Folding@Homeで難病解明 Part18【FAH】at PC
Folding@Homeで難病解明 Part18【FAH】 - 暇つぶし2ch2:名無しさん
23/02/10 05:18:24.17 0.net
■Folding@Homeの参加方法
1. アプリのダウンロード&インストール
URLリンク(foldingathome.org)
OSは、Windows(32bit, 64bit)、Mac(macOS 10.7以降)、Linux(64bit, rpm or deb)に対応。
2. ユーザ登録
URLリンク(apps.foldingathome.org)
名前とEmailアドレスを登録して、Passkeyを入手する。
・ユーザ登録は必須ではなく、匿名ユーザとして貢献できるが、獲得ポイントは下がる。
名前は URLリンク(stats.foldingathome.org) で検索して重複しないことを確認。
・名前で使える文字は、英文字、数字、下線(_)である。特に「#^?|」は不適。日本語も避ける。
3. アプリを開始して名前・チーム番号・Passkeyを登録
チーム番号に162と入力するとチーム2chのメンバーに入れる。

3:名無しさん
23/02/10 05:18:35.76 0.net
■関連スレ
【Team 2ch】分散コンピューティング総合325【UD→BOINC】
スレリンク(entrance板)
【BOINC】自作機パワーでがん解析Ver.82【旧UD】
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【Team 2ch】 Folding@Homeで新型コロナを解析 【F@H】(DAT落ち)
スレリンク(covid19板)
【1ボードPC】分散コンピューティング 3【コロナ】
スレリンク(linux板)

4:名無しさん
23/02/10 05:18:57.03 0.net
■TIPS
Q. タスクが落ちてこない
A. passkey登録する 一時停止→開始ボタン
Q. GPUが仕事しない、計算ミスる
A. クロック電圧は余裕をもった設定で
Q. CPU使用率が上がらない
A. 現時点の利用可能論理コア数は32コアです
☆高速CPU/GPUを使っていたら Next Unit Percentageの設定をしておくと良さそう
Advanced Control > Configure > Slots > (Slotを選択) > Edit > Addボタン
name に 「next-unit-percentage」、Valueに90から100の数字を入れる
デフォルトが99で、WUの処理が99%まで進んだら次のWUのダウンロードが始まるという設定。
95とかにすれば、WUの処理が終わったのに次のWUが落ちてきてない、ということを抑制できるはず。
☆標準では1つの課題にCPUの全スレッド-1(Fullの場合)を適宜割り当てて対応するようになっているが
configure→slots→Addを押して出る「CPUs」の所の数値「-1(自動割り当て)」を「1」や「2」にしてOKを押すと
CPUスレッド使用数を限定して課題を処理できる。
同時に、現在はこのスロット数を増やしている方が課題が落ちてきやすい。
(GPU側は詳しい人以外はそのままで)
☆リモートの方法
1、サブPCのAdvanced Control > Configure > Remote Access でPasswordを決める
2、IP Address Restriction に 127.0.0.1 (メインPCのIPv4アドレス)/24を入力(例:URLリンク(imgur.com)
3、メインPCに戻り、Advanced Control > Clients > Add > Address > HostnameにサブPCにのIPv4アドレスを入力
4、アプリ再起動
☆コマンドラインで、FAHClient.exe --helpを実行するとオプションを閲覧できます。

5:名無しさん
23/02/10 05:19:22.56 0.net
■Folding@Home公式
・トップ
URLリンク(foldingathome.org)
・フォーラム
URLリンク(foldingforum.org)
・FAQ
URLリンク(foldingathome.org)
・ダウンロード/ベータ版
URLリンク(test.foldingathome.org)
■ランキング
・全チームランキング
URLリンク(stats.foldingathome.org)
・Team 2chメンバーランキング
URLリンク(apps.foldingathome.org)
・EOC Folding@Home Stats
URLリンク(folding.extremeoverclocking.com)
・各GPUの1日獲得ポイント表 GPU PPD Database
URLリンク(www.overclock.net)
・外部の統計サイト
URLリンク(folding.extremeoverclocking.com)
・Windows版でオプションの入力が何故か半角カナになってしまうときは、マウス右クリックのペーストを使うか、変換入力状態にしてF10で英数に変換する
・WUのDL/ULが失敗し続けて待ち時間が数十分とか数時間とかになっているのに気づいたら、いったんPauseしてFoldし直すと待ち時間をリセットできる
・とはいっても、サーバー側でWUが枯渇したり受け取り口がパンクしていると思われるので、基本的に気長に待つ
・Advanced ControlのFolding Slotsの各スロットを右クリックすれば、スロット単位でFold/Pause/Finishができる

6:名無しさん
23/02/10 14:17:09.72 0.net
スレ立ておつでーす

7:名無しさん
23/02/11 06:13:55.05 0.net
前スレから有用そうな情報源をまとめた (重複ご容赦)
■Folding@Home公式
・Twitter
URLリンク(twitter.com)
・ニュース
URLリンク(foldingathome.org)
・疾患
URLリンク(foldingathome.org)
■FAHの成果
・論文
URLリンク(foldingathome.org)
・COVID-19 Moonshotプロジェクトの成果
スレリンク(pc板:995-997番)
■プロジェクト
・原子数, タイムアウト日数, デッドライン日数, ベースクレジット, コア種類
URLリンク(apps.foldingathome.org)
・疾患, 研究施設, コア種類,ベースクレジット
URLリンク(folding.lar.systems)
(deleted an unsolicited ad)

8:名無しさん
23/02/11 06:14:17.72 0.net
■プロジェクト稼働状況
URLリンク(apps.foldingathome.org)
-ステイタス: サーバ, WU
-パスキー: 生成と再取得
■ユーザー WU提出状況 (直近90日間)
URLリンク(apps.foldingathome.org)
-User欄にユーザ名を入力し、[Search]ボタンをクリックする
-CPUid, IPアドレス, Team, CPU種類, OS種類, 最終提出日時やプロジェクト
■Team 2ch 活動状況
URLリンク(folding.extremeoverclocking.com)
URLリンク(stats.foldingathome.org)
-メンバー, 獲得ポイント, WU数
■CPU/GPU パフォーマンス統計
・CPU FOLDING@HOME PPD RANK DATABASE
URLリンク(folding.lar.systems)
・GPU FOLDING@HOME PPD RANK DATABASE
URLリンク(folding.lar.systems)

9:名無しさん
23/02/11 06:14:56.98 0.net
■読み物
2021年の振り返りと、2022年の新年のご挨拶 2022/01/03
スレリンク(pc板:176-179番)
・グレッグ・ボウマン先生による昨年の振り返り (翻訳)
F@Hにおける高効率のための運用方法 2021/02/22
URLリンク(greenfoldingathome.com)
・消費電力と科学的成果を最大化する調査結果 (Ryzen 9 3950X)
URLリンク(greenfoldingathome.files.wordpress.com)
・一番効率いいのは13スレッドらしい
AlphaFoldの潜在能力を最大限引き出すには (Natureダイジェスト)
URLリンク(www.natureasia.com)
・AIを使ってタンパク質構造予測をするAlphaFoldの記事

10:名無しさん
23/02/11 07:56:49.41 0.net
ツイッタにFAHに関連する最新の論文が示されていたので簡単に紹介。
アルツハイマー病の危険因子であるタンパク質ApoEの構造解析にFAHが使われた。
この研究結果は、ApoEがプラークの沈着や神経原線維の形成に与える影響を研究する基盤になるだろう。
掲載されたPNASは有名な雑誌。
URLリンク(www.pnas.org)
Apolipoprotein E4 has extensive conformational heterogeneity in lipid-free and lipid-bound forms (アポリポタンパク質E4は、脂質を含まない状態と脂質が結合した状態で広範な立体構造的の不均一性を持つ)
大ざっぱな内容
アルツハイマー病の最も強力な遺伝的危険因子ポリポタンパク質E(ApoE)の生化学的特性と疾患におけるその役割の関係は、利用可能な構造情報が限られているために捉えられなかった。本論文では、病原性アポリポタンパク質ApoEの全長について、脂質の存在下および非存在下での単量体の特徴を明らかにした。本研究では、1分子分光法と分子動力学シミュレーションを組み合わせて、ApoE4単量体の原子レベルの詳細なモデルを構築し、脂質結合の影響を調べた。この手法により、単量体のみが存在するピコモル濃度での研究が可能になり、これまでの限界を克服した。脂質結合の影響を調べるため、FASTアルゴリズム(GROMACS)とFolding@homeシミュレーション(OpenMM)の分子シミュレーションを組み合わせて、ApoE4単量体の原子レベルの詳細なモデルを構築した。

11:名無しさん
23/02/13 04:37:54.04 0.net
Team 2ch - Members List Rankings
URLリンク(folding.extremeoverclocking.com)

12:名無しさん
23/02/13 13:22:46.57 0.net
>>1
4000番代導入してみたけどやっぱりめっちゃ速いな
なお自宅ゲームは3060…

13:名無しさん
23/02/14 13:44:27.47 0.net
しっかり10年sandyおじさんをやってた自分的には
3070で10年やっていけそうな手応えを感じている

14:名無しさん
23/02/16 17:54:38.64 0.net
TDP65WのRyzen 9 7900のワッパがめちゃくちゃ高いみたい。
省エネハイパフォーマンスのCPUとしてF@H回すなら最良の選択肢の1つだと思う。
この記事の下の方にあるCLUB386 EFFICIENCY RATINGがワッパだが、
次点がZen4でもRaptorLakeでもAlderLakeでもなくZen3のRyzen9 5950Xというのも驚き。
URLリンク(www.club386.com)

15:名無しさん
23/02/17 14:34:18.00 0.net
4070tiパワーリミット45%に設定しても
PPD/日600-1000万出るかなcancerだけは重くて性能は出にくい
が409040804070順番通りでしっかり
性能差は出てるからどれ選んでもいいと思う
消費電力はPL掛けてGPU単体で120から130wくらい…
今ある2枚売って一枚4000シリーズに変えるだけで随分時間も電気も負担が減るわ
ただGPUのレールパワーって項目は3000番代でみたことない
400W近いのをPL無しだと出てたりするので下位モデルでも規定通りに750Wは積んでないと不安かも
PL掛けてれば最大で150wとかに落ち着くけど起動時はわからんしなぁ

16:名無しさん
23/02/20 09:23:44.30 0.net
RTX系よく使う人多いけどTeslaとかで回してる人いないのかな?

17:名無しさん
23/02/20 15:31:19.02 0.net
久々にCPUでもと思ったら
スリッパなのに1日半の固いのがキタ
まじか( ̄。 ̄;)

18:名無しさん
23/02/21 22:51:37.21 0.net
性能抑えて回してたら7日級が来た
フルパワーでも間に合わないや

19:名無しさん
23/02/23 01:54:19.24 0.net
BCが120000とか頭おかしい
@CANCER Project 18717

20:名無しさん
23/02/24 21:16:25.04 0.net
12万のやってる時はだいぶPPD予想値が落ちるね


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