11/06/13 12:00:24.82
早速回答頂いてありがとうございます。
自分は有機合成化学が専門で、量子化学とか計算機化学は独学で勉強しています。
私が読んでいる本にはKohnSham valence orbitalという軌道に関して全く記述がないのですが、
これを理解するにはDFTの理論的な部分まで勉強する必要がありますか？
>>181ではせっかく回答頂いたんですが、正直よく分からないので自分でもいろいろと勉強したいのですが・・・
183:あるケミストさん
11/06/13 17:01:39.42
>>182
まず、DFTは本来、分子軌道を使わない方法である、ということ。
一方で、分子の記述をするためには、分子軌道によく似たKohn-Sham軌道を用意するとうまくいく。
このKohn－Sham軌道はMOではないが、表式がMOとよく似ているため非常によく似たものである。
この辺の本が実験の人にも分かりやすいので参考に
URLﾘﾝｸ(www.shokabo.co.jp)
184:あるケミストさん
11/06/13 17:45:23.20
>>183
的確な回答を頂きましてありがとうございます。
挙げて頂いた参考書、早速注文しました。
Gaussianなどを使った計算は素人の私にでもできるのですが（それでも独学のため、トライ＆エラーの連続ですが・・・）
理論の部分はかなり深くて独学では限界があるため（特に理論と実践を繋ぐ部分）、いろいろ質問させて頂いています。
挙げて頂いた本は、私のような数学の苦手な有機化学者にでも分かるように理論の数学の部分もしっかりしているとの事ですので
手元に届くのを楽しみにしています。
185:あるケミストさん
11/06/19 21:00:46.45
振動子強度を考えるときに、調和振動子の遷移確率が一般の原子・分子に比べて3倍になるのは
一次元調和振動子を考えているため電場の向きがx方向だけになるからですか？
186:あるケミストさん
11/06/21 01:07:14.21
当方、PWSCFを用いて遷移状態の計算を試しているのですが、そもそもどんな計算をしたら遷移状態がでてくるのだろうか...
中でどんな計算をしているのかがわからないorz
187:あるケミストさん
11/06/26 16:39:55.41
量子力学って夢ありますよね。
188:あるケミストさん
11/06/26 17:53:13.94
世間のお小遣い本や啓蒙本はいかにも夢があるように書くよね。
189:あるケミストさん
11/06/26 17:55:43.73
あるのは夢じゃなくて手間だろ
190:あるケミストさん
11/06/29 10:23:02.88
初歩的な質問ですみません。
NICS計算について質問です。
アウトプットファイルのどこをどう見てNICS値がマイナスとかプラスなどと
評価するのでしょうか？
計算自体はできてもアウトプットの見方がわかりません。。。
191:あるケミストさん
11/06/30 00:42:09.40
古いと言えば少し古いが、分子軌道法について日本語で書かれたのでは一番本格的なテキストである藤永先生の『分子軌道法』と、
痒いところに手が届くような説明と丁寧な式変形で有名な砂川先生の『量子力学』が先週末に岩波から復刊されたよ。
物理板の参考書スレ見ると紀伊国屋では砂川さんのは初回入荷分は売り切って在庫切れだって。もちろんすぐに追加入荷するだろうけど。
藤永さんのは復刊された翌日に岩波直営？の信山社で、唯一、一斉復刊の棚から既に姿を消してて店員に探してもらったとか。
（藤永さんのは10年に１回だけ刷るみたい。80年に出て今回のが４刷）
おいらは藤永さんのを早速、確保しちゃった。（砂川さんのは以前、大枚をはたいて古本屋で買って読んだがとても良かった）
このスレ読んでる人なら関心のある人も少なくないと思うんで、復刊情報と売れ行き報告しときます。欲しい人はお早めに。
192:あるケミストさん
11/07/12 17:52:37.32
EMSLって落ちてるの？基底関数落としてきたいのにずっと繋がらない。
193:あるケミストさん
11/07/13 14:20:37.52
EMSLつながらなくて不便
194:あるケミストさん
11/07/13 16:36:02.23
>>193
やっぱりずっと落ちてるんか。
何かアナウンスがあったんでしょうか?探しても見つからず、うおーさおーしています。
195:あるケミストさん
11/07/13 19:53:29.74
これか…
URLﾘﾝｸ(www.isssource.com)
196:あるケミストさん
11/07/13 21:20:55.30
>>195
情報ありがとうございます！アタックされたんすか・・・。
何故かこっちは繋がりますね↓
URLﾘﾝｸ(bse.pnl.gov)
つながない方がいいのかな。
197:あるケミストさん
11/07/16 07:14:21.25
>>196
そっちもちょっと前はつながらなかったですね。
復活したんじゃないでしょうか。
ちなみにSDD系は
URLﾘﾝｸ(www.theochem.uni-stuttgart.de)
ここからでもダウンロードできます。
EMSL（に限りませんが）の基底関数は結構数値が間違っていたりするので、
ビルトインでない基底を使う場合には二箇所以上のソースにあたることをおすすめします。
198:あるケミストさん
11/07/19 01:52:08.76
>>197
リンクのご紹介ありがとうございます。
数値が間違っているとは恐ろしいですね・・・疑いもせず使っていました；；
ところでどなたかGAMESSに詳しい方はいませんか？
不対電子1個持つ分子のCI計算をC2v（Ｂ２）で行い出てきたＣＳＦを眺めていたのですが、ＭＣＳＣＦの軌道を見ると不対電子がA1対称の軌道に入っていることになってしまっています。
見るところを間違っているのでしょうか。
199:あるケミストさん
11/07/19 13:51:32.61
質問です。
B3LYP/6-31G(d)で計算した遷移状態構造についてcbs-qb3計算を行いたいのですが、
#cbs-qb3 opt=(ts,calcfc)で計算すると最適化の際にエラーが出ます。
あらかじめ計算した遷移状態構造のままエネルギー計算したいのですが、どのようにしたらよいでしょうか。
200:あるケミストさん
11/07/19 15:55:36.89
>>199
Gaussianですよね？CBSだと構造最適化できないと思います。
B3LYP/6-31G(d)で事前に構造最適化して、その構造をインプットにして# cbs-qb3で一点計算すればよいのでは
201:あるケミストさん
11/07/19 17:56:04.12
すみません，CBS計算って何ですか？
今，計算機化学を独学中なんで，もし面倒でなければご教授頂きたいのですが・・・
202:あるケミストさん
11/07/20 05:08:46.29
>>199
opt=(ts,calcfc)という部分が、遷移状態(Transition State)の構造最適化(OPTimization)を
力の定数を計算(CALC Force Constant)してから求めなさいという指示文なので、
別の計算方法で得られた構造でエネルギーだけを計算したい（これを「一点計算」と呼びます）のならば
opt=(ts,calcfc)を消せばよいだけです。
>>201
CBSというのは、Complete Basis Setの略です。
量子化学計算では理想としては無限個の基底（完全系）を張りたいわけですが、
実際にはそうもいかないので、有限個の基底を幾つか使って外挿することによって
恰も無限個の基底で計算したかのような結果が得られるのです。
QB3というのは知りません。
203:あるケミストさん
11/07/20 13:53:40.97
>>202
>>199です。回答ありがとうございます。
遷移状態についてcbs計算を行うとimaginary frequencyの数が0となりますが、
これは計算結果に特に影響はないのでしょうか。
204:198
11/07/20 23:34:06.53
自己解決。
出てきた$VEC使って同じ計算まわせば一目瞭然でした('Ａ`)
205:あるケミストさん
11/07/20 23:49:36.53
>>203
それはつまり、B3LYP/6-31G(d)で最適化した構造を使って、
CBS-QB3で振動解析（Freq計算）をしたらimaginary frequencyが消えたということでしょうか？
それともCBS-QB3で構造最適化と振動解析をしたということでしょうか？
いずれにしてもimaginary frequencyが消えるのはおかしいと思います。
簡単な系で試してみましたが、CBS-QB3は構造最適化と振動解析をB3LYP/6-311G(2d,d,p) (5D, 7F)レベルで
行い、一点計算をCCSD(T)やMP4(SDQ)で行い高精度なエネルギーを得る方法のようです。
計算方法を変えれば、imaginary frequencyが増えることはあっても、消えることは滅多にないと思います。
もう一度、計算の手順を確認されるのがよろしいかと思います。
分子の大きさにもよりますが、cc-pVXZ系の基底を二種類か三種類使ってCCSD(T)などでエネルギーを
外挿する方法もあります。
計算化学者はこちらの方法を好むと思います。
206:あるケミストさん
11/07/21 14:34:32.90
>>205
#opt=(calcfc,ts) freq b3lyp/6-31g(d)
で遷移状態構造の最適化と振動数計算をし、
#cbs-qb3 scf=qc
で計算をした結果、虚数振動が消えてしまいました。
もう一度確認してみます。
207:あるケミストさん
11/07/21 16:55:25.76
>>202
ありがとうございます！！
勉強になります。
208:あるケミストさん
11/07/22 02:30:53.30
>>206
どうやら、CBS-QB3法というのは、optを書かなくても構造最適化を同時にしてしまう計算方法のようです。
従って、CBS-QB3と一緒にopt=(TS)を書かなかった場合には、
安定構造を導いてしまい、結果的にimaginary frequencyが消失してしまったのだと思います。
どうしてもCBS-QB3法を使いたいのであれば、
CBS-QB3 opt=(TS,CalcFC)で発生したエラーを解決したほうがよさそうです。
209:あるケミストさん
11/07/22 10:25:10.11
TSとQST3の違いってなんでしょう？？
210:あるケミストさん
11/07/23 03:16:14.26
>>209
さらに、QST2というものもあります。
TSオプションは、こちらが類推した初期構造から出発して遷移状態を求めます。
QST2オプションでは、反応物と生成物の最適化された構造から、何らかのアルゴリズムで遷移状態を求めます。
QST3ではQST2に加えて、類推した遷移状態の初期構造を追加します。
つまり、QST2とTSを組み合わせたものがQST3だと言えるでしょう。
個人的には、Opt=(TS, CalcFC)で大概の遷移状態は求められると思います。
211:あるケミストさん
11/07/23 13:51:23.10
myprestoっていう高分子用の計算パッケージ使ってる人いますか
友人に「使えそう？」と聞かれたものの私も初耳でした
Autodockと比べての使用感を聞きたいです
212:あるケミストさん
11/07/24 00:15:24.44
myPrestoもAutoDockも量子化学計算用のソフトウェアじゃないよ
213:あるケミストさん
11/07/24 13:13:16.94
すみません！
スレ違いでしたね
失礼しました
214:あるケミストさん
11/07/25 12:35:09.95
>>210
即レス、ありがとうございます。
自分は別分野が専門なので、凄く勉強になります。
ついでと言うわけではないのですが、もう一つ質問させてください。
QST3（もしくはQST2）とTSの違いについては理解しました。
今回質問したいのは遷移状態構造の信頼性についてなのですが、
opt=TSで求めた遷移状態構造とQST3で求めたものは、それぞれ違う構造という事なのでしょうか？
とすれば、どちらが信頼性が高いとか、そういうことを含めて計算機化学の分野で指摘されてる
事はあるのでしょうか？
215:あるケミストさん
11/07/25 16:16:50.16
>>214
構造の探索アルゴリズムは違うけど基本的に同じ構造に行くはず。
216:あるケミストさん
11/07/31 01:32:33.65
>>191
藤永氏の教科書は実はそれほどレベルが高くない。
岩波だから本の質感はいいけど、内容はもうab initioの古典と言ってもいい。
今から勉強するのならDFTの話がないと現実性がない。
同じ古典を勉強するにしても、ポープルの昔の本なんかは名著だと思うよ。
半経験論のほうがかえって勉強になるもんだ。
217:あるケミストさん
11/08/04 23:12:02.01
GAMESS(US)で蛍光の波長や強度を予測する場合の手順について聞きたいんですが、
"$CONTRL TDDFT=EXCITE" のキーワードを足して励起状態の構造最適化をし、"$TDDFT NSTATE=n"で
垂直遷移エネルギーを計算することで目的の値は得られますか？
それとSPARTANに比べるとだいぶ遅くなってしまうので、GAMESSやfireflyで構造最適化の計算をする時の
コツがあれば教えてください。
218:あるケミストさん
11/08/06 12:43:58.82
>>217
基本的にはそれでいいと思います。
TDDFTで精度が出るのか、とか汎関数、基底関数は充分か、ということに注意は必要ですが。
GAMESSは半経験的方法が実装されてるので一度それらで構造最適化して、そこからさらにDFT等使うとよいかもしれないです。
219:あるケミストさん
11/08/08 15:14:11.39
>>218
返事遅れてすみません。返答ありがとうございます。
近くに相談できる人がいないので助かりました。
220:あるケミストさん
11/08/16 00:27:09.58
TDDFTの系統的な研究についてはよく知りませんが、
可視部はかなり精度が高いのに
紫外部はそれほどでもないように思います。
紫外部で誤差が大きいと分光的にはかなり性格の違う領域にずれ込むので
工学的な応用では今でもZINDOのほうが実用的かもしれません。
軌道相とか相対強度とか励起の定性的な性格を追求するだけなら
十分だと思いますが。
221:あるケミストさん
11/08/18 15:28:04.73
OHについてエネルギー計算を行ったところ、
CConnectionGLOG::Orient_Dipole_Derivative()
Linear Molecule detected. Unable to orient dipole derivatives
というエラーが出るのですが、これはどういう意味なのでしょうか。
222:あるケミストさん
11/08/22 05:54:29.10
どちらかというと可視光に興味があるので、それならTDDFTで良さそうですね。
まあ夏休み終わったら幾つか試しに計算してみます。
･･･ZINDOって手持ちのソフトじゃ計算できなさそうですし。
223:あるケミストさん
11/09/05 13:43:13.53
密度汎関数法を勉強したいと思っている人です。 初心者なのでよくわかりません。
MOは、ヒッケル法でブタジエンを扱うぐらいです。 あまり詳しくなくてすみませんが、
分かりやすい密度汎関数法の入門書を教えて戴ければ幸いです。
Wiki Pediaよりも、詳しく書いてある本をお願いします。
224:あるケミストさん
11/09/13 01:05:53.56
＃2070エラーがどうしても回避できません。
どなたか知恵をかしていただけませんか？？
計算しているのはSc@C82@CNT(10,10)で、
method:GroundState DFT Unrestricted B3LYP
Basis Set:STO-3G *
の条件でやってみましたがどうも異常終了。
ググってみて%rwf=a,245mw,b,245mw,c,245mw,d,245mw,e,245mw,f,245mw,g,245mw,h,245mw
をEditにつっこんだけど異常終了。
過去ログも一応漁ってみましたが…パソコンのスペックが問題なのかなぁ…
そもそも無理なのかなぁ←
225:あるケミストさん
11/09/20 23:31:13.72
分子は、分子軌道によって成り立っているはずなのに、
どうして、σやπ結合のような考え方（有機電子論）をして正しい結論に至るのでしょうか。
226:あるケミストさん
11/09/21 00:48:21.41
分子軌道はただのモデルにすぎない
227:あるケミストさん
11/09/21 01:03:08.18
正しい結論に至れるものを選んでやってるからそうなるだけ
有機電子論で分からないのがあるから分子軌道なんて
訳の分からないようなのを使い始めるようになった
228:あるケミストさん
11/09/21 02:20:05.15
訳の分からないって…
単にモデルの忠実さが有機電子論＜分子軌道論なだけ
前者は荒いけど簡単、後者は精密だけど複雑
229:あるケミストさん
11/09/21 02:52:46.68
>>228
分子軌道には、そもそもσ結合やπ結合にあたる電子雲が見られないですよね。
どれがσ結合の雲なんだろうかと探してしまったことがあります。
σもπも内殻電子も含めて、ただ、電子のエネルギー準位ごとに分割し、
あっちゃこっちゃ散らしているだけだという理解をしています。
でもどうして、その真の姿ではなく有機電子論で考えて大丈夫なんだろう。
σとかπ結合は、分子軌道の集合なんでしょうか。
>>227
有機電子論でわからずに分子軌道で考える反応といえば、なんでしたっけ。
230:あるケミストさん
11/09/21 03:25:20.65
分子軌道が真の姿だと？ 笑わせるな
231:あるケミストさん
11/09/21 04:42:25.09
真の姿とは？
分子軌道と有機電子論のどっち？
232:あるケミストさん
11/09/21 04:46:08.55
>>229
HOMOやLUMOしか見てないと分からないけど、低エネルギー側のMOを見ていけば
ちゃんとσ結合を担う電子対が入ってる
MOがあるよ
πについても同様
分子軌道法は止まっている一分子についてはその物性をよく評価できるけど、
例えば溶液中の反応のように溶媒に囲まれた多分子の系については適応が難しい
分子軌道法は場合によっては起こっている現象に対する根拠として扱える時があるけど、
有機電子論で考える反応機構はただのモデルで、経験的に無理のない反応機構がかけるからと言ってその通りになるとは限らない
情報として全然違うし、両方扱えるようになるべき
233:あるケミストさん
11/09/21 06:04:19.55
>>239
わかりやすい解説ありがとうございます。
>ちゃんとσ結合を担う電子対が入ってる
メタン分子を例にすると、4本のσ結合は等価なはずなのに、
分子軌道法でみると、各MOは、すべてエネルギーが異なって表されます。
だから、σ結合電子対と、MOの電子対は異なったものなのかもしれないと思ったのですが。
234:あるケミストさん
11/09/21 07:24:17.73
分子軌道法ではメタンのC-H結合性軌道は1つ低エネルギーにあってそれより少し高エネルギーに3つ縮退してるが
全部混ぜ合わせれば各C-H結合は等価なのが分かるはずだ
235:あるケミストさん
11/09/21 08:01:50.78
>1つ低エネルギーにあってそれより少し高エネルギーに3つ縮退
はじめから全部等価なのではないのですか。
σ軌道同士が影響しあっていますか？
>全部混ぜ合わせれば各C-H結合は等価
そりゃあ、平均すれば等価になりますよね・・
236:あるケミストさん
11/09/21 08:20:43.49
じゃあお前は何が不満なんだよｗｗｗｗ
237:あるケミストさん
11/09/21 10:08:28.24
まずは>>226で言ってる「分子軌道はただのモデル」をちゃんと理解すべき
現実の世界には分子軌道なんてないし、個々に考えられるような「C-H結合」もない
単に現象を表現するために考え出したモデルにすぎない
存在しないんだから、「4本の結合が等価」なんてのも勝手にそう考えているだけ
238:あるケミストさん
11/09/21 10:36:30.01
>>235
もっと基本的なところから考えると
いい
例えば今回の例だと、メタンの配置に置かれたプロトン、炭素原子核の周りに
安定な形で電子を配置していくとどうなるか、
というのが分子軌道法の考え方
炭素の1sに入ってる2電子はおいておいて、結合を担ういわゆる価電子の入り方を考えると、
最初の2電子はσ結合のような束縛された位置じゃなくて、分子全体に広がった配置の方がエネルギー的に有利に見えないか？
次から収めていく電子は先に入れた電子を避けて入るから、エネルギー的には不利になるだろう
だから所謂sp3混成に相当する軌道が4つ全て等価でないことに、分子軌道法の
考え形では全く問題がない
239:あるケミストさん
11/09/21 10:46:10.41
さらに言うと、一つだけエネルギーの低い軌道は分子全体に均等に広がっており、4軌道の重ね合わせが等価だということからも分かるように、
メタン分子の4つのプロトンの内、どれかが特別であるということにもならない
分子軌道法では、結合を担う8電子の内、
2つが残りの6個に比べてエネルギー的に安定で、
かつ4つのプロトンは全て等価だという実験的事実を説明できていて、これは有機電子論では説明できない
240:あるケミストさん
11/09/23 04:01:59.24
正準軌道エネルギーの分裂の様相はTd対称の既約表現の直和に分解
すれば分かる。Tdの既約表現の次元は高々3次で、メタンの場合は
1次元表現＋3次元表現に分解される。
もちろんユニタリ変換で局在化して4つの等価な基底は作れるし
物理量の期待値は変えないからそう考えても問題ない。
241:あるケミストさん
11/09/23 08:48:59.84
FireflyでMP2の構造最適化をやってるんだけど、
Core i7 2600K(quad core, hyper-threading)で8並列で流してるのに
1スレッドしか動いてないみたい(CPU使用率が13%までしか上がらない・・・)
だいぶ古い情報でPCchem infoのブログにも少し書いてあるけど、現在のVerでもMP2のoptimizeは並列化されてないの？
242:あるケミストさん
11/09/23 10:36:12.50
知らんがな。
それは量子化学とは関係ないだろ。
計算機化学やってる人でもPCに詳しくない人も多いよ。
243:あるケミストさん
11/09/23 11:09:44.78
定期的に同じ話題がでるNE
244:あるケミストさん
11/09/23 16:13:44.00
FireflyでMP2の構造最適化をやってるんだけど、
Core i7 2600K(quad core, hyper-threading)で8並列で流してるのに
1スレッドしか動いてないみたい(CPU使用率が13%までしか上がらない・・・)
だいぶ古い情報でPCchem infoのブログにも少し書いてあるけど、現在のVerでもMP2のoptimizeは並列化されてないの？
245:あるケミストさん
11/10/02 15:51:03.72
天皇カルトとＧＨＱが呼んでいたことだけは
覚えておいたがいい。
その天皇カルトをＧＨＱは利用したがね。
只の人間や、只の人間の家系を尊ぶなど
時代錯誤であり、人が人として、この世に生まれさせられた
意味を否定する、迷信でしかない。
そんなものは、ゴミ箱に捨て去り、
人の心の平安は、別次元に求められるべきであるのは
当然のことだ。
天皇という存在が、近代になって
日本人に与えたものは、
「惨禍」でしか無かった筈だ。
取り巻きは別だろうが、
大多数の日本人にとってはね。
246:あるケミストさん
11/10/11 04:27:55.55
ROHFとUHFの違いって何ですか？
数式を使わずに教えて下さい。
247:あるケミストさん
11/10/11 23:40:19.65
ROHFは内殻の方はαとβで同じ空間軌道を用いる。
UHFは内殻も別の空間軌道を用いる。
248:あるケミストさん
11/10/12 00:40:34.72
話題がないようなのでMP9からは質問スレに変更ということで
249:あるケミストさん
11/10/12 01:35:04.60
このスレ埋まるのに2-3年かかるんじゃねえのｗ
250:あるケミストさん
11/10/12 07:44:06.70
ログにあったMP6は140レス／年だったので5年はかかるな
人がいないのか話題がないのか・・・
とりあえず次スレの内容を決めておこうぜ
【猫を】量子化学質問スレ-AM1【虐待するな】
タイトルは↑でどうよ
251:sage
11/10/17 16:15:51.33
Gaussian09M と GaussView3.09をMac OS X 10.5.8(Intel Mac)で使ってるのですが、
分子軌道図等が表示できません。
Edit > MOs... の画面だとどの軌道をクリックしても出てきませんし、
Results > Surfaces... はクリックしても反応しません。
formchkしたfchkを使っても同じですし、
URLﾘﾝｸ(www.hulinks.co.jp)のfchk（g03で計算した物）を使っても同じです
ルートセクションや理論が特定のものでないとダメなのでしょうか？
それともなにか別の根本的な問題なのでしょうか？
252:あるケミストさん
11/10/17 18:00:48.89
>>251
MOから表示したい軌道を選択してvisualize
精度などの詳細を決めてshowをクリック
描画計算が入るから表示には数分程度かかる
253:あるケミストさん
11/10/17 22:23:34.50
混成軌道についての問題
CuInSe2のすべての結合軌道が2個ずつの電子で埋め尽くされていると、
それはもとの銅、インジウム、セレン原子におけるどの軌道の電子何個
によって形成されているのか説明せよ。
Cuの4s軌道の電子1個、Inの5s軌道の2個、5p軌道の1個
(Seの4s軌道の2個、4p軌道の4個)×2の計16個で合っていますか？
254:あるケミストさん
11/10/18 15:46:49.04
>>252
水分子一個のHOMO, LUMOの表示だけで３０分以上も時間がかかるものなんですかね…？
計算が終わる気配が全くしないです
255:あるケミストさん
11/10/18 15:54:17.63
一瞬で終わるよ
256:あるケミストさん
11/10/18 18:10:55.40
>>254
スペックが分からないと断言できんが、gauss viewが動くPCなら水分子程度なら一分もかからんはず
何かやり方が間違ってそうだからマニュアルでも確認したほうがいい
スクショでも貼ってくれれば何か分かるかもしれんが
257:あるケミストさん
11/10/18 18:50:32.93
>>256
スペックは2.4GHz Intel Core 2 Duo/メモリ4GBです
水分子の構造最適化は６秒くらいで終わります
スクショです
URLﾘﾝｸ(iup.2ch-library.com)（MOsを開いたところ）
URLﾘﾝｸ(iup.2ch-library.com)（HOMO,LUMOを選択したところ）
やり方って、
g09計算後、チェックポイントファイル(.chk)をformchkコマンドでフォーマット化済みチェックポイントファイル(.fchk)に変換
↓
フォーマット化済みチェックポイントファイル(.fch*)を読み込ませる
↓
MOsを開く
で合ってますか？
あと、 fchkを読み込ませるときに、
「Can't find Gaussian freqchk utility. Will have no vibration data.」
って出るんですけど、それってなにか関係ありますかね？
振動数解析だから関係ないとは思うんですけど…
258:あるケミストさん
11/10/18 18:55:49.10
>>257
visualize→showを押してもMOが出ない？
そっちのスクショも
＞「Can't find Gaussian freqchk utility. Will have no vibration data.」
これはMO表示には関係ないはず
259:あるケミストさん
11/10/18 18:58:05.60
ちなみに黄色反転は表示したいMOを選択してるだけだからその段階待ってても何も起こらないよ
260:あるケミストさん
11/10/18 19:04:49.50
visualize→showじゃなくてvisualize→updateだったかも
手元に今無くて確認できんが
261:あるケミストさん
11/10/18 21:53:15.50
>>258
visualize → update後のスクショです
URLﾘﾝｸ(www.dotup.org)
この画面からずっと変わりません…
262:あるケミストさん
11/10/18 22:15:23.47
>>261
うーむ、これで待ってるとMOが生成されるはずだけど（水分子程度なら多分1分以内）、
なんらかのエラーで計算が止まってるとかそんな感じなのかな
CPU消費してるプロセスにそれっぽいのがあるか確認してみたら？
もしダメならcubegenコマンドでコマンドラインから直接cubeファイルを作成してsurface画面で読み込むという手もあるよ
263:あるケミストさん
11/10/18 23:08:13.81
>>262
あー、できない原因わかったかもです…
CPU消費プロセスを見ようとアクティビディモニタを見たんですが、GaussView3.09ってPowerPC用だったんですね
僕が使ってるのはIntel Macなので、それだと表示はできても計算はできないってことなんでしょう…
Surface画面が開かないのもそのせいじゃあないかと思われます
とりあえず明日PowerPCがあればそれで試そうと思います…無かったら教授に買ってくれってせがもうかな
ありがとうございました！
264:あるケミストさん
11/10/18 23:32:15.15
>>263
そんなことあるのかｗｗ
gaussianがwindows 64bitで使えないっていう話は聞いたことがあるけど、macでもそんなことがあるのな
予算はどの研究室も大変だから、頼むならよく調べてからにしような
おつ
265:あるケミストさん
11/10/30 03:42:15.93
gaussian03を使い始めたばかりのものです。水分子の構造最適化などの
基本中の基本的なインプットファイルの書き方はなんとか理解できたのですが、
水分子のポテンシャル曲線（距離ーポテンシャルエネルギー）を計算するような
インプットファイルの記述の仕方とアウトプットファイルのどのあたりを見れば
いいのかがわからないので、ご存知のかたがいたらご教授お願いします。
まわりに、gaussianをやっている人がいなくて、手探り状態でやっていて大変困っています。
つたない文章で申し訳ないのですが、よろしくお願いします。
266:あるケミストさん
11/10/30 10:56:47.81
>>265
URLﾘﾝｸ(www.gaussian.com)
267:あるケミストさん
11/10/30 19:30:31.54
ホストEATcf-161p211.ppp15.odn.ne.jp
名前： あるケミストさん
E-mail：
内容：
>>266
ありがとうございました。↓は、水分子で角度を104.5で固定して、
ＨとＯの距離ｒを0.96から0.05刻みで計算させたものです。
#p rhf/3-21g scan test
Water RHF scan
0,1
o
h,1,r
h,1,r,2,a
r 0.96 10 0.05
a 104.5
インプットファイルでｒを0.96ではなく0.05とかに変更すると
エラーが出てしまいます。どうすればいいのでしょうか？
268:あるケミストさん
11/11/01 22:23:50.19
>>267
エラーメッセージ読め。なんで計算止まるのか書いてあるから。
たぶん0.05だと核間距離が近すぎるので計算止まってるだけだと思う。
269:あるケミストさん
11/11/11 22:41:11.44
各種計算ソフトで得られる結果の有効桁数はどの程度なのでしょう？
270:あるケミストさん
11/11/11 23:27:16.22
計算に有効数字という概念自体ないと思うけど
271:あるケミストさん
11/11/11 23:32:08.81
でも、単精度、倍精度とかあるじゃないですか。
272:あるケミストさん
11/11/11 23:48:22.93
>>268
r=0.1にして10点分打った時のポテンシャルエネルギー探索時のエラーが、
「Inaccurate quadrature in CalDSu.」
と出ました。
r=0.2～2.05の範囲でなら正常に計算できました。
初歩的なことかもしれないのですが、核間距離が近すぎたり、遠すぎたりすると
計算できないのでしょうか？
273:あるケミストさん
11/11/12 02:25:39.51
>>271
SCFの収束条件ならばアウトプットに書いてあるはず
274:あるケミストさん
11/11/12 08:41:48.83
>>272
極端に近かったり、遠かったりするとSCFこけることありますよね。特に遠いと開殻系に近くなるし、計算方法そものに問題が出てくるかと。電子相関考慮の方法でやらないといけない場合もたまにあるんで、前例とか類似の系を調べるのも手です。
275:274
11/11/12 08:48:41.13
追加
SCF収束オプションを見直すべし。
276:あるケミストさん
11/11/12 14:01:18.62
>>272
極端に核間距離が短いと核同士の反発が近くなるし、電子の反発も強くなるのでSCF収束しにくいはず。
そもそも、平衡核間距離よりも非常に短い部分のPES描いてもあまり利点はないと思うけどな
277:274
11/11/12 15:12:11.29
たしかに...
278:あるケミストさん
11/11/14 08:14:09.20
>>276
結果のＳＣＦ収束条件を探してみます。
今は、Gaussianを使い始めたばかりなので試しに、簡単な分子のPESを計算
させているのですが、できれば２つの分子間に働く非経験的ポテンシャルをフィッティング
したいと思っています。
たとえば、He+(イオン）と水分子間のポテンシャルを計算させることってできますか？
279:あるケミストさん
11/11/18 11:39:48.13
>>278
もちろんできる
280:あるケミストさん
11/11/18 13:09:09.79
電波テロ装置の戦争(始)
エンジニアと参加願います公安はサリンオウム信者の子供を40歳まで社会から隔離している
オウム信者が地方で現在も潜伏している
それは新興宗教を配下としている公安の仕事だ
発案で盗聴器を開発したら霊魂が寄って呼ぶ来た
<電波憑依>
スピリチャル全否定なら江原三輪氏、高橋佳子大川隆法氏は、幻聴で強制入院矛盾する日本宗教と精神科
<コードレス盗聴>
2004既に国民20%被害250～700台数中国工作員3～7000万円2005ソウルコピー2010ソウルイン医者アカギ絡む<盗聴証拠>
今年５月に日本の警視庁防課は被害者SDカード15分を保持した有る国民に出せ!!<創価幹部>
キタオカ1962年東北生は二十代で2人の女性をレイプ殺害して入信した創価本尊はこれだけで潰せる<<<韓国工作員鸛<<<創価公明党 <テロ装置>>東芝部品)>>ヤクザ<宗教<同和<<公安<<魂複<<官憲>日本終Googl検索
281:あるケミストさん
11/11/18 18:11:01.26
学部生が量子・計算化学系の研究室でまともにやっていくには配属以前にどの程度の知識をつけておかなければなりませんか？
200ページ前後の量子化学の教科書を押さえておくだけでは足りませんかね
それとプログラミングスキルは必須ですか？そうだとしたら何の言語学んどけばいいんでしょうか
282:あるケミストさん
11/11/18 18:58:18.95
>>281
本によるけどそのくらい読んでおけばどうにかなると思う。
プログラムは組めた方が後々役立つ。やるとしたらFORTRAN
283:あるケミストさん
11/11/19 11:55:56.99
FORTRANなんて化石じゃないですか？
284:あるケミストさん
11/11/19 12:37:25.09
計算方法の開発じゃなくて計算で反応の解析するなら
量子論以前の考えだとどうなるのか分かるようにしといた方が
いいと思うんだが
心配ならここで聞くよりも狙ってる研究室行って聞いて来い
一応勉強してるなら邪険にはされないだろ
285:あるケミストさん
11/11/23 19:36:31.54
>>283
昔からあるプログラムは大体Fortranだから
GAMESSもGaussianも
286:あるケミストさん
11/11/25 17:22:29.92
>>279
試しに簡単そうなAr-Arの分子間ポテンシャルを求めてみようと、
Ar-ArについてMP2/6-31++G(d,p)でscan計算してみたのですが、
URLﾘﾝｸ(www.rafal.co.jp)(6-12).pdfのサイトのようなＬＪポテンシャル
と比較してみたら、2桁オーダーくらい違ってしまいました。
比較対象がＬＪポテンシャルだから違ってしまうのでしょうか？
それとも、根本的に計算過程が間違っているのでしょうか？
もし何か良いアドバイスがあったら、お願いします。
287:あるケミストさん
11/11/25 17:32:54.85
質問です。
DFT計算にsiesta(ver2.0)を使用しているのですが、
有効溶媒近似を用いた計算の方法で悩んでいます。
どなたか手順をご存じないでしょうか？
288:あるケミストさん
11/11/25 18:17:50.09
>>286
そもそもエネルギーの単位換算間違えてるとかじゃねーの
289:あるケミストさん
11/11/28 01:24:09.40
じゃねーよ、カス
290:あるケミストさん
11/11/28 11:11:08.94
>>288
単位換算は間違えてないと思います。何度も確認しました。また、単位換算を
間違えた時のようなグラフにはなっていませんでした。
Ar-Arの分子間ポテンシャル＝（Ar-Arのscan計算）－2×(Arのscan計算）
この方法で計算すれば、いいのですよね？
291:あるケミストさん
11/11/28 11:39:36.60
>>290
普通は、
（Ar-Arの距離ｒでのエネルギー）－（Ar-Arの無限遠でのエネルギー）
ではないかと思うけど、その式でもそんなに誤差が出るとは思いないですけども。
こちらでMP2/aug-cc-pVTZで計算したら、平衡核間距離近傍と無限遠の差が0.5mHartreeくらいだったので、LJのと較べて同じ程度のオーダーになってました
292:あるケミストさん
11/11/28 21:45:18.93
>>291
291さん、ありがとうございます。
基底関数をaug-cc-pVTZにしてもう一度計算してみたいと思います。
293:あるケミストさん
11/11/29 15:43:28.07
>>291
もう一度、MP2/aug-cc-pVTZで計算してみたら、MP2のほうの計算が
LJポテンシャルと近くなりました。
いままで、Ar-Arの無限遠でのエネルギー）の値ところを使わなかったのが
誤差が過大になってしまう原因でした。おかげさまで助かりました！
294:あるケミストさん
11/12/03 01:06:25.68
もう計算化学にスレタイ変更だな
295:あるケミストさん
11/12/03 01:28:13.70
知的財産・受験生ブロガーの一覧
士業名鑑
URLﾘﾝｸ(www.samrai-index.com)
弁理士試験ストリート
URLﾘﾝｸ(benrishi-street.com)
296:あるケミストさん
11/12/03 23:11:11.01
計算科学と量子化学の違いを3行くらいで頼む
297:あるケミストさん
11/12/04 00:07:20.16
計算科学は化学に限らず物理学等も含んで計算機やら計算を用いた科学全般を指す
量子化学は量子力学を化学に応用したもの。
298:あるケミストさん
11/12/04 00:33:01.91
量子化学の教科書や参考書について質問です。
古典的名著と、現代の代表的な本を、それぞれ和書と洋書で教えて下さると嬉しいです。
299:あるケミストさん
11/12/04 00:45:45.46
>>298
求めてるものと違うかもしれんが、
藤永茂 入門分子軌道法
今俺も読んでるけど分かりやすくて感覚を掴むのにちょうどいい感じ
式の変換、導出などは省略してることが多いから別の教科書は必須だけど
この著者の入門じゃない方の分子軌道法という本は絶版だったけど、名著ということで最近復刻版が出たらしい
金に余裕が出たら買おうと思ってる