03/11/24 01:07
乙。
まだ前スレが生きてるような気もするけど、まあここらで移っといたほうが無難か。
3:あるケミストさん
03/11/24 06:08
>>2
このスレ立てた時、この板にはこのスレを含め３つしかありませんでしたｗ
4:あるケミストさん
03/11/24 19:53
今GAMESSのプログラムを読んでいます。
分子の対称性を使うところで、理論というか
式の意味が完全には理解できません。
群論の入門書を読んだのですがそれでも
理解できません。分子軌道法に特化した
GAMESSのプログラムをカバーできる良い本が
ありましたら、どなたか教えてください。
5:あるケミストさん
03/11/25 10:27
たぶんGamessの役に立たんと思うが www.webmo.netは見ておいて良いかも。。
6:あるケミストさん
03/11/25 15:25
>>4
テストジョブの説明なかったけ？あれでも駄目？
7:あるケミストさん
03/11/25 15:26
>>4
C2v対称性の水分子の計算でもやって、基礎を学ぶところからやらんと駄目かな？
8:あるケミストさん
03/11/25 19:27
水の構造って何で直線じゃないんですか？
9:4
03/11/25 19:30
>>5-7
レスの数々ありがとうございます。
早速参考にさせていただきます。
群論は成田進、藤永茂著の群論入門を読んで理解しました。
射影演算子を使って、規約表現を作るという部分が
この本の要なのですが、GAMESSではこれがそのまま使われては
いないみたいです。
10:あるケミストさん
03/11/25 20:49
>>8
講談社の「入門分子軌道法」を読んでみよう！
多分、わかりやすく載っている。
つーか、わしも忘れた！
11:あるケミストさん
03/11/26 09:00
Gamessのmailing listに加入するのも良いかと。。（質問は具体的でないといけないが）
12:あるケミストさん
03/11/29 16:44
京大の足立先生のところは理論化学や量子化学に入るのでしょうか？
13:あるケミストさん
03/12/01 12:23
>>8
定性的に言うなら、
結合電子対２つと独立電子対２つが反発しあってそういう形になるから。
四面体を考えて、中心に酸素、頂点に電子対を置けば、
水分子が折れ線構造になるのが分かると思う。
14:あるケミストさん
03/12/02 17:28
誰かgaussian03をifcでコンパイルしている人はいない？
うまくいかないんだが
15:あるケミストさん
03/12/02 21:43
>>13
それってＶＳＥＰＲっていう理論だよね・・・違っていたらｽﾏｿ
答になってないけど、H2Oを直線構造で構造最適化（結合長のみ）
そんで、振動解析かけるとイマジナリーモードが出るから
それの考察するってのは・・・
あんまり面白くねーか
16:あるケミストさん
03/12/06 10:42
gaussianシリーズって R or Uの指定をしないでも、多重度2ならちゃんとUで
けいさんしてくれてる。マニュアルには R
とUの指定について書かれてあるけど
別に指定せんでもいいとおもうのはおれだけか
17:あるケミストさん
03/12/06 12:08
多重度 1 で U したい時には必要だとおもうのはおれだけか
18:16
03/12/06 16:59
>>17
うんうん、そうかも
19:あるケミストさん
03/12/08 23:59
PCにて分子のspin-orbit行列要素を計算したいと考えちょりますが、
GAUSSIANとGAMESS、どちらが適当でありませうか？
20:あるケミストさん
03/12/09 11:43
GAUSSIANで原子によって違う基底関数を指定するのはどうしたら
よいでつか
21:あるケミストさん
03/12/09 13:28
>>20
ＧＥＮっていうオプションを使ったと思う。あとこれも参考になるかもしれん。
URLﾘﾝｸ(www.emsl.pnl.gov)
22:あるケミストさん
03/12/09 13:29
あとこれも。
URLﾘﾝｸ(www.gaussian.com)
23:あるケミストさん
03/12/09 18:23
>>21
昔、それ使ったときバグがあったので、
俺は今はもうそこは使っていない。
基底関数を出力するオプションつけて一通り出力させて、
それを使うのが一番安心できる。
24:あるケミストさん
03/12/10 14:15
zmatrixで対象性があるふうにモデルを作ったけど、計算後にMOみたら対象的になって
なかったYo
計算内でモデルに対照性を持たして計算することなんて、できるでんか？
25:あるケミストさん
03/12/10 14:39
Gaussian はデフォルトで対称性縛るYo
それで駄目だったら対称的な解には落ちないのか、
対称的な解に「落とせなかった」のか。
26:24
03/12/10 14:45
>>25
わかったYo
ありがとさんYo
27:あるケミストさん
03/12/11 14:32
SCF=Direstっていふのはなんぞや～。メモリー上で計算を行うから計算終了
ハヤシときいたけど、そうは感じんかった。
一体、何やねん（大阪弁風に）
28:あるケミストさん
03/12/11 14:40
27
計算の大きさによる。
29:27
03/12/11 14:42
>>28
大きい系じゃないと、scf=direcTのありがたみは
分からないといふことでつね
ありがとう３でちた
30:あるケミストさん
03/12/11 16:10
Direct ってのは、二電子積分が大きいと
全部をメモリに置こうとせずに、
置かなかった部分を各 iteration 毎に計算するようにするフラグ、
だったと思う。
小さい系だったら結局全部メモリに置けるんで、何も変わらんかと。
Direct じゃない場合は全部メモリに置こうとするんで、
二電子積分が大きくなると激しくディスクスワップして
めちゃくちゃ遅くなるけど、
Direct だとそれなりの速度で計算できるようになる、
んだったと思う。
31:あるケミストさん
03/12/11 16:12
>>30が全部説明したから、ｶｷｺすることないけど
がうしあんの教科書に載ってるよ。
32:あるケミストさん
03/12/11 16:18
あと、デフォルトで Direct だったと思う。
33:あるケミストさん
03/12/11 20:25
Gaussian98でシングルポイントエネルギー計算が収束しないー！なんステップやってもエネルギーの差がぜんぜん変わらない！！！！！！どうしてですか？教えてください！
34:あるケミストさん
03/12/11 20:37
VShift とか NoDIIS とか NoSymm とか Guess=Alter とか
いろいろオプション試して見れ。
35:あるケミストさん
03/12/11 20:41
>>33
SCF=Tight
36:あるケミストさん
03/12/12 00:02
Gaussian、動かすのって、Pentium4-3.2GHzと、Athlon XP 3200+ではどっちが速い？
Pentium4のほうが安定してそうだけど、とにかく計算が速いほうがいいので。
37:あるケミストさん
03/12/12 14:55
Gaussian９８で遷移金属がある系でも3-21G, 6-31G(d)で計算できますか？
38:あるケミストさん
03/12/12 15:31
Gaussianで計算したら、系内の金属の電荷が負になっていた。
どうしたら、いいんでしょうか？ …
39:あるケミストさん
03/12/12 15:57
>>38
信じなさい
40:38
03/12/12 16:06
>>39
信じるものは救われる～、ですか？
でも、その化合物はAl2O3のようなイオン性結晶で
金属の電荷は正であるべきと思ったのですが。
やはり、これも量子化学計算は近似ということから
考えれば当然の結果なのでしょうか
41:あるケミストさん
03/12/13 08:02
量子化学計算で、pHを再現するにはどうしたら良いの？
42:あるケミストさん
03/12/13 16:44
WinMOPACでgaussianで得られたfchを開いた後、MOを表示する
と思うけど、それからどのように解釈したらいいんですか？
HOMO：電子供与性 LUMO：電子授与性 ぐらいしか分からないの
ですが…
43:あるケミストさん
03/12/13 19:19
>>42
考えるな、感じるんだ。
44:あるケミストさん
03/12/13 23:43
>>41
分子のまわりにH2O・H+・OH-を配位させよ。
45:あるケミストさん
03/12/14 10:21
>>44
レス、ありがとうございます。
pH=4の場合は、OH-1個あたり、H+を10^6個配位させないとだめなんでしょうか。
46:42
03/12/14 15:13
>>43
れす、ありがとうです。
まだ未熟ですが、感じることができるようにがんばります
47:あるケミストさん
03/12/16 18:30
>46
Gaussianのoutファイルからこの結果はこの軌道からこの軌道への励起が関与しているってのが分かるっしょ？
それからその軌道の絵を描いてみたら、例えばπ-π*の励起がこの結果に深く関与しているとかが分かる。
48:あるケミストさん
03/12/16 18:50
>>46
地道にＭＯの絵を書いてみろー
49:あるケミストさん
03/12/16 20:13
MO を～占有軌道同士、仮想軌道同士でユニタリー変換しても～
エネルギーは変わらないよ～
ラララ～
でも NO は～縮退してなければ～
ユニタリー変換するとエネルギーが変わっちゃうよ～
ラララ～
50:あるケミストさん
03/12/16 21:18
>>49
今日、ザボで習ったの？
51:あるケミストさん
03/12/16 21:23
>>37
それで、構造最適化できるらしい。
漏れは、uhf/sto-3g*でなら、収束したけど、ub3lyp/6-31g+(d,p)だと
収束しなかった。でも、ほとんどの人が、遷移金属だけを違う基底系に
して計算しているみたい(本当かどうか知らないけど)。
さっき計算が終わったんだが、遷移金属だけLANL2DZにして,、ほかの元素は
6-31g+(d,p)にしてやれば、収束させることができたよ。
52:あるケミストさん
03/12/16 23:36
>>50
正準軌道にどこまで意味を持たせられるかというのは深遠な問題。
「ユニタリー変換すりゃ色んな形に変えられるじゃないか、
そんなもんのある１つの形を見て何がうれしいんだ？ けしからん！」
という考えの人もいるし、
「CASCI とかそれなりにいい描像が得られるし、
正準軌道も全く意味が無いわけじゃないんじゃない？
軌道エネルギーとも対応させられ、
その軌道エネルギーも HF なら意味づけできるし」
という考えの人もいる。
俺は
「HF レベルの MO なんか、複雑な系だと電子相関足りなさすぎて
ホンマに当てになるんかいな。
でも、素性のいい系なら後者の意見に賛成かな」
DFT については
「密度しか保証しないのに MO にどれだけ意味づけできるんだ？
そりゃ危険だろ」
という意見。
NO は縮退さえしてなければ唯一に決まるので、NO に関しては気にしない
（NO だけで全てを語れるかどうかはまた別問題）。
fractional な占有数出すには高精度計算が必要だから
精度の方もそれなりにあるし。
まぁ、UHF でも出るけど、その NO をどれだけ信じれるかってのは正直分からん。
これは UHF の精度と、手法自体のぁゃιさを許容できるかという問題だな。
53:あるケミストさん
03/12/17 07:48
age
54:あるケミストさん
03/12/17 18:40
ガウシアンの計算方法の pbepbe ってなんですか？調べたけど、
どこにも見当たらんのだけど
55:あるケミストさん
03/12/17 19:47
Perdew-Burke-Ernzerhof 汎関数じゃない？
56:54
03/12/17 19:55
>>55
それって、密度汎関数法の一つですかね？
情報ありがとうございました。調べてみます
57:あるケミストさん
03/12/18 00:24
最近はなんでもかんでもB3LYPでしか計算してないなー。
昔はいろいろな汎関数を試してたけど、ﾏﾝﾄﾞｸｻｸﾃ。
B3LYPより使えそうなhybrid fuctionalがあれば
そっちに乗り換えてもいいけど、なにかない？
58:あるケミストさん
03/12/18 00:25
BHandHLYP...
59:あるケミストさん
03/12/18 09:29
gaussianの計算結果見たら、HOMO－LUMOのエネルギー
差がたったの0.75kcalmol-1しかなかった。これだと伝導体に
なっちゃうよ（笑）
Optする時にSCF=VShift でLUMOの準位を上げて計算すれば
いいの？LUMOを引き上げるエネルギー値によって、結果もだいぶ
変わってしまうと思うんだけど～
60:あるケミストさん
03/12/18 10:40
VShift は
ギャップが広がるように Fock 行列を変換
→ 対角化
→ ギャップを元に戻す
なので、最終的なギャップの値がどうこういうもんじゃない。
今の奴が変なところへ収束してるんだったら
もっとギャップの開いた解が出る可能性もあるけど。
あと、HOMO-LUMO のエネルギー差が小さいというのは
静的電子相関が欲しいよーと訴えてるわけで、
CAS でもした方がいい予感。
もし正しい解に落ちてるなら、だけど。
61:59
03/12/18 11:09
>60
そうだったのか。
gaussianの計算って、奥が深くて難しいなぁ
っていうか、そんな事とかってどこで知ったの
マニュアルに書いてあるのかな
62:あるケミストさん
03/12/18 11:49
>>61
そういうノウハウは、経験や人からいろいろと聞いて
身につけていくものらしい・・・。
Gaussianの教科書って、ちゃんと使えるのは「電子構造論による化学の探究（第二版）」
しかないけど、もっとこういうGaussianのノウハウが詰まった本がでてもいいと思うけどね。
需要ありそうだし。
63:あるケミストさん
03/12/18 12:47
ここの住民でＱandＡを作ろうぢゃないか！
64:あるケミストさん
03/12/18 13:33
別にこういうのは Gaussian に限った事じゃないと思うけどな。
でも、Gaussian にターゲットをしぼった方が
説明しやすいというのはあるかもしれん。
65:あるケミストさん
03/12/18 14:00
>>64
量子化学計算屋の人口のなかで、Gaussianユーザーが圧倒的に多いと思うので、そういう意味でも
Gaussianのノウハウ本は役にたつと思われ。
66:あるケミストさん
03/12/18 14:11
>>63
面白そうだNE！
03と98の違いにもいちいちふれてほしいが。
>>64
Gaussianの結果も参考にできるように
使えるようにはなりたいよな
67:あるケミストさん
03/12/18 15:20
Ｑ&Ａを作る利点は、初学者が無駄に悩まなくていいということだね。
おまえらも悩め、ハマれ、それで成長するんだっていうなら
そんなものいらないけど、考えてみるとノウハウを得るために
無駄に時間を棄てていたってことない？
本やすぐにアドバイスをくれる先輩がいれば、どれだけはかどった
ことかと・・・
68:あるケミストさん
03/12/19 14:36
Ｑ．GaussianでSP計算の結果を見たところ、DIIS: errorが10-1オーダーなのに
SCF Doneになっていました。これだと、完全に収束に至っていないと思うので
すが、この場合、どうしたらよいですか？
ちなみに SCF=Tight だと、収束条件が厳しくなるので時間がかかりすぎるのですが
69:あるケミストさん
03/12/19 15:48
A. 見るところが違う。
SCF Done の後の Convg か、
#P にしてるんなら各サイクルの Delta-E と RMSDP を見る。
RMSDP はサイクル間の密度変化の標準偏差で、
こいつが小さくなれば収束してると判断される。
DIIS error は対角化で求めた通常の Fock と、
DIIS で予想される Fock との間の違いを見てるだけ。
つまり、DIIS が失敗してるかどうかを見てるだけに過ぎない。
DIIS が失敗してても収束する事は別にあってもいいので
（単に DIIS で予想できる程奇麗な収束経路を辿っていないだけ）、
こいつを使って収束性を判断することはできない。
70:68
03/12/19 16:41
>69
俺はてっきり、DIIS: errorがちゃんと10-3なんかになっていないと
ダメと思っていたが。
俺って、見当ハズレだね。
詳しい説明、有難うございます。
71:あるケミストさん
03/12/19 21:00
>>69←Fock神認定
72:あるケミストさん
03/12/19 21:13
Fock 神ってなんじゃー
73:あるケミストさん
03/12/19 23:34
shrodinger方程式が理解できないよ！
74:羽鳥
03/12/19 23:56
漏れは無視かよ！
75:あるケミストさん
03/12/19 23:56
Schroedinger
S は大文字。人名だからね。
Sch という風に、c が必要。
oe は o ウムラウトの代わり。
ウムラウトの使えない時には後ろに e を付けるんだ。
でも、oe に関してはいい加減な人多いから
そんなに気にしなくていいかも？
76:スレ板
03/12/19 23:58
やっとかめ！ 羽鳥君。
77:あるケミストさん
03/12/20 00:08
>>73
解析力学をやるといいよ。
78:あるケミストさん
03/12/20 07:35
>>72
Answerの良し悪しにより、Fock神、Hartree神、Pople神などを認定
79:あるケミストさん
03/12/20 10:44
Feynman神がいいなぁ。
80:あるケミストさん
03/12/20 11:56
>>79
量子化学限定だから却下。
81:あるケミストさん
03/12/20 11:58
Ｑお願いします。
Ｑ．2つの構造にエネルギー差はないと判断する時、差として
はどれ程がいいのでしょうか？
私は RT=2.5kcal mol-1よりも大きかったら差として有効
と考えているですが
82:あるケミストさん
03/12/20 12:17
真空中の議論ってどこまで使えるんかと。。
83:あるケミストさん
03/12/20 12:22
目的 depend じゃね？
84:81
03/12/20 15:38
>>82
そう言われてみれば…
>>83
そうなんですかぁ～
先にRT=2.5 kcalmol-1って書きましたが、Gaussianって
デフォルトは確か298.15Kでの計算であってますよね
（0Kでの計算という人もいますが？？？）
85:あるケミストさん
03/12/20 15:47
0K に決まってる。
86:あるケミストさん
03/12/20 16:05
T = 298.15K なら
RT = 0.6 kcal/mol じゃね？
URLﾘﾝｸ(www.google.com)
87:あるケミストさん
03/12/20 18:29
Rは気体定数で 8.314 JK-1mol-1 だから、
RT = 8.314(JK-1mol-1) * 298.15(K)
= 2479(Jmol-1)
= 2.5(kJmol-1) じゃないんでつか
88:あるケミストさん
03/12/20 19:17
2.5 kJ/mol = 0.6 kcal/mol ≠ 2.5 kcal/mol
89:あるケミストさん
03/12/21 13:40
原子数が多くて、困っタンゴ
b3lypだと負荷が大きすぎちゃうので、lsdaにしたん
だがいまいち結果がよくない
計算負担が大きすぎないb3lyp以外でいい結果が得れる密度
汎関数法って何かある？
90:あるケミストさん
03/12/21 13:51
いい結果を出したいのなら、
計算終了まで気長に待つ。
91:89
03/12/21 14:13
>90
ふぁ～い
92:あるケミストさん
03/12/22 09:38
Q既定関数がSTO-3GだとHOMOが＋けど
3-21Gにすると負になるよ。
関数によって＋－になるのは、何が原因でしょうか？
93:あるケミストさん
03/12/22 10:10
A.
基底関数がボロいから。
94:92
03/12/22 10:15
>93
やぱ、そうか。有り難う。
95:sage
03/12/23 12:05
>>92
プラス、マイナスって、軌道エネルギーのこと？
96:あるケミストさん
03/12/23 12:58
皆しゃーん、座標指定にはどうしてます？漏れは
XYZ座標だよ Z-matrixはﾏﾝﾄﾞｸｻｲというかﾑﾂﾞｶｼｲからね
原子数60個をZ-matrixで点群S6（対象要素：E,C3,i,S6）にモデリング
した人が知り合いにおるけど、それってｽｺﾞｲのかなぁ
97:あるケミストさん
03/12/23 13:49
>96
ケースバイケース。
C60の場合、むしろZ-matrixの方が簡明かつ賢明なのでは？
98:あるケミストさん
03/12/23 14:58
Cartesian で C60 書けと言われたら嫌だな。
多分 Z-Matrix で書いて、それを Cartesian に変換するな。
99:あるケミストさん
03/12/23 16:01
二面角以外はみんな楽勝だと思うが、
二面角を考えるのが苦手な人は多少いると思う。
そこで、コツを教えよう。
例えばメタンで
C1
H2 1 len
H3 1 len 2 angle
H4 1 len 2 angle 3 dihedral
とある場合の dihedral を考えてみる。
angle までは H4 → C1 → H2 という「流れ」をイメージできる。
ここで dihedral は H3 へ繋がるもう１つの「流れ」をイメージすればよい。
それは H2 → C1 という「逆流」から H3 へと流れる「支流」のイメージだ。
この H3 への「支流」をイメージするときの、
H4 からのズレが二面角に相当する。
言い換えるなら、H2 に立って C1 の方向へ視線を向けたときの、
H4 と H3 の角度が二面角になる。
立ち位置と視線をどこにとるかを覚えるのに、
「流れ」のイメージが助けになると思う。
100:あるケミストさん
03/12/23 16:10
メタンの H5 が抜けてたね。ごめんよ。
まぁ、H4, H5 の二面角が 120.0, -120.0 になるというのがイメージできれば
万々歳やね。
101:あるケミストさん
03/12/23 17:31
つーか、メタンなんてえれー対称性高いﾔｼは大変なんじぇねーか？
C2vにおちんじゃねーか？
102:あるケミストさん
03/12/23 18:51
?
103:初学者
03/12/23 22:03
>>99 私はいつも H4 1 len 2 angle 3 dihedral
の行をみたとき 4-1-2-3の方向 つまり 1側に立って2の方向を見るとき
４と３を比較していたのでアレ？とｵﾓﾀが >>99の説明と正負が同じに
なることがわかりホッとしますた。
104:あるケミストさん
03/12/23 22:22
それでもいいね。
105:あるケミストさん
03/12/23 22:38
>>96
初期構造は、Gauss Viewで、はっぱと適当に書いて放り込んでいる。ただし、GaussViewの最適化は
糞なので使わない方がよいな。フルｵﾌﾟﾁﾏｲｽﾞのときは、Z-行列でもXYZ座標でも計算結果・時間は
変わらんはず。
106:あるケミストさん
03/12/23 22:41
>>103
>>H4 1 len 2 angle 3 dihedra
1-2を軸として4から3をみたときの角度じゃなかったっけ？＜dihedral anglel
107:あるケミストさん
03/12/23 22:50
扱いに一貫性があれば
４から３だろうが、３から４だろうがどうでもいい。
一斉に符号が代わるだけだ。
一貫して無いのが一番問題。
108:あるケミストさん
03/12/23 22:50
代わる→変わる
109:あるケミストさん
03/12/24 05:25
メタンの点群って何？
110:あるケミストさん
03/12/24 06:30
Td
111:あるケミストさん
03/12/24 08:27
>>110
ほんで、上のようなＺマトリックス作って走らせた場合Tdになる？
ダミーがいくつか必要なんじゃない？
112:あるケミストさん
03/12/24 12:26
どうせ NoSymm 使うからどうでもいい。
113:あるケミストさん
03/12/25 07:26
>>112
Nosymmのオプションはつけた方が良い結果が得られる？
いつもつけたことがないんだけど、なにかメリットあるんだっけ？
114:あるケミストさん
03/12/25 11:50
>>113
おれもしらん
115:あるケミストさん
03/12/25 12:46
Symm だと何か軌道が正確に規格直交になってないことがあって、
その軌道を自作プログラムで利用するときにはまってしまった事がある。
再規格直交化するのが面倒なのでそれ以来 NoSymm つけてる。
116:あるケミストさん
03/12/25 16:29
収束が悪いときに、SCF=(VSHIFT=200)とかするとうまく行くこと多いよ。
先輩に言われたんで使っている。けど、なんでなんだろう？
117:あるケミストさん
03/12/25 19:18
ほとんどGaussian(/GAMESS) 質問スレになってるな
ABINITつかってるひとっていないのか？
118:あるケミストさん
03/12/25 21:38
>>117
ABINIT-MPならともかく、ABINITはなあ。
MP法に対応していないのにABINIT-MPという名前なのはどうにかして欲しいものだが。
119:あるケミストさん
03/12/25 21:48
>>118
東京にないのに、東京ディズニーランドみたいなもんだなー
120:あるケミストさん
03/12/25 22:30
何で FM じゃなくて MP にしたんだろなぁ。
MP法が使えるのかとか思わせるのが狙いなのか？
それとも MPI とかけてるのかな？
121:あるケミストさん
03/12/25 23:18
>>116
HOMO-LUMO のエネルギー準位差が小さいと
収束中に HOMO-LUMO が入れ替わったりして
振動することが良くあるけど、
その差を無理矢理広げてやることにより
振動しにくくなる...ということなんだけど、
確実というわけじゃないんだよな。
でも、収束しないならとりあえず Level Shift するのは悪くないと思う。
122:あるケミストさん
03/12/26 00:33
DIISってなんですか？
123:あるケミストさん
03/12/26 00:39
>>122
収束するベクトル列の収束値を推測するアルゴリズム。
HF や DFT では Fock 行列に適用される。
具体的な方法はこのあたりを参照
URLﾘﾝｸ(vergil.chemistry.gatech.edu)
124:あるケミストさん
03/12/26 00:59
>>123
つまり、行列の対角化のアルゴリズム？
125:あるケミストさん
03/12/26 01:03
分子の励起状態の振動数には、かならず虚数振動がひとつ入っているのですが、これはなぜですか？
この虚数振動が一つであることが重要なことと教わったのですが、なぜなのかわかりませんでした。
126:あるケミストさん
03/12/26 01:13
>>124
対角化じゃない。
ベクトルじゃなくてスカラーで考えるとイメージしやすいと思う。
何か収束してそうな点がいくつかあれば、
どこに収束するかってのはある程度予測できるでしょ？
そういう風なことをベクトルでやるのが DIIS 。
DIIS は収束に近いことを前提にしてるので、
場合によっては initial guess の形に引きずられて
微妙に不安定なところに落ちることもある点には注意。
Fock も一列に並べればベクトルとみなせるので、
DIIS を適用できる。
でも、MO はユニタリー変換の自由度があるので
DIIS を適用すると無茶苦茶になる。
密度係数行列も DIIS かけれるけど、
MO が得られなくなるので
同時に Level Shift したい時に困る。
127:あるケミストさん
03/12/26 01:58
>>125
構造最適化前のことですかな？
基底状態と励起状態で基本的に分子構造が異なるからではないでせうか。
虚数振動が「ひとつ」である必然性については判りかねますので、
その辺詳しい方フォロー宜しくです。
128:あるケミストさん
03/12/26 08:01
>>120
multi-processorの頭文字らしいよ。
なにもそんな紛らわしい略称を使わなくても。
129:あるケミストさん
03/12/26 10:41
>>125
確か、Gaussianの例の教科書にそんなことが書いてあったね。漏れも知りたい。
130:あるケミストさん
03/12/26 16:41
うまくSCFが回らないときの頼みの綱は，SCF=QC。
131:あるケミストさん
03/12/27 10:13
moldenってどうやったら手に入れれるの？
FTP接続したらファイルや圧縮フォルダがいっぱい表示されたけど
どれをどうしたらいいのか分からないよ
132:あるケミストさん
03/12/27 10:18
>>131
URLﾘﾝｸ(www.biwa.ne.jp)
なんてどーよ
133:131
03/12/27 10:31
>>132
あそこはUNIXでインストールする場合ですよね？
WINDOWSXPにインストールしたいのですが、その
場合はどうしたら…
134:あるケミストさん
03/12/27 11:33
Freewareソフトを使ってWindows95&98上で分子軌道計算
URLﾘﾝｸ(www.geocities.co.jp)
XP でも多分大きくは変わらないと思う。分からんけど。
135:あるケミストさん
03/12/28 11:43
ABINITユーザーです。酸化物の計算してます。
物理の方にVASPスレッドがありますよ。
136:あるケミストさん
03/12/28 12:09
Gaussianで得られた結果の信頼性を調べる時は、全サイクルにおける
最低エネルギーでSCF Doneされているかどうかを確認しないといけない
と思ったよ。皆はどう思う？
また、SPで最後のサイクルで最低エネルギーになっていなかったら、
やっぱりSCF=QCかSCF=Tight？
>>135
金属酸化物の計算ですか？だったら、俺と同じだね
137:あるケミストさん
03/12/28 17:20
>>135
まじですか？！
情報ありがとうございます。
138:あるケミストさん
03/12/29 17:36
hage
139:あるケミストさん
03/12/30 00:59
Arguslabが結構好きだ…。
計算の役には立たないが、POVRAY変換に萌える。
140:あるケミストさん
03/12/30 11:14
うちの学校は数学でフーリエやる前にSchroedinger方程式勉強させられた・・・
141:あるケミストさん
03/12/31 11:36
VShiftって何ですか？
どういう場合に役にたつものなのでしょうか？
手持ちの教科書に載っていないので。
142:あるケミストさん
03/12/31 12:18
>>141
>>59 >>60
>>116 >>121
143:あるケミストさん
03/12/31 13:19
>>142
ハートリーフォック方程式に関係しているのは占有軌道だけだった
と記憶していますが、違ったでしょうか？
もしそうだとしたらイニシャルの非占有軌道のエネルギー準位に
ゲタをはかせることに何の意味があるのか理解できませんが、
どうなのでしょうか？
144:あるケミストさん
03/12/31 13:39
>>143
Fock を対角化して得られる HOMO, LUMO が
前回の HOMO, LUMO と関係の深い形をしているとは限らなくて、
もしかしたら HOMO が前回の LUMO や 2nd LUMO と似た形をしているかもしれない。
それでエネルギーが収束しないこともあれば、
エネルギーは収束するけど密度が収束しないということもある。
Hartree-Fock に関係するのが占有軌道だけ だ か ら こ そ
こういう軌道の入れ替わりがもろに効いてくる。
CASSCF だったら軌道が入れ替わっても
CI 係数の方でどうにでもなるからね。
この収束途中の軌道の入れ替わりを抑制するために
Level Shift が有効な事もある。
確実といえる手法ではないけど、ないよりは遥かにまし。
145:あるケミストさん
03/12/31 13:54
>>144
ありがとうございます。
引き続き質問ですが、イニシャルループのLUMOのエネルギー準位に
下駄を履かせた後はどうするのでしょうか？
ただ下駄を履かせっぱなしだと、解くべき方程式とは異なる方程式の
解が得られるような気がしますが、それを防ぐべく何かをするの
でしょうか？
146:あるケミストさん
03/12/31 14:04
>>144
恐縮ですが、今度は使い方に関する質問を一つ。
VShift=0, 50, 100, 200, などといくつか値を振って計算した
結果が異なる場合、全エネルギーの最も安定な結果を選べばよい
のでしょうか？
147:あるケミストさん
03/12/31 14:21
>>145
完全に厳密に収束していれば
下駄を履かせても同じ結果を与えるようになってるので、
気にしなくていい。
Fock を F'=F+SCv(C^T)S （^T は転置）と変換すると、
F' は F'C=SCε' （ε'=ε+v, v は VShift）を満たす。
あとはε' から v を引いてやれば全く同じ結果が得られる。
収束してなければ全く同じ結果にはならないけど、
それこそが VShift の目指すところではある。
収束してしまえば何の問題なくなるので安心して使ってよい。
>>146
いいんじゃないかな。
でも、あんまり変わるようなら
まだ別に安定な解がまだあるかもしれないんで、
もうちょい大きな（1000以上）ところも
試してみたらどうかな。
148:あるケミストさん
03/12/31 14:34
>>147
どうもありがとうございました。
たいへん助かりました。
149:感動的ﾚｽに深謝。皆様どうぞ良いお年を！
03/12/31 14:36
：
150:あるケミストさん
03/12/31 15:03
>>147
恐縮ですが、細かな点を確認したく思います。すみません。
F'C-SCε' にF'=F+SCv(C^T)S を代入すると、F'C-SCε'=0、
すなわち F'C=SCε' であることが確認できました。
>あとはε' から v を引いてやれば全く同じ結果が得られる。
「vの下駄を履かせた非占有軌道に対しては、最後にvの下駄
を外してやらなければならない。それに対して、占有軌道は
そのままでいい」という理解でよろしいのでしょうか？
151:あるケミストさん
03/12/31 15:15
>>150
v としては HOMO-LUMO ギャップが開くのであれば
多分どんなものを使ってもいい。
非占有軌道だけを上に上げるのでも、
占有軌道を下げるのでも、
占有軌道を下げて、同時に非占有軌道を上げるのでも。
どうするかで若干収束挙動が変わるかもしれないけど、
そこまではよく分からん。
非占有軌道を上に上げただけであれば、
占有軌道の軌道エネルギーはそのままで構わない。
VShift という名前から考えると
多分 Gaussian はそうやってるんじゃないかな。
ソース読んでないんで分からんけど。
152:あるケミストさん
03/12/31 15:44
>>151
非常によく理解できました。どうもありがとうございました。
感謝いたします。
153:あるケミストさん
03/12/31 18:44
>>151←Hartree神
このコテハンを使うようにｗ
このスレのみなさん、よいお年を
154:あるケミストさん
04/01/01 03:43
>>147
Gaussianの標準はVSHIFT=100だけど、VSHIFT=50とか200にすると劇的に効果が表れるのかな？
VSHIFT=100に対してVSHIFT=0とかVSHIFT=1000ならその効果を期待できそうだけど。
155:あるケミストさん
04/01/01 09:40
>>154
デフォルトはVSHIFT=0なのでは？
156:あるケミストさん
04/01/01 10:30
>>155
URLﾘﾝｸ(www.gaussian.com)
VShift[=N]
Shift orbital energies by N*0.001 (i.e., N millihartrees); N defaults to 100.
This option disables automatic archiving.
N=-1 disables level shifting; NoVShift is equivalent to this setting.
みると１００みたいだなー
157:あるケミストさん
04/01/01 10:53
>>156
入力データにただ"VShift"とだけ書くと、それは"VShift=100"とみなされる
という意味に理解していました。
すなわち、入力データに"VShift"と書かなければ、"Vshift=0"なのだと
思っていました。
でも、"N=-1 disables level shifting" と書いてあるから、
入力データに"VShift"と書かなくても、VShift=100が自動的に入っている
みたいですね。
158:あるケミストさん
04/01/01 11:56
元日からｶｷｺしているﾔｼはらぼにいるのかー？ｗ
159:あるケミストさん
04/01/01 19:55
正月はないよ。というか家にいてもつまらないだけ。
160:あるケミストさん
04/01/01 20:41
>>159
研究者らしい休みの過ごし方かもしれん。
でも、初詣ぐらいして、ジョブがちゃんと終わることを願いましょうｗ
161:あるケミストさん
04/01/02 01:01
vshiftついでにscf optionのqcについて質問ー。
scf=qcはscf計算を"二次(quadratic)"に解くってことらしいのですが、
実際にはどういう計算やっているんでしょうか？ このoptionをつけると
エネルギーがより精度良く得られるということですか？
162:あるケミストさん
04/01/02 05:04
>>161
G. B. Bacskay, Chem. Phys. 61, 385 (1981).
を読んで解説してくれたら、みんな喜ぶと思う
163:あるケミストさん
04/01/05 18:11
>>161
エネルギーの二次変分求めて解いてる。
イニシャルが収束地点からちょっと離れている場合には
一次で解くより停留点に到達しやすい。
その代わり計算量はバカにならない。
164:あるケミストさん
04/01/05 23:56
昔、6-31++G**を使わずに6-31+G**を使えって言われたんですが、なぜなんでしょうか？
165:あるケミストさん
04/01/06 03:56
1 計算が終わらなさそうだから
2 以前の計算結果と整合性を持たせたいから
166:あるケミストさん
04/01/06 10:16
Gaussian98でヒュッケル法は使えるんですか？
167:あるケミストさん
04/01/06 10:47
>>164
エネルギー計算なら水素原子にDiffuse関数いれても意味ないよ。
168:あるケミストさん
04/01/06 11:11
でも、他の原子との基底関数のバランスが悪いと
表現力の強い方へ電子が流れやすくなる傾向があるから、
入れれるなら入れた方がいいんじゃないの？
169:あるケミストさん
04/01/06 12:10
>>166
Initial Guessはヒュッケル法で出している
だっけ？
170:あるケミストさん
04/01/06 12:35
>>169
GAMESS はそうだけど、
Gaussian98 は普通 INDO じゃなかったっけ？
171:あるケミストさん
04/01/06 18:43
固体の計算は物理板なのか……
172:あるケミストさん
04/01/06 22:55
>>166
今時、ひゅっけるでなに、計算するの？
いや煽りじゃなくて、マヂで素朴な疑問。
173:あるケミストさん
04/01/07 01:22
俺んところの研究室では、扱っている分子が小さいものばかりなんで、みんな、
いきなり6-311+G*あたりから構造のｵﾌﾟﾁﾏｲｽﾞや物性計算に使っている。
つーか、イマドキ、6-31G、6-311G系使うなんてもう古いかもな。
174:あるケミストさん
04/01/07 03:23
(aug-)cc-pVDZ, (aug-)cc-pVTZ
175:あるケミストさん
04/01/07 03:45
つーか、BasisSetどーやって決めた？＞皆の衆
例えば、>>165の(1)はリソースを考慮して思考錯誤の末に決めたと
解釈できるけど。
この「思考錯誤」する過程を尻鯛。リソースとより表現力の高い関数との
トレードオフってこと？
176:あるケミストさん
04/01/07 12:12
>172
別にたいした意味は無いんですけど、計算している系が大きすぎて経験的
な手法で一回計算してみようかと思っただけです。金属(NiやFe)のある系で
やっぱり半経験的方法や経験的方法はやばいかなー？
177:あるケミストさん
04/01/07 13:59
>173
3-21Gはﾀﾞﾒﾎﾟですか？
178:あるケミストさん
04/01/07 14:04
サイクル数って、MaxcycleやIOpで決めれるよね
っていうか、最適化の時なんかに１ステップで要する
サイクル数は、どれくらいが許せる範囲なの？SCF=QCや
収束条件を変えたら、変わってくると思うんだけど
ある人は200サイクルなんかだったら、そんなんだめだと
言ってたけど・・・
179:あるケミストさん
04/01/07 14:19
サイクル数より時間。
180:あるケミストさん
04/01/07 14:24
化学科の人はいまつか？
181:あるケミストさん
04/01/07 14:41
>>177
3-21Gで計算しても論文通らないだろｗ
182:あるケミストさん
04/01/07 14:46
4-31G 最強伝説
183:177
04/01/07 15:23
>>181
3-21Gでも基底関数330ぐらいなのだが…
皆の基底関数は、どれくらいなの？
184:あるケミストさん
04/01/07 15:52
系が大きくなると、ある程度は周りの基底関数が表現力を補ってくれる。
185:あるケミストさん
04/01/07 16:43
初歩的な質問ですいませんが、Cube=Densityで電子密度をファイルに書き込んだのですが、その電子密度の見方がわかりません。誰か教えていただけませんか？以下のようなファイルになりました。
SCF Total Density
2 -5.483229 -5.483229 -6.518402
38 0.297877 0.000000 0.000000
38 0.000000 0.297877 0.000000
45 0.000000 0.000000 0.297877
7 7.000000 0.000000 0.000000 1.035173
7 7.000000 0.000000 0.000000 -1.035173
1.63471E-09 2.30422E-09 3.19275E-09 4.35241E-09 5.84208E-09 7.72658E-09
1.00748E-08 1.29565E-08 1.64371E-08 2.05705E-08 2.53891E-08 3.08936E-08
3.70411E-08 4.37356E-08 5.08222E-08 5.80873E-08 6.52651E-08 7.20529E-08
7.81322E-08 8.31941E-08 8.69662E-08 8.92373E-08 8.98770E-08 8.88483E-08
8.62107E-08 8.21149E-08 7.67884E-08 7.05146E-08 6.36071E-08 5.63828E-08
186:177
04/01/07 17:30
>>181
も一つ
みんなは初めから、6-311+G*あたりで最適化とかしてるんですか？
程度の低い基底関数で最適化し、そのchkを別の基底関数で再最適化
するってことは、してますか？
俺の系だと、そうしないと無理ぽかも
187:あるケミストさん
04/01/07 17:40
今年初の自演ｷﾀ━━━(ﾟ∀ﾟ)━━━ !!!!!
ｷﾀ━━━(ﾟ∀ﾟ)━━━ !!!!! ｷﾀ━━━(ﾟ∀ﾟ)━━━ !!!!!
さすが無職・ダメ板ｗｗ
ｽﾚﾘﾝｸ(dame板:544-545番)
188:あるケミストさん
04/01/07 18:11
>>186
こっちは、ある程度大きな基底系でないと正しいところに収束すらしないので、構造最適化
計算可能なデカイ基底をぶち込む。これ最高。ただし、初期構造を丁寧に入れないと
ひたすら時間がかかるので、初心者にはオススメできない。
189:あるケミストさん
04/01/07 18:50
最適化で前の（低い関数の）chkを使こうて、より高いので最適化する
のは聞いたことあるけど、SPでもそれは出来るんかな？
今のjobが終わったら、試してみようっとw
190:あるケミストさん
04/01/07 20:59
ガウシアンでも周期構造（たとえば結晶）のシングルポイント計算が
出来ると聞いたのですが、どなたかご存知の方教えてください。
キーワードだけでも助かります。
マニュアルのどこに書いてあるのかがわからないので。
191:あるケミストさん
04/01/07 21:04
>>190
悪いことは言わんからやめとけ。
別の専用ソフトを使った方がいい。
192:あるケミストさん
04/01/07 22:05
んだ。あれはまだまだ未完成品だ。
193:あるケミストさん
04/01/07 22:06
>>189
GUESS=READ GEOM=ALLCHECK いれとけば計算できんじゃない？
194:あるケミストさん
04/01/07 22:41
>>190
Cartesianで分子構造をinputした後に並進ベクトルを入力すればPBC計算できるよ。
具体的なinputの書き方はOn-lineマニュアルのSpecifying Periodic Systemsの項を
見ればよい。
URLﾘﾝｸ(www.gaussian.com)
ちなみに構造最適化も可能。
>>191
確かにCRYSTALが使えればそっちの方が完成度が高い。
でも、高くてなかなか使えないでしょ。
195:あるケミストさん
04/01/08 09:25
>>194
俺はPBC使って計算してるけど、TVを理解するのは大変だったよ
196:あるケミストさん
04/01/08 09:28
>>194
どうもありがとうございます。
197:あるケミストさん
04/01/08 09:43
>>196
TVの指定の仕方、分かったのかな？
198:あるケミストさん
04/01/08 12:19
>>197
196ですが、TVは単なる並進ベクトルと理解しましたが・・・？
自分はAu(111)面の2層のスラブを計算したいので、
下記のように分子座標を指定しようと思っていますが
何か間違っているでしょうか？
Au, 0. , 0. , 0. ←第1層
Au, 0. ,+1.665653,-2.35589 ←第2層
TV,+1.442498, 0. , 0.
TV,-1.442498, 0. , 0.
199:198
04/01/08 12:40
訂正
TV,+1.442498, +2.498480 , 0.
TV,-1.442498, +2.498470 , 0.
200:197
04/01/08 12:46
>>199
これだと、一つ目に指定したAuと二つのTVが同一直線上に
存在することになり、計算をするとTVの指定が変だよ
ってエラーが出ると思いますよ
パート1の764の書き込みは、TV指定で参考になると思いますよ
201:197
04/01/08 12:51
>>199
ごめん、間違えたよ。199でTVのY座標を訂正してるから
これだと計算できるよ
202:198
04/01/08 16:04
>>201
レスどうもありがとうございました。
203:あるケミストさん
04/01/10 18:42
LSDAって、スピンに重点をおいた計算はまかせとき って
いう方法と解釈して、いいですかね？
204:あるケミストさん
04/01/10 21:45
LSDA 程度の精度で「まかせとき」は無い気が...。
GGA でも「まかせとき」かどうかと言われるとどうかなぁ。
DFT は具体的に何がどう効いてダメなのかが
分かりにくいのが欠点だよな。
URLﾘﾝｸ(www.geocities.co.jp)
205:あるケミストさん
04/01/11 11:35
Gaussian 98で構造最適化しているのですが、
エネルギーが細かく振動して、最適化が終了しません。
何かよい対策は無いでしょうか？
206:あるケミストさん
04/01/11 13:00
２つの構造の中間の構造を自前で求めるとか...。
207:あるケミストさん
04/01/11 15:15
>>205
SCFキーワードにVshiftオプションを入れたらどうでしょうか。
Vshift=___の値をいろいろかえてみるといいと思います。
208:あるケミストさん
04/01/11 15:38
>>205
Opt=Tight
209:205
04/01/11 16:27
>>206
ほんとにわずかな構造差みたいなのです。
いったん最適化を止めて、
Opt=CalcFC
を実行しても、だめでした。
>>208
Opt=Tight
を使うと構造最適化の収束条件が厳しくなって、ますます収束しないのでは？
>>207
SCF自体はできているので、Vshiftが効くとは思いませんでしたが、試しにやってみようかと思います。
210:あるケミストさん
04/01/11 16:45
Tight はフォースのカットオフも変わるので
全く効果が無いということはないかも。
収束アルゴリズムを変えてみては？
211:205
04/01/11 16:49
>>210
opt(nolinear)は試してみました。
他に、試す価値があるものがあったら教えていただけないでしょうか。
212:あるケミストさん
04/01/11 18:49
>>211
Opt=VTight
213:あるケミストさん
04/01/11 18:51
>>205
>エネルギーが細かく振動して、最適化が終了しません。
という意味なのかよーわからんが、がうし餡教科書にフラー連を
例にして、Opt=Tightが載っておった。
>>210が云う効果があるのかも。
214:あるケミストさん
04/01/11 20:15
>>205
DFT使っているなら、MP2でやってみろ。
SCF=TIGHT, SCF=QC, OPT=CALCALL, OPT=BIG, SCF=VSHIFT=0, 50, 200, 500, 1000をそれぞれを全部試せ。
215:あるケミストさん
04/01/11 21:28
>>214
それ釣ってるだろｗ
216:205
04/01/11 21:55
>>213
エネルギーが
A -> B -> C -> 非常にAに近い値 -> 非常にBに近い値 -> 非常にCに近い値 ...
と延々と続くのです。
A, B, Cの値も非常に近い値なのです。
217:205
04/01/11 21:58
>>214
他の類似分子も計算しているので、それらの整合性をとるため計算のレベルを変えられないのです。
あと、私のパソコン（2.8GHzペンティアム４）では、構造最適化のサイクルが
一日3回程度しか回らない程度の大きさの分子なので、
あまり全部試すのも難しいという事情があります。
218:あるケミストさん
04/01/11 22:11
エネルギーが近いのはいいけど、
構造はどうなの？ 近いの？
219:205
04/01/11 22:16
>>218
構造もGaussViewで見る限りほとんど区別がつかないように見えます。
220:あるケミストさん
04/01/11 22:33
A, B, C の構造を足して３で割ったところからはじめてみたら？
221:あるケミストさん
04/01/12 11:13
>>217
だったらそこから出発して、SCD=CONV=5とかして、無理矢理収束させちゃいばいいじゃん。
どうせ教授にはばれやしないってｗ
222:あるケミストさん
04/01/12 11:16
>>221 は研究者失格
223:あるケミストさん
04/01/12 14:02
いま、Fe2O3の計算をしようと考えちょります。
Gaussianでは反強磁性を再現出来るのでしょうか？
パート1ではCASSCFをすればいいとあったのですが･･･ 多重度1って、電
子を全部対にするからダメなんじゃないと思ふのでつが
ちなみに、反強磁性物質の表面クラスターモデルを無理やり多重度1でやるとい
うのは、第三者から見てダメポでつか？
224:あるケミストさん
04/01/12 14:06
>>223
いろんな多重度で計算してみてはいかがでしょうか？
225:223
04/01/12 14:10
>>224
といふことわ、最もエネルギーが低くなった多重度でcalc.すれば
いいということですかねぇ？
論ヴンにする時、通用できるか気になります
226:あるケミストさん
04/01/12 18:30
>>221
反省文を書くまで、書きこみ禁止
227:223
04/01/13 14:10
っていうか、Gaussianで反強磁性を計算している香具師さんってい
るんでつか？
もしいたら、情報よろしこ
228:あるケミストさん
04/01/13 22:13
量子化学計算で磁性体を研究している結構有名な研究室はあるよね。
こんなところに名前を出すのはどうかと思うので出さないけど。
229:223
04/01/14 10:30
強磁性体とかだと、多重度高くしたらいいけどね
Gaussianで多重度1は電子を全部対にしてても、
MRSCFやCASSCFなんかで電子相関考慮したら反強磁性を再現できる
って、研究室の講師が言い張ってるんだけど、どうよ
230:あるケミストさん
04/01/14 10:47
>MRSCFやCASSCF
だったらもりぷろ
231:223
04/01/14 11:04
>230
もりぷろって、何ですか？？？
232:あるケミストさん
04/01/14 11:36
>>231
CASやるなら絶対にMolcasだろ。Gaussianはﾀｺ。
233:あるケミストさん
04/01/14 12:26
>>231
Molpro
URLﾘﾝｸ(www.molpro.net)
>>232に同意。Gaussianはｲｶだ。
234:あるケミストさん
04/01/14 12:27
学会で「もりぷろ」って言うと恥かくからなｗ
「もるぷろ」だぞ。
235:あるケミストさん
04/01/14 13:12
開殻一重項状態を探せるという意味ではそのとおり。
でも、求めた開殻一重項状態が本当の反強磁性に対応しているかどうかを
示すのは、簡単ではないんじゃないかな。つまり、波動関数の情報から、
スピンの秩序状態を示す情報を抜き出すのをどうやるのか。
236:あるケミストさん
04/01/14 14:52
スピン相関関数求めればいいんでないの？
237:223
04/01/14 15:14
>235
>開殻一重項状態を探せるという意味ではそのとおり
講師にもそう言われました。
238:あるケミストさん
04/01/14 15:48
お前ら、Gaussianについてかなり詳しそうだから聞きたいのですが
1.Scanの方向を変える、例えば2変数を扱う場合、順番を入れ換える場合、エネルギーが変わることがある
2.Scanしているある点と一点計算のエネルギーが変化していることがある
この2点について詳細にわかる香具師いますか？ｗ
239:あるケミストさん
04/01/14 18:25
>>236
どうやって求めるんでしょうか？＜スピン相関関数
240:177
04/01/14 19:54
がうしあんの教科書見たら、CASは心臓の弱い者には向いて
ないってあるよー
活性空間軌道の数と活性空間内の電子の数～・・・
分かんねーよぉ
241:あるケミストさん
04/01/14 21:11
>>240
だから、もりぷろをやると勉強になるんだよ。
242:あるケミストさん
04/01/14 23:12
>240 がうしあんの教科書見たら、CASは心臓の弱い者には向いて
ないってあるよー
English School（Gaussian系,HFベース）とScandinavian School（Molpro, Molcas系,CASベース）
の哲学はお互いに相容れないからな。ストレートに受け取っちゃだめだね。
243:あるケミストさん
04/01/14 23:37
Ｄ・Ｆ・Ｔ！！
244:あるケミストさん
04/01/14 23:57
Ｃ・Ａ・Ｓ！！ Ｃ・Ａ・Ｓ！！
245:あるケミストさん
04/01/15 10:54
多重度1での計算で、Gaussianが機械的にどの原子にもスピンゼロ
としていると考えるとすると･･･
Uつけて多重度1で計算してスピンがゼロでも、本当に電子を全部対に
して計算しているかどうかは明言できないと思うなぁ～
って、俺の考えは皆は拒否かな･･･
246:あるケミストさん
04/01/15 11:59
金属を含んだ錯体の計算って、得られたHOMOとLUMOだけでは
どこが活性部位かとか、分からへんって聞きました。
ホンマですか、それって。じゃあ、どうやってMOを議論すればいいの(ToT)
量子計算ヤレっていった教授や助教授は、二人とも「分かるわけ無いだろ。
計算は君がやってるんだから、何とかしろ」っていふのです～～･･･
247:あるケミストさん
04/01/15 12:05
>>246
そりゃそーだ。金属の空軌道に配位子の電子（軌道）が混ざってくるんだから、HOMO LUMOの
軌道みて、活性部位がわかるわけがない。Closed shellな金属なら話はべつだけど。
248:246
04/01/15 12:25
>247
具体的にどんな感じに議論すれば、いいんだろう～
金属を含んだ系の理論的な考察って、むづかしすぎる (><)
249:あるケミストさん
04/01/15 13:00
何かそういうことしてる論文でも読んでみたら？
250:あるケミストさん
04/01/15 15:11
錯体のホモ・ルモって、エネルギーの差が殆どないもの？
縮退してるん
俺は錯体しらんから、よく分かんねーや
251:あるケミストさん
04/01/15 15:41
>>250
それ咲くﾀｲの教科書に載ってたよーな
252:あるケミストさん
04/01/15 16:26
金属は難しいねー。鉄の計算やったことあるけど、スピンはあうのに電荷はまったくあわない。
マリケンでもナチュラルでもだめ。まったくだめ。
253:あるケミストさん
04/01/15 17:31
あーgaussian使っていたら、計算しぱーい。で、この場合ってメモリ解放される
のですかね？500MBも確保して計算していたので・・
254:あるケミストさん
04/01/15 17:56
>253
再起動かけたら、解放されるんですかね？
私はそう思っていたのですが
誰か、情報宜しくお願いします
255:253
04/01/15 18:30
>>254
再起動かけたら解放されるとは思うのですが･･･。
再起動以外ではなにかないでしょうか･･･。
256:あるケミストさん
04/01/15 19:48
>>253
Windows??
257:あるケミストさん
04/01/15 21:08
>>253
Windows95 ほどボロい OS でもなければ
開放漏れってのはない。
258:253
04/01/15 21:13
レスサンクス。たしかに、Linux系はメモリ管理ちゃんとしているはずなんですが、
以下のページ見て、不安になったもので。エラー終了だと漏れもあるのかなと。
topコマンドで見たところ、メモリ食うjobないのに、フリーのメモリが少なくて
がくがくぶるぶる感倍増ってとこだったんで。たぶん漏れはないですよね･･･
URLﾘﾝｸ(www.nara-wu.ac.jp)
259:あるケミストさん
04/01/16 09:34
GaussianでSCF=VShift以外にOpt計算を収束しやすく
させる方法って、無いですか？
Gaussian03使ってるんですけど、何故か自分が作ったモデル
だと、SCF=VShiftを使うとエラーになってしまうんですよ
260:あるケミストさん
04/01/16 10:42
>>259
初期構造が悪すぎるんじゃない？
261:259
04/01/16 10:49
初期構造はX-rayで得られた座標データを用いているよ
最適化しているのは、X-rayでわからない
HだけをOpt=Z-matrixで可変にしてるんだけど･･･
262:あるケミストさん
04/01/16 16:24
>>147氏
>Fock を F'=F+SCv(C^T)S （^T は転置）と変換すると、
>F' は F'C=SCε' （ε'=ε+v, v は VShift）を満たす。
>あとはε' から v を引いてやれば全く同じ結果が得られる。
勉強しているけど、分かんないよ～
まだまだ、初心者だな、俺って
263:あるケミストさん
04/01/16 16:26
(C^T) S C = 1 がヒント。
264:あるケミストさん
04/01/16 21:31
>>262
ざぼれ！
↑
この意味わからんかったら致命傷
265:あるケミストさん
04/01/17 02:16
ザボる人の例(1)
URLﾘﾝｸ(www.starchild.co.jp)
266:あるケミストさん
04/01/17 02:18
ザボーガーｷﾀﾜｧ.*･゜ﾟ･*:.｡..｡.:*･゜（n‘∀‘)ηﾟ･*:.｡. .｡.:*･゜ﾟ･*!!!!!
267:あるケミストさん
04/01/17 07:12
おまえら、年齢ばれてるぞｗ
268:あるケミストさん
04/01/17 08:22
Windows 2000上でGaussian 98Wをつかって、
DFT計算で分子の振動数を計算しています。
同系統の分子で、大きい基底を使っていくと、
あるところで、
Link died!
といって、計算できなくなります。
時間がかかっても、やって見たい計算があるのですが、
何か、うまく計算を実行する方法はないでしょうか。
269:あるケミストさん
04/01/17 09:10
>>268
RWFが2G超えてない？
それに、ちょっと基底関数を大きくするだけでも、計算時間は
莫大に大きくなるよ。それこそいくら待っても終わらないくらいに。
270:あるケミストさん
04/01/18 02:31
良スレage
271:268
04/01/18 23:03
>>269
コメントありがとうございます。
RWFが2GBを越えているかどうかは、どのようにして知ることができるのでしょうか？
また、越えている場合に、計算時間を度外視しても計算を実行したいとしたら、
Gaussian 98w for windowsの場合にどうすればよいのでしょうか？
トウシロウな質問で申し訳ないのですが、ぜひご教授お願いします。
272:あるケミストさん
04/01/19 00:33
>>271
link died!が出たときのrwfの容量をﾁｪｯｸしる！
振動計算だとﾒﾓﾘｰが足りないかもしれんな。freqmemでﾁｪｯｸしる！
273:あるケミストさん
04/01/19 11:27
>>268
%RWF
274:あるケミストさん
04/01/19 21:24
院試のため量子化学勉強しようと思ったのですが、買ってきた演習書が
むずかしくてよくわかりません。
簡単な演習を載せたわかりやすい参考書おしえてください・・・
275:あるケミストさん
04/01/19 21:29
>>274
物理化学の教科書に演習がたくさんついとるべ
たとえば、あときんずやばーろー
276:274
04/01/19 21:45
アトキンス厚くて苦手意識あるんですけど薄くていいやつってないですか？
277:あるケミストさん
04/01/19 22:34
別に全ページ量子化学なわけじゃないし、
アトキンスでいいんじゃない？
278:274
04/01/19 23:01
いやー細かい理論が多くてなんか・・・
279:あるケミストさん
04/01/19 23:21
>>278
量子化学のなにを勉強したいかによるな。電子状態の計算手法を理解したいなら莫大な
数式と格闘しなければならぬ。これは通らねばならぬ道。
量子力学の知識がなくて、概念だけさくっと知りたければ「なっとくする量子化学」でも読んでおけ。
280:あるケミストさん
04/01/19 23:24
ノート
281:274
04/01/19 23:26
因子とけるだけの力がほしいというか・・・
最低限アトキンスですかね
282:268
04/01/19 23:36
>>272
freqmemはWindows版でも使えますでしょうか？
283:あるケミストさん
04/01/20 07:26
>>281
あときんすやれ
284:初心者
04/01/20 20:01
みなさんGaussianについて詳しいみたいなので質問します。
イソプロピル基が置換している分子で反転運動によるシングルポイント
エネルギー計算を求めたいのですが簡単な方法は無いですか？
直接座標入力する以外にないでしょうか？
285:あるケミストさん
04/01/20 20:28
＞みなさんGaussianについて詳しいみたいなので質問します。
詳しくないので余所いって聞いてみてください。
286:初心者
04/01/20 22:40
>>285
余所ってどこ行けばいいですか？
287:あるケミストさん
04/01/20 23:11
ここでいいけど、
初心者っていう名前は印象良くないのでやめた方がいい。
URLﾘﾝｸ(www.geocities.co.jp)
Z-Matrix をうまく書けば、
反転前と後での座標を
あるパラメータをちょっと変えるだけで
表現できるはず。
288:中級者
04/01/21 00:35
>>286ですけど
ちょっと考えてみます ありがとうございます
289:悩める3年生
04/01/21 21:03
理学部3年です。
ドラッグデザインに興味があって理論化学の研究室に入ろうと思っています。
将来的には製薬会社で研究をしたいと思っているのですが、無謀でしょうか？
飛び級して大学院に編入する試験を受ける許可が下りたので、
研究室を明後日までに決めて提出しなければなりません。
忠告、アドバイスなどありましたら、お願いします。
290:あるケミストさん
04/01/21 21:16
>>289
スレ違い
291:あるケミストさん
04/01/21 21:31
金属等のクラスターの各エネルギー準位にピークを持つ
ローレンツ関数の足し合わせで電子状態密度DOSを表す方法が
あると思いますが、5s、5p、5d、6s、・・・などの各成分の
partialDOSはどのようにすれば求まるのでしょうか。
292:あるケミストさん
04/01/21 22:09
竹島、尖閣諸島にせまる ア ジ ア 各 国 ＝ 中国・韓国 の侵略行為に対抗しよう！
ノービザ渡航廃止！ ＯＤＡ廃止！ 不法滞在者の強制送還！
＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
.∧＿∧ 【えー抗議メール、抗議メールいかがッすかァ？ 】
（ ´∀｀） . ￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
( つ|□□□| 自民党 （投稿フォーム）URLﾘﾝｸ(www.jimin.jp)
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293:あるケミストさん
04/01/21 23:50
ま、率直に言うと>>290の言う通りスレ違いなんだが。
>>289
優秀な学生さんの夢を壊すようなことを書くのは気が引けるが、
製薬企業に入ってドラッグデザインをするのなら、そもそも理学部というのは
厳しい。今のドラッグデザインはバイオ系中心に回っているので、化学系だと
いわゆる「合成屋」や「分析屋」として採用されることがある程度か。
バイオ系でも、理学部からはほとんど採用されていないようだ。
量子化学スレに書いているということは計算機によるドラッグデザイン
に興味があるようだが、それなら院では薬学系に行くことをお薦めする。
ただ、そうなると飛び級はできないだろうけど。
294:あるケミストさん
04/01/21 23:56
そして書き忘れていたが、ドラッグデザインと量子化学はあまり
関係ない。
今のところドラッグデザインではほとんど古典力学だけで片付けている（完全に、ではないが）。
もちろん将来的にはどうなるかわからないが、生体高分子を扱う必要が
あるので、そう簡単にはいかないだろう。
295:悩める3年生
04/01/22 00:33
確かにスレ違いですね。
294さん、ありがとうございます。引き続き量子とは遠い話ですが、
うちの大学の理論化学では生体高分子の運動と機能の解明をやっています。
知り合いの先輩が計算した、とあるタンパク質の動的構造をシュミュレーションしたものを見せてもらいました。
それで、ドラッグデザインと関係があるような気がしていたのですが・・・
296:悩める3年生
04/01/22 00:39
確かにスレ違いでした。
294さんありがとうございました。引き続き量子とは遠い話で申し訳ないですが、
うちの大学の理論化学研究室では、少人数ですが、生体高分子の運動と機能の解明も研究しています。
知り合いの先輩が計算した、とあるタンパク質の動的構造のシュミュレーションを見せてもらった時に
ドラッグデザインと関係があるような気がしたのですが・・・
その先輩は研究熱心で就職のことなんて考えていないようでドラッグデザインとの関連を聞いても、
良く分からないと言っていたので伺いました。
297:あるケミストさん
04/01/22 01:33
>>289
実験系へ逝け。製薬に入りたいなら理論だけでは役に立たんぞ。
298:あるケミストさん
04/01/22 06:43
薬学部でも量子化学教えてるところもあるぜよ。
299:あるケミストさん
04/01/22 08:15
一応計算化学の領域なので、「スレ違いだ！」というほどではないのかな？
>>296
シム板なら速攻で「『シミュ』レーション」だ！とツッコミが入りそうだ。
たぶんタンパク質のMDのことだと思うが、確かに学会なんかでは
「ドラッグデザインへの応用も可能」と発表することが多いけど、
ぶっちゃけMDとドラッグデザインは直結しない。
MD+ドラッグデザインをやっている研究室も薬学部などにはあるけど、
それ以外のところは純粋にMDをやっているだけではないかな。
理学部でMDをやっていた、というのはあまり企業ウケは良くないと思う。
薬学部でドラッグデザインをやっている研究室であれば、必ずしも実験系で
ある必要はないとは思う。もちろん製薬企業に入るだけなら>>297の言う通り
実験系のほうが
はるかに有利だけど、computer-aided drug designをやりたいのなら
実験系に行くのはちょっと冒険。
繰り返しになるが、本当にドラッグデザインがやりたいのなら、飛び級を諦めて
薬学の院に行くことを勧める。
ただ、薬学部の院試は理学部と大幅に違うので大変だが。
300:あるケミストさん
04/01/22 08:52
GAMESS ならタダで手に入るしパソコンで動くので、
やる気があるなら量子化学を独学で勉強することができる。
301:あるケミストさん
04/01/22 15:13
>>300
おいおい、燃料投下するなよｗ
本気にしてしまうぞ。
302:あるケミストさん
04/01/22 20:13
そうだな。やる気と能力があれば、だな。
303:あるケミストさん
04/01/22 21:13
>>300
Gaussianもフリーにしてくれねーかなー。
304:あるケミストさん
04/01/22 22:05
>>303
昔はフリーだったがな。
305:あるケミストさん
04/01/23 01:11
動作保証も無かったけどな
306:あるケミストさん
04/01/23 01:13
座布団一枚
307:-
04/01/23 12:14
drug designをしたいというのは何故だろう。もちろん趣味は好き好きだが。。
生涯にわたってアイデアを出していくにはもっと生物を学んでからの方がでいいのではないだろうか。それこそ実験系のラボでバイトでもしながら。
308:あるケミストさん
04/01/23 14:45
Drug Designだったら正確に計算しなきゃならんからしんどいかも。大学のラボだったら
偉いひとは計算の結果しか見てないし、誰かに迷惑かかるわけじゃないから、テキトー
にごまかしておいても全然ＯＫだけどな。
309:あるケミストさん
04/01/23 19:40
>>307
趣味じゃないだろうと思うんだが…。
310:あるケミストさん
04/01/23 20:51
>309
307は嗜好のこと言ってるんじゃないか？
311:あるケミストさん
04/01/23 21:41
>>310
そうなのか。
まあ、確かにこのスレでドラッグデザインってのはスレ違いかなと。
必ずしも実験系・生物系とは限らないとは言っても、量子化学では遠すぎるだろうねえ。
>>308はたぶんそんなことはないかと。
古典がメインということは、むしろ量子化学以上にｺﾞﾆｮｺﾞﾆｮ
312:あるケミストさん
04/01/26 05:14
軌道の混成 の時の混成という現象について。
混成になる過程というのは解るんですが、
イマイチ"混成"というのがどういう現象の事なのか理解できません。
混成する各オービタルの電子が混合されているんですか？？
313:あるケミストさん
04/01/26 08:02
>>312
前に話題になったことだが、混成軌道というのは「実在」する概念では
なく、人間が便宜的に作ったものだということをまず指摘してみる。
もちろん、だから混成軌道を考えてもムダだ、という意味ではない。
314:あるケミストさん
04/01/26 10:04
最低エネルギー波動関数が一重項だけど、閉殻ではない
物質って、どんなのがあるでしょうか？よく考えても
分かりません
315:あるケミストさん
04/01/26 12:18
要するにただの基底変換でしょう。
316:あるケミストさん
04/01/26 12:47
>>314
一重項酸素原子とか。
317:あるケミストさん
04/01/26 22:06
>>314
簡単な例は、ラジカルペアの一重項状態。
318:あるケミストさん
04/01/26 23:06
>>316 >>317
それは、基底状態か？ 最低エネルギー波動関数って書いてあるぞ。
319:あるケミストさん
04/01/27 01:06
>>318
ああ、ラジカルペアで一重項状態が基底状態なのはごろごろあるぞ。
320:あるケミストさん
04/01/27 04:33
エチレンを９０度ひねったもの。
321:あるケミストさん
04/01/27 12:06
>320
それは分子構造が安定じゃないだろ？ 電子構造は安定だけど。
322:あるケミストさん
04/01/27 18:19
回転障壁求める時に計算するけどね。
323:あるケミストさん
04/01/27 22:48
antiferromagneticの計算はメチャクチャ難しいぞ。
324:あるケミストさん
04/01/28 10:22
>>323
antiferromagneticの計算をされたことがあるのですか？
具体的にはどのような点がむづかしかったですか？
325:あるケミストさん
04/01/28 21:38
>>323
漏れも知りたい。
326:あるケミストさん
04/01/29 21:56
進路を量子化学にするか決めるために、
「はじめての電子状態計算」という本を買って、
量子化学を齧ろうとしたのですが、
教科書の通りにＭＳ－ＤＯＳを操作しても途中でファイルを実行できません。
このソフトはＭｅでは無理なのでしょうか？
また、量子初心者が安く手に入る電子状態計算用のソフトってないでしょうか？
327:あるケミストさん
04/01/30 01:50
Dv-Xa は今時はやらないのでは・・・・・
MOPAC とかで遊んでみてはいかかでしょうか。
328:あるケミストさん
04/01/30 04:16
板違いかもしれないけど・・・
地球上の年降水量の平均値は約１０００mm、
地球上の水の平均の厚さは2940mといわれている。
地球上の水の入れ替え時間はいくらか？
おねがいします。
329:あるケミストさん
04/01/30 06:06
華麗にスルー
330:326
04/01/30 08:39
>327
ありがとうございます。
Dv-Xa ってもう古かったのですか・・・。
しかも、ＰＣに詳しい友人に聞いても起動できなかったので、
MOPACを探してみますね。
331:あるケミストさん
04/01/30 08:47
GAMESS ならタダだべ。
332:327
04/01/30 10:53
Dv-Xaは古いわけではないみたいですけど、
ユーザーのほとんどが
日本人なのではないかと思われます。
326さんも買った本があるので、
とっつきやすいからでしょう。
近所に使っている人がいますけど、
私は使ったことがないので、
評価に偏見が入りまくっています。
励起状態の計算がXPSなどの実験値をよく再現する
というのが、無機固体材料の実験系の私には魅力的に感じます。
333:あるケミストさん
04/01/30 11:04
僕は量子のことは素人だがGAMESS動かしてます。
334:あるケミストさん
04/01/30 21:53
量子化学入門に書いてあったけど、超簡単な例でSCF計算を紙と鉛筆でやると
SCF計算がどういうものなのかホント、勉強になるよね。
335:あるケミストさん
04/01/31 12:23
>>334
どんなんがある？
ブタジエン？
336:あるケミストさん
04/01/31 16:20
>>334
本の出版社と、計算の具体例きぼんぬ
337:あるケミストさん
04/01/31 19:21
量子化学入門だろ。
338:あるケミストさん
04/02/01 00:24
ザボにもあるぞ。HeH^+ のSCF計算。
339:あるケミストさん
04/02/01 03:22
反強磁性体の話なんだが、
1．singletとtripletの計算から計算する→paraかferro(antiferro)か分かる。
2．singletとそのoverlap積分で評価→励起状態がantiferroかferroか分かる。
で上手くparaとferroとantiferroの安定性が見積もれないかなぁ・・・
340:あるケミストさん
04/02/01 08:00
>>338
ザボとは？
341:あるケミストさん
04/02/01 15:09
>>340
ザボもしらんのか！
「新しい量子化学」の著者じゃよ。ザボりなさい。
342:あるケミストさん
04/02/01 21:28
SCF計算って何の略だっけ？
物忘れが激しすぎる。
343:あるケミストさん
04/02/01 21:42
>>342
Self Consistent Field
344:あるケミストさん
04/02/01 22:39
エネルギー計算するときって、ゼロ点補正って絶対にやらないとダメかな？
345:あるケミストさん
04/02/02 05:20
>>344
論文の質を左右するとな
346:あるケミストさん
04/02/02 11:39
chkファイルから特定のステップ後の構造を取り出す方法って、
あるですか？
347:あるケミストさん
04/02/02 14:28
>>346
朝飯前でそ。Gaussianのgeomの項目みろ。
348:あるケミストさん
04/02/02 15:40
B3LYPを日本語で分かりやすく説明するとどなるん？
349:あるケミストさん
04/02/02 18:23
>>348
びーすりーりっぷ
350:あるケミストさん
04/02/02 22:06
>>344
HF/3-21Gあたりでかるく計算して値の目星つけてから、
都合の良い値を適当に脳内補正しておけば、バッチリＯＫ。
脳内補正後、ちゃんとログファイルもちゃんと補正して
おくよーに。
351:あるケミストさん
04/02/03 00:00
>>348
似非非経験的分子軌道計算
352:あるケミストさん
04/02/03 00:38
>>348
錬金術
353:あるケミストさん
04/02/03 06:25
>>350-352
しばらくレスしなくていいよ
354:あるケミストさん
04/02/03 10:36
当たらずとも遠からじではなかろうかw
355:あるケミストさん
04/02/03 12:54
>>348
LSDA, Becke(1988年)交換、Hartree-Fock交換、および、
Lee-Yang-Parr相関の汎関数を３つのパラメータを用い組み
合わせて作られたBeckeによる交換・相関汎関数
かな？誰か添削してくれ。
>>351, >>352はそうかも知れんが、B3LYPには時々世話にな
ってるからな、まじめに書いてみた。
356:あるケミストさん
04/02/03 14:12
LSDA じゃなくて、
具体的に Slater 交換、Vosko-Wilk-Nusair 相関汎関数
って言った方が良かないかな？
357:あるケミストさん
04/02/03 15:05
物性のパラメーターが入ってくるよね？
そこがab initioな人が嫌うとこと聞いたけど。
358:あるケミストさん
04/02/03 15:54
そだね。DFTはab initioじゃないと言うひともいるし。しかし、B3LYPの結果は
なんでも良く合うんだな、これが。
MP2で計算できればそれに越したことないけど、扱っている系ができるわけねーじゃんってくらい
デカイからなー。
MP2を高速で計算できるソフトってないかな。Gaussianだとスクラッチが2G以上になるし、
いつまでたっても終わらないし、まったくだめだ。
359:あるケミストさん
04/02/03 16:42
B3LYP が合わないものもある。
万能と思うと痛い目にあうぜ。
360:あるケミストさん
04/02/03 22:20
ペンティアム４ ３ＧＨｚでは全然計算力が足りぬ！！！！！
ふごっっ！！ 励起状態の構造最適化が終わらぬ・・・・・終わらんのだ！！！！
つーかさ、計算機、自分でもちこみなんてマジかよ。＞○○先生
研究室で買ってくれよ！！ ＞○○先生
361:あるケミストさん
04/02/04 01:40
うむっ！！ 構造最適化は厄介だな！！！！
フルオプティマイズせずに、
部分的にオプティマイズしてみてはどうかな！！！！！
持ち込みって、ライセンスは大丈夫か！！？？？
362:あるケミストさん
04/02/04 05:10
最新のマックで計算しているﾔｼっていないの？
「コピーちょいと貸すから、自宅でも計算して早く結果だしなさい」
ってなことなりそう。
363:あるケミストさん
04/02/04 11:10
漏れ、PowerBook で計算してるよ。
GAMESS 入れて。
364:あるケミストさん
04/02/04 22:12
みんな、ちゃんとまじめに計算やってますか？
365:あるケミストさん
04/02/04 22:20
>>361
修論締め切りに間に合いそうにない！！
みんな、オラに力（ＣＰＵパワー）をわけてくれっ！！！
つーかさ、励起状態の構造の振動数も求めろなんて、無理なこと
いってんじゃねーよ ＞○○先生
重原子何個あんのか知ってるだろ。
ぜってーおわらねーよ ＞○○先生
366:あるケミストさん
04/02/04 22:53
>>365
ぬーめりかる？
367:あるケミストさん
04/02/05 08:26
先生!
UHFOPNallocationfailourってなんですか？
最近QC以外で計算するとそんなのがでやがって
しかたなくQCで計算してるのですが
時間がかかりまくりやがるのです・・・
何で失敗するのか、というかなんでQC入れるとうまくいくのか
よくわかりません
誰か助けてください…
がうしあんです
368:あるケミストさん
04/02/05 10:30
誰か、ＣＰＨＦについて簡単に語ってくださいー。
369:あるケミストさん
04/02/05 18:44
系に電場、磁場、構造変化などの摂動(X)を加えたとき、HF方程式によって
決まる分子軌道係数(C)がどう変化するかを決定する方程式。
未知量 d^nC/dX^n に対する方程式
d^n(HF-eq)/dX^n|_{X=0} = 0 (n=1,2,3,...)
・・いまいちだな。誰か添削してくれ。
370:あるケミストさん
04/02/05 21:12
>>369
たしか、振動計算のとき使われるよね。
371:あるケミストさん
04/02/06 00:42
>>369
Gaussianで構造最適化するときも使ってる？ 一次微分の計算とか。
372:あるケミストさん
04/02/06 11:59
>>371
MP, CI, CCの場合はyes. HFの場合はno.
HFでは∂E/∂C=0なので、
dE/dx=(∂E/∂C)(dC/dx)+∂E/∂x=∂E/∂x
となって、dC/dxは必要ないから。
373:372
04/02/06 15:52
スマン、MP, CI, CCの場合も使ってないわ、たぶん。
Z-vector法（かその現代的アレンジ）を使ってる、きっと。
374:あるケミストさん
04/02/06 22:29
>>370
振動計算には∂E/∂Rα∂Rβ（Rα,Rβは各座標)を計算する必要があるが、このときは分子軌道の
係数の微分が表れる。
375:あるケミストさん
04/02/06 23:42
非調和項（三次微分）を計算してくれる分子軌道計算ソフトってないかな。
376:あるケミストさん
04/02/07 13:04
LANL2DZってdouble zetaだけど、何を2個ずつとった基底関数系なんだろう
STO or CGTO ？？？
377:あるケミストさん
04/02/07 16:58
>>376
ロスアラモスのＥＣＰはＧＴＯに決まってるでしょ。
378:376
04/02/07 17:58
>>377
ありが㌧です
379:あるケミストさん
04/02/08 00:37
STOを直接扱う分子軌道計算ソフトはないだろう。あっても時間がかかるだけで、
メリットはまったくないと思うが。STOを使うんだったら、GTOの6-311Gとかcc-VQZ
とか使えば十分なんだし。
380:あるケミストさん
04/02/08 00:46
>>379
ADF は DFT だから分子軌道計算ソフトではないと仰るか。
381:あるケミストさん
04/02/08 10:17
>>380
ADFはSTOだけど積分計算をまともにやってないでしょ。
382:あるケミストさん
04/02/08 12:27
それを言うなら Gaussian だって交換相関項は数値積分じゃん。
383:あるケミストさん
04/02/08 15:19
>>379
求める物性によるのじゃない？
原子核付近の電子状態で決まるものや、
波動関数の裾野が重要な場合とかは、少ない展開項数で表現可能。
＃だが、展開項数少なくても、ＧＴＯより計算が楽かはまた別問題。
384:あるケミストさん
04/02/08 16:07
誰か教えてほしいのですが、ある分子のsolvent accessible
surfaceを、例えば1000m3/mol等と計算する手法と、それが
できるフリーのソフトありませんでしょうか？
385:あるケミストさん
04/02/08 16:33
皆様にお聞きしたい。
van der Waals interactionをそこそこ正確に見積もるのに
Gaussian98のB3LYP等を用いたDFT計算でよいのでしょうか？
当方の対象としている系は、錯体です。
386:あるケミストさん
04/02/08 16:44
DFT は長距離相関をうまく表現できないので
van der Waals をまともに表現できないというのが通説。
387:あるケミストさん
04/02/08 17:06
>>384
量子化学スレ的には微妙にスレ違いだが、確か多くのソフトウェアでは
数値的に求めてたんじゃなかったかな。
フリーソフトもあったような気がするが、なにぶん昔のことなので忘れた。
388:あるケミストさん
04/02/08 17:06
>>384
Cacheお試し版とか
389:あるケミストさん
04/02/08 19:11
>>382
ﾁﾐ、ADFがSTOをどう扱っているのか知らんでしょ？
390:あるケミストさん
04/02/08 19:17
>>389
そんなにええ加減なの？
391:あるケミストさん
04/02/08 19:28
>>385
DFTでVDWを評価してもrejectされるぞ。CPU的にDFTでしか計算できない
のなら、DFTで計算して論文ではMP2でやったと書いておけ。
392:あるケミストさん
04/02/08 19:36
>>391 は子ね
393:あるケミストさん
04/02/08 19:45
>>391
～～、DFTで計算してMP2で重要ないくつかの構造のみ検証して論文を書け。
（ってことね？）
394:あるケミストさん
04/02/08 19:47
>>389
知りたい、知りたい！
ただグリッド切って、足しこんでるんじゃなかったのね？
395:あるケミストさん
04/02/08 20:33
>>391は一週間、白衣着て研究しろ！
396:あるケミストさん
04/02/08 20:35
>>383
でも、GTOでたとえば6-311++G**程度の比較的大きな基底系だったら、原子核付近やテールの
部分のSTOを十分フィットしているんじゃない？ だったら、STOを使う意味ねーじゃんってこと。
397:あるケミストさん
04/02/08 21:21
基底関数の数を少なくしたいから STO を使うんじゃないのか？
あと、++ はより「広い」関数を追加するわけで原子核付近の改善には大して効果ないし、
** は目的が違うと思われ。
** も、6D や 10F が追加されたら、少しは効果あるかも知れんけど。
398:あるケミストさん
04/02/08 21:26
>>396 STOを十分フィット
してないんだな。例えば原子核の尖りは、有限個のGTOでは決して表せない。
「重なりが大きくなる＝解析的な性質も近づく」ではないことを知るべし。
それから、++や**を入れると基底関数は大きくなるけど、フィッティング
の向上には寄与してないよ。
399:398
04/02/08 21:27
うっ、かぶってしもた。
400:あるケミストさん
04/02/08 21:37
>>397, 398
そこがGTOの限界か。GTOは北斗神拳(STO)を決して越えられぬのだな。
ならばSTOを使いたいものだ。そういえば、学会でSTOで積分計算を解析的に
解く研究をみたことあったな。。。。。
401:あるケミストさん
04/02/08 21:48
>>400
> そういえば、学会でSTOで積分計算を解析的に
> 解く研究をみたことあったな。。。。。
激しく詳細ｷﾎﾞﾝﾇ
402:あるケミストさん
04/02/08 22:24
１０年前と違って今どきのパソコンはめちゃくちゃ速いんだから、ＳＴＯで量子化学計算できる
ソフトがでてくれてもいいんじゃねーのかなー。
ＧＴＯで説明できない実験結果がＳＴＯで説明できるかどうかだが。
403:あるケミストさん
04/02/08 23:18
STOでCASSCFやれるのはいつになんだろ？
404:あるケミストさん
04/02/09 00:53
>>386,391
ありが㌧。
やはりDFTでVDWはきついですか・・
MP2で、時間が有ればMP4,QCISD(T)とかでチャレンジして見ます。
しかし、VDWってそもそもどのくらいの精度でみつもれるんでしょうね。
405:あるケミストさん
04/02/09 01:22
>>391
学部四年の丁稚奉公からやりなおせ！！
406:あるケミストさん
04/02/09 01:34
>>404
それなりの値がだせるよ。んが、そもそも、この力は数kcal程度なので、
精度の高い計算が必須であることをお忘れずなく。
DFTでやってみるのも悪くない。で、DFTでうまく評価できなければそれは
それでよく知られているDFTの弱点を確認したことになるのでデータとしては
犬死にではない。
407:あるケミストさん
04/02/10 00:04
DFTによるvdWに関しては、はじめ希ガスの計算で問題になったけど、
十分大きなdifuseやSTOだったらそれなりに記述できるって話みたいだよね？
＃汎関数によるけど
結局、電子相関を電子密度で評価するからtailの振る舞いの違いが
顕著に出るってことなのかね？
あとそのような振る舞いも、ある程度大きな系であれば、他原子の
AOを借りてきて記述が改善される。
結局、希ガスのケースで誇張されて、目立ったデータになったと。
＃繰り返すけどやっぱり汎関数によるけど。
408:あるケミストさん
04/02/10 02:34
ポープル法ってなんですか？
研究で使うんだけど全然わからないんです
そもそも波動関数ってなんなんですか？
409:あるケミストさん
04/02/10 07:56
>>408
PPP法のことではないかと思われる。
410:あるケミストさん
04/02/10 08:53
>>408
>>そもそも波動関数ってなんなんですか？
波動砲を打つんじゃよ。
411:あるケミストさん
04/02/10 10:24
波動関数が何かってのが分からないのに研究で使うのか...。
大変だな...と言いたいが、量子化学の講義とか受けなかったのケ？
412:あるケミストさん
04/02/11 00:01
>>408
釣りはもういいよ。
413:あるケミストさん
04/02/11 04:00
>411
散々うけたんですけど
全然わかりませんでした
ppp法じゃないらしいんです
seegerとpopleが考えた方法らしいんですが
414:あるケミストさん
04/02/11 18:44
>>413
URLﾘﾝｸ(www.amazon.co.jp)
オススメ（＾＾）
415:あるケミストさん
04/02/11 19:15
デカイ基底系を使うと正しい結果が得られるとは限らない。
416:あるケミストさん
04/02/11 19:26
バランスが悪いとマズー
417:あるケミストさん
04/02/11 19:45
6-31Gでだめでも、3-21Gでも良い結果が得られるから不思議遊戯なんじゃ。
418:あるケミストさん
04/02/11 20:33
それは悪い悪いで合ってるだけではなかろうか。
色んなプロパティ見てたらボロが出ると思うよ。
419:あるケミストさん
04/02/11 21:54
そろそろ6-31G系使うの飽きてきたんで、cc-pVDZ使っている。
計算時間も結果もあまり変わらんがね。
420:あるケミストさん
04/02/11 22:54
>>418
完全に余談だが、「悪い悪いで合っている」ってどのくらいの
ローカル言語なんだろうな。
量子化学限定、ってことはないと思うのだが。
でも量子化学以外の人が言ってるのを聞いたことないな。
421:あるケミストさん
04/02/12 05:41
STO-3Gでも合ってしまう
422:あるケミストさん
04/02/12 06:11
>>420
この場合は基底関数の悪さと手法の悪さが相殺して
一見上手くいってるように見える、ということだけど、
こういう風に２つの近似が存在する理論一般で使えそうではあるナ。
423:あるケミストさん
04/02/12 17:39
悪さと悪さが相殺される例：
ＨＦ/ＳＴＯ－３Ｇで、Ｇｕｓｓｉａｎ習いたての卒研生にやらせる。
424:あるケミストさん
04/02/12 17:44
悪い悪いでも、とにかく実験と合ってればそれでいいじゃん。
深く考える必要はまったくなし。合ってれば何でもＯＫだよ。
425:あるケミストさん
04/02/12 19:07
華麗にスルー
426:あるケミストさん
04/02/12 21:48
実験と計算が一致しないより一致したほうがいいが・・・。しかし・・・。
427:あるケミストさん
04/02/12 23:48
GTOのf関数7種類全部教えていただけませんか？よろしくお願いします。
428:あるケミストさん
04/02/13 00:12
>>427
#gfinput
429:あるケミストさん
04/02/13 00:37
質問です。CuとKには4S軌道に電子が１つありますが、CuはKよりも第一イオン化エネルギーが高いそうです。
なぜ同じ4S電子を取るのにCuのほうがエネルギーが高いのですか??
430:あるケミストさん
04/02/13 01:17
>>429
CuとKじゃ、4s軌道のエネルギー准尉の値が違うからじゃねーのか？
431:あるケミストさん
04/02/13 01:53
>>427
複素でよければどうぞ。
f<sub>±3</sub> = <sup>1</sup>/<sub>4</sub> [(sqrt(5) f<sub>x<sup>3</sup></sub> - 3
f<sub>xy<sup>2</sup></sub>) ± (-i)(sqrt(5) f<sub>y<sup>3</sup></sub> - 3 f<sub>x<sup>2</
sup>y</sub>)]<br>
f<sub>±2</sub> = <sup>1</sup>/<sub>sqrt(2)</sub> [<sup>sqrt(3)</sup>/<sub>2</sub> (
f<sub>x<sup>2</sup>z</sub> - f<sub>y<sup>2</sup>z</sub>) ± i f<sub>xyz</sub>]<br>
f<sub>±1</sub> = sqrt(<sup>3</sup>/<sub>5</sub>) {[f<sub>xz<sup>2</sup></sub> - <sup>1</
sup>/<sub>4</sub> (sqrt(5) f<sub>x<sup>3</sup></sub> + f<sub>xy<sup>2</sup></sub>)] ± i[
f<sub>yz<sup>2</sup></sub> - <sup>1</sup>/<sub>4</sub> (sqrt(5) f<sub>y<sup>3</sup></sub> +
f<sub>x<sup>2</sup>y</sub>)]}<br>
f<sub>0</sub> = sqrt(<sup>3</sup>/<sub>22</sub>) [2 sqrt(5) f<sub>z<sup>3</sup></sub> - 3(
f<sub>x<sup>2</sup>z</sub> + f<sub>y<sup>2</sup>z</sub>)]
432:あるケミストさん
04/02/13 01:54
ちと変になった...。
まぁ、適当に繋いでくれ。
433:あるケミストさん
04/02/14 22:21
Local MP2という手法だと大きな系のMP2計算ができるって聞いたのですが、そもそもLocal MP2とは
なんでしょうか？ Gaussianで計算できますか？
434:あるケミストさん
04/02/16 20:51
>>433
Gaussianじゃ計算できないよ＜Local MP2
どうしてもMP2でやりたかったら、DFTで計算して適当に数値あわせておけばOK。
435:あるケミストさん
04/02/17 02:09
量子化学に興味があるのですが
この分野はどのような研究をするのでしょうか？
インターネットで色々しらべてみたのですが
蛋白質関係の研究に応用したり、有機合成の分野で応用したり等がありました。
この分野はむずかしそうですね
436:あるケミストさん
04/02/18 23:53
分子量計算をするHPを見つけました。
携帯電話からも使えます。
結構、便利です。
URLﾘﾝｸ(molcal-web.hp.infoseek.co.jp)
437:あるケミストさん
04/02/19 07:18
ウホッ！ いいHP
438:あるケミストさん
04/02/19 20:07
>>436
IPさらされるのは勘弁。
439:あるケミストさん
04/02/19 21:30
携帯から使えば所属はばれないな。
440:あるケミストさん
04/02/28 17:51
酸化鉄を計算するのに、まずはアセチレンのCをFeにし、HをOに置き換えた
モデルで調べる必要があると指導してるセンコウが言いました。
俺は「アホか？」と思ったのですが、やはり量子化学的に考えてこのような
モデルで計算するのは重要なんですかね？
441:あるケミストさん
04/02/28 22:32
>>440
まぁ、分子軌道計算をするなら、言っていることは間違ってないな。
442:440
04/03/01 16:44
>>441
具体的には、どのような点で間違っていないのでしょうか？
酸化鉄とは全然かけ離れたモデルで計算しても、それから目的物質に
関することなど、何も得られないと思ったのですが・・・
443:あるケミストさん
04/03/01 20:33
お聞きしたいのですが、Gaussian03の周期的境界条件を用いた計算や、
第一原理分子動力学法を用いた計算などは、使い勝手よいでしょうか？
導入するかどうか迷っております。
444:あるケミストさん
04/03/01 21:19
>>443
その手の計算はもっともっともっと良いソフトがあるので、それを使った方が絶対に良い。
もちろんできなくはないがGaussianは万能ではない。時間の浪費をしないためにも、
使えるソフトを導入すべき。まぁ、ONIOMを使いたいというならGaussianもいいだろう。
445:あるケミストさん
04/03/01 22:41
>444
ありが㌧。
あまり良くないと言う噂を耳にした事は有ったのですが、やはりそうですか。
ちなみに、そのような計算を行う良いソフトをフリーソフトも含めてご存知
でしたらお教えください。よろしくお願いします。
446:あるケミストさん
04/03/02 02:06
ここはGaussianに詳しい方々が多いようなので、お聞きしたいのですが、
構造最適化を行っている最中に、以下のようなメッセージが出て止まって
しまうのですが、どのように改善すれば計算ができるでしょうか？
収束条件の問題なのでしょうか？周りに詳しい人がいないので困ってます。
Restarting incremental Fock formation.
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UHF) = -2164.62336392 A.U. after 65 cycles
Convg = 0.7423D-04 -V/T = 2.0006
S**2 = 0.7670
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.7670, after 0.7501
Convergence failure -- run terminated.
447:あるケミストさん
04/03/02 05:35
>>442
例えば、酸化鉄の計算をする前にどのような軌道が得られるか想像できるなら、
いきなり計算しても得られた結果が正しいか判断できる。
センコーどうのより、誰が計算してるのかによるんじゃん？
448:442
04/03/02 09:15
>>447
そうですか～。レス、ありがとうございます。
>>446
>SCF Done: E(UHF) = -2164.62336392 A.U. after 65 cycles
これは、SCF計算が65サイクルで収束しなかったからなので、
ルートセクションに IOp(5/7=…)と入力して最大サイクル数を
多くすればいいよ
例．最大サイクル数を300にしたいのなら、IOp(5/7=300)と入力
449:あるケミストさん
04/03/02 11:40
>>448
ここの原子レベルでの電子状態を知りたいならいいけど、バルクの物性を調べることはできない。
>>447も言っているが、何を調べたいかによるわけだ。
バルクの計算がしたいなら、バルクの計算をせよ。
450:あるケミストさん
04/03/02 19:41
>>448
ありがとう。
やってみます。
451:あるケミストさん
04/03/02 23:25
>>450
それで回らなかったら、
(1) scf=vshift=500,maxcycle=600
(2) scf=qc,maxcycle=300
を追加して試せ。
452:あるケミストさん
04/03/03 19:48
>>451
ありが㌧。
今の所まわってます。
453:あるケミストさん
04/03/03 20:33
広島大学の青木先生の研究、または
研究室に関する情報を御存知の方は
いらっしゃいませんか？
HPでは情報が少なかったので、
よろしければ教えてください。
454:あるケミストさん
04/03/03 20:38
>>453
青木先生、九大だよ。