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頭がクオリア
瀬名秀明（作家、科学者）
『自分をうまく欺ける人の方が成功する』例として茂木の名を挙げた
斎藤環（精神科医、批評家）
「“懐疑する能力こそが、倫理の前提である”とする自身の考えとは対立する」
人間の脳に倫理や美を感知する中枢があらかじめ存在すると考えているのか
どうかという問いを投げかけた
大槻義彦（物理学者）
スピリチュアルカウンセラーの江原啓之を非科学的でインチキだとしている。
茂木がその江原啓之と共著を出したり、各地の講演に一緒に出かけたりして
いることなどの茂木自身の科学的態度を批判している
坪内祐三
「茂木さんは、ものすごい収入がありながら、隠すどころか、一銭も申告してない」
「茂木さんのは脱税とか過少申告というレベルじゃない」
2009年（平成21年）11月のニュースの中で「一番のヒットは茂木健一郎の『所得無申告事件』」
▼所得の「無申告」による追徴課税
2009年（平成21年）11月、2009年（平成21年）までの3年間で約4億円の
所得の申告漏れを指摘された。追徴税額は1億数千万円。2、3年前に
税務署から申告を求められたが申告をせず、税理士に税務処理を依頼する
こともなかった。
公式ブログでは11月11日に「今後はきちんと処理をして参ります」と謝罪文を書いている。
経済学者野口悠紀雄は「格別強い怒りを覚えた」
「税理士に依頼しなかったとすれば、その時点で脱税の意図があったと考えざるを得ない」
と厳しく批判している