04/01/07 13:59
>173
3-21Gはﾀﾞﾒﾎﾟですか？
178:あるケミストさん
04/01/07 14:04
サイクル数って、MaxcycleやIOpで決めれるよね
っていうか、最適化の時なんかに１ステップで要する
サイクル数は、どれくらいが許せる範囲なの？SCF=QCや
収束条件を変えたら、変わってくると思うんだけど
ある人は200サイクルなんかだったら、そんなんだめだと
言ってたけど・・・
179:あるケミストさん
04/01/07 14:19
サイクル数より時間。
180:あるケミストさん
04/01/07 14:24
化学科の人はいまつか？
181:あるケミストさん
04/01/07 14:41
>>177
3-21Gで計算しても論文通らないだろｗ
182:あるケミストさん
04/01/07 14:46
4-31G 最強伝説
183:177
04/01/07 15:23
>>181
3-21Gでも基底関数330ぐらいなのだが…
皆の基底関数は、どれくらいなの？
184:あるケミストさん
04/01/07 15:52
系が大きくなると、ある程度は周りの基底関数が表現力を補ってくれる。
185:あるケミストさん
04/01/07 16:43
初歩的な質問ですいませんが、Cube=Densityで電子密度をファイルに書き込んだのですが、その電子密度の見方がわかりません。誰か教えていただけませんか？以下のようなファイルになりました。
SCF Total Density
2 -5.483229 -5.483229 -6.518402
38 0.297877 0.000000 0.000000
38 0.000000 0.297877 0.000000
45 0.000000 0.000000 0.297877
7 7.000000 0.000000 0.000000 1.035173
7 7.000000 0.000000 0.000000 -1.035173
1.63471E-09 2.30422E-09 3.19275E-09 4.35241E-09 5.84208E-09 7.72658E-09
1.00748E-08 1.29565E-08 1.64371E-08 2.05705E-08 2.53891E-08 3.08936E-08
3.70411E-08 4.37356E-08 5.08222E-08 5.80873E-08 6.52651E-08 7.20529E-08
7.81322E-08 8.31941E-08 8.69662E-08 8.92373E-08 8.98770E-08 8.88483E-08
8.62107E-08 8.21149E-08 7.67884E-08 7.05146E-08 6.36071E-08 5.63828E-08
186:177
04/01/07 17:30
>>181
も一つ
みんなは初めから、6-311+G*あたりで最適化とかしてるんですか？
程度の低い基底関数で最適化し、そのchkを別の基底関数で再最適化
するってことは、してますか？
俺の系だと、そうしないと無理ぽかも
187:あるケミストさん
04/01/07 17:40
今年初の自演ｷﾀ━━━(ﾟ∀ﾟ)━━━ !!!!!
ｷﾀ━━━(ﾟ∀ﾟ)━━━ !!!!! ｷﾀ━━━(ﾟ∀ﾟ)━━━ !!!!!
さすが無職・ダメ板ｗｗ
ｽﾚﾘﾝｸ(dame板:544-545番)
188:あるケミストさん
04/01/07 18:11
>>186
こっちは、ある程度大きな基底系でないと正しいところに収束すらしないので、構造最適化
計算可能なデカイ基底をぶち込む。これ最高。ただし、初期構造を丁寧に入れないと
ひたすら時間がかかるので、初心者にはオススメできない。
189:あるケミストさん
04/01/07 18:50
最適化で前の（低い関数の）chkを使こうて、より高いので最適化する
のは聞いたことあるけど、SPでもそれは出来るんかな？
今のjobが終わったら、試してみようっとw
190:あるケミストさん
04/01/07 20:59
ガウシアンでも周期構造（たとえば結晶）のシングルポイント計算が
出来ると聞いたのですが、どなたかご存知の方教えてください。
キーワードだけでも助かります。
マニュアルのどこに書いてあるのかがわからないので。
191:あるケミストさん
04/01/07 21:04
>>190
悪いことは言わんからやめとけ。
別の専用ソフトを使った方がいい。
192:あるケミストさん
04/01/07 22:05
んだ。あれはまだまだ未完成品だ。
193:あるケミストさん
04/01/07 22:06
>>189
GUESS=READ GEOM=ALLCHECK いれとけば計算できんじゃない？
194:あるケミストさん
04/01/07 22:41
>>190
Cartesianで分子構造をinputした後に並進ベクトルを入力すればPBC計算できるよ。
具体的なinputの書き方はOn-lineマニュアルのSpecifying Periodic Systemsの項を
見ればよい。
URLﾘﾝｸ(www.gaussian.com)
ちなみに構造最適化も可能。
>>191
確かにCRYSTALが使えればそっちの方が完成度が高い。
でも、高くてなかなか使えないでしょ。
195:あるケミストさん
04/01/08 09:25
>>194
俺はPBC使って計算してるけど、TVを理解するのは大変だったよ
196:あるケミストさん
04/01/08 09:28
>>194
どうもありがとうございます。
197:あるケミストさん
04/01/08 09:43
>>196
TVの指定の仕方、分かったのかな？
198:あるケミストさん
04/01/08 12:19
>>197
196ですが、TVは単なる並進ベクトルと理解しましたが・・・？
自分はAu(111)面の2層のスラブを計算したいので、
下記のように分子座標を指定しようと思っていますが
何か間違っているでしょうか？
Au, 0. , 0. , 0. ←第1層
Au, 0. ,+1.665653,-2.35589 ←第2層
TV,+1.442498, 0. , 0.
TV,-1.442498, 0. , 0.
199:198
04/01/08 12:40
訂正
TV,+1.442498, +2.498480 , 0.
TV,-1.442498, +2.498470 , 0.
200:197
04/01/08 12:46
>>199
これだと、一つ目に指定したAuと二つのTVが同一直線上に
存在することになり、計算をするとTVの指定が変だよ
ってエラーが出ると思いますよ
パート1の764の書き込みは、TV指定で参考になると思いますよ
201:197
04/01/08 12:51
>>199
ごめん、間違えたよ。199でTVのY座標を訂正してるから
これだと計算できるよ
202:198
04/01/08 16:04
>>201
レスどうもありがとうございました。
203:あるケミストさん
04/01/10 18:42
LSDAって、スピンに重点をおいた計算はまかせとき って
いう方法と解釈して、いいですかね？
204:あるケミストさん
04/01/10 21:45
LSDA 程度の精度で「まかせとき」は無い気が...。
GGA でも「まかせとき」かどうかと言われるとどうかなぁ。
DFT は具体的に何がどう効いてダメなのかが
分かりにくいのが欠点だよな。
URLﾘﾝｸ(www.geocities.co.jp)
205:あるケミストさん
04/01/11 11:35
Gaussian 98で構造最適化しているのですが、
エネルギーが細かく振動して、最適化が終了しません。
何かよい対策は無いでしょうか？
206:あるケミストさん
04/01/11 13:00
２つの構造の中間の構造を自前で求めるとか...。
207:あるケミストさん
04/01/11 15:15
>>205
SCFキーワードにVshiftオプションを入れたらどうでしょうか。
Vshift=___の値をいろいろかえてみるといいと思います。
208:あるケミストさん
04/01/11 15:38
>>205
Opt=Tight
209:205
04/01/11 16:27
>>206
ほんとにわずかな構造差みたいなのです。
いったん最適化を止めて、
Opt=CalcFC
を実行しても、だめでした。
>>208
Opt=Tight
を使うと構造最適化の収束条件が厳しくなって、ますます収束しないのでは？
>>207
SCF自体はできているので、Vshiftが効くとは思いませんでしたが、試しにやってみようかと思います。
210:あるケミストさん
04/01/11 16:45
Tight はフォースのカットオフも変わるので
全く効果が無いということはないかも。
収束アルゴリズムを変えてみては？
211:205
04/01/11 16:49
>>210
opt(nolinear)は試してみました。
他に、試す価値があるものがあったら教えていただけないでしょうか。
212:あるケミストさん
04/01/11 18:49
>>211
Opt=VTight
213:あるケミストさん
04/01/11 18:51
>>205
>エネルギーが細かく振動して、最適化が終了しません。
という意味なのかよーわからんが、がうし餡教科書にフラー連を
例にして、Opt=Tightが載っておった。
>>210が云う効果があるのかも。
214:あるケミストさん
04/01/11 20:15
>>205
DFT使っているなら、MP2でやってみろ。
SCF=TIGHT, SCF=QC, OPT=CALCALL, OPT=BIG, SCF=VSHIFT=0, 50, 200, 500, 1000をそれぞれを全部試せ。
215:あるケミストさん
04/01/11 21:28
>>214
それ釣ってるだろｗ
216:205
04/01/11 21:55
>>213
エネルギーが
A -> B -> C -> 非常にAに近い値 -> 非常にBに近い値 -> 非常にCに近い値 ...
と延々と続くのです。
A, B, Cの値も非常に近い値なのです。
217:205
04/01/11 21:58
>>214
他の類似分子も計算しているので、それらの整合性をとるため計算のレベルを変えられないのです。
あと、私のパソコン（2.8GHzペンティアム４）では、構造最適化のサイクルが
一日3回程度しか回らない程度の大きさの分子なので、
あまり全部試すのも難しいという事情があります。
218:あるケミストさん
04/01/11 22:11
エネルギーが近いのはいいけど、
構造はどうなの？ 近いの？
219:205
04/01/11 22:16
>>218
構造もGaussViewで見る限りほとんど区別がつかないように見えます。
220:あるケミストさん
04/01/11 22:33
A, B, C の構造を足して３で割ったところからはじめてみたら？
221:あるケミストさん
04/01/12 11:13
>>217
だったらそこから出発して、SCD=CONV=5とかして、無理矢理収束させちゃいばいいじゃん。
どうせ教授にはばれやしないってｗ
222:あるケミストさん
04/01/12 11:16
>>221 は研究者失格
223:あるケミストさん
04/01/12 14:02
いま、Fe2O3の計算をしようと考えちょります。
Gaussianでは反強磁性を再現出来るのでしょうか？
パート1ではCASSCFをすればいいとあったのですが･･･ 多重度1って、電
子を全部対にするからダメなんじゃないと思ふのでつが
ちなみに、反強磁性物質の表面クラスターモデルを無理やり多重度1でやるとい
うのは、第三者から見てダメポでつか？
224:あるケミストさん
04/01/12 14:06
>>223
いろんな多重度で計算してみてはいかがでしょうか？
225:223
04/01/12 14:10
>>224
といふことわ、最もエネルギーが低くなった多重度でcalc.すれば
いいということですかねぇ？
論ヴンにする時、通用できるか気になります
226:あるケミストさん
04/01/12 18:30
>>221
反省文を書くまで、書きこみ禁止
227:223
04/01/13 14:10
っていうか、Gaussianで反強磁性を計算している香具師さんってい
るんでつか？
もしいたら、情報よろしこ
228:あるケミストさん
04/01/13 22:13
量子化学計算で磁性体を研究している結構有名な研究室はあるよね。
こんなところに名前を出すのはどうかと思うので出さないけど。
229:223
04/01/14 10:30
強磁性体とかだと、多重度高くしたらいいけどね
Gaussianで多重度1は電子を全部対にしてても、
MRSCFやCASSCFなんかで電子相関考慮したら反強磁性を再現できる
って、研究室の講師が言い張ってるんだけど、どうよ
230:あるケミストさん
04/01/14 10:47
>MRSCFやCASSCF
だったらもりぷろ
231:223
04/01/14 11:04
>230
もりぷろって、何ですか？？？
232:あるケミストさん
04/01/14 11:36
>>231
CASやるなら絶対にMolcasだろ。Gaussianはﾀｺ。
233:あるケミストさん
04/01/14 12:26
>>231
Molpro
URLﾘﾝｸ(www.molpro.net)
>>232に同意。Gaussianはｲｶだ。
234:あるケミストさん
04/01/14 12:27
学会で「もりぷろ」って言うと恥かくからなｗ
「もるぷろ」だぞ。
235:あるケミストさん
04/01/14 13:12
開殻一重項状態を探せるという意味ではそのとおり。
でも、求めた開殻一重項状態が本当の反強磁性に対応しているかどうかを
示すのは、簡単ではないんじゃないかな。つまり、波動関数の情報から、
スピンの秩序状態を示す情報を抜き出すのをどうやるのか。
236:あるケミストさん
04/01/14 14:52
スピン相関関数求めればいいんでないの？
237:223
04/01/14 15:14
>235
>開殻一重項状態を探せるという意味ではそのとおり
講師にもそう言われました。
238:あるケミストさん
04/01/14 15:48
お前ら、Gaussianについてかなり詳しそうだから聞きたいのですが
1.Scanの方向を変える、例えば2変数を扱う場合、順番を入れ換える場合、エネルギーが変わることがある
2.Scanしているある点と一点計算のエネルギーが変化していることがある
この2点について詳細にわかる香具師いますか？ｗ
239:あるケミストさん
04/01/14 18:25
>>236
どうやって求めるんでしょうか？＜スピン相関関数
240:177
04/01/14 19:54
がうしあんの教科書見たら、CASは心臓の弱い者には向いて
ないってあるよー
活性空間軌道の数と活性空間内の電子の数～・・・
分かんねーよぉ
241:あるケミストさん
04/01/14 21:11
>>240
だから、もりぷろをやると勉強になるんだよ。
242:あるケミストさん
04/01/14 23:12
>240 がうしあんの教科書見たら、CASは心臓の弱い者には向いて
ないってあるよー
English School（Gaussian系,HFベース）とScandinavian School（Molpro, Molcas系,CASベース）
の哲学はお互いに相容れないからな。ストレートに受け取っちゃだめだね。
243:あるケミストさん
04/01/14 23:37
Ｄ・Ｆ・Ｔ！！
244:あるケミストさん
04/01/14 23:57
Ｃ・Ａ・Ｓ！！ Ｃ・Ａ・Ｓ！！
245:あるケミストさん
04/01/15 10:54
多重度1での計算で、Gaussianが機械的にどの原子にもスピンゼロ
としていると考えるとすると･･･
Uつけて多重度1で計算してスピンがゼロでも、本当に電子を全部対に
して計算しているかどうかは明言できないと思うなぁ～
って、俺の考えは皆は拒否かな･･･
246:あるケミストさん
04/01/15 11:59
金属を含んだ錯体の計算って、得られたHOMOとLUMOだけでは
どこが活性部位かとか、分からへんって聞きました。
ホンマですか、それって。じゃあ、どうやってMOを議論すればいいの(ToT)
量子計算ヤレっていった教授や助教授は、二人とも「分かるわけ無いだろ。
計算は君がやってるんだから、何とかしろ」っていふのです～～･･･
247:あるケミストさん
04/01/15 12:05
>>246
そりゃそーだ。金属の空軌道に配位子の電子（軌道）が混ざってくるんだから、HOMO LUMOの
軌道みて、活性部位がわかるわけがない。Closed shellな金属なら話はべつだけど。
248:246
04/01/15 12:25
>247
具体的にどんな感じに議論すれば、いいんだろう～
金属を含んだ系の理論的な考察って、むづかしすぎる (><)
249:あるケミストさん
04/01/15 13:00
何かそういうことしてる論文でも読んでみたら？
250:あるケミストさん
04/01/15 15:11
錯体のホモ・ルモって、エネルギーの差が殆どないもの？
縮退してるん
俺は錯体しらんから、よく分かんねーや
251:あるケミストさん
04/01/15 15:41
>>250
それ咲くﾀｲの教科書に載ってたよーな
252:あるケミストさん
04/01/15 16:26
金属は難しいねー。鉄の計算やったことあるけど、スピンはあうのに電荷はまったくあわない。
マリケンでもナチュラルでもだめ。まったくだめ。
253:あるケミストさん
04/01/15 17:31
あーgaussian使っていたら、計算しぱーい。で、この場合ってメモリ解放される
のですかね？500MBも確保して計算していたので・・
254:あるケミストさん
04/01/15 17:56
>253
再起動かけたら、解放されるんですかね？
私はそう思っていたのですが
誰か、情報宜しくお願いします
255:253
04/01/15 18:30
>>254
再起動かけたら解放されるとは思うのですが･･･。
再起動以外ではなにかないでしょうか･･･。
256:あるケミストさん
04/01/15 19:48
>>253
Windows??
257:あるケミストさん
04/01/15 21:08
>>253
Windows95 ほどボロい OS でもなければ
開放漏れってのはない。
258:253
04/01/15 21:13
レスサンクス。たしかに、Linux系はメモリ管理ちゃんとしているはずなんですが、
以下のページ見て、不安になったもので。エラー終了だと漏れもあるのかなと。
topコマンドで見たところ、メモリ食うjobないのに、フリーのメモリが少なくて
がくがくぶるぶる感倍増ってとこだったんで。たぶん漏れはないですよね･･･
URLﾘﾝｸ(www.nara-wu.ac.jp)
259:あるケミストさん
04/01/16 09:34
GaussianでSCF=VShift以外にOpt計算を収束しやすく
させる方法って、無いですか？
Gaussian03使ってるんですけど、何故か自分が作ったモデル
だと、SCF=VShiftを使うとエラーになってしまうんですよ
260:あるケミストさん
04/01/16 10:42
>>259
初期構造が悪すぎるんじゃない？
261:259
04/01/16 10:49
初期構造はX-rayで得られた座標データを用いているよ
最適化しているのは、X-rayでわからない
HだけをOpt=Z-matrixで可変にしてるんだけど･･･
262:あるケミストさん
04/01/16 16:24
>>147氏
>Fock を F'=F+SCv(C^T)S （^T は転置）と変換すると、
>F' は F'C=SCε' （ε'=ε+v, v は VShift）を満たす。
>あとはε' から v を引いてやれば全く同じ結果が得られる。
勉強しているけど、分かんないよ～
まだまだ、初心者だな、俺って
263:あるケミストさん
04/01/16 16:26
(C^T) S C = 1 がヒント。
264:あるケミストさん
04/01/16 21:31
>>262
ざぼれ！
↑
この意味わからんかったら致命傷
265:あるケミストさん
04/01/17 02:16
ザボる人の例(1)
URLﾘﾝｸ(www.starchild.co.jp)
266:あるケミストさん
04/01/17 02:18
ザボーガーｷﾀﾜｧ.*･゜ﾟ･*:.｡..｡.:*･゜（n‘∀‘)ηﾟ･*:.｡. .｡.:*･゜ﾟ･*!!!!!
267:あるケミストさん
04/01/17 07:12
おまえら、年齢ばれてるぞｗ
268:あるケミストさん
04/01/17 08:22
Windows 2000上でGaussian 98Wをつかって、
DFT計算で分子の振動数を計算しています。
同系統の分子で、大きい基底を使っていくと、
あるところで、
Link died!
といって、計算できなくなります。
時間がかかっても、やって見たい計算があるのですが、
何か、うまく計算を実行する方法はないでしょうか。
269:あるケミストさん
04/01/17 09:10
>>268
RWFが2G超えてない？
それに、ちょっと基底関数を大きくするだけでも、計算時間は
莫大に大きくなるよ。それこそいくら待っても終わらないくらいに。
270:あるケミストさん
04/01/18 02:31
良スレage
271:268
04/01/18 23:03
>>269
コメントありがとうございます。
RWFが2GBを越えているかどうかは、どのようにして知ることができるのでしょうか？
また、越えている場合に、計算時間を度外視しても計算を実行したいとしたら、
Gaussian 98w for windowsの場合にどうすればよいのでしょうか？
トウシロウな質問で申し訳ないのですが、ぜひご教授お願いします。
272:あるケミストさん
04/01/19 00:33
>>271
link died!が出たときのrwfの容量をﾁｪｯｸしる！
振動計算だとﾒﾓﾘｰが足りないかもしれんな。freqmemでﾁｪｯｸしる！
273:あるケミストさん
04/01/19 11:27
>>268
%RWF
274:あるケミストさん
04/01/19 21:24
院試のため量子化学勉強しようと思ったのですが、買ってきた演習書が
むずかしくてよくわかりません。
簡単な演習を載せたわかりやすい参考書おしえてください・・・
275:あるケミストさん
04/01/19 21:29
>>274
物理化学の教科書に演習がたくさんついとるべ
たとえば、あときんずやばーろー
276:274
04/01/19 21:45
アトキンス厚くて苦手意識あるんですけど薄くていいやつってないですか？
277:あるケミストさん
04/01/19 22:34
別に全ページ量子化学なわけじゃないし、
アトキンスでいいんじゃない？
278:274
04/01/19 23:01
いやー細かい理論が多くてなんか・・・
279:あるケミストさん
04/01/19 23:21
>>278
量子化学のなにを勉強したいかによるな。電子状態の計算手法を理解したいなら莫大な
数式と格闘しなければならぬ。これは通らねばならぬ道。
量子力学の知識がなくて、概念だけさくっと知りたければ「なっとくする量子化学」でも読んでおけ。
280:あるケミストさん
04/01/19 23:24
ノート
281:274
04/01/19 23:26
因子とけるだけの力がほしいというか・・・
最低限アトキンスですかね
282:268
04/01/19 23:36
>>272
freqmemはWindows版でも使えますでしょうか？
283:あるケミストさん
04/01/20 07:26
>>281
あときんすやれ
284:初心者
04/01/20 20:01
みなさんGaussianについて詳しいみたいなので質問します。
イソプロピル基が置換している分子で反転運動によるシングルポイント
エネルギー計算を求めたいのですが簡単な方法は無いですか？
直接座標入力する以外にないでしょうか？
285:あるケミストさん
04/01/20 20:28
＞みなさんGaussianについて詳しいみたいなので質問します。
詳しくないので余所いって聞いてみてください。
286:初心者
04/01/20 22:40
>>285
余所ってどこ行けばいいですか？
287:あるケミストさん
04/01/20 23:11
ここでいいけど、
初心者っていう名前は印象良くないのでやめた方がいい。
URLﾘﾝｸ(www.geocities.co.jp)
Z-Matrix をうまく書けば、
反転前と後での座標を
あるパラメータをちょっと変えるだけで
表現できるはず。
288:中級者
04/01/21 00:35
>>286ですけど
ちょっと考えてみます ありがとうございます
289:悩める3年生
04/01/21 21:03
理学部3年です。
ドラッグデザインに興味があって理論化学の研究室に入ろうと思っています。
将来的には製薬会社で研究をしたいと思っているのですが、無謀でしょうか？
飛び級して大学院に編入する試験を受ける許可が下りたので、
研究室を明後日までに決めて提出しなければなりません。
忠告、アドバイスなどありましたら、お願いします。
290:あるケミストさん
04/01/21 21:16
>>289
スレ違い
291:あるケミストさん
04/01/21 21:31
金属等のクラスターの各エネルギー準位にピークを持つ
ローレンツ関数の足し合わせで電子状態密度DOSを表す方法が
あると思いますが、5s、5p、5d、6s、・・・などの各成分の
partialDOSはどのようにすれば求まるのでしょうか。
292:あるケミストさん
04/01/21 22:09
竹島、尖閣諸島にせまる ア ジ ア 各 国 ＝ 中国・韓国 の侵略行為に対抗しよう！
ノービザ渡航廃止！ ＯＤＡ廃止！ 不法滞在者の強制送還！
＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
.∧＿∧ 【えー抗議メール、抗議メールいかがッすかァ？ 】
（ ´∀｀） . ￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
( つ|□□□| 自民党 （投稿フォーム）URLﾘﾝｸ(www.jimin.jp)
.| | 公明党 info@komei.or.jp 保守党 info@hoshutoh.com 民主党 info@dpj.or.jp
(_____)____） 日本共産党 info@jcp.or.jp 社民党 mail@sdp.or.jp
【外務省】URLﾘﾝｸ(www.mofa.go.jp)
ご意見募集（質問送信フォーム） URLﾘﾝｸ(www2.mofa.go.jp:8080)
【首相官邸】URLﾘﾝｸ(www.kantei.go.jp)
ご意見募集（送信フォーム） URLﾘﾝｸ(www.kantei.go.jp)
293:あるケミストさん
04/01/21 23:50
ま、率直に言うと>>290の言う通りスレ違いなんだが。
>>289
優秀な学生さんの夢を壊すようなことを書くのは気が引けるが、
製薬企業に入ってドラッグデザインをするのなら、そもそも理学部というのは
厳しい。今のドラッグデザインはバイオ系中心に回っているので、化学系だと
いわゆる「合成屋」や「分析屋」として採用されることがある程度か。
バイオ系でも、理学部からはほとんど採用されていないようだ。
量子化学スレに書いているということは計算機によるドラッグデザイン
に興味があるようだが、それなら院では薬学系に行くことをお薦めする。
ただ、そうなると飛び級はできないだろうけど。
294:あるケミストさん
04/01/21 23:56
そして書き忘れていたが、ドラッグデザインと量子化学はあまり
関係ない。
今のところドラッグデザインではほとんど古典力学だけで片付けている（完全に、ではないが）。
もちろん将来的にはどうなるかわからないが、生体高分子を扱う必要が
あるので、そう簡単にはいかないだろう。
295:悩める3年生
04/01/22 00:33
確かにスレ違いですね。
294さん、ありがとうございます。引き続き量子とは遠い話ですが、
うちの大学の理論化学では生体高分子の運動と機能の解明をやっています。
知り合いの先輩が計算した、とあるタンパク質の動的構造をシュミュレーションしたものを見せてもらいました。
それで、ドラッグデザインと関係があるような気がしていたのですが・・・
296:悩める3年生
04/01/22 00:39
確かにスレ違いでした。
294さんありがとうございました。引き続き量子とは遠い話で申し訳ないですが、
うちの大学の理論化学研究室では、少人数ですが、生体高分子の運動と機能の解明も研究しています。
知り合いの先輩が計算した、とあるタンパク質の動的構造のシュミュレーションを見せてもらった時に
ドラッグデザインと関係があるような気がしたのですが・・・
その先輩は研究熱心で就職のことなんて考えていないようでドラッグデザインとの関連を聞いても、
良く分からないと言っていたので伺いました。
297:あるケミストさん
04/01/22 01:33
>>289
実験系へ逝け。製薬に入りたいなら理論だけでは役に立たんぞ。
298:あるケミストさん
04/01/22 06:43
薬学部でも量子化学教えてるところもあるぜよ。
299:あるケミストさん
04/01/22 08:15
一応計算化学の領域なので、「スレ違いだ！」というほどではないのかな？
>>296
シム板なら速攻で「『シミュ』レーション」だ！とツッコミが入りそうだ。
たぶんタンパク質のMDのことだと思うが、確かに学会なんかでは
「ドラッグデザインへの応用も可能」と発表することが多いけど、
ぶっちゃけMDとドラッグデザインは直結しない。
MD+ドラッグデザインをやっている研究室も薬学部などにはあるけど、
それ以外のところは純粋にMDをやっているだけではないかな。
理学部でMDをやっていた、というのはあまり企業ウケは良くないと思う。
薬学部でドラッグデザインをやっている研究室であれば、必ずしも実験系で
ある必要はないとは思う。もちろん製薬企業に入るだけなら>>297の言う通り
実験系のほうが
はるかに有利だけど、computer-aided drug designをやりたいのなら
実験系に行くのはちょっと冒険。
繰り返しになるが、本当にドラッグデザインがやりたいのなら、飛び級を諦めて
薬学の院に行くことを勧める。
ただ、薬学部の院試は理学部と大幅に違うので大変だが。
300:あるケミストさん
04/01/22 08:52
GAMESS ならタダで手に入るしパソコンで動くので、
やる気があるなら量子化学を独学で勉強することができる。
301:あるケミストさん
04/01/22 15:13
>>300
おいおい、燃料投下するなよｗ
本気にしてしまうぞ。
302:あるケミストさん
04/01/22 20:13
そうだな。やる気と能力があれば、だな。
303:あるケミストさん
04/01/22 21:13
>>300
Gaussianもフリーにしてくれねーかなー。
304:あるケミストさん
04/01/22 22:05
>>303
昔はフリーだったがな。
305:あるケミストさん
04/01/23 01:11
動作保証も無かったけどな
306:あるケミストさん
04/01/23 01:13
座布団一枚
307:-
04/01/23 12:14
drug designをしたいというのは何故だろう。もちろん趣味は好き好きだが。。
生涯にわたってアイデアを出していくにはもっと生物を学んでからの方がでいいのではないだろうか。それこそ実験系のラボでバイトでもしながら。
308:あるケミストさん
04/01/23 14:45
Drug Designだったら正確に計算しなきゃならんからしんどいかも。大学のラボだったら
偉いひとは計算の結果しか見てないし、誰かに迷惑かかるわけじゃないから、テキトー
にごまかしておいても全然ＯＫだけどな。
309:あるケミストさん
04/01/23 19:40
>>307
趣味じゃないだろうと思うんだが…。
310:あるケミストさん
04/01/23 20:51
>309
307は嗜好のこと言ってるんじゃないか？
311:あるケミストさん
04/01/23 21:41
>>310
そうなのか。
まあ、確かにこのスレでドラッグデザインってのはスレ違いかなと。
必ずしも実験系・生物系とは限らないとは言っても、量子化学では遠すぎるだろうねえ。
>>308はたぶんそんなことはないかと。
古典がメインということは、むしろ量子化学以上にｺﾞﾆｮｺﾞﾆｮ
312:あるケミストさん
04/01/26 05:14
軌道の混成 の時の混成という現象について。
混成になる過程というのは解るんですが、
イマイチ"混成"というのがどういう現象の事なのか理解できません。
混成する各オービタルの電子が混合されているんですか？？
313:あるケミストさん
04/01/26 08:02
>>312
前に話題になったことだが、混成軌道というのは「実在」する概念では
なく、人間が便宜的に作ったものだということをまず指摘してみる。
もちろん、だから混成軌道を考えてもムダだ、という意味ではない。
314:あるケミストさん
04/01/26 10:04
最低エネルギー波動関数が一重項だけど、閉殻ではない
物質って、どんなのがあるでしょうか？よく考えても
分かりません
315:あるケミストさん
04/01/26 12:18
要するにただの基底変換でしょう。
316:あるケミストさん
04/01/26 12:47
>>314
一重項酸素原子とか。
317:あるケミストさん
04/01/26 22:06
>>314
簡単な例は、ラジカルペアの一重項状態。
318:あるケミストさん
04/01/26 23:06
>>316 >>317
それは、基底状態か？ 最低エネルギー波動関数って書いてあるぞ。
319:あるケミストさん
04/01/27 01:06
>>318
ああ、ラジカルペアで一重項状態が基底状態なのはごろごろあるぞ。
320:あるケミストさん
04/01/27 04:33
エチレンを９０度ひねったもの。
321:あるケミストさん
04/01/27 12:06
>320
それは分子構造が安定じゃないだろ？ 電子構造は安定だけど。
322:あるケミストさん
04/01/27 18:19
回転障壁求める時に計算するけどね。
323:あるケミストさん
04/01/27 22:48
antiferromagneticの計算はメチャクチャ難しいぞ。
324:あるケミストさん
04/01/28 10:22
>>323
antiferromagneticの計算をされたことがあるのですか？
具体的にはどのような点がむづかしかったですか？
325:あるケミストさん
04/01/28 21:38
>>323
漏れも知りたい。
326:あるケミストさん
04/01/29 21:56
進路を量子化学にするか決めるために、
「はじめての電子状態計算」という本を買って、
量子化学を齧ろうとしたのですが、
教科書の通りにＭＳ－ＤＯＳを操作しても途中でファイルを実行できません。
このソフトはＭｅでは無理なのでしょうか？
また、量子初心者が安く手に入る電子状態計算用のソフトってないでしょうか？
327:あるケミストさん
04/01/30 01:50
Dv-Xa は今時はやらないのでは・・・・・
MOPAC とかで遊んでみてはいかかでしょうか。
328:あるケミストさん
04/01/30 04:16
板違いかもしれないけど・・・
地球上の年降水量の平均値は約１０００mm、
地球上の水の平均の厚さは2940mといわれている。
地球上の水の入れ替え時間はいくらか？
おねがいします。
329:あるケミストさん
04/01/30 06:06
華麗にスルー
330:326
04/01/30 08:39
>327
ありがとうございます。
Dv-Xa ってもう古かったのですか・・・。
しかも、ＰＣに詳しい友人に聞いても起動できなかったので、
MOPACを探してみますね。
331:あるケミストさん
04/01/30 08:47
GAMESS ならタダだべ。
332:327
04/01/30 10:53
Dv-Xaは古いわけではないみたいですけど、
ユーザーのほとんどが
日本人なのではないかと思われます。
326さんも買った本があるので、
とっつきやすいからでしょう。
近所に使っている人がいますけど、
私は使ったことがないので、
評価に偏見が入りまくっています。
励起状態の計算がXPSなどの実験値をよく再現する
というのが、無機固体材料の実験系の私には魅力的に感じます。
333:あるケミストさん
04/01/30 11:04
僕は量子のことは素人だがGAMESS動かしてます。
334:あるケミストさん
04/01/30 21:53
量子化学入門に書いてあったけど、超簡単な例でSCF計算を紙と鉛筆でやると
SCF計算がどういうものなのかホント、勉強になるよね。
335:あるケミストさん
04/01/31 12:23
>>334
どんなんがある？
ブタジエン？
336:あるケミストさん
04/01/31 16:20
>>334
本の出版社と、計算の具体例きぼんぬ
337:あるケミストさん
04/01/31 19:21
量子化学入門だろ。
338:あるケミストさん
04/02/01 00:24
ザボにもあるぞ。HeH^+ のSCF計算。
339:あるケミストさん
04/02/01 03:22
反強磁性体の話なんだが、
1．singletとtripletの計算から計算する→paraかferro(antiferro)か分かる。
2．singletとそのoverlap積分で評価→励起状態がantiferroかferroか分かる。
で上手くparaとferroとantiferroの安定性が見積もれないかなぁ・・・
340:あるケミストさん
04/02/01 08:00
>>338
ザボとは？
341:あるケミストさん
04/02/01 15:09
>>340
ザボもしらんのか！
「新しい量子化学」の著者じゃよ。ザボりなさい。
342:あるケミストさん
04/02/01 21:28
SCF計算って何の略だっけ？
物忘れが激しすぎる。
343:あるケミストさん
04/02/01 21:42
>>342
Self Consistent Field
344:あるケミストさん
04/02/01 22:39
エネルギー計算するときって、ゼロ点補正って絶対にやらないとダメかな？
345:あるケミストさん
04/02/02 05:20
>>344
論文の質を左右するとな
346:あるケミストさん
04/02/02 11:39
chkファイルから特定のステップ後の構造を取り出す方法って、
あるですか？
347:あるケミストさん
04/02/02 14:28
>>346
朝飯前でそ。Gaussianのgeomの項目みろ。
348:あるケミストさん
04/02/02 15:40
B3LYPを日本語で分かりやすく説明するとどなるん？
349:あるケミストさん
04/02/02 18:23
>>348
びーすりーりっぷ
350:あるケミストさん
04/02/02 22:06
>>344
HF/3-21Gあたりでかるく計算して値の目星つけてから、
都合の良い値を適当に脳内補正しておけば、バッチリＯＫ。
脳内補正後、ちゃんとログファイルもちゃんと補正して
おくよーに。
351:あるケミストさん
04/02/03 00:00
>>348
似非非経験的分子軌道計算
352:あるケミストさん
04/02/03 00:38
>>348
錬金術
353:あるケミストさん
04/02/03 06:25
>>350-352
しばらくレスしなくていいよ
354:あるケミストさん
04/02/03 10:36
当たらずとも遠からじではなかろうかw
355:あるケミストさん
04/02/03 12:54
>>348
LSDA, Becke(1988年)交換、Hartree-Fock交換、および、
Lee-Yang-Parr相関の汎関数を３つのパラメータを用い組み
合わせて作られたBeckeによる交換・相関汎関数
かな？誰か添削してくれ。
>>351, >>352はそうかも知れんが、B3LYPには時々世話にな
ってるからな、まじめに書いてみた。
356:あるケミストさん
04/02/03 14:12
LSDA じゃなくて、
具体的に Slater 交換、Vosko-Wilk-Nusair 相関汎関数
って言った方が良かないかな？
357:あるケミストさん
04/02/03 15:05
物性のパラメーターが入ってくるよね？
そこがab initioな人が嫌うとこと聞いたけど。
358:あるケミストさん
04/02/03 15:54
そだね。DFTはab initioじゃないと言うひともいるし。しかし、B3LYPの結果は
なんでも良く合うんだな、これが。
MP2で計算できればそれに越したことないけど、扱っている系ができるわけねーじゃんってくらい
デカイからなー。
MP2を高速で計算できるソフトってないかな。Gaussianだとスクラッチが2G以上になるし、
いつまでたっても終わらないし、まったくだめだ。
359:あるケミストさん
04/02/03 16:42
B3LYP が合わないものもある。
万能と思うと痛い目にあうぜ。
360:あるケミストさん
04/02/03 22:20
ペンティアム４ ３ＧＨｚでは全然計算力が足りぬ！！！！！
ふごっっ！！ 励起状態の構造最適化が終わらぬ・・・・・終わらんのだ！！！！
つーかさ、計算機、自分でもちこみなんてマジかよ。＞○○先生
研究室で買ってくれよ！！ ＞○○先生
361:あるケミストさん
04/02/04 01:40
うむっ！！ 構造最適化は厄介だな！！！！
フルオプティマイズせずに、
部分的にオプティマイズしてみてはどうかな！！！！！
持ち込みって、ライセンスは大丈夫か！！？？？
362:あるケミストさん
04/02/04 05:10
最新のマックで計算しているﾔｼっていないの？
「コピーちょいと貸すから、自宅でも計算して早く結果だしなさい」
ってなことなりそう。
363:あるケミストさん
04/02/04 11:10
漏れ、PowerBook で計算してるよ。
GAMESS 入れて。
364:あるケミストさん
04/02/04 22:12
みんな、ちゃんとまじめに計算やってますか？
365:あるケミストさん
04/02/04 22:20
>>361
修論締め切りに間に合いそうにない！！
みんな、オラに力（ＣＰＵパワー）をわけてくれっ！！！
つーかさ、励起状態の構造の振動数も求めろなんて、無理なこと
いってんじゃねーよ ＞○○先生
重原子何個あんのか知ってるだろ。
ぜってーおわらねーよ ＞○○先生
366:あるケミストさん
04/02/04 22:53
>>365
ぬーめりかる？
367:あるケミストさん
04/02/05 08:26
先生!
UHFOPNallocationfailourってなんですか？
最近QC以外で計算するとそんなのがでやがって
しかたなくQCで計算してるのですが
時間がかかりまくりやがるのです・・・
何で失敗するのか、というかなんでQC入れるとうまくいくのか
よくわかりません
誰か助けてください…
がうしあんです
368:あるケミストさん
04/02/05 10:30
誰か、ＣＰＨＦについて簡単に語ってくださいー。
369:あるケミストさん
04/02/05 18:44
系に電場、磁場、構造変化などの摂動(X)を加えたとき、HF方程式によって
決まる分子軌道係数(C)がどう変化するかを決定する方程式。
未知量 d^nC/dX^n に対する方程式
d^n(HF-eq)/dX^n|_{X=0} = 0 (n=1,2,3,...)
・・いまいちだな。誰か添削してくれ。
370:あるケミストさん
04/02/05 21:12
>>369
たしか、振動計算のとき使われるよね。
371:あるケミストさん
04/02/06 00:42
>>369
Gaussianで構造最適化するときも使ってる？ 一次微分の計算とか。
372:あるケミストさん
04/02/06 11:59
>>371
MP, CI, CCの場合はyes. HFの場合はno.
HFでは∂E/∂C=0なので、
dE/dx=(∂E/∂C)(dC/dx)+∂E/∂x=∂E/∂x
となって、dC/dxは必要ないから。
373:372
04/02/06 15:52
スマン、MP, CI, CCの場合も使ってないわ、たぶん。
Z-vector法（かその現代的アレンジ）を使ってる、きっと。
374:あるケミストさん
04/02/06 22:29
>>370
振動計算には∂E/∂Rα∂Rβ（Rα,Rβは各座標)を計算する必要があるが、このときは分子軌道の
係数の微分が表れる。
375:あるケミストさん
04/02/06 23:42
非調和項（三次微分）を計算してくれる分子軌道計算ソフトってないかな。
376:あるケミストさん
04/02/07 13:04
LANL2DZってdouble zetaだけど、何を2個ずつとった基底関数系なんだろう
STO or CGTO ？？？
377:あるケミストさん
04/02/07 16:58
>>376
ロスアラモスのＥＣＰはＧＴＯに決まってるでしょ。
378:376
04/02/07 17:58
>>377
ありが㌧です
379:あるケミストさん
04/02/08 00:37
STOを直接扱う分子軌道計算ソフトはないだろう。あっても時間がかかるだけで、
メリットはまったくないと思うが。STOを使うんだったら、GTOの6-311Gとかcc-VQZ
とか使えば十分なんだし。
380:あるケミストさん
04/02/08 00:46
>>379
ADF は DFT だから分子軌道計算ソフトではないと仰るか。
381:あるケミストさん
04/02/08 10:17
>>380
ADFはSTOだけど積分計算をまともにやってないでしょ。
382:あるケミストさん
04/02/08 12:27
それを言うなら Gaussian だって交換相関項は数値積分じゃん。
383:あるケミストさん
04/02/08 15:19
>>379
求める物性によるのじゃない？
原子核付近の電子状態で決まるものや、
波動関数の裾野が重要な場合とかは、少ない展開項数で表現可能。
＃だが、展開項数少なくても、ＧＴＯより計算が楽かはまた別問題。
384:あるケミストさん
04/02/08 16:07
誰か教えてほしいのですが、ある分子のsolvent accessible
surfaceを、例えば1000m3/mol等と計算する手法と、それが
できるフリーのソフトありませんでしょうか？
385:あるケミストさん
04/02/08 16:33
皆様にお聞きしたい。
van der Waals interactionをそこそこ正確に見積もるのに
Gaussian98のB3LYP等を用いたDFT計算でよいのでしょうか？
当方の対象としている系は、錯体です。
386:あるケミストさん
04/02/08 16:44
DFT は長距離相関をうまく表現できないので
van der Waals をまともに表現できないというのが通説。
387:あるケミストさん
04/02/08 17:06
>>384
量子化学スレ的には微妙にスレ違いだが、確か多くのソフトウェアでは
数値的に求めてたんじゃなかったかな。
フリーソフトもあったような気がするが、なにぶん昔のことなので忘れた。
388:あるケミストさん
04/02/08 17:06
>>384
Cacheお試し版とか
389:あるケミストさん
04/02/08 19:11
>>382
ﾁﾐ、ADFがSTOをどう扱っているのか知らんでしょ？
390:あるケミストさん
04/02/08 19:17
>>389
そんなにええ加減なの？
391:あるケミストさん
04/02/08 19:28
>>385
DFTでVDWを評価してもrejectされるぞ。CPU的にDFTでしか計算できない
のなら、DFTで計算して論文ではMP2でやったと書いておけ。
392:あるケミストさん
04/02/08 19:36
>>391 は子ね
393:あるケミストさん
04/02/08 19:45
>>391
～～、DFTで計算してMP2で重要ないくつかの構造のみ検証して論文を書け。
（ってことね？）
394:あるケミストさん
04/02/08 19:47
>>389
知りたい、知りたい！
ただグリッド切って、足しこんでるんじゃなかったのね？
395:あるケミストさん
04/02/08 20:33
>>391は一週間、白衣着て研究しろ！
396:あるケミストさん
04/02/08 20:35
>>383
でも、GTOでたとえば6-311++G**程度の比較的大きな基底系だったら、原子核付近やテールの
部分のSTOを十分フィットしているんじゃない？ だったら、STOを使う意味ねーじゃんってこと。
397:あるケミストさん
04/02/08 21:21
基底関数の数を少なくしたいから STO を使うんじゃないのか？
あと、++ はより「広い」関数を追加するわけで原子核付近の改善には大して効果ないし、
** は目的が違うと思われ。
** も、6D や 10F が追加されたら、少しは効果あるかも知れんけど。
398:あるケミストさん
04/02/08 21:26
>>396 STOを十分フィット
してないんだな。例えば原子核の尖りは、有限個のGTOでは決して表せない。
「重なりが大きくなる＝解析的な性質も近づく」ではないことを知るべし。
それから、++や**を入れると基底関数は大きくなるけど、フィッティング
の向上には寄与してないよ。
399:398
04/02/08 21:27
うっ、かぶってしもた。
400:あるケミストさん
04/02/08 21:37
>>397, 398
そこがGTOの限界か。GTOは北斗神拳(STO)を決して越えられぬのだな。
ならばSTOを使いたいものだ。そういえば、学会でSTOで積分計算を解析的に
解く研究をみたことあったな。。。。。
401:あるケミストさん
04/02/08 21:48
>>400
> そういえば、学会でSTOで積分計算を解析的に
> 解く研究をみたことあったな。。。。。
激しく詳細ｷﾎﾞﾝﾇ
402:あるケミストさん
04/02/08 22:24
１０年前と違って今どきのパソコンはめちゃくちゃ速いんだから、ＳＴＯで量子化学計算できる
ソフトがでてくれてもいいんじゃねーのかなー。
ＧＴＯで説明できない実験結果がＳＴＯで説明できるかどうかだが。
403:あるケミストさん
04/02/08 23:18
STOでCASSCFやれるのはいつになんだろ？
404:あるケミストさん
04/02/09 00:53
>>386,391
ありが㌧。
やはりDFTでVDWはきついですか・・
MP2で、時間が有ればMP4,QCISD(T)とかでチャレンジして見ます。
しかし、VDWってそもそもどのくらいの精度でみつもれるんでしょうね。
405:あるケミストさん
04/02/09 01:22
>>391
学部四年の丁稚奉公からやりなおせ！！
406:あるケミストさん
04/02/09 01:34
>>404
それなりの値がだせるよ。んが、そもそも、この力は数kcal程度なので、
精度の高い計算が必須であることをお忘れずなく。
DFTでやってみるのも悪くない。で、DFTでうまく評価できなければそれは
それでよく知られているDFTの弱点を確認したことになるのでデータとしては
犬死にではない。
407:あるケミストさん
04/02/10 00:04
DFTによるvdWに関しては、はじめ希ガスの計算で問題になったけど、
十分大きなdifuseやSTOだったらそれなりに記述できるって話みたいだよね？
＃汎関数によるけど
結局、電子相関を電子密度で評価するからtailの振る舞いの違いが
顕著に出るってことなのかね？
あとそのような振る舞いも、ある程度大きな系であれば、他原子の
AOを借りてきて記述が改善される。
結局、希ガスのケースで誇張されて、目立ったデータになったと。
＃繰り返すけどやっぱり汎関数によるけど。
408:あるケミストさん
04/02/10 02:34
ポープル法ってなんですか？
研究で使うんだけど全然わからないんです
そもそも波動関数ってなんなんですか？
409:あるケミストさん
04/02/10 07:56
>>408
PPP法のことではないかと思われる。
410:あるケミストさん
04/02/10 08:53
>>408
>>そもそも波動関数ってなんなんですか？
波動砲を打つんじゃよ。
411:あるケミストさん
04/02/10 10:24
波動関数が何かってのが分からないのに研究で使うのか...。
大変だな...と言いたいが、量子化学の講義とか受けなかったのケ？
412:あるケミストさん
04/02/11 00:01
>>408
釣りはもういいよ。
413:あるケミストさん
04/02/11 04:00
>411
散々うけたんですけど
全然わかりませんでした
ppp法じゃないらしいんです
seegerとpopleが考えた方法らしいんですが
414:あるケミストさん
04/02/11 18:44
>>413
URLﾘﾝｸ(www.amazon.co.jp)
オススメ（＾＾）
415:あるケミストさん
04/02/11 19:15
デカイ基底系を使うと正しい結果が得られるとは限らない。
416:あるケミストさん
04/02/11 19:26
バランスが悪いとマズー
417:あるケミストさん
04/02/11 19:45
6-31Gでだめでも、3-21Gでも良い結果が得られるから不思議遊戯なんじゃ。
418:あるケミストさん
04/02/11 20:33
それは悪い悪いで合ってるだけではなかろうか。
色んなプロパティ見てたらボロが出ると思うよ。
419:あるケミストさん
04/02/11 21:54
そろそろ6-31G系使うの飽きてきたんで、cc-pVDZ使っている。
計算時間も結果もあまり変わらんがね。
420:あるケミストさん
04/02/11 22:54
>>418
完全に余談だが、「悪い悪いで合っている」ってどのくらいの
ローカル言語なんだろうな。
量子化学限定、ってことはないと思うのだが。
でも量子化学以外の人が言ってるのを聞いたことないな。
421:あるケミストさん
04/02/12 05:41
STO-3Gでも合ってしまう
422:あるケミストさん
04/02/12 06:11
>>420
この場合は基底関数の悪さと手法の悪さが相殺して
一見上手くいってるように見える、ということだけど、
こういう風に２つの近似が存在する理論一般で使えそうではあるナ。
423:あるケミストさん
04/02/12 17:39
悪さと悪さが相殺される例：
ＨＦ/ＳＴＯ－３Ｇで、Ｇｕｓｓｉａｎ習いたての卒研生にやらせる。
424:あるケミストさん
04/02/12 17:44
悪い悪いでも、とにかく実験と合ってればそれでいいじゃん。
深く考える必要はまったくなし。合ってれば何でもＯＫだよ。
425:あるケミストさん
04/02/12 19:07
華麗にスルー
426:あるケミストさん
04/02/12 21:48
実験と計算が一致しないより一致したほうがいいが・・・。しかし・・・。
427:あるケミストさん
04/02/12 23:48
GTOのf関数7種類全部教えていただけませんか？よろしくお願いします。
428:あるケミストさん
04/02/13 00:12
>>427
#gfinput
429:あるケミストさん
04/02/13 00:37
質問です。CuとKには4S軌道に電子が１つありますが、CuはKよりも第一イオン化エネルギーが高いそうです。
なぜ同じ4S電子を取るのにCuのほうがエネルギーが高いのですか??
430:あるケミストさん
04/02/13 01:17
>>429
CuとKじゃ、4s軌道のエネルギー准尉の値が違うからじゃねーのか？
431:あるケミストさん
04/02/13 01:53
>>427
複素でよければどうぞ。
f<sub>±3</sub> = <sup>1</sup>/<sub>4</sub> [(sqrt(5) f<sub>x<sup>3</sup></sub> - 3
f<sub>xy<sup>2</sup></sub>) ± (-i)(sqrt(5) f<sub>y<sup>3</sup></sub> - 3 f<sub>x<sup>2</
sup>y</sub>)]<br>
f<sub>±2</sub> = <sup>1</sup>/<sub>sqrt(2)</sub> [<sup>sqrt(3)</sup>/<sub>2</sub> (
f<sub>x<sup>2</sup>z</sub> - f<sub>y<sup>2</sup>z</sub>) ± i f<sub>xyz</sub>]<br>
f<sub>±1</sub> = sqrt(<sup>3</sup>/<sub>5</sub>) {[f<sub>xz<sup>2</sup></sub> - <sup>1</
sup>/<sub>4</sub> (sqrt(5) f<sub>x<sup>3</sup></sub> + f<sub>xy<sup>2</sup></sub>)] ± i[
f<sub>yz<sup>2</sup></sub> - <sup>1</sup>/<sub>4</sub> (sqrt(5) f<sub>y<sup>3</sup></sub> +
f<sub>x<sup>2</sup>y</sub>)]}<br>
f<sub>0</sub> = sqrt(<sup>3</sup>/<sub>22</sub>) [2 sqrt(5) f<sub>z<sup>3</sup></sub> - 3(
f<sub>x<sup>2</sup>z</sub> + f<sub>y<sup>2</sup>z</sub>)]
432:あるケミストさん
04/02/13 01:54
ちと変になった...。
まぁ、適当に繋いでくれ。
433:あるケミストさん
04/02/14 22:21
Local MP2という手法だと大きな系のMP2計算ができるって聞いたのですが、そもそもLocal MP2とは
なんでしょうか？ Gaussianで計算できますか？
434:あるケミストさん
04/02/16 20:51
>>433
Gaussianじゃ計算できないよ＜Local MP2
どうしてもMP2でやりたかったら、DFTで計算して適当に数値あわせておけばOK。
435:あるケミストさん
04/02/17 02:09
量子化学に興味があるのですが
この分野はどのような研究をするのでしょうか？
インターネットで色々しらべてみたのですが
蛋白質関係の研究に応用したり、有機合成の分野で応用したり等がありました。
この分野はむずかしそうですね
436:あるケミストさん
04/02/18 23:53
分子量計算をするHPを見つけました。
携帯電話からも使えます。
結構、便利です。
URLﾘﾝｸ(molcal-web.hp.infoseek.co.jp)
437:あるケミストさん
04/02/19 07:18
ウホッ！ いいHP
438:あるケミストさん
04/02/19 20:07
>>436
IPさらされるのは勘弁。
439:あるケミストさん
04/02/19 21:30
携帯から使えば所属はばれないな。
440:あるケミストさん
04/02/28 17:51
酸化鉄を計算するのに、まずはアセチレンのCをFeにし、HをOに置き換えた
モデルで調べる必要があると指導してるセンコウが言いました。
俺は「アホか？」と思ったのですが、やはり量子化学的に考えてこのような
モデルで計算するのは重要なんですかね？
441:あるケミストさん
04/02/28 22:32
>>440
まぁ、分子軌道計算をするなら、言っていることは間違ってないな。
442:440
04/03/01 16:44
>>441
具体的には、どのような点で間違っていないのでしょうか？
酸化鉄とは全然かけ離れたモデルで計算しても、それから目的物質に
関することなど、何も得られないと思ったのですが・・・
443:あるケミストさん
04/03/01 20:33
お聞きしたいのですが、Gaussian03の周期的境界条件を用いた計算や、
第一原理分子動力学法を用いた計算などは、使い勝手よいでしょうか？
導入するかどうか迷っております。
444:あるケミストさん
04/03/01 21:19
>>443
その手の計算はもっともっともっと良いソフトがあるので、それを使った方が絶対に良い。
もちろんできなくはないがGaussianは万能ではない。時間の浪費をしないためにも、
使えるソフトを導入すべき。まぁ、ONIOMを使いたいというならGaussianもいいだろう。
445:あるケミストさん
04/03/01 22:41
>444
ありが㌧。
あまり良くないと言う噂を耳にした事は有ったのですが、やはりそうですか。
ちなみに、そのような計算を行う良いソフトをフリーソフトも含めてご存知
でしたらお教えください。よろしくお願いします。
446:あるケミストさん
04/03/02 02:06
ここはGaussianに詳しい方々が多いようなので、お聞きしたいのですが、
構造最適化を行っている最中に、以下のようなメッセージが出て止まって
しまうのですが、どのように改善すれば計算ができるでしょうか？
収束条件の問題なのでしょうか？周りに詳しい人がいないので困ってます。
Restarting incremental Fock formation.
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UHF) = -2164.62336392 A.U. after 65 cycles
Convg = 0.7423D-04 -V/T = 2.0006
S**2 = 0.7670
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.7670, after 0.7501
Convergence failure -- run terminated.
447:あるケミストさん
04/03/02 05:35
>>442
例えば、酸化鉄の計算をする前にどのような軌道が得られるか想像できるなら、
いきなり計算しても得られた結果が正しいか判断できる。
センコーどうのより、誰が計算してるのかによるんじゃん？
448:442
04/03/02 09:15
>>447
そうですか～。レス、ありがとうございます。
>>446
>SCF Done: E(UHF) = -2164.62336392 A.U. after 65 cycles
これは、SCF計算が65サイクルで収束しなかったからなので、
ルートセクションに IOp(5/7=…)と入力して最大サイクル数を
多くすればいいよ
例．最大サイクル数を300にしたいのなら、IOp(5/7=300)と入力
449:あるケミストさん
04/03/02 11:40
>>448
ここの原子レベルでの電子状態を知りたいならいいけど、バルクの物性を調べることはできない。
>>447も言っているが、何を調べたいかによるわけだ。
バルクの計算がしたいなら、バルクの計算をせよ。
450:あるケミストさん
04/03/02 19:41
>>448
ありがとう。
やってみます。
451:あるケミストさん
04/03/02 23:25
>>450
それで回らなかったら、
(1) scf=vshift=500,maxcycle=600
(2) scf=qc,maxcycle=300
を追加して試せ。
452:あるケミストさん
04/03/03 19:48
>>451
ありが㌧。
今の所まわってます。
453:あるケミストさん
04/03/03 20:33
広島大学の青木先生の研究、または
研究室に関する情報を御存知の方は
いらっしゃいませんか？
HPでは情報が少なかったので、
よろしければ教えてください。
454:あるケミストさん
04/03/03 20:38
>>453
青木先生、九大だよ。
455:あるケミストさん
04/03/03 20:47
>>454
そうなんですか。
ありがとうございます。
では改めまして九州大学の青木先生
という事でお願いします。
456:あるケミストさん
04/03/04 04:09
広大の青木百合子助教授じゃないのですか？
広大理学部は、相田美砂子教授と吉田弘助教授もいて、
量子化学は活発なのではないでしょうか？
＃研究室は違ったと思うが。
今見たら、青木先生のところのスタッフには、RISM-SCFのプロもいるのですね。
457:あるケミストさん
04/03/06 01:02
移ったんですよ。九大の人に聞いたらわかると思います。
458:あるケミストさん
04/03/07 15:33
>>448
IOp はそれしか手段がないときにのみ使おうぜ。
459:あるケミストさん
04/03/07 19:56
>>457
そうなんだぁ。…やっぱり、教授ですか？それとも中野先生の所とか？
最近の巨大分子軌道計算がはやってるから、Elongationも評価高そうですものねぇ。
460:あるケミストさん
04/03/07 21:39
総合理工学部らしいです。酒井嘉子先生の後任ですね。
461:あるケミストさん
04/03/07 23:04
ONIOM gaussianオンラインマニュアル見ても使い方よくわからん…
462:あるケミストさん
04/03/08 16:54
>>455
大瀧研に茂木先生という助手の方がいらして量子化学を研究なさってるようです。
おそらく来年度からそのグループの教授になられるのでしょう。
私も配属されるかも知れませんのでそのときはよろしく御願いします。
（でも、私は物理しか勉強してこなかった・・・大丈夫かな）
463:453
04/03/08 18:33
皆さん返信ありがとうございます。
でもこないだチャットで青木先生と知り合いという人に色々聞いたら
結構厳しい人で数学や量子力学とかバリバリできないと無理みたいなこと
を言われました。
なのでやっぱりやめようかと思います。スミマセン。
464:あるケミストさん
04/03/08 19:12
量子化学なんて数学や量子力学ができてもやめとくのが吉。
465:あるケミストさん
04/03/08 19:25
量子化学って就職先あるの？
466:あるケミストさん
04/03/08 21:15
SEとかでも”ある”というならある。
467:あるケミストさん
04/03/08 22:18
＞465
今、全く同じ事カキコしようとしてますた。
＞先輩方
自分は院志望なんですが、研究職での就職にはやはり有機もしくは無機系の
院に行ったほうがよいのでしょうか。
468:あるケミストさん
04/03/08 22:36
ある程度の大学で、工学系ならそれ程気にしなくても就職
くらいあるだろうから好きなところを選べ。
理学系ならどこでも大して変わらないから好きなところを選べ。
469:あるケミストさん
04/03/08 22:46
あ、アカポスの事か？
それをゲットしたければコネを作れ。
後は運。
最後が実力。でも意外にコレ関係ないような・・・
470:あるケミストさん
04/03/08 22:52
>>465
その質問周期的に出てるな。
そして「意外にある」というのがいつもの答え。別にSE等に限らず。
そもそも修士で出るつもりなら、企業側は修士の専門知識なんて最初から
期待してないのであまり関係ない。って前にも答えたような。
471:あるケミストさん
04/03/08 22:58
修士だと、どういう態度で研究に臨んでいたかが重要で内容はあまり関係なし！
472:あるケミストさん
04/03/08 23:00
>>470
＞企業側は修士の専門知識なんて最初から
期待してないのであまり関係ない。
同じ理工系でも例えば
物理学研究科物性実験専攻と
工学研究科電子工学専攻じゃだいぶ違わないか？
統計的にみて。
研究自体は大して変わらんだろうが。
473:あるケミストさん
04/03/08 23:10
>>472
そりゃ理学系と工学系じゃ取るところが違うわな。
474:あるケミストさん
04/03/08 23:19
工業化学
と理学部化学科
でも同様のことが言える気がする。
入るときは断然理学部の方が難しいわけだが。
475:あるケミストさん
04/03/09 00:10
確かにそれは理学と工学の違いかも。
でもそれも言われてるほどには、って気もするよ。
昔は理学系の就職が悪いというよりは、工学系が異常に良かった（理学系は「普通」）
のが、今ではそれほど極端な差はなくなってる。
まあ、不景気になっただけだと言われればそれまでだが・・・。
476:あるケミストさん
04/03/09 13:33
>>467
研究職のポストは圧倒的に有機系がおおいんとちゃいますか？
まあ、自分がおもろいと思える分野にいくのがええんとちゃう
477:あるケミストさん
04/03/09 22:06
理論だけで食っていけるやつはほとんどいない。
まして、実験が嫌いだから量子化学に行ってGaussianやります、
なんていうやつに専門分野での生き残りは無理。
478:あるケミストさん
04/03/11 10:24
あの高名なN先生やH先生は実験が嫌いで理論化学に行ったらしいぞ。
Gaussianはやってないが。かくいう折れは実験は徹夜も厭わないくらい
大好きだったが、ど下手くそで向かないと判断したから理論に移った。
細々とだが楽しくやってるよ。
479:あるケミストさん
04/03/11 15:45
>>477
理論でも論文はいっぱいかける。とくに量子化学計算のネタだったらそこら中にゴロゴロ転がっている。
そのなかでいかに良いネタを探すかが重要だろうと思うな。
480:あるケミストさん
04/03/11 22:10
>>477
理論だけ、は確かに難しいかもしれないけど、「理論＋計算」で食ってる人は
たくさんいるよ。
それに、どんな人生舐めてるような理由で専門を選んだとしても、才能が
あれば一流になってしまうのが厳然たる事実。
数学者なんて、ふざけてるとしか思えないような理由で数学を選んで
超一流に名を連ねている人も多い。
俺は実験も計算も理論も好きだったけど、こういう半端人間が一番ダメなのかも。
481:あるケミストさん
04/03/11 22:48
>>480
途中まではいい（マスター・ドクター）。理論（計算）も実験もやるべきだろう。ただ、研究者として
やっていくならどっちかに決めた方がよい。実験やりつつ理論（計算）もってのは理想だが、一部の
天才はともかく、普通の凡人には無理。理論（計算）の深い仕事をやるにはいっぱい勉強したり
論文を読まなければならない。計算もいっぱいやっていっぱいデータを眺めなければならない。
逆に、実験も同様だ。ただ、どっちにつくにしろ、理論をやるにしても実験データの真実を見抜けない
とダメだし、実験家も理論が多少なりともわかってないとダメだ。相補的なんだし。つまり
理論・実験、双方のモノの見方を身につけておくことは重要だというわけだ。
482:あるケミストさん
04/03/12 00:40
>>481
私もまさにそう思います。
理論・計算で研究者としてやっていく場合には、479の言うとおりいかに
良いネタを捕まえるかが大きいと思います。
学生の場合は、良いネタは先生から降ってくるので先生をちゃんと選ぶ
必要があるし、研究者の場合は自分でよいネタを取捨選別しなきゃいけ
ないから、実験屋さんとよく議論できるだけの知識（経験もあればもっ
といいが）が必要。
大抵の実験屋さんは“計算屋なんてダメダメ”という潜在意識があるの
で、ちゃんと議論して、“こいつは実験も分かっている”と思わせれば
実験屋と仲良くできるはず。
つまり、自分が玉石を見分ける力と、実験屋から認められる力が必要。
483:あるケミストさん
04/03/13 21:51
>>481,482
大枠で同意。
実は俺、学部、修士、博士(博士は単位取得退学したが)と、ab initioで
計算理論構築と計算をやっていたけど、途中で病気して休学、結局退学した。
で、今は別の院の博士課程に入って燃料電池の実験の研究をしている。
理論も実験もそれぞれの難しさがあるけれど、面白いよ。
少なくとも｢自然科学の研究者｣としては、理論と実験の両方を
(頭だけでなく体で)理解する必要があると思う。
それは、ある程度分野の違いのあるものだろうが、
得てして幅の広いものだ。
俺は、病気をして回り道をしたけれども、
塞翁が馬で理論と実験両方を経験することができた。
これは結果としてとてもラッキーなことだったと思っている。
＊理論屋さんの皆さんへ:
理論計算は面白いし、それなりに(自己)満足できる結果が出てくると思います。
ですが、実験の世界ではそれを超えたことが数多く出てきます。
そのことを是非知っておいてください。
それと、量子化学の分野では、
｢実験あっての理論｣ということもお忘れなきよう。
素粒子物理学なんかとはちょっと違う。
最後にこの書き込みを見た人へ:
俺が誰かわかっても｢シー｣ね(人差し指を口に当てて)(笑)。
484:あるケミストさん
04/03/13 22:05
人に聞いた話だけど、最近の薬には
「これは理論計算を利用して作りました」
みたいな事が書いてあるものもあるらしいね。
計算手法何使ってるんだろうな、とか考えちゃうのは職業病かな。
485:483-追記
04/03/13 22:07
>>478
H先生って、実験嫌いだったんだ。知らなかった。
だけどあの先生は確かに頭の切れる先生だよね。
しかし、鼻っ柱の強い人なんだよね。今の大学でも専攻内で
喧嘩していたような…。
でもね、あれでいて本当は穏やかでやさしい人です。
そうだと信じています(笑)。
486:あるケミストさん
04/03/13 22:10
>>484
MOPACだったりして…(w
さもなくばMDじゃないの?
487:あるケミストさん
04/03/14 00:20
>>483
発想があまりにステレオタイプな上に、教訓めいたことを書いちゃうと
ころが、かなりイタイんだが...
もうちょとと気の利いたこと書いてくれよ．苦労してんだったらさ．
488:あるケミストさん
04/03/14 02:15
>>484
エネルギー的な部分は分子力場だと思うよ。だから「theoretical」ではなく
「rational」（合理的）と表現されることが多いね。
こういう領域と比べると、一般的な化学の世界には「理論 → 実験」
という側面がないわけではないのもまた事実。
結局「実験も理論も科学にとっては極めて重要」というしかないな。
あまりにも当たり前すぎて申し訳ないけど。
>>483に限らず、この手の話題になったときに違和感を感じるのは、
「理論をやってる奴らは実験を軽視している」というへんな思い込みが
あること。実験の重要性を理解していない理論屋なんて、たぶん
ほとんどいないよ。元理論屋ならわかると思うんだが、そうでもないのかな。
今さら「お忘れなきよう」とか言われると「理論屋のことを勘違い
してるんじゃないの？」って気がするよ。
489:あるケミストさん
04/03/14 03:18
量子化学計算の限界は量子化学者が一番良く分かってる。
未だ実験の後ろ盾無しに理論だけでどうこうできるレベルじゃないし、
将来もそれは殆ど変わらないんじゃないかと思う。
厳密には解けないことが証明されてる多体系に挑んでる時点で無茶は承知なんだけど、
それにしても計算量と精度のトレードオフは嫌になるね。
でも、実験だけでは説明付かないことを説明するのに量子化学は重要だし、
結局は相補的なんだな。
お互いあってのお互い、だ。
490:483
04/03/14 11:34
なんか反応があったみたいなので…
あと、sageました。今まで忘れてました。
>>487
｢イタい｣といわれれば確かにそうかも(笑)。
読み返してみて我ながら多少なりとも感じる。
でも、自分は｢基本姿勢｣が大事だと考えているので、
書いてしまいました。
反感を感じさせたようだったらごめんなさい。
>>488
自分が量子化学をやっていたころは、(学部4年からだったせいもあり)
実験のことを判っているつもりでも
実はあまり判っていなかったんじゃないかと思ったんです。
外に出て違う分野に入って初めて判ったようなところがあります。
こんなの、俺だけか？
それと、最近の量子化学界はどんなことになっているんですかね？
俺がいたときは、ab initioではCAS-PT2とかが利用され始めていたんですが。
理論的展開が進んだのか、それとも計算重視の方向に進んでいるのか、
誰か教えてもらえませんか？
いまとなってはJCPを読む暇もないので。
491:あるケミストさん
04/03/14 12:46
とりあえず Kohn-Sham(KS)-DFT 旺盛かね。
励起状態の関係ある計算にも KS-DFT を使うのは正直問題があると思うのだが、 ＞TD-DFT とか
DFT の世界は何でもありなとこあるからなぁ...。
合えばいいんじゃー、って感じで。
そんなんだから半経験的手法と言わ（ｒｙ
CAS-DFT っていう怪しい手法もあるけど、どこまで信用できるのか正直分からん。
DFT は非整数占有数を持てるような方向に発展しようとしてるけど、
平均場近似にならなくて結構計算量が増えてしまうみたいなんだな。
汎関数が一意に決まらない可能性もあるし、
Hohenberg-Kohn の定理を満たさないという問題もあるらしくて...
まぁ、KS-DFT の時点でかなり無理してる気もするけどね。
SAC-CI は凄いらしいけど、使うディスク容量も物凄いらしいね。
数百ギガバイトとか平気で使うみたい。
あとは、アルゴリズムの洗練、近似、並列化で
既存の手法を高速化するのをよく見るかな。
根本的な汎用的新手法ってわけじゃないけど。
やっぱ CC を高速化する研究がよくあるね。
応用に関しては多すぎて把握できない。
そういう意味で、計算重視の方向に進んでるのやもしれぬ。
理論的展開はなかなか難しいからねぇ。
もうスキマ産業で計算方法はすぐ分かるけど
誰にも計算されてないプロパティを計算するとか、
既存の理論を弄り回したりくっ付けたりすることくらいしか
やること無くなってきている。
何か１つブレイクスルーが欲しいなぁ...。
ダイナミクスは詳しくないので、他の人に任せる。
492:発電実験中(笑)
04/03/14 14:14
>>491
お返事どうもありがとう。
そうか、今はDFT全盛の時代なのか…。
そういえば、前の研究室でDFTの二次交換密度行列のlinear calculationの
方法を考えろ、と言われたことがあったなぁ。
できなかったけど。そもそも無理なのか？
今はどうなっているんだろう。
時間依存のDFTってことは、密度行列の中に時間依存項が入っている、っていうわけか？
DFTはほとんど触ったことがないのでよくわからん。
それとCAS-DFTって、あのCASSCFのCASのこと？
波動関数を使わないのに、どうやってactive spaceを作るんだろう？
もう、判らないことだらけです。
SAC-CIといえば、そのネーミングもさることながら(笑)、
EOM近似と等価だといって一時論争になっていたようですね。
その後どうなったんでしょう。
計算アルゴリズムの高速化がまだ行われているのがちょっと驚き。
まあ、計算機自体が進化しているから、
やれることも変わってくる、ということの反映なんでしょう。
結局、この分野って、マシンパワー勝負になってしまうのでしょうかね。
理論を発展させるのが仕事だ、という人以外は。
それを言ったら終わりか。
発電実験の生成物分析をしなければならないので、
実験室に戻ります。491さん、どうもありがとう。
493:あるケミストさん
04/03/14 21:11
>>491
正直、巨大な系だとDFTしかCPU的に適用できないってところが現在の一番苦しい状況。
なんとかならんもんかなー。MP2計算がDFTレベルまで計算が楽になるようになんとか
なってくれればいいんだが。。。
494:あるケミストさん
04/03/14 21:37
MP2 ねぇ...。
電子相関が強くなると
MP2 なんかじゃ全然足りなかったりするからなぁ。
MP4 ですらダメな系もあるし。
あくまで「摂動」だからね。
495:あるケミストさん
04/03/14 22:51
>>494
矛盾したこと書いてることわかってるか？
496:あるケミストさん
04/03/15 00:36
？
497:あるケミストさん
04/03/15 01:43
酸化物の第一原理計算をしようかと考えてるんですが、未だにDV-Xaって現役なんでしょうかね？
Gaussianはどうも向いてないようだし、ABINITかVASPあたりがいいんでしょうか？
498:497
04/03/15 01:50
今調べてみたら、最近のPaperでも結構DVSCAT使ってるのがあるな。
499:あるケミストさん
04/03/15 22:41
>>497
VASP、逝っとけ。
500:あるケミストさん
04/03/16 05:20
結局この分野っていみないだろ？
ばかばっかだしな
501:あるケミストさん
04/03/16 07:52
そうだな。素粒子論の次の次くらいにいみないし
物性理論ほど著しくはないがその次くらいにばかの割合がおおい。
502:あるケミストさん
04/03/16 07:58
>>500-501
うーん、煽り慣れてない人の文章、って感じだなあ。
ガンバレ。
503:501
04/03/16 09:37
煽りではないぞ。世間知らずのど素人には困ったものだ。
504:あるケミストさん
04/03/16 09:59
じゃ私怨か。
どっちにしろガンバレ。
505:あるケミストさん
04/03/16 10:05
釣られるなよ。まったく。
506:あるケミストさん
04/03/16 10:29
煽りだの私怨だの釣りだのと失礼な連中だな。
冷静になってよく考えそして周りを見回してみろ。
>>501 はお前らが噛み締めるべき紛れもない現実だと気付くはずだ。
507:有機の人
04/03/16 10:46
いずれ整理・体系化された知識として帰ってくるんですよ。
素粒子は素粒子で裾野産業を育成してるのかなぁ～
東大のあの人も「国民の税金で夢見させてもらってる」とか言っといて
いざ、予算が出なさそうになったらぶーたれるって言うのはあれだと思うけど。
508:あるケミストさん
04/03/17 02:44
みなさん何を食べたらそんなに頭良くなるんですか？
509:あるケミストさん
04/03/17 03:19
>>508
卵
ひたすら卵ｸｴ
510:あるケミストさん
04/03/17 07:58
>>509
コレステロールに気を付けろ！
511:あるケミストさん
04/03/17 10:56
Pople逝っちゃいましたね。
512:あるケミストさん
04/03/17 12:01
>>511
ソースｷﾎﾞﾝﾇ。
513:あるケミストさん
04/03/17 12:25
マジすか！
いくつだったっけ？
514:あるケミストさん
04/03/17 15:59
見当たらないなあ。
今、西北大学だっけ？
515:あるケミストさん
04/03/17 19:49
ガセやないやろな。
516:あるケミストさん
04/03/17 20:56
こんだけメールが飛び交ってるのに、その一つも届かない環境にいるっての
はなんだなあ。
517:あるケミストさん
04/03/17 21:34
学生で悪かったね。
518:あるケミストさん
04/03/17 23:32
誰か生存確認メール送れ
URLﾘﾝｸ(www.nanofabrication.northwestern.edu)
519:あるケミストさん
04/03/17 23:49
たまご食べても一向に頭良くならないんですけど。
やっぱ勉強しなきゃダメなんですか？そうですか。
じゃあ量子化学・量子力学は何の教科書使いましたか？
520:あるケミストさん
04/03/18 00:01
早っ！
それはともかく、乾燥大蒜が頭にいいらしいね。
量子化学の教科書はザボとマッキーニを読んだ。
量子力学はJ. J. サクライとフェッタ・ワレチカを読んだ。
あと、ブレゾ・リプカも読んだけど、かなりハード。主に誤植の多さが。
素人にはおすすめできない。
521:508
04/03/18 01:57
>>520
わかりました。大蒜とたまご重視にします。
過去レス呼んでもＪＪサクライ（日本人？）って人は評判いいみたいですね。
そいつからやっつけてみようと思います。
早く兄貴みたいになりやす！
あ！便乗質問なんですけど、
量子力学→量子化学の順の方がいいんですよね？
522:あるケミストさん
04/03/18 02:13
量子力学の基本事項さえ分かってれば
あとは量子化学の本だけで理解できるかと。
量子化学の勉強って、どっちかっていうと数学なんだよな。
ひたすら多体系のシュレディンガー方程式を解くだけ。
523:あるケミストさん
04/03/18 07:53
大蒜と卵の話もいいのだが、Popleどうなったんだ。
>>511のネタだったのか？
524:あるケミストさん
04/03/18 08:08
>>522
数学というよりはただの線形代数だな大部分は。
ダイナミクス（特に量子）周辺の方が物理的内容が豊か。
525:あるケミストさん
04/03/18 11:04
URLﾘﾝｸ(pubs.acs.org)
ご冥福をお祈りします。
526:あるケミストさん
04/03/18 11:27
本当だったんですね...。
ご冥福をお祈りします。
去年見た時かなりお年を召されてると思ってはいましたが、
まさかあれから１年でお亡くなりになるとは...。
527:あるケミストさん
04/03/18 16:13
>>525
こちらでも祭りが始まっています。。。
URLﾘﾝｸ(www.gaussian.com)
528:あるケミストさん
04/03/19 04:46
結局MOPACはなんでだめなの？たのむから教えてくれ。何に使えるの？
529:あるケミストさん
04/03/19 18:31
実験値に合わせているので、炭化水素の安定構造などを求めたいのなら
計算量も少ないし、良いのでは。
ただ、それで遷移状態とか、hypervalentの構造などを求め始めると、問題。
530:あるケミストさん
04/03/19 22:40
>>528
そんなにだめかなぁ・・
ところで、MOPACは疎水性相互作用はきちんと見積もれているのであろうか・・
531:あるケミストさん
04/03/19 23:12
>>530
「疎水性」は指してる範囲が広いので、MOPACどころか量子化学的に
扱うこと自体が厳しい効果もあったりする。
MOPACは別にダメじゃないと思うよ。もちろん用途によるけど、
「全面的にダメ」と主張している人はそもそも少ないのでは。>>528の
早とちりかと。
532:あるケミストさん
04/03/20 00:37
>>530
疎水性相互作用ってなに？ 親水性相互作用もある？
533:あるケミストさん
04/03/21 07:59
あーーー量子力学わかんねーーー
534:あるケミストさん
04/03/22 09:37
ＭＯＰＡＣ系統はタンパク質の研究には良いと思うよ、分子量
何千の分子なんて、そう簡単にab initioで計算なんかできん。
ＭＯＰＡＣで問題なのは「計算が精密だから実験値に合う」
んじゃなくて、「実験値に合うように計算している」というのが
問題。人によってはそこら辺が胡散臭く感じるらしい。
535:あるケミストさん
04/03/22 12:29
DFT もそんなもんだよ。
実験値に合う汎関数を選んでる。
536:あるケミストさん
04/03/27 21:35
Woodsっていう糖化学の研究者の論文で
半経験的だとだいぶab initioと（energy profileが）違っているのがあった。
たしかこのprofileは糖の5つのCと1つのOからなるﾘﾝｸﾞにﾒﾄｷｼかなにかが付いていて
dihedralを変化させるよう回転させたものだった。
あ 、わかった J Phy Chem (1995)99,3832-だ。 そのFig7
537:あるケミストさん
04/03/27 22:04
あってる領域で使えば大丈夫。
大体dihedralはab initioでも苦手。
538:あるケミストさん
04/03/27 22:40
そこで UDFT ですよ。
539:あるケミストさん
04/03/28 00:22
藻前らの脳内コンピューターでfull CI計算汁！
540:分子力場
04/03/28 12:49
小生は糖鎖の水中での分子動力学ｼﾐｭﾚｰｼｮﾝのための分子力場ﾊﾟﾗﾒｰﾀを準備しています。
このようなとき、ab initioによるdihedral角のenergy profile描出したとして、それをどこまで利用してよいのかが良く分かりません。
ab initioで、（もちろん水のない条件で）profileを作成。
それに一致するように、Amberなどの力場のtorsional ﾊﾟﾗﾒﾀを決めていくのだが、
完全に一致するようにすべきなのか、そもそも別のものなので無理に一致させるべきではないのかがどうも良くわからないのです。
どうすべきかは状況によるのかなあ？
たとえば分子内の原子どうしが水素結合のように引き合う というとき
水溶液中では、水分子によって その水素結合形成が阻害されてしまう。。。
こんなとき、無理に（水の非存在下で）一致させる意味がないという気がする。。
同じような経験のある方はいらっしゃいますか？
541:経験者
04/03/28 13:00
厳密に言うとab initioにしても計算なんてあてにならない。
実験しなさい。どうしても計算したいのならば力場とパラメータ
は誰かのを引用して、大量に計算して都合のいいのを選ぶべし。
ところで>>540は理科大ですか？
542:分子力場
04/03/28 14:58
ありがとうございます。理科大ではなく医学系です。周りにやっている人がいないものでね。。
543:541
04/03/28 16:14
>>542
医学系ならば尚更パラメータ設定なんていう時間のかかる割りに
効果のない計算をしないことをお勧めする。
Amber力場ならば結構前（8年位前）から糖鎖用のパラメータの
論文が出ている。
544:あるケミストさん
04/03/29 07:41
医学系だったらそもそも計算なんてしてはいけないのではなかろうか。
545:あるケミストさん
04/03/29 12:31
なんでだい。
546:あるケミストさん
04/03/29 13:47
ガウシアンを使って電子密度分布をcubeファイルに書かせたく思います。
手持ちの計算結果を利用したいのですが、guess=readとguess=(read,only)
では何が違うのでしょうか？
547:あるケミストさん
04/03/29 19:39
今日の脳内full CI計算終了！
>>546
guess=readだと、読み込んだMOを収束させるために、SCF計算を始めちゃうんだよ。
guess=only,readだと、読み込んだMOだけ使って計算する。
548:あるケミストさん
04/03/29 22:27
>>547
chkファイルには収束したSCFに関する情報が含まれていると理解していますが、
そのchkファイルを読み込んで（指定して）guess=readで計算したときに得られた
全エネルギーが、元の計算（chkファイルを生成した計算）で得られた全エネルギー
と大きく違っています。
そういうことって有り得ますか？
549:あるケミストさん
04/03/29 22:52
>>548
座標や基底関数などを変えてたらありうるけども。
550:あるケミストさん
04/03/29 22:54
あっと、>>549 は only つけてる場合の話ね。
あと、計算するマシンや Gaussian のバージョンやコンパイル方法が違っても若干違う。
only がなければ最低でも一回 SCF 回すので、微妙に変わる。
551:あるケミストさん
04/03/30 19:34
>>549
>>550
どうもありがとうございました。助かりました。
552:あるケミストさん
04/03/30 20:38
私は物理学科に在籍してるのですが
化学の知識が無くいきなり量子化学を勉強しても理解する事が出来ますか？
553:あるケミストさん
04/03/30 20:48
物理にどっぷり浸かってたら
色々慣れないところはあるかもしれないけど、
理論だけなら理解できるんじゃないかな？
Schroedinger 方程式解いてそこからプロパティ求めるだけだし、
解くための技術はかなり物理から入ってきてるし。
ただ、結果の解析とかなると化学的思考がいるかもしれない。
554:あるケミストさん
04/03/30 23:30
>>553
なるほど…
ありがとうございます。
555:あるケミストさん
04/03/31 21:44
>>459
>最近の巨大分子軌道計算がはやってるから、Elongationも評価高そうですものねぇ。
Elongationてとっくにぽしゃったのでは。
最初から発想が悪すぎるとおもってましたが。
誤差が積み重なって、だめなのは自明では？
556:あるケミストさん
04/03/31 22:01
なんで、RCCSのGaussian98には、Fのaug-cc-pV6Zがはいってないのだろう？
マニュアルでは使える事になってるのに。
Genを使わざるおえなかった。
557:あるケミストさん
04/03/31 23:53
現在ある方法のうちで、タンパク質、DNA,RNAに対する有力な計算方法を教えてください。
558:あるケミストさん
04/04/01 00:01
>>557
何を計算する？
559:あるケミストさん
04/04/01 00:10
>>528
私はとっくにMOPACやAMPACなどを使わない事にしてます。
理由は、水素結合がある分子や超分子(たとえば、水の2量体）の構造を再現できないからです。
それと、スーパーコンピュータが早くなったので、ab initio計算が手軽にできるようになったからです。
semiemmpricalは好んで使う方法ではないと思ってます。
タンパク質のような水素結合が多い場合、とても怖くて使う気がしません。
560:あるケミストさん
04/04/01 00:13
>>558
酵素反応です。
561:あるケミストさん
04/04/01 00:15
>>555
>最初から発想が悪すぎるとおもってましたが。
最初から、って・・・ あんた、いくつ？
562:あるケミストさん
04/04/01 00:19
その方法の論文がJCPに出だしたころから知ってます。
563:あるケミストさん
04/04/01 02:32
FMOもやばそうだけどなあ。
564:あるケミストさん
04/04/01 07:32
はい、やばいです。
565:あるケミストさん
04/04/01 07:33
ついでに ●I●M-SCF も M●●DPT もやばいといえばやばいです。
566:あるケミストさん
04/04/01 11:21
論文に発表するﾃﾞｰﾀ作成で、MOPACがab initioより役に立つ状況というのはあるのでしょうか。
大きな分子の静電ﾎﾟﾃﾝｼｬﾙ曲面を、限られた計算資源を用い描出する などでしょうか。
567:561
04/04/01 11:49
>>562
ていうことは、すくなくとも45の大先生？
>>563, 565
使える範囲が限られない方法なんて今のところないんだから、
そらやばいところはあるわな。それに、名も通らず消えてくあ
またの理論よりはマシ。ていうか、おれなんかむしろうらやま
しいよ。
568:あるケミストさん
04/04/01 19:56
研究者としてのセンスの問題かも？
巨大系の場合、やっぱりOnion法だけが残っていくのでは？
溶液化学で、RISM-SCF法がはたした役割は大きいと思いますがどうでしょう。
569:あるケミストさん
04/04/01 20:02
>>568
計算なんて所詮は自己満の世界。ソフトが充実したものが残り、
その他は無くなっていく・・・。それだけ。。。
570:あるケミストさん
04/04/01 20:03
理論研究の真価はどのような現象をどのように説明しあるいは新たな視点を提示した
かによって問われるべきなのだが、その辺を無視して方法論的な新規さ（珍奇さ？）
のみを求めているかのように見える仕事が見受けられる。まあそれも一つのスタイル
なのだが。
571:あるケミストさん
04/04/01 20:08
>>568
大きくはありません。ただしあれはオリジナリティーの高いとても面白い方法です。
だけどあれによって初めて納得のいく説明がなされた現象は未だないと思います。
572:あるケミストさん
04/04/01 20:55
>>571
そうなんですか。
ちょっと関係ない話ですいませんが、H先生がRISM-SCF法を開発されたころ
お会いしました。たいへんいい先生で、いろいろRISM-SCF法のことを教えて下さいました。
これからいろいろなことをRISM-SCF法でするとたいへん意気込んでおられました。
たしかにその後たいへん多くの論文を出され、びっくりしました。
573:あるケミストさん
04/04/01 21:20
>>568
>研究者としてのセンスの問題かも？
>巨大系の場合、やっぱりOnion法だけが残っていくのでは？
その”センス”が理解不能なんだが？
574:あるケミストさん
04/04/01 22:16
Onion じゃなくて ONIOM だし。
575:あるケミストさん
04/04/01 22:24
>>573
570の方が言われてるような意味です。
直感的にOnion法はわかりやすく、タンパク質などを高精度で切り込んでいけそうです。
うまくいけば、酵素反応も解明できるのではと期待してます。
もちろん、まだコンピュータが遅いし、改良（たとえば第１層にCASを加えるとか）も必要ですが。
それに比べて、他の方法はいずれやっぱりだめでしたで終わるのが見えてるのですが。
１．誤差が大きすぎて信頼性に疑問。
２．信用できないデータからどんな現象を説明できるのでしょうか？
３．タンパク質などの場合、小さい系よりもっと高精度が必要と予想されます。
だけど、ときどき現実は逆に進めてる感じを受けます。巨大系だから粗い計算でいいとか。
要するに、小さい系でテストして（超）高精度がでない方法は見込みなしと考えてます。
576:あるケミストさん
04/04/01 22:30
失礼しました。
ちょうと雑談になりますが、
分子構造討論会で、M先生が最初は「たまねぎ法」と命名しょうかと言われましたね。
577:あるケミストさん
04/04/01 23:41
>>575
574も書いてるが、ONIOMなんだけど？
一度でもONIOMを使って、研究したことあるんかな？やってみたら、そ
んな幻想はふっ飛ぶと思うぞ。
それに、ONIOMは、確かによく考えられた方法なんだけど、一言で言え
ばモデル化とエネルギー評価の方法であって、理論や計算手法と比較
して論じるものではないのでは？
578:あるケミストさん
04/04/02 00:05
>>577
いろいろ思ってる事書いて失礼しました。
１．ONIOM法です。
２．一度もないです。今度、小さい系などでテストしてみます。
３．すいませんが、最後の段落よくわかりません。
私は、理論化学というよりも計算機化学をしてます。
他の人の作ったプログラム（Gaussian,Molpro,Gamess）を普通のスーパーコンピュータで計算してるだけです。
４．それだけに、実用的な方法には興味がありますが、役にたちそうにもない方法には疑問を感じてしまいます。
579:あるケミストさん
04/04/02 00:39
ONIOM は随分いい加減な手法だと思ったけどな。
でも、計算手法をちゃんと勉強すれば、
高速で精度の良い計算手法を作るのがどれだけ大変なことか分かるよ。
巨大系で精度の良い計算なんて途方も無い話で、
ONIOM くらいになっちゃうのも分からんでもない。
580:あるケミストさん
04/04/02 07:45
うーん、ONIOMに幻想を抱きすぎだな。
正直、FMOやProteinDFやMOZYMEのほうがマシではないか、とさえ思うよ。
おそらくきみが「役に立ちそうもない」と表現しているのはこれらの
手法のことだと思うけど。
ま、どれも大して高精度じゃない、というのが現実だけどさ。
こういう手法の開発者たちはそれぞれ頑張ってるし、もともと余りにも険しい
目標なので、もちろん責めるのは間違ってるけどね。
581:あるケミストさん
04/04/02 09:40
いろいろありがとうございました。
582:あるケミストさん
04/04/02 09:44
マシということはないだろう。どれも目くそ鼻くそ。
問題は何のためにやっているのかあるいはその目的（あったとして）のために
現実的に最善と判断してやっているのかどうか今ひとつ不明な事。
取り敢えず計算してみようという以上の哲学があまり感じられないのではなか
ろうか。それで良いのだと言えばまあそうなんだが。
583:あるケミストさん
04/04/02 12:38
とりあえず計算してみる、というのだけでもどれだけ大変なことか！
584:あるケミストさん
04/04/02 14:58
現状で目的を前面に押し出すのは無理だろう。
たとえばUDを量子で！とかいわれても逆にひいちゃうよ。
585:あるケミストさん
04/04/02 21:44
ちょっと話題が変わりますが、
昨年のあるアメリカの学会では、MRMP法ばかりでした。
ところが、昨年の分子構造討論会では、ほとんど見ませんでした。
なぜなんでしょうか？
586:あるケミストさん
04/04/02 23:31
アメリカと日本では評価が違うのでしょうか？
587:あるケミストさん
04/04/03 08:05
今年のあるアメリカの学会で MRMP なんて見たっけかな。
分子計算は CC と DFT が多かった稀ガス。
学会によっても違うんでないの？
588:あるケミストさん
04/04/03 14:18
昨年のThe Midwest Theoretical Chemistry ConferenceのAbstract見て、そう思いました。
589:あるケミストさん
04/04/04 01:18
DFTは長距離相互作用を正しく評価できないのですね？
もしそうなら、たんぱく質をDFTで計算するときの欠点になりませんか？
590:あるケミストさん
04/04/04 02:34
たんぱく質を計算するときに
欠点のない手法はないという肝。
591:あるケミストさん
04/04/04 13:35
たしかにそれはいえるよ。
592:あるケミストさん
04/04/04 19:32
欠点のない手法はないから欠点があってもいいのだという言い訳は醜悪だよ
593:あるケミストさん
04/04/04 20:57
あってもいいなんて誰も言ってない罠。
594:あるケミストさん
04/04/04 22:06
Cramer教授の本「Essential of Computational Chemistry]
では、RISM-SCFとONIOM法の事はかいてありますが、他の方法の記述はないです。
595:あるケミストさん
04/04/04 22:18
欠点のない手法はないので、「○○が欠点になる」ではなく
「○○という長所がある」を話したほうが建設的では、という
程度の意味じゃないの。
実際タンパク質計算の話で欠点ばかり挙げていったら、（数が多すぎて）
建設的な話をする間もなくそのうち大荒れになって終わると思うぞ。
596:あるケミストさん
04/04/04 22:23
たしかにそうですね。
597:あるケミストさん
04/04/04 23:41
>594
実質を言わずに、どこかの本に書いてあったからとか、誰かが言った
からという視点でいるかぎり、いつまで経っても、その分野の「お客
さん」だよ。
598:あるケミストさん
04/04/04 23:42
>>594
Effectuve Fragment すらも書いていないのか、ひどいな。
まあ言っちゃ悪いが名著とは到底言えない代物だからな。
599:あるケミストさん
04/04/04 23:53
改訂の参考にするから意見を送ってくれと出版社から依頼が来たよ。
送られて来た本をざっと見て時間の無駄と思ったからうっちゃってある。
600:あるケミストさん
04/04/05 00:16
>>598
>>Effectuve Fragment
詳細ｷﾎﾞﾝﾇ
601:あるケミストさん
04/04/05 02:01
>>598
どの出版社？
602:５９４
04/04/05 02:07
あまりがっかりさせる事書かないでね。
こっちは、本気でいろいろ学問的議論をしたいだけですから。
603:本音
04/04/05 02:10
同じレベルで書くなら、
FMOは税金と時間の無駄。
604:あるケミストさん
04/04/05 02:53
>>603
よくわからんが・・・
この文脈で、なぜ、FMOがでる？
Effective fragment法の話をしてるんじゃないの？
605:本音
04/04/05 03:26
結局、「才能の差」。
いつも後に残るホームランを打つM先生。
いつも莫大なお金と時間をつかったあげく三振するK先生。（M先生との共同研究だけ、後に残ってるけど）
いつも悪ふざけばかりしてる雲子研究。便器にほかすしかしかたない代物ばかり。
それと、人格の差も関係あるのかも。
ノーベル賞とられたF先生に質問したら、返事がすぐに来た。
N先生もすぐ返事下さった。
ElongationのIとAには、これでも人間かとなんども？な気分にさせられた。
K先生にIMSで初めて出くわしたとき、さんざんわけのわからん事をワーワー言ってた。
なにが言いたいのかわけわからんかった。
５９９のように悪ふざけのうそを書いてる奴。
５９８のように大研究者よりも実力があると思ってる学生さんたち。
やっぱり、謙虚は必要条件。