640 に答えるくらい簡単だろう。
645:あるケミストさん
04/04/05 19:35
意味もなく比喩を多用すると、実力がないと思われるよ。
特に科学上の議論なのに歯科治療や将棋の話を出したりすると、
そもそも議論の対象を理解していないと思われても仕方がない。
ともかく、明らかにONIOMのイメージを悪くしているのでやめてくれ。
ONIOM派の人間が他の手法（FMO等）に悪意を持っているなんて思われたら
迷惑きわまりない。
ONIOMを使っていて、さらにFMOにも期待している人間も多い。
あんたみたいな狂信者に支持されたら、M熊先生だって迷惑だろうよ。
あんたがM熊先生本人だとでもいうのなら別だが。
646:あるケミストさん
04/04/05 19:56
FMO ってエネルギー以外でも何か計算できるの？
647:あるケミストさん
04/04/05 21:45
ADFのライセンス、もう少し安くならんかのー。
648:あるケミストさん
04/04/06 01:25
ちょっと進路のことで教えてください。
修士レベルで終わる人と博士課程まで行く人の差てなんでしょうか？
649:あるケミストさん
04/04/06 01:35
経済力
650:あるケミストさん
04/04/06 01:37
>>649
奨学金制度があるからそうとは言えんのでは。
差は引き篭もり具合だろう。
651:あるケミストさん
04/04/06 01:46
ちがう。
修士課程までの人の特徴：少しはなしただけで、だいたいわかります。だいたい次のような点があります。
知ったかぶりのひどさ、うぬぼれの強さ、尊大、まとはずれな事ばかり言う、頭が悪い、
何が真実なんかまったくわからん石頭、物事を柔軟に考えられない、
何が重要で、なにがどうでもいいことかわからん。
652:あるケミストさん
04/04/06 01:51
博士課程までいける人：一言で言えば、頭がいい。
物事の本質を見抜く早さ、他人の仕事を理解する早さ、すぐに正解いえる。
もちろん知識も豊富だけど、それは２の次３の次。
653:あるケミストさん
04/04/06 02:02
この前、ものすごいできる研究者みたいなこという男がいたから、
途中から変だと思い質問してみた。
１．どれくらい英文論文だしてるのですか？そしたら、よくわかりませんが、教授が論文書いて出してるみたいです。
１つだけイタリアの雑誌に。
２．博士課程の方ですか？と聞くと、修士までです。
654:あるケミストさん
04/04/06 02:11
学会発表も修士レベルの人の話は聞かないほうが無難。ばかみるだけ。
博士号を持ってる人かもうすぐとれる人の話は聞く価値ある。ばかみることもあまりない。
655:あるケミストさん
04/04/06 02:17
なんか、この１週間で急に俗っぽくなったな。
656:あるケミストさん
04/04/06 02:40
将棋でもするか。
無料のHP教えてやってもいいで。
657:ちょっとわるふざけだけど
04/04/06 02:44
将棋で頭をきたえよう！
変な論文読むよりよっぽど価値ある。
体の調子もついでにわかるよ。
658:あるケミストさん
04/04/06 02:54
>>651～>>654
一生懸命の書き込みはいいのだが、何が言いたいわけ？
研究に関して言うと、修士を卒業して企業で立派に活躍している人も
いるし、博士が終わっても自分の意見すらまとめられない人もいます
ね。要は648次第でしょう。
>>648
進路くらい自分で決めろ！
659:あるケミストさん
04/04/06 02:58
さて、そろそろ真面目モードに戻ろうぜ。
660:あるケミストさん
04/04/06 04:02
>>658
経験談を言ったまで。
何かの参考になるかと思って。
口にはださないけど、他の先生かてそう思ってるのでは。
他の大学の研究室に行った時の経験談もついでにかいときます。
その研究室で一番大きな顔してる奴が単なる修士までの人でした。
この経験則の例外はない。
661:あるケミストさん
04/04/06 04:21
修士までの人：俺があんたに教えてあげるタイプ。学び取る気がまったくない。
博士までいける人：相手から何かを学び取りたい。それもうまく学び取る。
662:658
04/04/06 05:46
>>660>>661様
失礼しました。修士までの人とは博士にいけない人で博士までいける人には実際
には修士で卒業してしまう人も含まれるのですね。
書き込みの経験談が当時「修士」の人だったので少し勘違いしてしまいました。
そういう意味では納得しました。あらためてお詫び申し上げます。
因みに自分は化学とは無関係なただの荒らしです。かしこ。
663:あるケミストさん
04/04/06 07:03
>>660-661
幼稚園児レベルの経験則とやらを書き込んでる暇あったら >>640 に答えろよ。
664:あるケミストさん
04/04/06 08:07
もういい加減煽りに反応するのをやめたら？
こいつが意図的な煽りか天然の煽りかはわからないが、こいつより
>>658や>>663のほうが迷惑だよ。放置しとけよ。
665:あるケミストさん
04/04/06 09:27
お前の方が迷惑だ。>>640 に関する議論の方がスレの趣旨に沿っている。
666:あるケミストさん
04/04/06 10:00
通常 kcal/mol で表示される観測量には 0.1 kcal/mol までの精度はない。
そんな初歩的なことも分かっていないことが曝されそうになり慌てて逃げた
のだろう。CBSの様な外挿法の危うさ如何わしさについてはさておくとしても、
他人の論文を鵜呑みにして説教する態度も気になるところだな。
667:あるケミストさん
04/04/06 10:07
>>648=651-654=660-661=664
668:あるケミストさん
04/04/06 10:46
なんでやねん。
664は明らかに660-661をあおりと呼んでいるわけだが。
ちょっともちつけ。
669:あるケミストさん
04/04/06 14:05
しかし>>661の書き込みはかなり感じが悪いな。客観的に読んだ場合、
一連の書き込みに関して>>651ということが本人にも当てはまる気がする。
皆も狭い価値観での人の評価したり、無闇に人の揚げ足を取ったりせず、
スレの主旨に沿った話題を書き込みましょうね。
670:あるケミストさん
04/04/06 18:20
最後の =664 は遊びだよ。でもその前の等号はみえみえ。
府台あたりからのロンダだったら分かりやすすぎて面白いんだがな（w
671:IJQC
04/04/06 18:48
IJQCについて、いろいろ教えて下さい。
672:あるケミストさん
04/04/06 19:59
そう言われても、漠然としすぎというか。
673:IJQC
04/04/06 21:06
なんでもいいですから、経験談や評判などを教えてくださればありがたいです。
674:あるケミストさん
04/04/06 21:11
>>673
何でもいいなら自分で勉強しろ！それでも分かんなかったことを
質問しろ！！釣りなら別のスレに逝け！！！
675:あるケミストさん
04/04/06 21:46
量子化学計算が市民権を確立したといえる現在ではもはや役割は終わったのでは
なかろうか。なくすのも寂しいので細々と存続して欲しいところだ。
676:小人怒りやすし
04/04/06 22:01
>>674
そういかるなって。つまらんことで腹立ててると怒れる巨人になって埋没するよ。
677:あるケミストさん
04/04/06 22:26
釣りと煽りばかりのスレになってしまったなぁ。
678:あるケミストさん
04/04/06 22:30
まぁ、（現在で計算できるもっとも良い）精度良い計算をしたとしてもgasphaseで計算したのであれば
実験値と~0.1kcal/molの精度で比較できるわけがない（Ar matrixならArの効果を入れないとダメな
わけだし）。たとえ、solventの効果を取り入れたとしても、
そのsolventのモデルに依存するわけであり、solventoモデルが完璧でない以上なんらかのエラーが
生じるはずである。したがって計算による予測値と実験値と完璧に合っていれば、むしろなにかが悪い悪い
でたまたま合っているに過ぎないと考えなければならないのではないだろうか
（気体の２原子分子のような例外もいくつかあるが）。
したがって、意味があるのは、他の分子の物性との比較であるんじゃないかと思うがどーだろうか。
合っている場合もあるが合っていない場合もある。大抵はほどほどに分子の物性が予測できるというのが
現在の量子化学計算の現状であろう。よく言われていることだが、量子化学計算のアドバンテージのひとつ
は毒性やら合成の技術的困難さのために実験的に合成することが難しい化合物や、観測することが難しい
励起状態の電子状態予測とその物性を実験をやる前に予測することにある。
もし得られた結果で面白い物性があると予測されたのなら、それが実際に実験してみるモチベーションになるわけだ。
赤外・ラマン分光なら、実験的に得ることが難しいきわめて難しい同位体効果（極端な話、ある分子の
メチル基の水素一つを重水素化することとか）を量子化学計算では容易く予測できる。
もちろん予測ことがメインではない。ある物性の実験値が得られたのなら、それがどのような電子状態
から得られるのかを考察することが計算も一番の目的だと思うな。
というわけで、今日も実験値とつじつまの合う電子状態を求めているわけだ。
679:あるケミストさん
04/04/06 22:56
量子化学や計算機化学が自己満足なんてとんでもない。
きわめて面白いし、重要である。
そうでなければ、ノーベル賞なんてとれないでしょう。
これからは、ますます実用的なインパクトがあります。
実験値より計算値のほうがはるかに精度いい場合は、かなりあります。
たとえば、gas phaseのクラスターのエンタルピー変化など。
水の２量体のbinding energyの場合、いろいろ面白い事がありましたね。
１．実験値＝５．４kcal/mol （２つのグループでも同じ値）
２．Del Bene（JPC、２０年位前）の計算値＝５．４kcal/mol
そのとき、ほっとしました。
しかし、その後の高精度計算では、実験値がまちがってること判明。
３．最近のMPやJCP見ると、もう少し小さい値です。
680:IJQC
04/04/06 23:31
IJQCの編集室てなんであんなにでたらめなんだろう。
681:あるケミストさん
04/04/07 00:13
IJQCといえば、Popleの追悼号が出るようだが。
追悼号の投稿ってちょっと腰が引けるよな。ましてやPopleクラスとなると。
682:IJQC
04/04/07 00:44
そうなんですか。
私のことはつまらないことです。
いろいろIJQCの編集室のでたらめぶりにうんざりしてます。（もうあきらめの境地）
書くようなことでないですが、１つだけ書いときます。
秘書が電話番号とFAX番号をとりちがえてるので困ってます。
向こうは、FAXが送れないと何度も言ってきました。
それで、何回もメールなどで正しい番号をいうたのですが、それでもとりちがえたままです。
しかたないので、自宅のFAXも教えました。
今日、メールでFAXを送ったと言うてきました。
しかし、大学にも自宅にも着てないのですが。
ついたかどうかメールで返事してほしいというてますが、ほっとく事にします。
（審査終了してるので）
683:あるケミストさん
04/04/07 03:57
何らかの理由で大規模系の分子軌道計算をしたい時、
先人達は、“巨大系は計算できない”との理由でぶった切っていたと思います。
そこから、様々な自然観が生まれたと思います。
その一つが、Kashiwagi & Satoで、“電子状態は連続なのだからぶった切ってはダメ”。
そこで、実直かつrobustなProteinDFを作った。
また一方で、Morokumaは、“ちゃんとぶった切ればぶった切っても良い”。
見たい物理量が（直接的には）High Levelの領域にのみ依存するようにLayerを
構成すればよいとして、Oniomを作った。
そして、見たい物理量が下のレベルからどのような影響を受けるかというのを
考慮して下のレベルを決めなければならない。
また、高精度のOniom計算を行うためには、High Levelと次のレベルの繋ぎ目が
ちゃんとうまく繋がることを、検証すべきだと聞いたことがあります。
一方、Kitauraも“ちゃんとぶった切ればぶった切っても良い”。
そして、ぶった切る時のポリシーとしてenergy decompositionを使っていて、
それがFMOに期待している人達にとっては、心地良い理由でしょう。
OniomとFMOは、下のレイヤーの取り扱いとレイヤー間の繋ぎ方が異なってますが、
どちらも似たような自然観をベースに持ってると、私は感じているので、
私は645の言うように、Oniomを評価しつつ、FMOにも期待している人です。
＃2chって実名はダメなんですか？
684:あるケミストさん
04/04/07 05:12
駄目らしいけど、実害ないからacceptable.
ある程度flexibleでもいいのでは。
有益な書き込みありがとう。
685:あるケミストさん
04/04/07 06:22
名前ださなくても方法名だけで書けた内容だと思うが。
一つ指摘させて貰うと、これらの方法はことさら特別な自然観をベースにして
（ましてや生み出してなど）いる訳ではなく、殆ど純粋に技術的なものだと思う。
686:あるケミストさん
04/04/07 06:31
IJQC については >>675 の通りで、評価としては今や形だけ査読の付いた
学会プロシーディングスと大して変わらないレベルなのではなかろうか。
口の悪い香具師だったら、「同人誌」みたいなものだとまで言うかも知れん。
時々レビュー的な役に立つ論文も出るけど。
687:あるケミストさん
04/04/07 07:03
>時々レビュー的な役に立つ論文も出るけど。
２０年３０年前のだけどね。
688:あるケミストさん
04/04/07 09:04
同人誌といえば PRL とか酷いらしいね。
689:あるケミストさん
04/04/07 09:45
煽るならもう一工夫必要だな。出直して来いや
690:あるケミストさん
04/04/07 10:39
ﾃﾞﾑﾊﾟ系ONIOM信者の登場以降、689みたいな興奮気味のカキコが増えたな。
冷静にやろうや。
691:あるケミストさん
04/04/07 11:01
| ﾏｰﾛﾆｰﾁｬﾝ♪
| ('A`)
／￣ﾉ( ﾍﾍ￣
692:あるケミストさん
04/04/07 13:24
>>685
確かに、名前なしでも書けたかも。
ただK氏の場合、ene-decompのK氏がFMOというのが私は非常に興味深い。
FMOの2Stepsは技術的要請ではなく、ene-decompからの必然的要請。
＃1step目で分極相互作用を有効静電相互作用として取り込み、
＃2step目でCT相互作用を取り込む。
693:あるケミストさん
04/04/07 18:54
タンパク質を３つにFragumentすればいいだけなんですね。
やっと理解できた。
694:あるケミストさん
04/04/07 19:03
Fragument
695:あるケミストさん
04/04/07 19:34
そういう意味ではFMOとONIOMは等価になることもありますね。
だけど、ちょっときになることを極端に書くと、
FMO ONIOM
１番重要な部分 STO-3G CCSD(T)も可
２番めに重要な部分 STO-3G ある程度のMO
３番目に重要な部分 STO-3G MMなど
696:あるケミストさん
04/04/07 19:48
３３ざんきくらいまでのタンパク質なら、３分割可能かも？W
697:FMOの負け
04/04/07 20:18
FMOは１００レイヤーくらいあると思えばいいだけかも。
ONIOMは今のところ３レイヤーだけど。
怒られるようなこと言わしてもらえれば、３以上にレイヤー増やす事もありえるかも？
698:あわれなポスドクたちへ
04/04/07 20:25
つなぎ目は少ないほうがいい。
699:あるケミストさん
04/04/07 20:45
FMOが駄目な理由は他にもある。
T大学のポスドクらしき人のポスターきいて、これは全然だめな方法て判断したのです。
ざんきが増えると、途中から１kcal/molの誤差を生じる（Fragmentしたために）。
１０００ざんきだと、１０００kcal/molの誤差あり。
そんな方法どう考えても、駄目。
（もちろん、化学現象はエネルギーの相対値であっても、全然見込みなし）
その人もきずいてるみたいだったけど。
少し、しらけ気味。
駄目な方法てわかってても、ポスドクでT大学に雇われてるからしかたないのだけど。
知り合いのポスドクにもFMOのプロジェクトに参加してる優秀な人います。
駄目てわかっててもばかばかしいことさせられるつらさがあるみたいです。
FMOのプロジェクトは税金と多くのポスドクを食い物にしてる。
ちがいますか？
700:あるケミストさん
04/04/07 21:20
雲さんもそのポスドクをからかってたよ。
ばかばかしいこと(結果）を発表してるって。
内輪の間で「あほらしやの鐘が鳴ってる」方法なんてやっぱり駄目なんかなーと。
それから発表聞いて完全にFMOを見捨てた。
701:あるケミストさん
04/04/07 21:55
>> 699
1000 kcal/molの誤差って、HFとの差でしょ？
>（もちろん、化学現象はエネルギーの相対値であっても、全然見込みなし）
と書いてる通り、FMOの中で閉じた議論をすれば、
1000 kcal/molの誤差なんて意味無いのでは？
702:あるケミストさん
04/04/07 22:06
>1000 kcal/molの誤差って、HFとの差でしょ？
はい。HF/STO-3GとFMO/STO-3Gの差。
(もしかしたら、B3LYP/3-21GとFMOでのB3LYP/3-21Gの差）
>>（もちろん、化学現象はエネルギーの相対値であっても、全然見込みなし）
と書いてる通り、FMOの中で閉じた議論をすれば、
1000 kcal/molの誤差なんて意味無いのでは？
701さんの言いたい意味よくわかりません。
だけど、全然見込みなしと判断するのが当然と思います。
703:あるケミストさん
04/04/07 22:18
1000 kcal/mol は 1.6 a.u. 程度。
原子数が１万もあれば大したことない。
704:あるケミストさん
04/04/07 23:00
FMO:上記のようにたくさん根本的に駄目な理由あります。
思い出せば、もっとありそうです。
元々は、JCPEで特別講演聞いてから様子みてたのですが。
つなぎ目なしの方法：FMOよりはいいみたいです。
ソフト名（Q-ChemかHyperChem？）をわすれましたが、
それらのソフトで計算する事も考えたころありました。
他の研究してるまに、忘れてしまいました。
ワークステーションクラスターやPCクラスターで並列処理するのは魅力あります。
ONIOM:タンパク質のactive siteは、たまねぎの芯のように真ん中にあります。
この部分が一番重要。その部分を第一レイヤーにおける魅力があります。
active siteから離れるにしたがい、第二レイヤー、第三レイヤーにできるのも魅力です。
705:あるケミストさん
04/04/07 23:02
以前よりは化学の話にはなってるけど、「きずいてる」とか
「あほらしやの鐘」とかﾃﾞﾑﾊﾟ臭が抜けきっていないな。
ONIOMといえどもFMOと同種の問題から抜けられないし、そもそも
「重要な部分」が既知でないと使えない、という問題点を抱えてもいる。
特別FMOを擁護する気はないが、ProteinDFならともかく（思想がそもそも
違うから）ONIOM信者がFMOを貶すのは天に唾するようなもの。
K先生と何か確執があったみたいな書き方してたけど、私怨を研究に
持ち込むのはやめてくれないかな。確かにそういう（小物の）先生は多いが。
706:あるケミストさん
04/04/07 23:18
>>705
悪いけどK先生と何もないです。
別に特別嫌いとかないのですが。
まったく関係ない第三者の立場です。
７０４読んでもらえれば少しは返答になってると思います。
直感に訴えるより、理由をはっきり書いたほうが良かったみたいですね。
（最初そう書こうと思ったのですが、思いとどまりました。）
707:あるケミストさん
04/04/07 23:32
いや、悪いんだけど
> タンパク質のactive siteは、たまねぎの芯のように真ん中にあります。
で、ちょっと思い込みで語ってるんじゃないかとさらに思ったんだが。
active siteがどこにあるのか、というのはタンパク質研究における極めて
大きな問題で、未だに決定的な解決策はない。この問題に関しては、むしろ
ONIOMは使えない。
K先生と特に何もないのなら、FMOが金取ってることへの嫉妬？ あるいは派閥？
下世話なようで悪いが、ONIOMを支持してFMOを貶す理由が他には考えにくい。
くどいようだけど、そんなに興奮するほどの差はないよ？
ところでFMOは確か6-31Gまで対応したんじゃなかった？
708:あるケミストさん
04/04/08 00:07
どう返事すれば正しい表現になるかわかりませんが、７０７の方の勘違いです。
１．当方は生物関係卒で、量子化学で理学博士習得しました。
学部のころに、生化学でactive siteのことは習いました。
さらに、その後も本や学会でactive siteのことはわかってますが。
２．私の学力程度（単著英文論文３０ほど）では、FMOのよさが理解できません。
もし、またいいと思うときがきたらタンパク質研究に使うこともあるかもしれません。
（たぶんありませんが。もちろんそのときはプログラムはK先生にdependするつもりありません。
誤解されるといけないので、念のため書いときます。）
３．＞FMOは確か6-31Gまで対応したんじゃなかった？
知らないです。
709:あるケミストさん
04/04/08 00:16
この板あまり得るものないですね。
大先生がこんなの見てるわけないですね。
大部分学生さんたちみたいですね。
修士課程の人が多いのでは。
良くても、休学や留年するような博士課程の学生さんみたいな感じします。
もっと学力ある人たちとチャットなどしたいのですが、誰かHP知りませんか。
そろそろこの板から引退します。
論文の改訂するほうが、有益なんで。
710:あるケミストさん
04/04/08 00:46
>１．当方は生物関係卒で、量子化学で理学博士習得しました。
工学博士の間違いじゃない？
711:あるケミストさん
04/04/08 00:50
理博
712:あるケミストさん
04/04/08 01:04
ONIOM の様に layer にするのは一見理にかなって見えるけれども、
酵素の active site 周辺のアミノ酸残基は一次構造上かけ離れた部分が
集まっている場合が多いので、その場合 ONIOM だと高精度で扱う部分が
一次構造上にまだらに分布することになってしまう。だからタンパク質の
集団的構造変化を扱うのは苦手だろうね。
713:あるケミストさん
04/04/08 01:10
>701さんの言いたい意味よくわかりません。
>だけど、全然見込みなしと判断するのが当然と思います。
まあ絶対値比較してもあまり意味無いよね..
学部生でしょ。
あまりにも議論が単純すぎるような気がします..
714:712
04/04/08 01:33
いや、結構歳いってる人でもああいう酔っぱらいみたいな非論理的なこと
のたまう人いるよ、この分野。日本国内を牛耳っている学閥の出身だったり
すると変な人でもポストにありついているから始末が悪い。まあマイナーな
分野だから人がいないよりはいいんだけどね。
715:あるケミストさん
04/04/08 05:31
誰だか分かっちゃったな。旧知のよしみで黙っといてあげるけど。
まあデムパ全開でどんどん逝って下さいよ。好きなんでしょこういうの？
716:あるケミストさん
04/04/08 05:51
しっかし、
>１０００ざんきだと、１０００kcal/molの誤差あり。
ていうのもアフぉだねー。足し算しか頭に浮かばないんだろうか？
それを言い出したら classical force-field だって一自由度当たり 1 kcal/mol
程度の誤差はあるだろうからこの人によれば現行のシミュレーションも全部ダメ
ってことになってしまう。ONIOM の第２第３ layer だって同じ事。
717:あるケミストさん
04/04/08 07:54
非科学的でﾃﾞﾑﾊﾟゆんゆんだなあ、と思ってたが、ここまで正体がばれそうになると
ちょっと気の毒な気もするな。
ひょっとするとDFTがあんまり好きじゃない人？
718:あるケミストさん
04/04/08 08:14
DFTがあんまり好きじゃない人なんてごろごろいると思うが。
折れもそう。使ってるけど。
719:683,685,701
04/04/08 13:51
FMOとOniomの比較は、695さんの説明が分かりやすいと思う。
アクティブサイトがローカライズしている場合で、他の部分の効果が限定的な場合、Oniomが有効。
一方で、アクティブサイトが大きい場合や、他の部分の効果が非常に大きな場合、
Oniom法ではMiddle layerを高精度にしたり、FMO法で取り扱ったりする。
そしてアクティブサイトが不明であったり、系全体で現象に関わるような場合にはFMO法が有効。
＃喧嘩になるような議論じゃないと思うが。
FMOの欠点として、ぶった切ることを挙げているのは、正しいと思う。
“電子状態はぶった切ってはダメなんだ”という立場であれば、ProteinDFやQ-Chemを使えばいい。
683ではそう主張したかったのですが。
＃ただ、大規模系を取り扱うために、ProteinDFもQ-Chemも“ちゃんと”近似していることをお忘れなく。
＃単純に“ぶった切っていないから”良いわけではなく、大規模系を近似するときに
＃どのような近似をしているかが重要。
為念、FMOは原理的にはQCISD(T)でもなんでもＯＫ。
実装としては、HF以外にはDFTとMP2しか聞いていないけど。
720:あるケミストさん
04/04/08 15:24
タンパク質の話してるところで話の腰折ってすまないんだけど、質問をば。
MolcasをOpteron-64bitで動かそうと目論んでるんですが、実際動かしてる人いますか？
↓を見る限り動かせたようなんですけど、BBSじゃ64bitじゃ弾かれると書いてるし…。
URLﾘﾝｸ(www.teokem.lu.se)
どなたか参考にMolcasの動作状況を教えてください。
721:あるケミストさん
04/04/08 16:49
巨大系では、数値誤差も問題だよ。
全エネルギーが非常に大きい上に丸め誤差も大きいから、
見たい量のオーダーが小さかったら数値誤差が大きすぎて何も議論できなくなる。
まぁ、巨大系でなくても起こりうるけど、巨大系の方が起こる領域が広い。
ECP は相対論効果だけじゃなく行列の次元を減らす効果もあるけど、
全エネルギーのオーダーを減らす効果もあったりする。
こういう工夫を織り込んでいかないと、
エネルギー差を求めても意味がない、ってことになりかねないよ。
722:あるケミストさん
04/04/08 17:34
>>720
URLﾘﾝｸ(www.teokem.lu.se)
調べてから質問せいよ。ていうか開発者がBBS持っているんだからそこで
質問すればいいだろヴォケ。
723:720
04/04/08 18:27
>722
いや、あそこ閑散としてるし…。
5.2で出来たって結果もあるし試した人はいないかなぁと。
癪に障ったようなら謝るよ、スマソ。
724:あるケミストさん
04/04/08 19:57
>>723
最近ちょっと荒んでるからね。
普段はむしろ異様に親切なスレなんだが。
725:あるケミストさん
04/04/08 20:24
CCLていうネーミングリスト知ってますか？
計算機化学の質問と返答の場です。
それを見てると、世界の研究の流れがわかります。
ONIOM:だんとつの１番。
Q-Chem:少しありました。
ProteinDF:質問等０。
FMO:質問等０。
また学生さんたちにお叱り受けそうですが、
なにかの参考にして下さい。
726:あるケミストさん
04/04/08 20:54
でもあそこで質問して来るのはベタの初心者だし、返答してるのもあまり
名の知れ無い少なくとも「大先生」じゃない人達だよね。議論らしい議論
も滅多にないし、世界の研究の流れがわかるというほどのものではない罠。
初心者と素人には役立つだろうけど。
727:あるケミストさん
04/04/08 20:56
>ネーミングリスト
フォートランですな。やっぱばればれ。
728:あるケミストさん
04/04/08 21:04
あと、科学的な真価はともあれ、ONIOM に限らず政治力の強いグループが
開発提唱した方法をそのまま使えば、例えば JACS のように保守的で政治的な
雑誌に通りやすいという側面もあるだろうね。
729:あるケミストさん
04/04/08 21:16
雲助みたいだね。
730:あるケミストさん
04/04/08 21:19
2ちゃんは、雲助にしか役立たんよ。
731:あるケミストさん
04/04/08 21:21
いまどき、雲助のPPPを拡張するな。
悪臭はなってるぞ。
運子研究は便器にあぼーんだ。
732:あるケミストさん
04/04/08 21:26
ある開発者が将棋好きてしらんだろう。
雲助たち、将棋でも勉強して、とりいりな。
政治力、ふざけたことばかりいうな。
この運子やろうが。
733:あるケミストさん
04/04/08 21:30
K氏の得意戦法も俺知ってるよ。
アヒル戦法、いび穴、藤井システム、DFT乱用御用戦法、電話でない先方。
はようT大からいなくなってくれ。
気分悪い。
734:雲助たちありがとう
04/04/08 21:36
いろいろ勉強なったよ。
雲助の特徴が。
渡る世間は雲助だらけ。
雲助に学会等でであったら、躊躇なく切り捨てる事にするよ。
そのときは、悪く思わんでね。
さいなら。
ばかたち屁
735:言葉の乱用
04/04/08 21:57
悪い奴のいうことは、いつも似てるよ。
結局、真実でなくても、言葉（の暴力）で相手をへこましたいだけなんだね。
今、「初心者」云々て書いてた奴もいたが、それもお決まりのテクニックなんだね。
昔、今にGamessのこと質問したら、そういう返事手紙でいただいたよ。
「初心者」はGaussian使うように。
雲助たちよ、そういうテクニックだけは超一流だね。
君たちこそ、政治力で出世めざせるよ。
先験的法則 I
「２ちゃんみるより大研究者たちの論文読むほうがいいのに決まってる」
GaoのQM/MMでの酵素反応の研究も少しきになるよ。
736:あるケミストさん
04/04/08 22:08
ぼけなすびたち、なにも反論できまい。
先験的法則 II
「雲助にまじわれば、雲助になる」：２ちゃんを見ない事にするよ。
「大研究者にまじわれば、センスが良くなる」：論文、本、学会、留学などで大研究者と対話するよ。
それと、分子工学の某「こっぱ天狗」は鼻についてしかたない。悪臭もの。
737:あるケミストさん
04/04/08 22:22
華麗にスルー
738:あるケミストさん
04/04/08 22:35
す、すごいﾃﾞﾑﾊﾟっぷりだ。
まさか量子化学スレでこれほどのﾃﾞﾑﾊﾟを見られるとは・・・
「私怨じゃない」とか書いておきながらほとんど私怨。736の最後は
思わず吹きだしたよ。全然脈絡ねえじゃねえか！
まあ、これだけ書いてて素性がばれないほうがおかしいよな。
739:だーれだ
04/04/08 22:44
当ててみな。
当てたら熊本の「くまりん」が、あれさせてくれるよ。
740:あるケミストさん
04/04/08 22:47
「電話でない先方」にﾜﾗﾀよ。
そうですか、先方は電話に出ませんでしたか。
741:いたいこと学ぶ
04/04/08 22:55
神戸の学会で、熊本の女にいたい目にあって、学ぶことあり。
本に書いてある禁じ手のオンパレード。
それから、学会で下手にでるのやめたよ。
でも、君たちのような雲助相手しなければよかっただけとわかった。
今年の学会からは「雲助には対局拒否戦法など」を使うよ。
さもないと弓をひくことになるので。
742:あるケミストさん
04/04/08 23:04
誰か、学会でであった嫌なやり方かいてくれないか？
それと、嫌な女シリーズとかも役たつ。
743:あるケミストさん
04/04/08 23:14
メアドの「うそばっかりつくな」が、なんだか半泣きの涙目で
腕をぐるぐる回しながらわめいている姿を思い起こさせるよ。
「うそばっかりつくな、うそばっかりつくなーー！」
744:あるケミストさん
04/04/08 23:17
はずれ。
ばーか
745:あるケミストさん
04/04/08 23:24
おすぎとぴーこが、後ろで大声でしゃべってるのはまいったよ。
おすぎの女弟子のやり方もすごかったな。
さんざん股下挙句、無視して知り合いにだけ発表してたよ。
すごーい。
質問しても無視してマスかいてたよ。
まだ、マスなのかもね。
学会発表で敵作ってもいいということは、ドクターまで行く気なしだな。
746:面白い話：FMOの縫合不全
04/04/08 23:31
財全五郎の手術は、手術時間の早さを自慢にしてた。
しかし、しっかり縫合しなかったために、しばしば縫合不全があり。
747:節人節
04/04/08 23:38
希ガスくらいからだめ。
おれも言いたい放題いわしてもらったよ。
まだまだいっぱいろくでもない話あるけど、それはまた本にでもするよ。
748:雲助よ反論せよ
04/04/09 00:05
こういう悪ふざけてやりだすと癖になるみたいだね。
やっぱり、２ちゃんは有害無益。
杉たるはいたいを学ぶ。
749:あるケミストさん
04/04/09 00:18
会話についていけないんだけど雲助って何？
くもすけ？うんすけ？
750:あるケミストさん
04/04/09 00:31
既に会話ではない。
751:雲助よ反論せよ
04/04/09 00:49
>>749
それくらい辞書かgooで調べろ！
（まねするとこういうかきかただね）
752:あるケミストさん
04/04/09 00:56
きちすけ？
753:雲助の意味
04/04/09 01:04
いろんな意味を含んでいる。
悪ふざけの好きな君たちなら、わかるだろ。
だいたい、おれはデバイか出っ歯かわからんぞ。
そんなへんな言葉をどこから仕入れてくるのか？
最近の若い人は、本当に恐ろしい。
そういう意味でも、若い人の発表は敬遠したほうがいいとますます思ってます。
754:あるケミストさん
04/04/09 01:17
佐藤康光て元将棋の名人。
京都生まれの、ものすごく生真面目な人です。
どこかの佐藤さんとまったく反対ですね。
あいさつすらできん「こっぱ天狗」は、いずれもとくまとけんかだな。
755:あるケミストさん
04/04/09 02:00
なんだ。もう終わりか？
756:あるケミストさん
04/04/09 04:14
>>734～>>754
貴方の連続的な書き込みは悪質な荒らし行為です。いくら2chとはいえ
ここは公共の場ですので今後の荒らしを防止する為にIPを晒すなどの
処分がくだされるかもしれません。貴方が学生ならば問題ありませんが、
もし地位や名誉のある方でお酒の勢いなどでこういった行為をしてしまっ
たのでしたら、後日きちんと謝罪をした方がいいと思われます。
757:あるケミストさん
04/04/09 08:10
デバイって、debyeか?
debyeを知らないで威張ってる化学者のほうが恐ろしいよ。
758:あるケミストさん
04/04/09 08:48
もとくまって何だろうな。
759:あるケミストさん
04/04/09 11:09
URLﾘﾝｸ(www.chemistryquestion.jp)
で■尿素の変性作用■のところに
「尿素の分子平面の上下はπ電子で覆われており疎水性があります。」
とありますが、これはπ電子に疎水性があるということでしょうか？
また、そうなら何故そのような特性があるのでしょうか？
授業の量子化学が全然わかりませんせした。教えて頂けますでしょうか？
760:あるケミストさん
04/04/09 17:11
>>757
デバイか出っ歯＝ﾃﾞﾑﾊﾟ
>>758
もとくまけん＝熊本県
この方は学会で熊本の学生に嫌な思いをしたらしい。しかしここまで書くと
IP晒されなくても素性がバレそうだな。大丈夫なのか？
761:あるケミストさん
04/04/09 19:09
まあどうせこんな場所だし生暖かく見守ってあげよう。しかし折れの交配が
彼と関係悪化させているとは知らんかったよ。あまり突っ張らんで苦浪人の
気持ちも解せるようにならんとな。
762:あるケミストさん
04/04/09 19:20
>「尿素の分子平面の上下はπ電子で覆われており疎水性があります。」
典型的な悪文だね。確かにベンゼン環のようなπ電子系分子の多くは疎水性を持つが
π電子が疎水性の原因ではない。
763:あるケミストさん
04/04/09 21:17
芳香族は臭い。
さらに、パイ電子を持ってる。
だから、芳香族の臭いの原因をPPPで研究するのは面白い。
君たち向きの研究テーマ。
764:あるケミストさん
04/04/09 21:23
>>763
3-Methyl-indoleの匂いの研究の方がいいのでは？
765:あるケミストさん
04/04/09 21:49
>芳香族の臭いの原因をPPPで研究
さっくしいーで出入り創刊を考慮しないとダメなのでは？
766:あるケミストさん
04/04/09 22:10
すまねー。
ちょっとからかっただけだよ。
３０年位前、はじめて研究するとき自分で思いついたこと。
そのころのパソコン(しかもBasic)でできることていえば、その程度でもきびしかった。
結局、そのままになってしまったけど。
ｗて悪ふざけの略なの？
767:あるケミストさん
04/04/09 22:22
やはり釣れましたな。よう知らんのですが、笑→藁→w のようです。
768:ｗ
04/04/09 22:29
元熊の見湯て、ひでーツッパリ。いたーい。
ひでりで弱いものいじめしたのでは。
九州でも特別なんだよ。
評判悪いので。
とくに、おなごは。
769:熊本県人ですか
04/04/09 22:51
九州で「熊本のかたですか」、て言われたら要注意。
変な人間にはそう言うことになってるから。
ようわからんのだけど、ひでりで水不足になるから変人が多いらしい。
それ以外にもなんかいろいろ原因聞いたけど、思い出せない。
もちろん他のひでりｗ
770:あるケミストさん
04/04/09 23:04
もういい加減スレ違いやめれ。
771:あるケミストさん
04/04/09 23:10
そうだな。少なくとも sage 進行でやって欲しい。知人だけに恥ずかしい。
772:あるケミストさん
04/04/09 23:37
本人じゃねーか。
ある意味ではいい事ですよ。
ひどい事してただで済むとおもてるから、ひどい仕打ちを平然とする人がいるのだよ。
かきこされるとわかれば、ちょっとはましになるのでは。
俺はどちらかいうと私は他人に寛容なほうだと思ってるけど、
こいつらだけは許せんという連中がいるよ。
いずれ、小説でもかくよ。
773:あるケミストさん
04/04/09 23:41
英会話教室なんて、暴露のHPもあるよ。
あれで英会話教室や外人などが変なことするのを抑止してるみたいです。
おれもだまされたくちなんで。
774:あるケミストさん
04/04/09 23:41
もう誰も止められそうにないぞ。
せめてメール欄に sage と書いてね。
775:あるケミストさん
04/04/09 23:44
わかったよ。
もう止めとくよ。
776:あるケミストさん
04/04/10 00:27
で、だれなの？
それとcclでONIOMで困ってる人が出てきたのはGaussianで使ってみてうまくいかないからだよね。
777:あるケミストさん
04/04/10 00:32
>>762
そうなのですか・・・
ありがとうございます。
では、尿素が疎水性作用をもつのはどういう理由からなのでしょうか？
778:疎水性ないよ
04/04/10 00:37
MCやMDしても、疎水性なんかありそうもないけど。
QCLDB IIなどでMCやMDの文献調べたらはっきりするけど、調べるまでもないよ。
直感ばかり使うので、またおこられそうですが。
779:あるケミストさん
04/04/10 00:37
>>759
>>762を除いてあまりにもスルーされているので解答すると、
CH-π相互作用やπ-π相互作用のことを「疎水性相互作用」と
呼ぶことがある（疎水性分子に多く見られる相互作用なので）。
そのせいで、あたかもCH-πやπ-πが疎水性の起源であるかのように
書いていることがある。>>759はその例か。
ひどいときにはいわゆるvan der Waals相互作用を「疎水性相互作用」
と呼んでいることもある。
本来「疎水性」と呼ぶべき現象は、ほぼエントロピー的な効果（いわゆる
「疎水性水和」によるエントロピーロスとか）によるもので、量子化学的に
扱うのは難しい。
780:あるケミストさん
04/04/10 00:38
あらら、かぶった。
>>779が回答になっていれば幸いだが。
781:あるケミストさん
04/04/10 02:09
>>777
「π電子で覆われており」が間違ってるんじゃなくて、「疎水性が
あります」が間違ってるんだよ。π電子が疎水性残基のCHやπ
と相互作用するだけのことで、尿素自身が疎水性の強い分子だという
わけではない。今回ばかりは>>778は間違っていない。
>>759の引用先の著者は、疎水性残基と相互作用することを疎水性と
勘違いしているんだよ。
782:あるケミストさん
04/04/10 02:52
だけど >>778 は MD や MC を根拠にしているところがちとイタイな。
ついでだが >>772-773 は詭弁。立場的な弱者→強者の場合ならともかく、
この場合には態度の悪い相手を直接諭せば済むこと。敢えて言うならば
むしろこの人を晒すことがあの様な書込みを抑止することになる。
783:あるケミストさん
04/04/10 02:54
だから、スレ違いにいちいち反応すな。
784:あるケミストさん
04/04/10 03:11
いや、釘刺しといた方が良いだろう。ところで、
>エントロピー的な効果
って上にあるけど、この言い方どうもしっくり来ない。
エントロピー的には損するのだから。
785:あるケミストさん
04/04/10 03:21
>>784
そうだな、「エントロピーの寄与」のほうが良かったかな。ご指摘のとおり、
「利得を増やす」というよりは「損失を減らす」方向だしな。
しかしスレ違いはほっとこうよ。何人もが何度も釘刺して、それが全部ムダになってんだから。
786:あるケミストさん
04/04/10 03:31
>>748
荒らしは放置が基本。放置できない奴も荒らし。
荒らしは反応されるのを楽しんでるんだから、放置が一番。
どんなに荒らされても放置を徹底。
じき拗ねていなくなるから、
それまでは 2ch ブラウザ使って
ローカルｱﾎﾞｰﾝで無視してればいい。
その痕跡があまりにも酷いなら、いなくなった後削除依頼。
787:あるケミストさん
04/04/10 03:42
ということは >>786 も荒らしの一種ということだな？
ところで疎水相互作用は疎水基ー水のコンタクトを減らして水ー水の利得を
損なわないということで、エントロピーは寄与しないと思うのだが。
788:あるケミストさん
04/04/10 11:28
まあここにたむろしてる学部生や量子化学の院生PD（時には教員さえも）が熱力学に
弱いのは仕方ないな。一番遊び惚けている時期にカリキュラムされてる。かくいう折れ
も授業しながら勉強し直したクチだから他人のこと胃炎が（w
789:あるケミストさん
04/04/10 15:53
じゃあ皆でシュレディンガー音頭でも踊るか･･･(違
790:あるケミストさん
04/04/10 16:18
URLﾘﾝｸ(schrodinger.haun.org)
791:あるケミストさん
04/04/10 17:49
>>787
いや、エントロピー的なことを考えないとすると、疎水性水和によって
エネルギー的には利得を得る。しかし疎水性水和を行うためには水が
秩序立った行動を取らないとならないので、エントロピー的に損をする。
ということだったと思うのだが。イスラエルアチヴィリの「分子間力と
表面力」にあったような気がするが、ちょっと今はわからない。
792:あるケミストさん
04/04/10 23:58
ﾀﾝﾊﾟｸでも疎水性ざんきのコアが露出すると、
水の氷状構造ができ、ｴﾝﾄﾛﾋﾟｰ減少すると言われている。
793:あるケミストさん
04/04/11 00:28
>>792 面白いね。ソースはあるの？
794:あるケミストさん
04/04/11 16:07
>> 791
787さんもちゃんと理解してる。言葉の問題の指摘。
“エントロピーが寄与しない”＝“エントロピー的に損する”＝“エンタルピー主導”
“エントロピーが寄与する”＝“エントロピー的な効果”＝“エントロピー主導”
あと蛇足だが、こんな表現はいかが？
エンタルピーとしては、水－水の方が疎水基－水より利得が大きい。
なので温度を下げるとエンタルピー主導で水－水を増やし、水－疎水基を減らす。
温度を上げると、エントロピーの効果で乱雑さが増え、水－疎水基が増える。
795:719
04/04/11 18:04
＃あまりに流れが早くて、ついていけないのですが…。亀で申し訳ない。
721さんの指摘は私も同意。 ＃こういう問題がシビアなんですよね。
計算できても倍精度の誤差がChemical accuracyを超えるのは簡単に想像できる。
それに対して、“ぶった切る”ことは一度に扱う系を小さくするので、一つの回答。
計算精度を４倍精度にするのも（もっとも素直な）回答の一つ。
また、“ぶった切る”ことにより、行列の次元を減らすとSCFの収束性の問題も解決。
＃大規模系ではSCFの収束性（これも精度落ち関連だが）も結構問題だと思うんだけど。
728さんの指摘ももっとも。
Gaussianに入ることが、化学で認められたという意味になりつつあるからねぇ。
FMOなんかもGamessに入るらしいけど、GaussianがLindaと組んでいるうちは、
Gaussianには入らんだろう。
796:あるケミストさん
04/04/11 18:55
ポインタは >>721 >>728 のようにして頂けるとありがたい。
ところで Linda とは？ あとGamessにはEffective Fragment Potential
が既に入っているのだが、KさんのFMOもオプションとして入るということ？
797:719
04/04/11 19:37
ポインタの件、ご指摘ありがとうございます。
LindaとはGaussianが使う並列実行ライブラリーです。大規模並列化には向かない。
＃他にもthread parallelも可能なようだが。
GamessのEFPは、私は溶媒分子を取り扱っている論文しか見たことがないので、
FMOとは共存可能と認識してました。
KさんのFMOは既にGamessバージョンがあって、Naregiで活躍するとかの噂です。
Mikeの本家Gamessには、production runが終わってから合併と言っていたような。
798:あるケミストさん
04/04/11 20:29
EFPとFMOは、全然別物では？
799:719
04/04/11 20:33
>>798
はい。なのでGamessにFMOとEFPが共存しても問題ないと思ってます。
800:あるケミストさん
04/04/11 21:20
>>794
逆、じゃないかな。
エンタルピー的には水-疎水基が水-水より劣るということはない
（水素結合の本数では水-疎水基のほうが多くなるらしい）。
しかしエントロピー的に劣るので、温度を上げると水-水のほうが増える。
そんなに自信があるわけではないので、間違ってたらごめんだけど。
801:あるケミストさん
04/04/11 21:39
このテーマはいつまでも考える価値ないよ。
いまわからなくても、自然とわかるから。
802:あるケミストさん
04/04/11 22:24
マシンパワーが上がるだけで随分違うってのはあるね。
803:あるケミストさん
04/04/11 22:41
ﾀﾝﾊﾟｸ疎水ざんきが露出したらどうなるかについては
ｱｲｾﾞﾝﾊﾞｰｸﾞらの「生命科学のための物理化学」で少し触れてあったが、
永山國昭先生編の水と生命（だったか）by共立出版にも
最近の理解が述べられていることだろう。
804:あるケミストさん
04/04/11 22:46
759,777です。
遅れましたがみなさん、
質問に答えて頂きありがとうございました。
勉強なりました。
805:あるケミストさん
04/04/11 23:06
>>798
そうなんだ。似た様なもんだと思っていたよ。あとGAMESSのEFPを蛋白質に
応用した論文があったはず。ただし現行の配布バージョンでは水以外使えない
のではないかな。
806:あるケミストさん
04/04/12 15:16
京大出て、教授している人が間違っているとか言われると
お馬鹿な学生は何を信じればよいのでしょうか・・・
807:あるケミストさん
04/04/12 16:42
自分の判断を信じるしかない。
808:あるケミストさん
04/04/12 19:36
ありふれ過ぎていて悩みにもならんな。
そもそも学問とは信じるものではないしな。
809:あるケミストさん
04/04/12 21:16
審査員の意見がいい例です。
最近、３回続けて意見が割れてます(そのままacceptとreject)。
しかたないことですが、だれか原因教えて下さい。
810:あるケミストさん
04/04/12 21:32
レフェリーがライバルだった場合は
難癖つけてリジェクトなんてこともあるらしい。
811:あるケミストさん
04/04/13 00:02
「こともある」どころかそんなのばっかしだろう。
ジェラシーに満ちたレフェリーレポートが来る様になったら一人前だな。
812:あるケミストさん
04/04/13 06:36
まともにレフェリーできるのはライバルだけだが、
ライバルがまともにレフェリーしてやるかどうかは分からない。
何か、構造的欠陥を感じるね。
813:あるケミストさん
04/04/13 09:37
折れがレフェリー依頼されるのはライバルでも何でもない香具師が多い。
純粋にその雑誌のレベルが落ちると嫌だからリジェクトするということが多いよ。
814:あるケミストさん
04/04/14 18:55
全然知らないフランス人に「JPCのレフェリーになってくれ」とメールで頼まれたけど、
そういう方法て普通なんですか？
レフェリーは匿名なはずなのに。
815:あるケミストさん
04/04/14 21:30
ACS の雑誌ではレフェリー候補を数名挙げることが奨励されている。
それらに依頼するとは限らないが似た分野の人を選びやすくなる。
折れも雑誌ではなく研究費の審査員になってくれとフランス人からメール
が来たことがある。結局来なかったけど。まさか同じ香具師じゃなかろうなw
816:あるケミストさん
04/04/14 21:31
>>814
日本プロレス倶楽部からじゃねーのか？
817:あるケミストさん
04/04/14 21:41
そういうオチだったのか。釣られてしまった。＿|￣|○
818:あるケミストさん
04/04/14 22:15
んなわきゃーない
819:814
04/04/14 23:52
>>816
本当の話です。
その後で、ACSから審査依頼がきました。
結局、かなり甘く審査してしまった。（JPC-Aに出版済み）
だいぶたってから、フランスの女にしてやられたとわかりました。
その後も何度もフランス人に狡猾なことされたので、
フランス人には用心することにしてます。
820:あるケミストさん
04/04/15 09:41
Gaussianで最適化計算をしているのですが、
次のステップでのSCF Doneのエネルギー値が前ステップでのものよりも
高くなっていました。
このまま計算を続けてもいいでしょうか？それとも、何かキーワードを
入力して、やり直すべきなのでしょうか？
821:あるケミストさん
04/04/15 21:52
>>820
opt=calcallで逝け。
822:あるケミストさん
04/04/16 06:21
少しくらい振動してもいいんじゃないの？
823:あるケミストさん
04/04/16 06:22
まさか MP2 で最適化しているのに HF エネルギーを見ていたとかいうオチじゃ
なかろうな。
824:あるケミストさん
04/04/16 14:15
>>820
>>823の言っているような場合を除き、状況次第です。
順調にエネルギーが下がっていたのに、いきなりあがった場合は>>821の言うとおりしばらく待ちましょう。
これはHessianの精度が悪いためで、そのうち元に戻ります。
一方、同じようなエネルギーで十数回も振動しているような場合、>>822の言うとおりopt=calcallやopt=calcfcでやる方が一般的に能率的です。
825:あるケミストさん
04/04/17 01:09
近頃はなんでも、
#p mp2/6-311++G** nosymm opt=calcall scf=qc
で最適化計算をはじめているよ。一週間もすれば解がでてくる。ホント、CPUの発達はすごいもんだ。
826:820
04/04/17 09:49
>>823
SCF Doneの所にあるエネルギー値を見たのですが…
>>824
十数回も振動しているのではないので、もう少し様子をみることにします
827:あるケミストさん
04/04/17 15:55
>>826
手法が分かんないとそれでいいのか分かんないよ。 ＞ Done
828:826
04/04/17 17:37
>>827
計算は LSDA/STO-3G で行いました。
もしかして、B3LYP,HF,MP2など、計算方法によって
見るべきエネルギーの場所は違うのですか？私はどんな計算の時でも
SCF Done=… の所を見ればよいと思っていたのですが
829:あるケミストさん
04/04/17 18:09
DFT なら問題ないけど、MP や CI は見るとこ別。
"SCF" Done って書いてあることの意味を考えてみれ。
URLﾘﾝｸ(webs.wofford.edu)
830:あるケミストさん
04/04/17 19:27
>>828
あとは計算している分子のサイズ。４００原子＆２０００ＡＯだと、
状況はかなり違う。一方、１０原子＆５０ＡＯなら、calcall。
831:あるケミストさん
04/04/18 01:58
バクかも
832:あるケミストさん
04/04/18 02:09
何でもバグのせいにするなー。
バグのときもあるけどな。
833:あるケミストさん
04/04/18 03:25
そうだね。
前に、Gaussianで変な結果でたから、ちょっとそう思いました。
B3LYP/aug-cc-pVXZ//B3LYP/aug-cc-pVDZ （X=D,T,Q,5,6)の計算をしたとき、
X=６のエネルギーが、X=５よりも悪かったです。
よくわかりませんが、他のプログラム（GAMESSなど)は使えないの？
834:あるケミストさん
04/04/18 08:35
何 だ。 Ｄ Ｆ Ｔ じ ゃ な い か ！
835:あるケミストさん
04/04/18 08:52
複数の条件を試してみて、
エネルギーが下がった方がより正しいってのは、
DFT では通用しない。
Full CI よりエネルギー低いこともあるし。
836:あるケミストさん
04/04/18 17:00
>>833
cc-pV5Zの張る空間は、cc-pV6Zの張る空間の部分空間なわけではないので、
プログラムが正しくてもあり得ることだね。非常に稀だけど。
計算経験は豊富じゃないけど、同じようなことがこれまでＲＨＦで２回、
ＤＦＴで１回あったよ。
837:あるケミストさん
04/04/18 18:11
>>836
そうなんですか。
基底関数が大きいほどエネルギーが下がると思ってました。
838:あるケミストさん
04/04/18 19:15
ガウシアン98を使って電子密度をcubeファイルに出力したのですが、
電子密度の単位は何でしょうか？
長さの原子単位がボーアということは、1/(1Bohr)^3 でしょうか？
数値的には、各原子の中心付近では10の0乗のオーダーの数値で、
最近接2原子の中間領域では10の-2乗のオーダーの数値が出ています。
それから、cubeキーワードのオプションの中でどれが電子密度を得るのに
適したものかよくわからなかったので、とりあえずcube=densityと書いて
みました。
使い方はこれでいいのでしょうか？
839:あるケミストさん
04/04/18 20:19
＞電子密度の単位は何でしょうか？
＞長さの原子単位がボーアということは、1/(1Bohr)^3 でしょうか？
原子単位ってのは本当のところ無次元なんだけど、
普通の単位に変換するときに 1/a0^3 をかければいいってのは正しい。
（a0 は Bohr 半径）
840:あるケミストさん
04/04/19 14:17
日本コンピュータ化学会と理論化学討論会はどうちがうのでしょうか？
841:あるケミストさん
04/04/19 19:01
行くなら、もちろん。。。
842:あるケミストさん
04/04/19 20:22
Sanibel?
843:あるケミストさん
04/04/19 20:48
わかったｗ
844:あるケミストさん
04/04/20 12:01
>>841
発表申込締切は、日本コンピュータ化学会が2月13日、
理論化学討論会が4月3日でどちらも締め切ってるよ。
＃参加なら当日登録でＯＫだが。
845:あるケミストさん
04/04/20 13:47
料金は？
846:あるケミストさん
04/04/20 14:15
そんくらい調べりゃわかる。
URLﾘﾝｸ(nabit02.sh2.adsm.hiroshima-u.ac.jp)
URLﾘﾝｸ(www.sccj.net)
847:あるケミストさん
04/04/20 15:10
１万円（１万２千円）はちょっと高すぎる。
創設されたころ行ったら、受付の人がただで要旨集くれた。
もちろん、「見学してもいいですよ」て言われた。
やっぱり、O先生のされる事は、他の人たちと違うと思った。
学生のころ、MOPAC（QCPE）を無料でコピーして送って下さった。
論文のAcknowledgementに先生の名が良く載ってました。
「今どうされてるのかな」と少し思いました。
いまどき、他人に奉仕する人なんてほとんどいない。
それどころか、他人をうまく（大儀名文などで）食い物にしてる連中がほとんどです。
金儲けに走ってる学会などのあさましさ。
元の奉仕の気持ちでされてた頃がなつかしい。
848:あるケミストさん
04/04/20 15:27
会場代や印刷代はどうするんだよ。
849:あるケミストさん
04/04/20 15:41
前は１０００円でした。
850:あるケミストさん
04/04/20 15:57
前、某学会にプログラムを無料で提供しました。
そしたら、それを５０００円で希望者に売ってました。
「管理費が必要のため」という大儀名文が会報に書いてありました。
しかし、おかしすぎる。
５０００円X（売れた本数）－（雑費）＝ 会の収入
その収入どこに消えたのか？
おまけにもっと驚いたのは、購入者の評価というのを送ってきた事です。
名前は忘れましたが、千葉大の方からの点数表を見て唖然として言葉を失いました。
５点満点で、２や３ばかりでした。
私は、プログラムに点数付けてもらうために無料奉仕したのではない！！！
それから、その学会見捨てていくようになりました。
あまり寝ぼけた運営したから、JCPEに吸収されたけど。
合併してから、腐ったみたいです。
851:あるケミストさん
04/04/20 16:05
世間に見捨てられた学会は、消えるしかないのかもしれない。
あるいは、内輪だけで細々と恥さらして存在していくのだろう。
なんでこんな学会になってしまったのか。
嘆かわしいが、見捨てるしかない。
852:あるケミストさん
04/04/20 16:49
>>850
>私は、プログラムに点数付けてもらうために無料奉仕したのではない！！！
だったら点数なんて無視しておけばよいと思われる。点数を参考にプログラムを
改善したいと思う人のみが点数を見れば良い。何か不利益を被った訳じゃないでしょ？
まあでも無料提供されたソフトを５千円で売るとはひどいね。何本売れたんだか
知らないけど。
853:あるケミストさん
04/04/20 17:30
LANL2DZの指定で、例えば
O H 0
3-21G
****
Fe 0
LANL2DZ
**** の後に、1改行して
Fe 0
LANL2DZ
****
// とするように言われたのですが、
マニュアルとかにはそんな風な形式にはなっていません
最後に指定した原子と基底関数のセットは、もう一度
入力しないといけないのですか？
854:あるケミストさん
04/04/20 17:37
>>852
>だったら点数なんて無視しておけばよいと思われる。点数を参考にプログラムを
改善したいと思う人のみが点数を見れば良い。何か不利益を被った訳じゃないでしょ？
たしかに、大きな気持ちの人ならそうできるかもしれません。
しかし、根本的に相手の気持ちがわからなすぎる無神経なやり方に腹が立つのです。
１．提供前に点数付けるなんて聞いてない。
２．なにもプログラムを改善するために提供したのではない。
「プログラム年鑑にプログラムが集まらない」と会報に書いてあったから、
学生のとき作ったプログラムを提供しただけ。
３．５０００円で売るなんて後で会報読み直してわかった。
そういう話だったら、提供しませんでした。
それ以降プログラム年鑑用のアンケートが送られてきても無視しました。
それでもYさんたちは無断当用してました。
それと、点数付けて送った人の無神経さも不愉快です。
５０００円も出して購入したプログラムが役にたたなかったことはわかります。
しかし、私も同じような思いしましたが点数なんかつけなかったし、
「役に立たない」なんて書かずにおきました。
別に点数やコメントは付けたい人だけが、付ければいいことになってましたから。
だれでも思う事は、ほとんど同じではないでしょうか？
もう少し相手のことを考えてほしい。
855:あるケミストさん
04/04/20 17:48
何か食べさせてくださいというから料理をわざわざ作ってやった。
そして、食べてからまずいといわれた気分か？ｗ
856:あるケミストさん
04/04/20 17:58
>>853
参考にして下さい。１９－２２はpseudo=readのため必要。
3 #P MP2/GEN pseudo=read opt=calcfc freq density=current pop=npa
4
5 I-W
6
7 -1 1
8 I 0 0.646920 0.057789 0.311451
9 1 0 -1.544355 0.071991 -0.614793
10 8 0 -2.370886 -0.140032 -1.097448
11 1 0 -2.130768 -0.974344 -1.506423
12
13 I 0
14 CEP-121G
15 ****
16 O H 0
17 6-311++G(d,p)
18 ****
19
20 I 0
21 CEP-121G
22
857:853
04/04/20 19:15
>>856
ありがとうございます。参考にさせてもらいます
ところで、pseudo=read はどういう意味を持つのでしょうか？
858:あるケミストさん
04/04/20 19:37
>>857
Gaussian 98のマニュアルに次のように書いてあります。
Read pseudo-potential data from the input stream (この場合、１９-２１行目）
要するに、core electronのためのECP(この場合、CEP-121G）を入力（１９－２１行目）から読み取ることを指定してます。
またわからないことがあれば聞いてください。
859:あるケミストさん
04/04/20 19:38
なんで、原子核が正で電子が負なのにくっついてないんですか？
遠心力=引力 となる位置で軌道を廻る。と言われたけれどいまいち納得できません。
860:あるケミストさん
04/04/20 22:50
>>859
釣りはもういいよ。
861:あるケミストさん
04/04/21 01:30
>>859
すり鉢の縁をぐるぐる回るパチンコ玉の場合、摩擦があるから
パチンコ玉は必ずやがてすり鉢の底に落ちます。
それに対し、原子核の周りを回る電子には摩擦力に相当するものが
存在しないので、いつまでも回り続けられると思います。
いかがでしょうか。
862:あるケミストさん
04/04/21 01:34
初心者でもわかる量子論なんかでもよみな
863:あるケミストさん
04/04/21 01:36
いまさら、なぜ１＋１＝２なのかのような質問うざい。
864:あるケミストさん
04/04/21 05:52
>>859
不確定性があるから、くっついた状態でとどまれないんだよ。
遠心力＝引力の説明は間違ってるから気にするな。
865:あるケミストさん
04/04/21 08:10
>>864
間違ってはいないでしょう。
866:あるケミストさん
04/04/21 13:51
>>865
遠心力＝引力と波が打ち消されないという
単純なモデルから Bohr 半径出してるけど、
あれは量子数０を考慮せず
１から始めてるという変なことをやっている。
このモデルの本当の基底状態は量子数０の時であって、
その時の半径は０、つまりくっついちゃってるわけだ。
古典モデルで説明付いたら、量子論なんかいらんってこった。
867:857
04/04/21 15:48
>>858
理解する事ができました。ありがとうございました。
(m--m)
868:あるケミストさん
04/04/21 23:23
>>842
正直、Sanibelも(journalのIJQCも）落ち目のところをLowdinの死にとどめを
さされた感があるんだが。どうよ？
869:あるケミストさん
04/04/22 00:56
>861
その考え方はだめ。
古典的電磁気学で考えると電子が回転運動（加速度運動）すると電磁波を放出して
運動エネルギーを失うから摩擦があるのと同じことになってしまう。
870:あるケミストさん
04/04/22 08:01
そもそも「原子核と電子がくっつく」という考え方は、原子核や電子が
粒子だという暗黙の前提に基づいていると思うよ。
まずそこから考え直そう。
871:あるケミストさん
04/04/22 10:25
「古典」粒子な。
872:あるケミストさん
04/04/22 15:52
>>870
しかし、エネルギーの高いところから低いところに粒子が動こうとする
ことは、古典/量子問わずに成り立つことではないの？
873:あるケミストさん
04/04/22 16:02
>>872
波動関数を思い浮かべてたら「くっつく」という言葉は普通使わない、
ということじゃないの？
874:あるケミストさん
04/04/22 18:58
>>872
言葉が足りなかった。ｽﾏｿ。
>>872の指摘通りで、「くっつく」という言葉には「粒子がどこか一箇所に
確実に存在している」というニュアンスがあるし、>>859の表現もそれっぽいな、と思ったので。
875:あるケミストさん
04/04/23 03:25
非相対論的量子力学（場の理論でなく）の範囲で考えているからだろうな。
876:あるケミストさん
04/04/23 05:31
何に対するどういうレス？
877:あるケミストさん
04/04/23 23:07
>>846
あまりのおそまつな発表にあきれたよ。
これでよく、金取るね(５千円ー１万２千円）。
無料でも東京近辺以外の人は来ないよ。
大阪に無料の研究会館あるけど、見学者数人いればいいほだよ。
遠足の時だけ、混むけどね。
ただ、無料で静寂なところで特製の椅子でリラックスできるのは最高な気分。
878:あるケミストさん
04/04/23 23:11
>>876
珍妙なだけ。
くるくるぱーがわけわからんこというてるだけ。
879:867
04/04/24 09:33
>>858
中心金属にLANL2DZ，その他の原子（OやH）にいろいろな基底関数を
使って計算してみました。すると、OやHにSTO-3Gを用いると、中心金属の電荷が
負になっていました。（それ以外の場合はどれも正）
こういうことって、あるんですか？