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2005年10月、インターネット掲示板の2ちゃんねるで、他の漫画家と構図が似ているとの指摘があり、講談社が調査を開始。
同社は10月18日に、『エデンの花』『君の白い羽根』などで井上雄彦の『SLAM DUNK』『リアル』などからの作画トレースがあり、
作者本人もその事実を認めたと発表。
『別冊フレンド』2005年11月号に謝罪文を掲載するとともに、連載中だった『Silver』の連載中止（事実上の打ち切り）と既刊の単行本すべてを絶版とし、
回収する措置をとった。このことは新聞やテレビの全国ネットのニュースでも報道されるところとなり、2007年3月まで漫画家活動を停止した。
2009年3月に連載復帰一作目の『ちはやふる』が第2回マンガ大賞を受賞した際、
末次は授賞式を欠席し（代理の編集部員が出席）、関係者に謝辞を表しつつも「過去に犯した間違いというものがあり、
自分はまだこういう場に出て行けるような人間ではない。一生懸命マンガを描いていくことでしか恩返しはできない」というコメントを発表している。