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二〇一六年度に国が実施した私立大学への研究補助事業で、安倍晋三首相の友人が理事長を務める学校法人「加計（かけ）学園」だけが、運営する二校が選定されていたことが分かった。
当時は、加計学園に有利な条件で国家戦略特区での獣医学部新設が決まったばかりの時期。所管する文部科学省は「加計学園を優遇したわけではない」と説明するが、識者は疑問を投げかけている。 （中根政人）
補助事業は、文科省が一六年度に始めた「私立大学研究ブランディング事業」。「独自性の高い研究や事業に取り組む私大」に対して補助金を新たに交付したり、増額したりする。
一六年度は計百九十八校の応募（応募主体の学校法人数は非公表）があり、同年十一月二十二日に四十校が選定された。
この中で、加計学園が運営する岡山理科大（岡山市）が「恐竜研究の国際的な拠点形成」、
同じく千葉科学大（千葉県銚子市）が「『大学発ブランド水産種』の生産」などの研究で、それぞれ選ばれた。同じ学校法人から複数選ばれたのはこの二校だけ。
補助金の交付期間は少なくとも三年間で、中間評価の結果が良ければ最長五年間。一六年度の二校への補助金は計約一億一千六百万円に上った。