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1990年代以降に東京大学が先陣を切り、その後、旧帝国大学などが相次いで大学院重点化を行った。
現在までに前記の一般的な意味での全学の大学院重点化を終えた国立大学は、
旧7帝国大学と筑波大学、広島大学、一橋大学、東京工業大学、東京医科歯科大学、神戸大学の13大学である。
また、岡山大学、新潟大学、千葉大学、熊本大学、長崎大学、金沢大学の旧六医科大学等においては全学的ではないが、
一部の学部が後述の予算措置を伴う重点化がなされており、かかる予算措置の特例が終了した現在においても大学院重視の立場から重点化が模索されている。