11/10/12 07:44:06.70
ログにあったMP6は140レス／年だったので5年はかかるな
人がいないのか話題がないのか・・・
とりあえず次スレの内容を決めておこうぜ
【猫を】量子化学質問スレ-AM1【虐待するな】
タイトルは↑でどうよ
251:sage
11/10/17 16:15:51.33
Gaussian09M と GaussView3.09をMac OS X 10.5.8(Intel Mac)で使ってるのですが、
分子軌道図等が表示できません。
Edit > MOs... の画面だとどの軌道をクリックしても出てきませんし、
Results > Surfaces... はクリックしても反応しません。
formchkしたfchkを使っても同じですし、
URLﾘﾝｸ(www.hulinks.co.jp)のfchk（g03で計算した物）を使っても同じです
ルートセクションや理論が特定のものでないとダメなのでしょうか？
それともなにか別の根本的な問題なのでしょうか？
252:あるケミストさん
11/10/17 18:00:48.89
>>251
MOから表示したい軌道を選択してvisualize
精度などの詳細を決めてshowをクリック
描画計算が入るから表示には数分程度かかる
253:あるケミストさん
11/10/17 22:23:34.50
混成軌道についての問題
CuInSe2のすべての結合軌道が2個ずつの電子で埋め尽くされていると、
それはもとの銅、インジウム、セレン原子におけるどの軌道の電子何個
によって形成されているのか説明せよ。
Cuの4s軌道の電子1個、Inの5s軌道の2個、5p軌道の1個
(Seの4s軌道の2個、4p軌道の4個)×2の計16個で合っていますか？
254:あるケミストさん
11/10/18 15:46:49.04
>>252
水分子一個のHOMO, LUMOの表示だけで３０分以上も時間がかかるものなんですかね…？
計算が終わる気配が全くしないです
255:あるケミストさん
11/10/18 15:54:17.63
一瞬で終わるよ
256:あるケミストさん
11/10/18 18:10:55.40
>>254
スペックが分からないと断言できんが、gauss viewが動くPCなら水分子程度なら一分もかからんはず
何かやり方が間違ってそうだからマニュアルでも確認したほうがいい
スクショでも貼ってくれれば何か分かるかもしれんが
257:あるケミストさん
11/10/18 18:50:32.93
>>256
スペックは2.4GHz Intel Core 2 Duo/メモリ4GBです
水分子の構造最適化は６秒くらいで終わります
スクショです
URLﾘﾝｸ(iup.2ch-library.com)（MOsを開いたところ）
URLﾘﾝｸ(iup.2ch-library.com)（HOMO,LUMOを選択したところ）
やり方って、
g09計算後、チェックポイントファイル(.chk)をformchkコマンドでフォーマット化済みチェックポイントファイル(.fchk)に変換
↓
フォーマット化済みチェックポイントファイル(.fch*)を読み込ませる
↓
MOsを開く
で合ってますか？
あと、 fchkを読み込ませるときに、
「Can't find Gaussian freqchk utility. Will have no vibration data.」
って出るんですけど、それってなにか関係ありますかね？
振動数解析だから関係ないとは思うんですけど…
258:あるケミストさん
11/10/18 18:55:49.10
>>257
visualize→showを押してもMOが出ない？
そっちのスクショも
＞「Can't find Gaussian freqchk utility. Will have no vibration data.」
これはMO表示には関係ないはず
259:あるケミストさん
11/10/18 18:58:05.60
ちなみに黄色反転は表示したいMOを選択してるだけだからその段階待ってても何も起こらないよ
260:あるケミストさん
11/10/18 19:04:49.50
visualize→showじゃなくてvisualize→updateだったかも
手元に今無くて確認できんが
261:あるケミストさん
11/10/18 21:53:15.50
>>258
visualize → update後のスクショです
URLﾘﾝｸ(www.dotup.org)
この画面からずっと変わりません…
262:あるケミストさん
11/10/18 22:15:23.47
>>261
うーむ、これで待ってるとMOが生成されるはずだけど（水分子程度なら多分1分以内）、
なんらかのエラーで計算が止まってるとかそんな感じなのかな
CPU消費してるプロセスにそれっぽいのがあるか確認してみたら？
もしダメならcubegenコマンドでコマンドラインから直接cubeファイルを作成してsurface画面で読み込むという手もあるよ
263:あるケミストさん
11/10/18 23:08:13.81
>>262
あー、できない原因わかったかもです…
CPU消費プロセスを見ようとアクティビディモニタを見たんですが、GaussView3.09ってPowerPC用だったんですね
僕が使ってるのはIntel Macなので、それだと表示はできても計算はできないってことなんでしょう…
Surface画面が開かないのもそのせいじゃあないかと思われます
とりあえず明日PowerPCがあればそれで試そうと思います…無かったら教授に買ってくれってせがもうかな
ありがとうございました！
264:あるケミストさん
11/10/18 23:32:15.15
>>263
そんなことあるのかｗｗ
gaussianがwindows 64bitで使えないっていう話は聞いたことがあるけど、macでもそんなことがあるのな
予算はどの研究室も大変だから、頼むならよく調べてからにしような
おつ
265:あるケミストさん
11/10/30 03:42:15.93
gaussian03を使い始めたばかりのものです。水分子の構造最適化などの
基本中の基本的なインプットファイルの書き方はなんとか理解できたのですが、
水分子のポテンシャル曲線（距離ーポテンシャルエネルギー）を計算するような
インプットファイルの記述の仕方とアウトプットファイルのどのあたりを見れば
いいのかがわからないので、ご存知のかたがいたらご教授お願いします。
まわりに、gaussianをやっている人がいなくて、手探り状態でやっていて大変困っています。
つたない文章で申し訳ないのですが、よろしくお願いします。
266:あるケミストさん
11/10/30 10:56:47.81
>>265
URLﾘﾝｸ(www.gaussian.com)
267:あるケミストさん
11/10/30 19:30:31.54
ホストEATcf-161p211.ppp15.odn.ne.jp
名前： あるケミストさん
E-mail：
内容：
>>266
ありがとうございました。↓は、水分子で角度を104.5で固定して、
ＨとＯの距離ｒを0.96から0.05刻みで計算させたものです。
#p rhf/3-21g scan test
Water RHF scan
0,1
o
h,1,r
h,1,r,2,a
r 0.96 10 0.05
a 104.5
インプットファイルでｒを0.96ではなく0.05とかに変更すると
エラーが出てしまいます。どうすればいいのでしょうか？
268:あるケミストさん
11/11/01 22:23:50.19
>>267
エラーメッセージ読め。なんで計算止まるのか書いてあるから。
たぶん0.05だと核間距離が近すぎるので計算止まってるだけだと思う。
269:あるケミストさん
11/11/11 22:41:11.44
各種計算ソフトで得られる結果の有効桁数はどの程度なのでしょう？
270:あるケミストさん
11/11/11 23:27:16.22
計算に有効数字という概念自体ないと思うけど
271:あるケミストさん
11/11/11 23:32:08.81
でも、単精度、倍精度とかあるじゃないですか。
272:あるケミストさん
11/11/11 23:48:22.93
>>268
r=0.1にして10点分打った時のポテンシャルエネルギー探索時のエラーが、
「Inaccurate quadrature in CalDSu.」
と出ました。
r=0.2～2.05の範囲でなら正常に計算できました。
初歩的なことかもしれないのですが、核間距離が近すぎたり、遠すぎたりすると
計算できないのでしょうか？
273:あるケミストさん
11/11/12 02:25:39.51
>>271
SCFの収束条件ならばアウトプットに書いてあるはず
274:あるケミストさん
11/11/12 08:41:48.83
>>272
極端に近かったり、遠かったりするとSCFこけることありますよね。特に遠いと開殻系に近くなるし、計算方法そものに問題が出てくるかと。電子相関考慮の方法でやらないといけない場合もたまにあるんで、前例とか類似の系を調べるのも手です。
275:274
11/11/12 08:48:41.13
追加
SCF収束オプションを見直すべし。
276:あるケミストさん
11/11/12 14:01:18.62
>>272
極端に核間距離が短いと核同士の反発が近くなるし、電子の反発も強くなるのでSCF収束しにくいはず。
そもそも、平衡核間距離よりも非常に短い部分のPES描いてもあまり利点はないと思うけどな
277:274
11/11/12 15:12:11.29
たしかに...
278:あるケミストさん
11/11/14 08:14:09.20
>>276
結果のＳＣＦ収束条件を探してみます。
今は、Gaussianを使い始めたばかりなので試しに、簡単な分子のPESを計算
させているのですが、できれば２つの分子間に働く非経験的ポテンシャルをフィッティング
したいと思っています。
たとえば、He+(イオン）と水分子間のポテンシャルを計算させることってできますか？
279:あるケミストさん
11/11/18 11:39:48.13
>>278
もちろんできる
280:あるケミストさん
11/11/18 13:09:09.79
電波テロ装置の戦争(始)
エンジニアと参加願います公安はサリンオウム信者の子供を40歳まで社会から隔離している
オウム信者が地方で現在も潜伏している
それは新興宗教を配下としている公安の仕事だ
発案で盗聴器を開発したら霊魂が寄って呼ぶ来た
<電波憑依>
スピリチャル全否定なら江原三輪氏、高橋佳子大川隆法氏は、幻聴で強制入院矛盾する日本宗教と精神科
<コードレス盗聴>
2004既に国民20%被害250～700台数中国工作員3～7000万円2005ソウルコピー2010ソウルイン医者アカギ絡む<盗聴証拠>
今年５月に日本の警視庁防課は被害者SDカード15分を保持した有る国民に出せ!!<創価幹部>
キタオカ1962年東北生は二十代で2人の女性をレイプ殺害して入信した創価本尊はこれだけで潰せる<<<韓国工作員鸛<<<創価公明党 <テロ装置>>東芝部品)>>ヤクザ<宗教<同和<<公安<<魂複<<官憲>日本終Googl検索
281:あるケミストさん
11/11/18 18:11:01.26
学部生が量子・計算化学系の研究室でまともにやっていくには配属以前にどの程度の知識をつけておかなければなりませんか？
200ページ前後の量子化学の教科書を押さえておくだけでは足りませんかね
それとプログラミングスキルは必須ですか？そうだとしたら何の言語学んどけばいいんでしょうか
282:あるケミストさん
11/11/18 18:58:18.95
>>281
本によるけどそのくらい読んでおけばどうにかなると思う。
プログラムは組めた方が後々役立つ。やるとしたらFORTRAN
283:あるケミストさん
11/11/19 11:55:56.99
FORTRANなんて化石じゃないですか？
284:あるケミストさん
11/11/19 12:37:25.09
計算方法の開発じゃなくて計算で反応の解析するなら
量子論以前の考えだとどうなるのか分かるようにしといた方が
いいと思うんだが
心配ならここで聞くよりも狙ってる研究室行って聞いて来い
一応勉強してるなら邪険にはされないだろ
285:あるケミストさん
11/11/23 19:36:31.54
>>283
昔からあるプログラムは大体Fortranだから
GAMESSもGaussianも
286:あるケミストさん
11/11/25 17:22:29.92
>>279
試しに簡単そうなAr-Arの分子間ポテンシャルを求めてみようと、
Ar-ArについてMP2/6-31++G(d,p)でscan計算してみたのですが、
URLﾘﾝｸ(www.rafal.co.jp)(6-12).pdfのサイトのようなＬＪポテンシャル
と比較してみたら、2桁オーダーくらい違ってしまいました。
比較対象がＬＪポテンシャルだから違ってしまうのでしょうか？
それとも、根本的に計算過程が間違っているのでしょうか？
もし何か良いアドバイスがあったら、お願いします。
287:あるケミストさん
11/11/25 17:32:54.85
質問です。
DFT計算にsiesta(ver2.0)を使用しているのですが、
有効溶媒近似を用いた計算の方法で悩んでいます。
どなたか手順をご存じないでしょうか？
288:あるケミストさん
11/11/25 18:17:50.09
>>286
そもそもエネルギーの単位換算間違えてるとかじゃねーの
289:あるケミストさん
11/11/28 01:24:09.40
じゃねーよ、カス
290:あるケミストさん
11/11/28 11:11:08.94
>>288
単位換算は間違えてないと思います。何度も確認しました。また、単位換算を
間違えた時のようなグラフにはなっていませんでした。
Ar-Arの分子間ポテンシャル＝（Ar-Arのscan計算）－2×(Arのscan計算）
この方法で計算すれば、いいのですよね？
291:あるケミストさん
11/11/28 11:39:36.60
>>290
普通は、
（Ar-Arの距離ｒでのエネルギー）－（Ar-Arの無限遠でのエネルギー）
ではないかと思うけど、その式でもそんなに誤差が出るとは思いないですけども。
こちらでMP2/aug-cc-pVTZで計算したら、平衡核間距離近傍と無限遠の差が0.5mHartreeくらいだったので、LJのと較べて同じ程度のオーダーになってました
292:あるケミストさん
11/11/28 21:45:18.93
>>291
291さん、ありがとうございます。
基底関数をaug-cc-pVTZにしてもう一度計算してみたいと思います。
293:あるケミストさん
11/11/29 15:43:28.07
>>291
もう一度、MP2/aug-cc-pVTZで計算してみたら、MP2のほうの計算が
LJポテンシャルと近くなりました。
いままで、Ar-Arの無限遠でのエネルギー）の値ところを使わなかったのが
誤差が過大になってしまう原因でした。おかげさまで助かりました！
294:あるケミストさん
11/12/03 01:06:25.68
もう計算化学にスレタイ変更だな
295:あるケミストさん
11/12/03 01:28:13.70
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296:あるケミストさん
11/12/03 23:11:11.01
計算科学と量子化学の違いを3行くらいで頼む
297:あるケミストさん
11/12/04 00:07:20.16
計算科学は化学に限らず物理学等も含んで計算機やら計算を用いた科学全般を指す
量子化学は量子力学を化学に応用したもの。
298:あるケミストさん
11/12/04 00:33:01.91
量子化学の教科書や参考書について質問です。
古典的名著と、現代の代表的な本を、それぞれ和書と洋書で教えて下さると嬉しいです。
299:あるケミストさん
11/12/04 00:45:45.46
>>298
求めてるものと違うかもしれんが、
藤永茂 入門分子軌道法
今俺も読んでるけど分かりやすくて感覚を掴むのにちょうどいい感じ
式の変換、導出などは省略してることが多いから別の教科書は必須だけど
この著者の入門じゃない方の分子軌道法という本は絶版だったけど、名著ということで最近復刻版が出たらしい
金に余裕が出たら買おうと思ってる