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2005年（平成17年）の国勢調査では、
15人の住民がおり、再び有人島扱いとなっている。
馬毛島開発は島で土木工事を進めており、
4,000m級の滑走路を建設するとしている[4]。
2007年（平成19年）には硫黄島に代わるアメリカ海軍空母艦載機の夜間離着陸訓練に利用する可能性が報道されたが、
周辺自治体議会は反対決議を可決している。
2009年（平成21年）12月には沖縄県宜野湾市にある普天間飛行場の移設候補地として検討された。
[5]2011年5月に北沢俊美防衛相が夜間離着陸訓練施設の候補として検討を指示していることが報道された。
馬毛島は過去に汚職の舞台となり、現在の所有会社のオーナーが2010年に法人税3億2000万円を脱税したとして起訴される[6]などの事情から、
防衛省では島の敷地の買い取りを前提としているが[7]、
起訴されているオーナーはリースによる利用を主張している