10/12/07 23:01:51
もういいよね・・・。
○ 過去スレ ○
！量子化学の話題はこのスレで！
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2:あるケミストさん
10/12/08 20:15:06
前回はなんで落ちたの？
3:あるケミストさん
10/12/08 21:53:44
みなさん復活してましたね。
4:あるケミストさん
10/12/16 19:20:08
age
5:あるケミストさん
10/12/20 23:15:54
俺、バリバリの合成屋なんだけどさ
エネルギーとか構造最適化とか計算してみたいんだよ
なんかｵｽｽﾒの入門書ないですか？
量子化学は学部でやったくらいであまり覚えてない
6:あるケミストさん
10/12/21 01:02:48
合成にどっぷりつかってる人が入門書であっても量子化学の本が読めるのだろうか？
煽りじゃなく純粋にそう思うのだが。
7:あるケミストさん
10/12/21 02:58:20
エネルギーとか構造最適化とか計算してみたいだけならば
量子化学の本なんて読まなくてもダイジョウブw
8:あるケミストさん
10/12/21 21:40:12
ごめんなさい
量子化学の本じゃなくて、
「++の計算のときには波動関数を###にして、基底関数が***」みたいな知識が欲しいです
原理はそこそこで実用メインなのありませんか？
『gaussianプログラムで学ぶ情報化学』ってのがあまりにも内容端折りすぎてよく分からん
>>6
合成屋といっても学部やら院やらで一通りはやってるはずですからね
みんなそれなりに理解できるんじゃないでしょうか
俺はノート引っ張り出して睨めっこすることになりそうですがｗ
9:あるケミストさん
10/12/22 12:59:02
量子力学も量子化学も理解してないであろう学部1回生がGaussianを
使って計算してるの見たことある(研究下請けで)。
知り合いに使い方教えてもらう、講習会に行く、でどうにかなるのでは？
10:あるケミストさん
10/12/24 01:52:23
合成屋だったら、B3LYP/6-31G(d,p)またはcc-pVDZだけで足りるだろw
11:あるケミストさん
10/12/26 17:37:41
>>5
すぐできる 量子化学計算ビギナーズマニュアル
URLﾘﾝｸ(ecx.images-amazon.com)
URLﾘﾝｸ(www.blueocean.bz)
12:あるケミストさん
10/12/27 21:15:53
量子論に基づく無機化学 -群論からのアプローチ
この本ってもう読んだ？良さそうなので買っては見たもののなかなか読み進められない…
13:あるケミストさん
10/12/28 01:11:47
>>9
なんか羨ましい一回生だ
14:あるケミストさん
10/12/28 07:41:10
量子力学と量子化学の違いを教えてください。
15:あるケミストさん
10/12/28 19:02:19
量子力学：物理の一分野、巨視的な古典力学（ニュートン力学ma=Fとか）
に対して微視的な電子、光速に近い運動なんかを記述することができる。
量子化学：化学の一分野、量子力学を実用化したもので、反応は電子より
構成される結合が変化するものだから、反応の予想や反応機構なんかを
推定できたりする（こともある）。
16:あるケミストさん
10/12/28 19:32:22
量子化学⊂量子力学でおk？
17:あるケミストさん
10/12/28 19:38:37
量子力学を化学に応用したのが量子化学です
18:あるケミストさん
10/12/28 19:43:18
>>16
いや内包されているとはいいがたい気がする
量子力学を骨格にしているとはいえ、そこから派生した概念も多いと思う
たとえば、分子軌道論や配位子場理論なんか量子力学では触れないはず
19:あるケミストさん
10/12/28 20:43:01
俺のイメージ
量子力学 原子的
量子化学 分子的
20:あるケミストさん
10/12/28 21:14:03
俺のイメージ
量子力学 わからない
量子化学 めんどくさい
21:あるケミストさん
10/12/29 00:39:22
>>11
ありがとうございます
さっそく本屋で買ってきますた
字の密度がﾊﾟﾈｪｗｗｗ
22:あるケミストさん
10/12/30 15:31:48
CASやっている奴いますか？
23:あるケミストさん
11/01/05 16:31:11
GaussianのCASは使いにくい
24:あるケミストさん
11/01/06 21:39:00
>>23
どのプログラム使っていますか？
GaussianのCASはログがでかすぎてダメ。
25:あるケミストさん
11/01/07 18:15:03
>>24
GAMESS。結構細かい設定できるし、MRMPもつかえるし
26:あるケミストさん
11/01/08 21:27:39
>>25
なるへそ。
励起状態の構造最適化はどうでしょうか？
27:あるケミストさん
11/01/14 23:58:37
AM1法とか計算化学について概説してくれているお勧めの教科書ってありませんか？
28:あるケミストさん
11/01/16 15:58:38
反応設計への適用を考えています
分子量100～500程度の構造最適化・TS計算をやってエネルギーダイアグラムを作成したいです
とりあえず100万の予算がおりたのですが
Ubuntu x64/core i7-980X／DDR3(1333MHz) 12GB／SSD(MLC) 40GB
Gaussian 09／Gaussview 5
あたりで大丈夫でしょうか
新設課ということもあって、会社もお試し程度と考えています
「並列環境は実績を作ってから」とのことでした
29:あるケミストさん
11/01/16 16:39:52
>>28
HF/STO-3G?
30:あるケミストさん
11/01/16 17:34:00
>>29
できれば
構造最適化にB3LYP/DZP
エネルギー計算にCCSD(T)/TZP
を使いたいのですが・・・
やはりパソコンではHF程度が限界なのでしょうか
31:あるケミストさん
11/01/16 17:46:34
>>28
なんで，予算あるのにXeon買わないの？
それとあわせて，メモリ大量に積むなら適当に
会社経由でDellあたりから購入したほうがお得にみえる．
あと，Gaussianのunix用の値段って懲罰的に高いから
予算次第では泣く泣くwindowsにしてしまった方がマシと言う考え方も．
ところで，100-500分子でB3LYP/DZPは厳しくないか？
さらに，CCSDとかパソコンとか関係なく死にたいとしか思えない．
32:あるケミストさん
11/01/16 19:20:23
>>31
ご意見、ありがとうございます
Xeon x5680とメモリ増やす方向で調べてみます
私もできれば普段使っているwindowsの方が安心しますが
大規模計算ベネフィット＞ライセンス料38万円＋心理的安心
となることを信じてLinuxで見積もっているところです
そして
CCSDは無理としても、DFTで最適化すら厳しいのでしょうか
素反応ができるだけ簡単なものを選択して、かなりモデル化もしようと思っています
（まずは計算化学が合成現場に生かせることを示さないといけないので）
シングルコアでこのような考え方の反応設計が
・分子量によっては何とかなる
・明らかに無謀
かどうか、ご意見を承りたく思います
33:あるケミストさん
11/01/16 19:54:42
分子量100-500なのね．100-500原子と勘違いした．
分子量100-500で普通のB3LYPで構造最適化くらいなら
基底にもよるけど余裕と思われ．
34:あるケミストさん
11/01/16 20:59:17
>>33
ありがとうございます
DFTでの可能性はあるということですね
最後にコア数についてお聞きしたいのですが
計算化学を行っている会社は一般的にどの程度のCPU数を用意しているのでしょうか
URLﾘﾝｸ(www.hpc-technologies.co.jp)
ここによると128コア導入している所もあるそうで・・・
まだまだ先の話ですが、当方の最終目標として
・目的化合物の合成経路探索
・SBDD
を行えるシステムを構築したいです
そのための必要マシン数やサーバルームの広さの目安を知っておきたいのですが
35:あるケミストさん
11/01/28 08:11:14
>>34
会社員じゃないからわからないんですけど、
GaussianでDFTならひとつの計算につき4coreもあれば十分ではないかと。
今ちょっと調べてみたら、550基底のDFT optがopteron x 2で７時間くらいでした。
これは簡単な分子だけど、長くても一日もあればこの性能のマシンで一つの構造は出ると思います。
てか、企業ならGaussianを買うのに100万じゃ足らないんじゃないですか？
URLﾘﾝｸ(www.gaussian.com)
ここを見ると$15000になってます。
36:あるケミストさん
11/01/29 11:06:51
「大きさについて無矛盾」とは理論的に導かれたのでしょうか
それとも計算して初めて分かるものなのですか
37:あるケミストさん
11/01/29 19:36:32
>>35
ちょいと特殊な形態の事業ということで安く買えるのです
それだけに書類と社内調整が大変なことになっています・・・
ああ実験室が恋しい
実は今の計画とは別にフリーウェアを主要にする方法も考えてまして
予算の大半を計算機に投入しようという案も練ってました
結局これは「アフターケアが受けられるように市販品を使うべし」と反発されてます
とりあえず目を付けたGAMESS、MOLEKEL、autodockは主力に使えますでしょうか
もしくはフリーウェアで良いものがあれば教えていただきたいです
（fireflyが計算速度が速いと聞いて調べ中）
目的は当面>>32です
38:あるケミストさん
11/01/30 07:02:57
>>37
GAMESSの構造最適化はGaussianに比べてかなり貧弱なので、
今の目的のためにはGaussianを買うべきだと思います。
MOLEKELはGaussViewがあれば不要です。
autodockは使ったことがないのでよくわかりません。
他にも、VMD、Avogadro, Winmostarなどのソフトもありますが、
構造の図示や軌道の図示はGaussViewで全て可能だと思います。
個人的には、Xeonを一台買うよりも、CCSD計算は諦めて、
Core i7を複数台買ったほうが研究が捗ると思います。
Gaussianの並列化方式の性質上、１台につき１ジョブのほうが、効率が良いですし
１ノードに８コアもあっても使い切れません。
例えば、Univ2000という大学向けのWSを提供しているサイトでは、
Xeon１台でCore i7が３台くらい買えます。
ご参考までに。
39:あるケミストさん
11/01/30 23:28:06
>>38
ありがとうございます！
見積もりの大変貴重な参考となります
GAMESSは・・・貧弱なのですね
やはりGaussianを買ったほうがいいのか（´；ω；）
そして、さようならCCSD
ところで
LinuxにGaussianをインストールして、Cygwinで端末と繋ぐのは初心者には難しいことでしょうか
恥ずかしながら私は学生の頃にセットアップ済みのマシン（確かvine）を扱ったことしかありません
なので、今回もGaussianがインストールされたマシンを納品してもらうつもりで調べていました
ですがPCとソフトウェアのみ購入となれば、けっこうな額が他に回せます
量子計算の本は何冊か買って読みふけっていますが、Linuxの操作まで勉強が及んでいません
まだプロジェクトスタートには時間があるけど間に合うのだろうか・・・
ITテクニシャンが一人欲しいﾃﾞｽ（｀；ω；´）
40:あるケミストさん
11/01/31 08:36:30
>>39
端末がWindowsならTeraTermで十分じゃないでしょうか。
GaussView使うことだし。
まあCygwinいれるのもいいけど、インストールはネット上に
解説が結構あるので楽にいきます。
ネットワークインストールだとネットワークの環境により時間が
かかります。
41:あるケミストさん
11/02/01 01:22:26
>>39
>>40の方も仰られていますが、Winからつなげるには、TeraTermやputtyで良いと思います。
ファイルの転送にはwinscpあたりを使うことになるでしょう。
もし、X windowが必要ならばcygwinを入れるのが良いかもしれません。
むしろ、計算機側の設定に苦労すると思います。
複数台ある場合は、NFSでファイルを共有して、Torqueなどのバッチキューイングシステムで
ジョブの管理をすることになると思いますが、linuxに不慣れだと結構苦労するかもしれません。
ただ、これらの情報はかなりネットにあるので、よく調べれば不可能ではないと思います。
42:あるケミストさん
11/02/06 22:12:36
一次元シュレーディンガー方程式を井戸型ポテンシャルで解いて
ブタジエンの最低励起エネルギーを近似的に求められることから思いついたのですが
円柱座標系でそれこそ井戸そっくりのポテンシャルを組んで
ベンゼンの最低励起エネルギーをも近似的に求められるでしょうか
ためしにやってみようかと思っているのですが
43:あるケミストさん
11/02/06 22:44:59
>>40-41
ありがとうございました
業者と打ち合わせするときの貴重な前提知識となりました
無知でもボッたくられることはない？と思いますが、これで安心してミーティングできます
44:あるケミストさん
11/02/07 02:41:07
>>42
計算できるなら聞くまでもなく試しにやってみたらいいんじゃない？
45:あるケミストさん
11/02/07 02:48:58
円柱座標・・・三次元の自由電子モデルか。
46:あるケミストさん
11/02/07 04:30:08
>>42
結果が出たら報告お願いします。
47:あるケミストさん
11/02/07 09:06:21
GAMESSでTDDFTのOPTIMIZEはRHFでしか出来ないようですが、有機化合物の励起状態の
構造最適化にRHFを使って正しい構造は得られるんでしょうか。
それと上でGAMESSは貧弱って話が出てますが、論文に載せるような計算をするときは
やはりGaussianやSpartanのような有償ソフトでないといけないんでしょうか。
48:あるケミストさん
11/02/07 18:45:37
>>47
モノによるんではなかろうか。RHF使うなら一重項励起状態はかける。
それからGAMESSは確かに一部の機能は貧弱だけど逆にGAUSSIANにない機能もついてたりするし、ケースバイケース。
49:あるケミストさん
11/02/07 20:40:21
>>44>>45>>46
それで皆さんの意見を聞きたいのですが
ベンゼン環は六角形ですが、簡単のためポテンシャルは円筒形の井戸に近似して
ベンゼン環の中央は電子密度も十分に濃いと考えてポテンシャルは入れないつもりです
まぁやってみないともちろん分かりませんが、この仮定に関して意見を聞きたいです
ちなみに検証に使いたいので、正確な励起エネルギーが乗っている文献を
知っているようでしたら教えてください
50:あるケミストさん
11/02/07 20:57:13
励起状態の構造最適化ってどうやるんですか？？
Gaussianを使ってますが、専門が有機化学なのでそこまで詳しいわけではないんです。
独学で基底状態の解析は一通り出来るようになったのですが、励起状態解析にチャレンジ
しようとしていきなり躓きました・・・。
すみませんが、どなたかご教授頂ければ嬉しいです。
51:47
11/02/07 22:43:19
>>48
研究室にはSpartanしかなく、出来ない計算が多いのでGAMESSを試していたところでした。
オールインワンなソフトはなかなか無いんですね。お返事ありがとうございました。
>>49
ブタジエンの例は共役内をパイ電子が自由に動き回れると仮定して一次元井戸型
ポテンシャルを使っていたと思います。
ベンゼンのパイ電子が共役を超えて円柱内を自由に動き回れるとは思えません。
ただうまく円柱型ポテンシャルを作ってやれば案外近い値は出るのかもしれません。
ぜひやってみて結果を教えてください。
52:あるケミストさん
11/02/07 23:30:12
>>51
ご意見ありがとうございます
はい、ブタジエンの例は一次元シュレーディンガー方程式を
井戸型ポテンシャルで解いた際に応用例として挙げられていたので
同じようにベンゼンでも簡単に近似できるのではないかと考えた次第です
>円柱内を自由に動き回れるとは思えません。
これに関しては僕も疑問に思っていました。単純な円柱型で精度が悪いようであれば
さらにその中央にも円柱ポテンシャル(ベンゼンのど真ん中の電子雲は薄い)
を配置して解いてみてもいいかと思っています
貴重なご意見ありがとうございました
53:あるケミストさん
11/02/08 01:21:25
何だかおぞましいことが行われつつあるみたいだけど
有機の業界ではただのアクセサリーだろうから構わないんだろうか
54:あるケミストさん
11/02/08 04:08:19
HFもDFTも結局は近似なんだしいいんじゃないの
使えるかどうか判断するのは、実際に計算してからでいいんだし
55:あるケミストさん
11/02/08 09:10:54
多分、私がGAMESSの構造最適化がGaussianに比べて貧弱と書いたせいで、
いらぬ誤解を招いたようですが、多配置計算などではGAMESSはGaussianよりも優れています。
言葉足らずですみませんでした。
>>50
GaussianならTDとoptで一応それっぽいのはできると思いますよ。
ただし、基底状態の構造から大きく離れる場合（二重結合がねじれるなど）は、
初期構造に気を配らなければならないと思います。
定性的な議論なら耐えられると思いますが、どうなんでしょうか。
専門家の意見を求めたいところです。
56:50
11/02/08 11:10:00
>>55
50の質問をした者なんですが、インプットの作り方が分からないんですよ。
TDとoptを一緒に入れたら必ずエラーが出てしまって・・・
57:あるケミストさん
11/02/08 19:06:00
>>56
それじゃTDDFTやめてCISにしなさい。
定性的には議論できる。
#cis(root=1)/sto3g opt
58:あるケミストさん
11/02/08 23:27:03
シュレーディンガー方程式を三次元で解くのきついわ
極座標のラプラシアンの次には偏微分方程式…境界条件、接続条件、規格化etc.
まだまだ道のりは遠いなぁ
59:あるケミストさん
11/02/08 23:42:45
おいｗｗ
プログラムで数値解析するんじゃなかったのかｗｗｗ
60:あるケミストさん
11/02/09 02:42:20
HFやDFTを自由電子モデルと一緒に並べてみるとか
計算してからでないと判断できないとか
精度を上げるために円柱ポテンシャルを追加するとか
もしかして君たちは莫迦なんですか？
61:あるケミストさん
11/02/09 09:12:29
莫迦というのなら、何か建設的な意見書いてスレのレベルをあげなさい
62:あるケミストさん
11/02/11 11:45:47
すみません
研究室にあったGaussview5→Gaussian09wで遊んでたんですが
HFやDFTで構造最適化できた化合物がMP4やCCSDでは
「Severe Error #2070」が出ます
HULINKSのテクニカルサポートに「スクラッチファイルが大きすぎる可能性あり」とあったので
%rwf=D:\scr,245mw,C:\scr,245mw
とキーワードを追加してみたのですがやはり2070エラーで止まります
これはスクラッチディスクの記述方法が間違っているのですか？
63:あるケミストさん
11/02/12 08:20:53
>>62
単純に分子が大きすぎて、お手持ちのデスクトップではMP4やCCSD計算ができないものと推察されます。
どれくらいの基底関数の場合に、どれくらいのメモリやディスクが必要かを知るためには、例えば
doi:10.1016/j.cpc.2007.03.001
の論文などを参照すると良いでしょう。
64:あるケミストさん
11/02/13 20:16:29
AIM計算で訳分からないエラーが出て計算が止まります。
具体的には
「THE MOLECULAR GRAPH IS DISCONNECTED ... ABORTING!
Error termination via Lnk1e in d:\program\」
というものです。これ、何なんでしょうか？
65:あるケミストさん
11/02/15 06:21:49
物性物理系でバンド計算やってるって論文読んでると
ちょいちょい計算で使用したはずの基底関数に言及してないことがあるんだが
そういう時は暗黙のうちに平面波だったりするんだろうか？
66:あるケミストさん
11/02/15 23:10:11
>>63
遅くなりましたがありがとうございました
図書館に探しに行ってきます
67:あるケミストさん
11/02/18 20:25:19
>>59
数値解析するなんて技術ないですwww
そもそもジュレーディンガー方程式を解析的に解く練習なので
偏微分方程式がなかなかきついです、いまはベッセル関数を規格化してます
68:あるケミストさん
11/02/18 23:33:05
ジュレーディンガー方程式ｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗ
69:あるケミストさん
11/02/19 00:05:24
>>68
なんかプルプルしてそうな方程式になってしまったwwwwwwwwwwwwwwwwwww
70:あるケミストさん
11/02/19 13:29:36
ディラック方程式を基にした計算ってできるんですか？
71:あるケミストさん
11/02/19 21:05:55.70
できそうな気はするけど化学者には重そう
手持ちの初等的な量子化学の本にはなかった
72:あるケミストさん
11/02/19 22:07:34.94
化学者ばかにすんな！勝手に化学者の限界きめてんじゃねー！
73:あるケミストさん
11/02/19 22:14:44.01
「化学者には」無理だと言うなら、物理学者はちゃんとできるんだろうな？
74:70
11/02/20 00:15:46.87
あ、すいません
荒れそうなんで質問を正しく書き直します
gaussianとかgamessとかで、ディラック方程式を基に計算できるのですか？
単なる思い付きです
特に深い意味はありませんので
75:あるケミストさん
11/02/20 00:33:53.96
と、このように化学者は物理系に永遠に馬鹿にされる運命にあるようだ
76:あるケミストさん
11/02/20 00:39:11.42
物理屋は合成とか無理だからな。
合成と計算の両輪で研究できる化学の方が
より現実に近いんだよ。
77:あるケミストさん
11/02/20 00:57:32.09
物理屋はそもそも泥臭い合成なんてしたがらないから。
崇高な理論とか計算とかがお好きなんだろ
78:あるケミストさん
11/02/20 01:19:49.83
>>74
ディラック方程式を解いて何を求めたいのかわかりませんが、
相対論効果なら近似的にDouglas-Kroll法が使えたと思います。
DK用の基底関数もありますし、量子化学計算における相対論効果の取り込みは
それほど珍しいテーマでもないでしょう。
GaussianならばIntegralのキーワードで指定ができるはずです。
79:70
11/02/20 10:09:41.80
>>78
ありがとーございます
別に何を計算したいってわけじゃないです
本を読んでいたときに何となく思いついた疑問でした
80:あるケミストさん
11/02/21 00:20:18.82
相対論といえば金の金色も相対的な効果から来るらしいから
ディラック方程式とか解かないとそのスペクトルの理論値はでないのかねぇ
81:あるケミストさん
11/02/21 00:23:51.88
うーん、レベル高いな、皆様方。
有機化学が専門って事もあり、話になかなか
ついていけないわ。
82:あるケミストさん
11/02/21 01:08:51.68
まあ専門ってのは狭く深くだから仕方ない。
83:あるケミストさん
11/02/21 11:49:52.25
やっぱり有機化学でやってる程度の計算化学って、
量子屋さんにとってはショボイもんに見えるの？
84:あるケミストさん
11/02/21 12:32:02.06
大切なのは計算が複雑・難解な事ではなく、目的を達せられればそれでいいのではないですか。
ショボイかショボくないかなんて観点で見る必要がないのではないですか。
85:あるケミストさん
11/02/21 17:10:44.34
有機化学で計算やってる俺に言わせてみれば
簡単な方法で予測できるのが一番いい
ショボイ方法で十分とか最高じゃね？
86:あるケミストさん
11/02/21 17:32:34.95
俺も有機系で計算やってるけど、オプトとかDFT/6-31G(d)ぐらいで
十分な予測ができるし、実測値との相関も悪くない。
87:あるケミストさん
11/02/22 03:07:45.21
でも安易に計算に流れる最近の傾向には危険も感じるよ
やはり実験で可能なギリギリまで絞り込んでから最後に計算する程度が望ましい
それも可能ならばDFTでないほうがベター
大概そうであるように、ただのアクセサリーならば何も言わないけどなｗ
88:あるケミストさん
11/02/22 06:30:11.94
87
お前の意見は理由が全く無いのな。
ただそうなんだとか言っても、納得されないでしょ？
89:あるケミストさん
11/02/22 07:55:59.62
>>83
量子屋さんから見る量子化学って，
実験値を予測したいという目的がはっきりしすぎてるから，場合によっては，
壮大なパラメータフィッティングと揶揄したくもなるんじゃねえの．
レベルという意味では別に劣ってはいないと思う．
物性物理屋さんがよく使うDFT+基底の組み合わせだと
有機分子の計算結果が明後日なことになるし．
90:あるケミストさん
11/02/23 02:38:44.11
>>88
ん？ どの部分が分らないんだ？ 教えてやってもいいぞw
91:あるケミストさん
11/02/23 05:14:33.59
とりあえず、それぞれの文章に『なぜ』を
付けてみては？
92:あるケミストさん
11/02/24 01:22:10.77
光って波と粒子の二重性を持ってますよね？
では、真空管の中を通る光(光子)があるとき、その状態は本当に真空状態になるんですか？
光子という粒子が真空管内の空間に存在する以上、真空とは言えるのですか？
93:あるケミストさん
11/02/24 01:24:59.01
そもそも真空管の中は真空じゃないんだが
94:あるケミストさん
11/02/24 01:33:00.30
そもそも空間から物質を完全に取り除いたとしても、真空の揺らぎによって真空は破れる
95:あるケミストさん
11/02/24 01:35:09.98
>>91
DFT(あるいはB3LYPなどのad hocな汎関数)の精度、信頼度が不十分だから
同上
同上
素人の計算を真に受ける必要はないから
96:あるケミストさん
11/02/24 11:08:29.97
でも安易に計算に流れる最近の傾向には危険も感じるよ
なぜなら「DFT(あるいはB3LYPなどのad hocな汎関数)の精度、信頼度が不十分だから」
やはり実験で可能なギリギリまで絞り込んでから最後に計算する程度が望ましい
なぜなら「DFT(あるいはB3LYPなどのad hocな汎関数)の精度、信頼度が不十分だから」
それも可能ならばDFTでないほうがベター
なぜなら「DFT(あるいはB3LYPなどのad hocな汎関数)の精度、信頼度が不十分だから」
こういうこと？日本語として成立して無いじゃんｗ
97:あるケミストさん
11/02/24 21:08:04.80
密度汎関数法の精度や信頼度ってのは何で判断するわけよ？
みんなが使っているから信頼できるってのは分かる。
98:あるケミストさん
11/02/24 23:41:02.72
gaussianで蛍光波長求めるインプットファイル教えて下さい。
下記でやってもすぐにエラーで終わります。
# opt td(Nstates=5,direct) B3LYP/6-31G
99:あるケミストさん
11/02/25 01:34:24.08
>>96 頭わるいんだな
100:あるケミストさん
11/02/25 08:05:53.34
99
ほら、また理由がないよww
量子化学って理由無しに言い散らかせば
勝ちなの？
101:あるケミストさん
11/02/25 11:25:24.44
荒れてるなあ…
102:あるケミストさん
11/02/26 01:09:53.14
>>98
経験がないのでわかりませんが、TD=directというオプションはないようです。
CIS=directと間違っていませんか？
溶液ありの場合の手順が、
URLﾘﾝｸ(www.gaussian.com)
に記載されているようですので参考にされてみてはいかがでしょうか。
103:あるケミストさん
11/02/26 09:52:10.47
error
104:あるケミストさん
11/03/01 01:43:04.11
うーんうまくいかない
105:あるケミストさん
11/03/01 02:15:12.33
ベンゼンの近似計算のものです、中間報告
二次元シュレーディンガー方程式を極座標にて井戸ポテンシャルで解きました。
動径関数と角度関数に変数分離できて、エネルギーについては次式となりました。
E=((JZn,m)^2(hbar)^2)/(2er^2)
JZn,m : n次ベッセル関数を0にするm番目の値 (n=0,1,2,...)
hbar : ディラック定数 , e : 電子質量 , r : 井戸の半径(ベンゼンの結合距離)
いくつかの文献で確認したので得られた式は間違っていないと思います
mは波動関数の二乗の山の数を表しているので,これが軌道に対応するようです
nは角運動量を表しているらしいですがよくわからないので0に固定しました。
ベンゼンはπ電子が六個あって三番目の軌道まで埋まるから最高占有軌道はm=3のE3
最低空軌道はm=4のときのE4だから遷移エネルギーΔE=E4-E3と求まって
このΔEから波長を求めてベンゼンの極大吸収波長と比較しましたが桁まで合わない始末です
おそらくm,nの解釈を誤っているようなので、今後精査してみる予定です
何か指摘等ありましたらお願いします
106:あるケミストさん
11/03/02 20:54:25.98
↑訂正します
ベンゼンの結合距離は139.7pmだから外への電子雲の広がりも考慮し
1.5倍してベンゼンを半径209.5pmの円盤と近似しました。
この円の内側はポテンシャル0で外側ではポテンシャルが無限大になる
という条件でシュレーディンガー方程式を解き、その固有エネルギー
を使って極大波長を算出したところ、349nmとなりました実際の測定値
は255nmだから全くダメですね
原因はベンゼン環の中央部は十分電子が存在できず、相当なポテンシャル
が存在しているのを無視していることだと思われます。
長文連投失礼しました
107:あるケミストさん
11/03/02 21:20:27.06
質問
中性の原子どうしが結合する際、この引力(クーロン力)に見合うだけのエネルギーが放出される。このエネルギーが結合の強さになる。
↑さっぱりイメージがわきません。どなたかhelp！
108:あるケミストさん
11/03/02 21:51:26.25
>>107
共有結合についてだと思うけど、引力っていう表現があまり良くないと思う
そもそも原子核は「プラスの電荷を持つ陽子」と「電荷を持たない中性子」
からなっているので「必ずプラス」になります。
よって原子核だけで議論すると、プラスを帯びた二つの原子核を近づけると
「引力」どころか「斥力(反発力)」がはたらいてしまい結合しません。
以上の議論から、原子核だけではうまく説明できないので、
議論の中心は「電子」についてになります。
まず重要な考え方として単なる「原子は非常に高エネルギーで不安定である」
また、「原子のまわりに電子が八個集まると非常に安定である」
(オクテット則)(八電子則)ともいう
この二つが分かれば共有結合が分かると思います。
つまり原子核のまわりで電子を8個持たない原子は
どうにかして8個にしたいわけで、そこで共有という手段をとります。
酸素は外側に6個電子を持ち、2つ足りないのでもう一つの酸素と電子
2個を出し合い、計4個の電子を共有します。↓図
.←電子 酸素1(....)共有電子(....)酸素2(....)
酸素1は自分が持つ電子4個と共有の電子4個により計電子8個となります。
酸素が分子O2になるのはこういうことです。これが共有結合の仕組みです。
>この引力(クーロン力)に見合うだけのエネルギーが放出される。
>このエネルギーが結合の強さになる。
これは、共有結合によって放出し、安定化した分のエネルギーを
逆に結合に与えれば、結合は切れる
つまりそのエネルギーが結合力の強さということができます。
109:あるケミストさん
11/03/02 22:27:26.76
>>108早くてびっくりした 丁寧にありがとうございます。なんとか理解できそうです
感謝！
調子に乗ってもうひとつだけ質問というか確認させてください。
電子親和力:電子が原子と結合する際にはエネルギーが放出される、そのエネルギーの値のこと
とあるんですが、これは
・分子を形成した時、電子は1原子の周囲を周っていたときより運動(存在)範囲が広がる
↓
電子には不確定性関係がある(存在範囲が狭い程高いエネルギーをもつ←運動量多)(←です‥よね(･ω･;;;))
↓
原子の時点で持っていたエネルギーが、分子の時点では過剰
↓
ちょっとｲﾗﾈ
↓
放出
て考え方でＯＫですか？
冒頭に"電子が原子①と結合する際"とありますがこの電子は①とは別の原子(核)のもつ電子って考え方をしても大丈夫でしょうか？
まとまりなくてすみませんどなたかよろしくお願いします
110:あるケミストさん
11/03/02 23:27:52.35
>>109
またまた見ていたので
>電子には不確定性関係がある
これはおそらくハイゼンベルグの不確定性原理
「微視的な世界では位置と運動量の両方を正確に知ることはできない」
のことだと思いますが、これは電子が非常に小さいために物質波(ド・ブロイ波)
つまり、粒子としてではなく波動(波)としての性質を表したことを示しています。
波の存在する位置を正確にいうことはできない、そういうことです。
ですから電子が2つの原子核の周りを回るという粒子性のモデルでは真に理解はできません
電子雲(もやもやした感じ→波の性質)はそうしてできたモデルです。
しかし、重要なことは「電子は粒子性と波動性の『両方』を兼ね備えている」ことです。
ですから、あなたの書かれた考え方はよくわかりません。
少しは量子化学っぽくなってきました。
111:あるケミストさん
11/03/02 23:30:47.02
続き
>原子の時点で持っていたエネルギーが、分子の時点では過剰
知っているかもしれませんが、電子は好き勝手に原子を周回できるわけではなく
大きな分け方で『殻』、次の階層が『軌道』、そして軌道には2個の電子が入ります。
この分け方の基準は、エネルギーです。軌道には様々エネルギーがあります。
少しくどいかもしれませんが、ホテルの部屋に例えると
『殻』は格安クラス(1部屋),一般クラス(4部屋),...,VIPクラス(...)と分けられます。
もちろん格安クラスの宿泊費は安く、VIPクラスは超高価ですが
なぜか部屋(すべて2人部屋)の質は同じで、安いほど部屋数は少ないとしましょう。
ここで宿泊費をエネルギー,部屋を軌道,人を電子だと思ってください。
まず、一人目の客は安い格安クラスの部屋に文句なしで入ります。
格安クラスの部屋は一部屋なので、二人目の客は高い一般クラスか
一人目と相部屋をしてもらうしかありません。相部屋をするとしましょう。
これで格安クラスはもう入れません。(=電子で殻が埋まり閉殻)
同様に一般クラスでも、まずは部屋に一人ずつ入り、そのあとで最大限相部屋をします。
このように客は、値段の安い部屋に順番に限界まで入っていきます。
(電子はエネルギー準位の低い軌道に順番に閉殻まで入っていきます)
112:あるケミストさん
11/03/02 23:31:21.41
これは原子軌道の話でした、分子を形成する場合も同様に、エネルギー準位の低い軌道から電子が入りますが
「分子軌道を原子軌道から生成」し、分子軌道に入ります。
この際、分子軌道は『結合性軌道』『非結合性軌道』『反結合性軌道』のいずれかとなります。
結合性軌道は、従来の原子軌道のエネルギーより低く電子が入りやすい軌道です。
非結合性軌道は、従来の原子軌道とエネルギーが変わらず、電子にとってメリットのない軌道です。
反結合性軌道は、従来の原子軌道と比べむしろエネルギーが高くなり、通常入ることのできない軌道です。
分子の形成は、電子が元々いた原子軌道から、通常は分子軌道の結合性軌道に
移る際の軌道のエネルギー差が放出され起こります。
また、原子軌道が分子軌道に変わっているので原子軌道はありません。
これが正確な説明だと思います。さっきはここまで説明していません。
>冒頭に"電子が原子①と結合する際"とありますがこの電子は①とは別の原子(核)のもつ電子って考え方をしても大丈夫でしょうか？
今言ったように原子軌道から分子軌道を形成し、そこに従来の電子はすべて移動します。
ですからどちらの電子か、どちらの軌道に入っていたか、が区別できないのは明らかです。
長文・連投申し訳ないです
113:あるケミストさん
11/03/03 02:50:08.46
まあ、ここでの回答は玉石混交と思って念のため大学の先生にも聞いた方がいいと思うぞ。
ちなみにオクテット則はもちろん、軌道概念も近似に過ぎないから要注意。
それから、範囲が拡がれば運動エネルギーは確かに下がるけど、
それが分子形成の理由と考えるのは間違い。ビリアル定理を勉強してね。
114:あるケミストさん
11/03/03 22:34:19.67
>>110-112くわしくありがとうございます、頭がさがるばかりです。私はなかなか見当違いのことを考えていたみたいですね(^^;)
正直結合性軌道について全くわかってなかったので助かりました。
>>112ご忠告ありがとうございます。あくまで2chですもんね…でも今回よい解説者に恵まれたようです^^。
ビリアル定理ググってみたら到底今の私のレベルじゃ理解できなさそうでした(-o-;)
もうちょっと勉強が進んでからあらためて理解に努めます！ご指摘・アドバイスありがとうございました。
115:あるケミストさん
11/03/16 06:01:08.65
>>105
＞nは角運動量を表しているらしいですがよくわからないので0に固定しました。
この発言は酷すぎる
量子化学どころか古典力学からやり直した方がいいレベル
116:あるケミストさん
11/03/16 13:33:24.65
クソワロタｗｗｗ
117:あるケミストさん
11/03/16 23:11:15.18
>>115
あの時は何を思ったのか、回転の運動量を無視してしまいました…
後日、n,mにとにかく値を代入し、得られた色々なEを小さい順に並べ替え
三番目と四番目から波長出しました。そのときの値が349nmでした。
ちなみに結合長の半分程度の範囲には十分な電子雲が存在すると仮定すれば
近似した円の中心にはポテンシャルできてしまい方程式を解く境界条件がかなり厳しいので
そこでまったく根拠も理論もないですが、直感的に次の方法を試しました。
中心ポテンシャルを除いたアニュラスを同面積をもつ円へと変形して、その円の半径で計算したところ
194nmとなり、若干測定値に近づいてはきました(まだまだですが)。
誤った解釈の指摘や改善策などあれば、ぜひよろしくお願いします。
118:あるケミストさん
11/03/18 09:14:45.74
つーか、お前さんのとこ研究室機能しているの？
119:117
11/03/18 15:58:33.15
>>118
117に対してのレスだったら、見当違いですよ
ようやく化学系の大学生になれそうなところです
120:あるケミストさん
11/03/22 16:24:28.80
混成軌道は、何を根拠として誕生した概念なんでしょうか。
分子軌道法ではないですよね。
混成軌道のオービタルは理論的に描かれたように見えるので、なんの物理的理論から生み出されたのか気がかりです。
VSEPR法はまったく文学的で、混成軌道の生みの親には思えません。
それとも、VSEPR法も、分子軌道法みたいにもっと物理学的なんでしょうか。
121:あるケミストさん
11/03/23 02:36:43.66
>>120
群論じゃないでしょうか。
122:あるケミストさん
11/03/23 14:21:16.64
二重結合はsp2混成軌道で、結合に使われなかったもうひとつのp軌道には電子が1つ入っている。これがπ結合をつくる。
という一文についてなのですが、「電子が1つ入っている」というのがよくわかりません。空じゃないんですか？
で、今思い付いたのが「2s中の1つの電子が2pに昇位してるから」。
つまり2sの電子1つが2pに昇位して、(1s)2(2s)1(2p)3となったが混成軌道として使われた(σ結合に関与した)のは2sの1電子、2pの2電子である。
この考え方、あってますか？量子化学じゃないかもしれませんが‥よろしければ(>_<)
123:あるケミストさん
11/03/23 15:33:09.23
とりあえず、混成軌道の概念を復習してからもう一度質問しなおす事をオススメするわ。
124:あるケミストさん
11/03/23 21:57:32.88
>>122
sp2混成軌道をつくる原子にもよる。
たとえば、炭素なら混成軌道はこう考える。
2sに２電子、2pに２電子入っている。合計で4電子ある。
2sと2pとでsp2混成軌道をつくると結果、3本のsp2混成軌道と2pが一本になる。
ここに４電子が順に入るものと考える。
結果、3本のsp2混成軌道に３電子、1本の2pに１電子が入る。
>>122
sp2混成軌道をつくる原子にもよる。
たとえば、炭素なら混成軌道はこう考える。
2sに２電子、2pに２電子入っている。合計で4電子ある。
2sと2pとでsp3混成軌道をつくると結果、4本のsp3混成軌道ができる。p軌道はない。
ここに４電子が順に入るものと考える。
結果、４本のsp3混成軌道に順に４電子が入る。
おｋ？
125:あるケミストさん
11/03/24 13:05:27.56
というか、そういうことは初歩的な教科書にでも図入りで載ってるだろ。
教科書を読んで考えて理解できないのだとしたら、ここでいくら説明しても
おそらく理解できまいよ。
126:あるケミストさん
11/03/24 16:38:45.00
VSEPRのモデルが物理学的じゃないって言ってる時点で
相手してどうにかなるとも思わないが・・・
127:あるケミストさん
11/03/25 01:13:08.06
>>122です
炭素で考えています。>>124がおっしゃる事はわかります。
昇位なしに混成軌道はつくれないですよね？
128:あるケミストさん
11/03/25 03:52:28.65
結合の相手なしに混成軌道だけつくっておくような配置を
仮想的に考えるとしたらエネルギーが必要だろうな
129:あるケミストさん
11/03/26 13:36:16.72
そもそも混成軌道ってのは単なる概念だからな。
130:あるケミストさん
11/03/26 19:24:23.04
時系列順ではこうだったはず
原子価結合法
↓
混成軌道
↓
分子軌道法
混成軌道はポーリングが1938年ごろに出したもので便利ではあるけれど・・・
131:あるケミストさん
11/03/27 04:30:26.87
分子軌道だってCSFだって単なる概念だが
132:あるケミストさん
11/03/27 18:57:18.64
>>131
そうなんだよね、藤永もピグマリオン症候群に触れていたし。
133:あるケミストさん
11/03/27 19:27:04.33
原子、分子だって概念
134:あるケミストさん
11/03/27 20:48:09.13
まあそれもそうだけど、原子や分子は実在が確認されたからね
135:あるケミストさん
11/03/28 18:53:46.48
マジ？！
136:あるケミストさん
11/03/28 22:15:04.42
太陽系モデルとかは概念だけど
原子・分子まで概念だったらまじで
訳が分からないことになりそうだ
137:あるケミストさん
11/04/02 06:08:03.11
それをいうならお前らの存在だって俺にとっては概念に過ぎん
138:あるケミストさん
11/04/07 22:16:39.12
量子化学の数値計算で必要になる分子の対称性って
群論で扱うけど、この群論ってみんなちゃんとやった？
139:あるケミストさん
11/04/07 22:56:15.39
難しいけど皆さんはどのように勉強してますか？
140:あるケミストさん
11/04/08 01:37:18.76
C2v
141:あるケミストさん
11/04/10 02:38:24.80
鏡映面上を通る二回回転軸を持つから水もC2vだったかな
点群って行列だったり群論だったり
化学らしさがあまりなくて、とても新鮮な感じがする
142:あるケミストさん
11/04/12 07:30:48.48
群論は（化学でつかう範疇ならば）AtkinsのMolecular Quantum Mechanicsが
結構わかりやすかったような気がします。
143:あるケミストさん
11/04/12 21:23:29.41
>>142
なるほどー、当たってみます
144:あるケミストさん
11/04/13 01:00:06.67
藤永さんの名著『分子軌道法』が砂川さんの名著『量子力学』と一緒に復刊されるそうだ。
847 名前：ご冗談でしょう？名無しさん[] 投稿日：2011/04/11(月) 20:29:00.01 ID:xYl2hIm0
燃料投下
URLﾘﾝｸ(www.iwanami.co.jp)
848 名前：ご冗談でしょう？名無しさん[sage] 投稿日：2011/04/11(月) 21:40:29.16 ID:???
砂川さんの量子力学きたか
849 名前：ご冗談でしょう？名無しさん[sage] 投稿日：2011/04/11(月) 21:41:19.64 ID:???
>>847
砂川北ああああああああああああああああ
でも去年大枚はたいて買ってたあああああああ('A`)
850 名前：ご冗談でしょう？名無しさん[sage] 投稿日：2011/04/11(月) 21:42:40.34 ID:???
散乱の量子論こねえのかよ
でも分子軌道法あるなあ
145:あるケミストさん
11/04/13 19:19:58.53
【宇宙】NASAの火星探査車、地表から放射性ヨウ素131を初めて検出 福島から来たと断定
ｽﾚﾘﾝｸ(galileo板)
146:あるケミストさん
11/04/13 21:57:15.46
>>144
なんだなんだ、砂川さん大人気だな、今度本屋で探してみよう
藤永さんも気になる…
147:あるケミストさん
11/04/16 19:58:45.01
質問です。ﾎﾞｰｱの水素原子模型ででてくる、量子条件がわかりません。
「定常状態にあるのは、電子の周回運動の角運動量mvrがh/2πの整数倍をとる場合だけである」
なぜh/2π？sin関係？
mvrという量が円などに結び付くイメージもできません(私は物理学の知識が乏しいです)。
そしてこれだとなぜエネルギーが保存されるのか？干渉しちゃう？打ち消すの？なにもかも腑に落ちません。
どなたかよろしくお願いしますm(__)m
148:あるケミストさん
11/04/16 21:01:40.70
h/2π間隔が検出限界で、実際に測定した結果を基に理論を組んだから
そうなったんじゃなかったか
149:あるケミストさん
11/04/18 11:06:36.07
>>148そうなんですか。まるっと覚えちゃう以外ないですね
ありがとうございましたm(__)m
150:あるケミストさん
11/04/18 11:23:49.56
pgr
151:あるケミストさん
11/04/18 14:27:10.46
質問です。
Niに6個の水分子で囲った分子をgaussianで6-311Gで
価数＋２、スピン多重度１、で計算したのですが全く始まりません。
エラーの原因はSCFサイクルが指定した回数では収束しないのか、
基底関数が合っていないのかということでした。
正しい基底関数教えてください！
152:あるケミストさん
11/04/19 11:43:07.10
>>151
遷移金属はSCF収束しにくいこと多いから、適当にSCFの設定いじった方がいいかも。
SCF=（XQC,MAXCONVENTIONALCYCLE=50)とかで試してみるといいかも
URLﾘﾝｸ(www.gaussian.com)
あと基底はEMSLにたくさん載ってる
153:あるケミストさん
11/04/19 17:59:49.22
>>152
ｔｈｘ！
ＥＭＳＬで基底関数変えてやってみます！助かりました！
154:あるケミストさん
11/04/20 00:10:13.42
>>151
もう遅いかもしれませんが、私なら構造最適化では、NiにSDDAll、水に6-311G(d,p)を
一点計算には、すべてcc-pVTZを用います。
GaussianのSCFの収束性は、良くも悪くも優れているので、defaultの設定を変える必要は
滅多にないと思います。
ニッケル原子は電気的中性の状態では、(3d)^10, (3d)^9(4s)^1, (3d)^8(4s)^2の三つの状態が
近接したエネルギーをもつため、計算が難しい系の一つです。
二価のカチオンで、且つ水が配位した場合に、d軌道がどのように分裂し、どのようなスピン多重度が
望ましいかは、配位子場理論を用いればわかるので、
無機化学の教科書などを参考にされるとよいでしょう。
155:あるケミストさん
11/04/30 16:54:17.20
金と水銀とでは、どちらがより安定なのでしょうか。
最外殻電子を見る限りでは水銀のほうが安定に見えるのですが、
安定な物質の代表は金ですよね。
水銀はその安定性のために、常温常圧の凝集形態として、
分子間力で凝集し液体の形を取っているように思えるのですが、
その割には化合物が多すぎるような気がします。
一体どちらが安定なのでしょうか.
156:あるケミストさん
11/04/30 17:32:52.22
どうして安定だと液体になると思ったの？
157:あるケミストさん
11/04/30 18:17:30.39
強い結合を作り結果的に固体になるのは、主に価電子のエネルギーを下げるためですよね。
水銀においては価電子のペアが出来上がってしまっているので、
他の原子と共有結合などで結合せずに、
ファンデルワールス力で静電的に結合するだけで、
それを巨視的に見れば液体になっているのではないかと量子化学的に考えました。
158:あるケミストさん
11/04/30 19:53:53.85
そもそも安定とは
159:あるケミストさん
11/04/30 20:03:30.72
結局、”液体”だといったのは水銀が液状だからで他の理由があるわけではありません。
こんな話を持ち出したのは水銀は希ガスのようにふるまっているように見えると言いたかっただけです。
水銀の最外殻電子が一重項をなしているからs電子一つだけの金より安定で、
また希ガスのようにファンデルワールス力で凝集しているのではないかと量子化学的に考察し、
けどそれほど安定ならば水銀には既知の化合物が多すぎるのではないか、
ならば結局安定物質の代名詞みたいな金と水銀とではどちらがより安定なのか、という疑問を持った次第です。
160:あるケミストさん
11/04/30 20:12:02.44
>>158
>>159を打っている途中で158が書かれたみたいで、
チグハグニなりましたが、僕は他の物質と化合物を作らないくらいの意味で使っています。
出自が工学なもので化学的には正しくはないかもしれませんが。
161:あるケミストさん
11/04/30 21:20:02.47
水銀が液体なのは相対論効果によるs軌道のエネルギーの低下
これにより金属結合が弱くなり、融点が下がる
化合物が多すぎるというが、水銀はかなり貴なほうだぞ
貴な性質でいえばもちろん金のほうが格段に上だが
162:あるケミストさん
11/04/30 21:23:10.09
ちなみに、金の黄金色や全元素中最大の延性と展性も相対論効果によると言われている
163:あるケミストさん
11/04/30 22:51:12.93
>>161
ありがとうございます。
今の僕の学力ではちんぷんかんぷんなのですが、
何をすればよいのか見えてきました。
暫くこの周辺を勉強することにします。
どうもありがとうございました。
164:あるケミストさん
11/05/01 19:10:43.83
>>154
遅れましたが、丁寧な解説ありがとうございました！
未だに望ましい6配位で収束しないので、スピン多重度を見直してみます。
165:あるケミストさん
11/05/07 13:42:57.67
zwitterionを構造最適化するときの基底はdiffuse関数を使えばいいのでしょうか
B3LYP/aug-cc-pVQZとか？
166:あるケミストさん
11/05/08 04:16:59.29
それ以前にDFTでzwitter ionは無理なのでは？
167:あるケミストさん
11/05/10 00:04:42.35
>>165
zwitterionに限らず、partial negative chargeが大きくなると予想される場合には、
diffuseはあったほうが良いと思います。
ただ、DFT法でQZという大きな基底を用いる必要があるかどうかは疑問ですし、
構造に関しては、Popleの6-31GシリーズとDunningのcc-pVXZシリーズはそれほど違った結果を与えません。
Primitiveが少なく二電子積分にかかる時間が少ないという意味では、
DFT法での構造最適化では6-31Gシリーズを使うほうが利口な選択であると思います。
一方で、MP2やCCSD(T)法などでは、系統的に結果を改善できるという観点から、
cc-pVXZシリーズを用いるべきでしょう。
小さな分子ならば、6-311++G(2d,2p)や6-311++(3df,3pd)を、
大きな分子ならば、6-31++G(d,p)あたりがよいのではないでしょうか。
また、>>166の方がおっしゃるようにDFTでは電荷が非局在化しやすい傾向があるので、
求めた構造が本当にzwitterionであるのかどうかを電荷分布などで注意深く検討する必要もあると思います。
168:あるケミストさん
11/05/10 17:54:21.96
有機合成が専門の俺には、このスレは超勉強になるわ。
169:あるケミストさん
11/05/10 17:55:12.26
有機の人ってあんまり計算はやらないもんね
俺もめっちゃ勉強になるわ
170:あるケミストさん
11/05/10 18:06:59.95
うん、マジでやらない。研究室で俺だけ。
完全に独学で始めたんだけど、それだけに意味の分からないエラーとかの対処が凄く大変。
たぶんこんなエラーなんかも、量子系の人にとっては何でも無いもんなんだろうけど。
171:あるケミストさん
11/05/10 21:23:19.78
>>166-167
丁寧な解説ありがとうございます。
小生、計算化学は手探り状態でしたので大変勉強になりました。
「アニオンを計算するときは質の良い基底を選ぶ必要がある」と参考書に記述がありましたので
QZくらい必要なのかな・・・と思っていた次第です。
とりあえずMP2/6-31++G(d,p)でやってみようと思います。
お世話になりました。
172:あるケミストさん
11/05/11 01:56:39.79
MP2もだめだと思うけどなzwitterion
173:あるケミストさん
11/05/11 10:45:26.85
zwitterionってHFでうまくいくのかな。CASSCFでやるのもめんどいけど
174:あるケミストさん
11/05/21 17:24:54.13
計算科学の初学者です。
静電ポテンシャルマップの作成について質問があります。
Gaussian09で作成したアウトプットファイルを使用してMolekelを用いて
静電ポテンシャルマップを作成することができました。
オプションのIsosurface Valueを変更することで等値面を変更していると思うのですが、
色分けについてはどのような判定が行われているのでしょうか。
175:あるケミストさん
11/05/24 00:07:48.80
>>174
静電ポテンシャルマップは、電子密度のsurfaceに静電ポテンシャルをマップして作ると
思うので、等値面は電子密度のもので、色分けは静電ポテンシャルにの値に従っていると思います。
どの色がどれくらいの値の静電ポテンシャルに対応しているのかということは、
凡例か何かを表示させればわかると思います。
176:あるケミストさん
11/05/25 00:32:55.40
SOMOとSpin Densityの計算をガウシアンで計算したいのですが
コマンドには何を用いれば良いでしょうか
マニュアルを見るとcubeが近いと思いますが、いまいち要領を得ません
教えていただけると助かります
177:174
11/05/25 10:38:09.79
丁寧に教えていただきありがとうございます。
色分けの意味がよくわかっていなかったので、とても参考になりました。
178:あるケミストさん
11/05/27 07:26:09.04
>>176
少し質問の意味をはかりかねますが、SOMOとspin densityを図示したいということでしょうか？
それならば、計算時にcheck pointファイルが出力されるようにインプットファイルの
先頭に%chk=[filename].chkと書いて、計算終了後にformchkコマンドにより、fchkを作成し、
更に、cubegenコマンドを使ってcubeファイルを作るという手順になると思います。
ただし、fchkやchkが読める可視化ソフト（GaussViewなど）をお持ちの場合には、
cubeを作る必要はないと思います。
単純にSOMOの計算をしたいということであれば、電荷とスピン多重度に気をつけて
インプットを作成すれば良いと思います。
単参照の計算方法では、HFかDFTか、制限なし開殻（UHF）か制限付き開殻(ROHF)か、
またDFTならば汎関数の種類によってスピンの立つ場所やSOMOの形が大きく異なることがよくあるので、
計算結果を注意深く検討し、可能ならば多参照の計算方法を行うことをおすすめします。
179:あるケミストさん
11/05/29 22:02:02.33
>>SOMOとspin densityを図示したいということでしょうか？
そうです。質問が不正確で申し訳ありません
私はGaussViewを所持していないので、他のフリーソフトを使用することになると思う
のですが、spin densityを図示したいのであれば、chbegenのkindの指示にSpin=SCFを
指定すれば良いのでしょうか
また、spin densityを図示する際に使っているソフトを教えていただけると幸いです
180:あるケミストさん
11/06/11 17:13:10.68
KohnSham valence orbitalって何ですか？
HOMO-LUMOとは別物でしょうか？？
181:あるケミストさん
11/06/13 10:47:13.72
>>180
DFTでは本来、分子軌道を用いないでエネルギーを計算するんだけど、便宜上Kohn-Sham Orbitalと呼ばれる軌道を導入して計算を簡単にしてる。
KS OrbitalはMOに近いものではあるけれども、同じものではない
182:180
11/06/13 12:00:24.82
早速回答頂いてありがとうございます。
自分は有機合成化学が専門で、量子化学とか計算機化学は独学で勉強しています。
私が読んでいる本にはKohnSham valence orbitalという軌道に関して全く記述がないのですが、
これを理解するにはDFTの理論的な部分まで勉強する必要がありますか？
>>181ではせっかく回答頂いたんですが、正直よく分からないので自分でもいろいろと勉強したいのですが・・・
183:あるケミストさん
11/06/13 17:01:39.42
>>182
まず、DFTは本来、分子軌道を使わない方法である、ということ。
一方で、分子の記述をするためには、分子軌道によく似たKohn-Sham軌道を用意するとうまくいく。
このKohn－Sham軌道はMOではないが、表式がMOとよく似ているため非常によく似たものである。
この辺の本が実験の人にも分かりやすいので参考に
URLﾘﾝｸ(www.shokabo.co.jp)
184:あるケミストさん
11/06/13 17:45:23.20
>>183
的確な回答を頂きましてありがとうございます。
挙げて頂いた参考書、早速注文しました。
Gaussianなどを使った計算は素人の私にでもできるのですが（それでも独学のため、トライ＆エラーの連続ですが・・・）
理論の部分はかなり深くて独学では限界があるため（特に理論と実践を繋ぐ部分）、いろいろ質問させて頂いています。
挙げて頂いた本は、私のような数学の苦手な有機化学者にでも分かるように理論の数学の部分もしっかりしているとの事ですので
手元に届くのを楽しみにしています。
185:あるケミストさん
11/06/19 21:00:46.45
振動子強度を考えるときに、調和振動子の遷移確率が一般の原子・分子に比べて3倍になるのは
一次元調和振動子を考えているため電場の向きがx方向だけになるからですか？
186:あるケミストさん
11/06/21 01:07:14.21
当方、PWSCFを用いて遷移状態の計算を試しているのですが、そもそもどんな計算をしたら遷移状態がでてくるのだろうか...
中でどんな計算をしているのかがわからないorz
187:あるケミストさん
11/06/26 16:39:55.41
量子力学って夢ありますよね。
188:あるケミストさん
11/06/26 17:53:13.94
世間のお小遣い本や啓蒙本はいかにも夢があるように書くよね。
189:あるケミストさん
11/06/26 17:55:43.73
あるのは夢じゃなくて手間だろ
190:あるケミストさん
11/06/29 10:23:02.88
初歩的な質問ですみません。
NICS計算について質問です。
アウトプットファイルのどこをどう見てNICS値がマイナスとかプラスなどと
評価するのでしょうか？
計算自体はできてもアウトプットの見方がわかりません。。。
191:あるケミストさん
11/06/30 00:42:09.40
古いと言えば少し古いが、分子軌道法について日本語で書かれたのでは一番本格的なテキストである藤永先生の『分子軌道法』と、
痒いところに手が届くような説明と丁寧な式変形で有名な砂川先生の『量子力学』が先週末に岩波から復刊されたよ。
物理板の参考書スレ見ると紀伊国屋では砂川さんのは初回入荷分は売り切って在庫切れだって。もちろんすぐに追加入荷するだろうけど。
藤永さんのは復刊された翌日に岩波直営？の信山社で、唯一、一斉復刊の棚から既に姿を消してて店員に探してもらったとか。
（藤永さんのは10年に１回だけ刷るみたい。80年に出て今回のが４刷）
おいらは藤永さんのを早速、確保しちゃった。（砂川さんのは以前、大枚をはたいて古本屋で買って読んだがとても良かった）
このスレ読んでる人なら関心のある人も少なくないと思うんで、復刊情報と売れ行き報告しときます。欲しい人はお早めに。
192:あるケミストさん
11/07/12 17:52:37.32
EMSLって落ちてるの？基底関数落としてきたいのにずっと繋がらない。
193:あるケミストさん
11/07/13 14:20:37.52
EMSLつながらなくて不便
194:あるケミストさん
11/07/13 16:36:02.23
>>193
やっぱりずっと落ちてるんか。
何かアナウンスがあったんでしょうか?探しても見つからず、うおーさおーしています。
195:あるケミストさん
11/07/13 19:53:29.74
これか…
URLﾘﾝｸ(www.isssource.com)
196:あるケミストさん
11/07/13 21:20:55.30
>>195
情報ありがとうございます！アタックされたんすか・・・。
何故かこっちは繋がりますね↓
URLﾘﾝｸ(bse.pnl.gov)
つながない方がいいのかな。
197:あるケミストさん
11/07/16 07:14:21.25
>>196
そっちもちょっと前はつながらなかったですね。
復活したんじゃないでしょうか。
ちなみにSDD系は
URLﾘﾝｸ(www.theochem.uni-stuttgart.de)
ここからでもダウンロードできます。
EMSL（に限りませんが）の基底関数は結構数値が間違っていたりするので、
ビルトインでない基底を使う場合には二箇所以上のソースにあたることをおすすめします。
198:あるケミストさん
11/07/19 01:52:08.76
>>197
リンクのご紹介ありがとうございます。
数値が間違っているとは恐ろしいですね・・・疑いもせず使っていました；；
ところでどなたかGAMESSに詳しい方はいませんか？
不対電子1個持つ分子のCI計算をC2v（Ｂ２）で行い出てきたＣＳＦを眺めていたのですが、ＭＣＳＣＦの軌道を見ると不対電子がA1対称の軌道に入っていることになってしまっています。
見るところを間違っているのでしょうか。
199:あるケミストさん
11/07/19 13:51:32.61
質問です。
B3LYP/6-31G(d)で計算した遷移状態構造についてcbs-qb3計算を行いたいのですが、
#cbs-qb3 opt=(ts,calcfc)で計算すると最適化の際にエラーが出ます。
あらかじめ計算した遷移状態構造のままエネルギー計算したいのですが、どのようにしたらよいでしょうか。
200:あるケミストさん
11/07/19 15:55:36.89
>>199
Gaussianですよね？CBSだと構造最適化できないと思います。
B3LYP/6-31G(d)で事前に構造最適化して、その構造をインプットにして# cbs-qb3で一点計算すればよいのでは
201:あるケミストさん
11/07/19 17:56:04.12
すみません，CBS計算って何ですか？
今，計算機化学を独学中なんで，もし面倒でなければご教授頂きたいのですが・・・
202:あるケミストさん
11/07/20 05:08:46.29
>>199
opt=(ts,calcfc)という部分が、遷移状態(Transition State)の構造最適化(OPTimization)を
力の定数を計算(CALC Force Constant)してから求めなさいという指示文なので、
別の計算方法で得られた構造でエネルギーだけを計算したい（これを「一点計算」と呼びます）のならば
opt=(ts,calcfc)を消せばよいだけです。
>>201
CBSというのは、Complete Basis Setの略です。
量子化学計算では理想としては無限個の基底（完全系）を張りたいわけですが、
実際にはそうもいかないので、有限個の基底を幾つか使って外挿することによって
恰も無限個の基底で計算したかのような結果が得られるのです。
QB3というのは知りません。
203:あるケミストさん
11/07/20 13:53:40.97
>>202
>>199です。回答ありがとうございます。
遷移状態についてcbs計算を行うとimaginary frequencyの数が0となりますが、
これは計算結果に特に影響はないのでしょうか。
204:198
11/07/20 23:34:06.53
自己解決。
出てきた$VEC使って同じ計算まわせば一目瞭然でした('Ａ`)
205:あるケミストさん
11/07/20 23:49:36.53
>>203
それはつまり、B3LYP/6-31G(d)で最適化した構造を使って、
CBS-QB3で振動解析（Freq計算）をしたらimaginary frequencyが消えたということでしょうか？
それともCBS-QB3で構造最適化と振動解析をしたということでしょうか？
いずれにしてもimaginary frequencyが消えるのはおかしいと思います。
簡単な系で試してみましたが、CBS-QB3は構造最適化と振動解析をB3LYP/6-311G(2d,d,p) (5D, 7F)レベルで
行い、一点計算をCCSD(T)やMP4(SDQ)で行い高精度なエネルギーを得る方法のようです。
計算方法を変えれば、imaginary frequencyが増えることはあっても、消えることは滅多にないと思います。
もう一度、計算の手順を確認されるのがよろしいかと思います。
分子の大きさにもよりますが、cc-pVXZ系の基底を二種類か三種類使ってCCSD(T)などでエネルギーを
外挿する方法もあります。
計算化学者はこちらの方法を好むと思います。
206:あるケミストさん
11/07/21 14:34:32.90
>>205
#opt=(calcfc,ts) freq b3lyp/6-31g(d)
で遷移状態構造の最適化と振動数計算をし、
#cbs-qb3 scf=qc
で計算をした結果、虚数振動が消えてしまいました。
もう一度確認してみます。
207:あるケミストさん
11/07/21 16:55:25.76
>>202
ありがとうございます！！
勉強になります。
208:あるケミストさん
11/07/22 02:30:53.30
>>206
どうやら、CBS-QB3法というのは、optを書かなくても構造最適化を同時にしてしまう計算方法のようです。
従って、CBS-QB3と一緒にopt=(TS)を書かなかった場合には、
安定構造を導いてしまい、結果的にimaginary frequencyが消失してしまったのだと思います。
どうしてもCBS-QB3法を使いたいのであれば、
CBS-QB3 opt=(TS,CalcFC)で発生したエラーを解決したほうがよさそうです。
209:あるケミストさん
11/07/22 10:25:10.11
TSとQST3の違いってなんでしょう？？
210:あるケミストさん
11/07/23 03:16:14.26
>>209
さらに、QST2というものもあります。
TSオプションは、こちらが類推した初期構造から出発して遷移状態を求めます。
QST2オプションでは、反応物と生成物の最適化された構造から、何らかのアルゴリズムで遷移状態を求めます。
QST3ではQST2に加えて、類推した遷移状態の初期構造を追加します。
つまり、QST2とTSを組み合わせたものがQST3だと言えるでしょう。
個人的には、Opt=(TS, CalcFC)で大概の遷移状態は求められると思います。
211:あるケミストさん
11/07/23 13:51:23.10
myprestoっていう高分子用の計算パッケージ使ってる人いますか
友人に「使えそう？」と聞かれたものの私も初耳でした
Autodockと比べての使用感を聞きたいです
212:あるケミストさん
11/07/24 00:15:24.44
myPrestoもAutoDockも量子化学計算用のソフトウェアじゃないよ
213:あるケミストさん
11/07/24 13:13:16.94
すみません！
スレ違いでしたね
失礼しました
214:あるケミストさん
11/07/25 12:35:09.95
>>210
即レス、ありがとうございます。
自分は別分野が専門なので、凄く勉強になります。
ついでと言うわけではないのですが、もう一つ質問させてください。
QST3（もしくはQST2）とTSの違いについては理解しました。
今回質問したいのは遷移状態構造の信頼性についてなのですが、
opt=TSで求めた遷移状態構造とQST3で求めたものは、それぞれ違う構造という事なのでしょうか？
とすれば、どちらが信頼性が高いとか、そういうことを含めて計算機化学の分野で指摘されてる
事はあるのでしょうか？
215:あるケミストさん
11/07/25 16:16:50.16
>>214
構造の探索アルゴリズムは違うけど基本的に同じ構造に行くはず。
216:あるケミストさん
11/07/31 01:32:33.65
>>191
藤永氏の教科書は実はそれほどレベルが高くない。
岩波だから本の質感はいいけど、内容はもうab initioの古典と言ってもいい。
今から勉強するのならDFTの話がないと現実性がない。
同じ古典を勉強するにしても、ポープルの昔の本なんかは名著だと思うよ。
半経験論のほうがかえって勉強になるもんだ。
217:あるケミストさん
11/08/04 23:12:02.01
GAMESS(US)で蛍光の波長や強度を予測する場合の手順について聞きたいんですが、
"$CONTRL TDDFT=EXCITE" のキーワードを足して励起状態の構造最適化をし、"$TDDFT NSTATE=n"で
垂直遷移エネルギーを計算することで目的の値は得られますか？
それとSPARTANに比べるとだいぶ遅くなってしまうので、GAMESSやfireflyで構造最適化の計算をする時の
コツがあれば教えてください。
218:あるケミストさん
11/08/06 12:43:58.82
>>217
基本的にはそれでいいと思います。
TDDFTで精度が出るのか、とか汎関数、基底関数は充分か、ということに注意は必要ですが。
GAMESSは半経験的方法が実装されてるので一度それらで構造最適化して、そこからさらにDFT等使うとよいかもしれないです。
219:あるケミストさん
11/08/08 15:14:11.39
>>218
返事遅れてすみません。返答ありがとうございます。
近くに相談できる人がいないので助かりました。
220:あるケミストさん
11/08/16 00:27:09.58
TDDFTの系統的な研究についてはよく知りませんが、
可視部はかなり精度が高いのに
紫外部はそれほどでもないように思います。
紫外部で誤差が大きいと分光的にはかなり性格の違う領域にずれ込むので
工学的な応用では今でもZINDOのほうが実用的かもしれません。
軌道相とか相対強度とか励起の定性的な性格を追求するだけなら
十分だと思いますが。
221:あるケミストさん
11/08/18 15:28:04.73
OHについてエネルギー計算を行ったところ、
CConnectionGLOG::Orient_Dipole_Derivative()
Linear Molecule detected. Unable to orient dipole derivatives
というエラーが出るのですが、これはどういう意味なのでしょうか。
222:あるケミストさん
11/08/22 05:54:29.10
どちらかというと可視光に興味があるので、それならTDDFTで良さそうですね。
まあ夏休み終わったら幾つか試しに計算してみます。
･･･ZINDOって手持ちのソフトじゃ計算できなさそうですし。
223:あるケミストさん
11/09/05 13:43:13.53
密度汎関数法を勉強したいと思っている人です。 初心者なのでよくわかりません。
MOは、ヒッケル法でブタジエンを扱うぐらいです。 あまり詳しくなくてすみませんが、
分かりやすい密度汎関数法の入門書を教えて戴ければ幸いです。
Wiki Pediaよりも、詳しく書いてある本をお願いします。
224:あるケミストさん
11/09/13 01:05:53.56
＃2070エラーがどうしても回避できません。
どなたか知恵をかしていただけませんか？？
計算しているのはSc@C82@CNT(10,10)で、
method:GroundState DFT Unrestricted B3LYP
Basis Set:STO-3G *
の条件でやってみましたがどうも異常終了。
ググってみて%rwf=a,245mw,b,245mw,c,245mw,d,245mw,e,245mw,f,245mw,g,245mw,h,245mw
をEditにつっこんだけど異常終了。
過去ログも一応漁ってみましたが…パソコンのスペックが問題なのかなぁ…
そもそも無理なのかなぁ←
225:あるケミストさん
11/09/20 23:31:13.72
分子は、分子軌道によって成り立っているはずなのに、
どうして、σやπ結合のような考え方（有機電子論）をして正しい結論に至るのでしょうか。
226:あるケミストさん
11/09/21 00:48:21.41
分子軌道はただのモデルにすぎない
227:あるケミストさん
11/09/21 01:03:08.18
正しい結論に至れるものを選んでやってるからそうなるだけ
有機電子論で分からないのがあるから分子軌道なんて
訳の分からないようなのを使い始めるようになった
228:あるケミストさん
11/09/21 02:20:05.15
訳の分からないって…
単にモデルの忠実さが有機電子論＜分子軌道論なだけ
前者は荒いけど簡単、後者は精密だけど複雑
229:あるケミストさん
11/09/21 02:52:46.68
>>228
分子軌道には、そもそもσ結合やπ結合にあたる電子雲が見られないですよね。
どれがσ結合の雲なんだろうかと探してしまったことがあります。
σもπも内殻電子も含めて、ただ、電子のエネルギー準位ごとに分割し、
あっちゃこっちゃ散らしているだけだという理解をしています。
でもどうして、その真の姿ではなく有機電子論で考えて大丈夫なんだろう。
σとかπ結合は、分子軌道の集合なんでしょうか。
>>227
有機電子論でわからずに分子軌道で考える反応といえば、なんでしたっけ。
230:あるケミストさん
11/09/21 03:25:20.65
分子軌道が真の姿だと？ 笑わせるな
231:あるケミストさん
11/09/21 04:42:25.09
真の姿とは？
分子軌道と有機電子論のどっち？
232:あるケミストさん
11/09/21 04:46:08.55
>>229
HOMOやLUMOしか見てないと分からないけど、低エネルギー側のMOを見ていけば
ちゃんとσ結合を担う電子対が入ってる
MOがあるよ
πについても同様
分子軌道法は止まっている一分子についてはその物性をよく評価できるけど、
例えば溶液中の反応のように溶媒に囲まれた多分子の系については適応が難しい
分子軌道法は場合によっては起こっている現象に対する根拠として扱える時があるけど、
有機電子論で考える反応機構はただのモデルで、経験的に無理のない反応機構がかけるからと言ってその通りになるとは限らない
情報として全然違うし、両方扱えるようになるべき
233:あるケミストさん
11/09/21 06:04:19.55
>>239
わかりやすい解説ありがとうございます。
>ちゃんとσ結合を担う電子対が入ってる
メタン分子を例にすると、4本のσ結合は等価なはずなのに、
分子軌道法でみると、各MOは、すべてエネルギーが異なって表されます。
だから、σ結合電子対と、MOの電子対は異なったものなのかもしれないと思ったのですが。
234:あるケミストさん
11/09/21 07:24:17.73
分子軌道法ではメタンのC-H結合性軌道は1つ低エネルギーにあってそれより少し高エネルギーに3つ縮退してるが
全部混ぜ合わせれば各C-H結合は等価なのが分かるはずだ
235:あるケミストさん
11/09/21 08:01:50.78
>1つ低エネルギーにあってそれより少し高エネルギーに3つ縮退
はじめから全部等価なのではないのですか。
σ軌道同士が影響しあっていますか？
>全部混ぜ合わせれば各C-H結合は等価
そりゃあ、平均すれば等価になりますよね・・
236:あるケミストさん
11/09/21 08:20:43.49
じゃあお前は何が不満なんだよｗｗｗｗ
237:あるケミストさん
11/09/21 10:08:28.24
まずは>>226で言ってる「分子軌道はただのモデル」をちゃんと理解すべき
現実の世界には分子軌道なんてないし、個々に考えられるような「C-H結合」もない
単に現象を表現するために考え出したモデルにすぎない
存在しないんだから、「4本の結合が等価」なんてのも勝手にそう考えているだけ
238:あるケミストさん
11/09/21 10:36:30.01
>>235
もっと基本的なところから考えると
いい
例えば今回の例だと、メタンの配置に置かれたプロトン、炭素原子核の周りに
安定な形で電子を配置していくとどうなるか、
というのが分子軌道法の考え方
炭素の1sに入ってる2電子はおいておいて、結合を担ういわゆる価電子の入り方を考えると、
最初の2電子はσ結合のような束縛された位置じゃなくて、分子全体に広がった配置の方がエネルギー的に有利に見えないか？
次から収めていく電子は先に入れた電子を避けて入るから、エネルギー的には不利になるだろう
だから所謂sp3混成に相当する軌道が4つ全て等価でないことに、分子軌道法の
考え形では全く問題がない
239:あるケミストさん
11/09/21 10:46:10.41
さらに言うと、一つだけエネルギーの低い軌道は分子全体に均等に広がっており、4軌道の重ね合わせが等価だということからも分かるように、
メタン分子の4つのプロトンの内、どれかが特別であるということにもならない
分子軌道法では、結合を担う8電子の内、
2つが残りの6個に比べてエネルギー的に安定で、
かつ4つのプロトンは全て等価だという実験的事実を説明できていて、これは有機電子論では説明できない
240:あるケミストさん
11/09/23 04:01:59.24
正準軌道エネルギーの分裂の様相はTd対称の既約表現の直和に分解
すれば分かる。Tdの既約表現の次元は高々3次で、メタンの場合は
1次元表現＋3次元表現に分解される。
もちろんユニタリ変換で局在化して4つの等価な基底は作れるし
物理量の期待値は変えないからそう考えても問題ない。
241:あるケミストさん
11/09/23 08:48:59.84
FireflyでMP2の構造最適化をやってるんだけど、
Core i7 2600K(quad core, hyper-threading)で8並列で流してるのに
1スレッドしか動いてないみたい(CPU使用率が13%までしか上がらない・・・)
だいぶ古い情報でPCchem infoのブログにも少し書いてあるけど、現在のVerでもMP2のoptimizeは並列化されてないの？
242:あるケミストさん
11/09/23 10:36:12.50
知らんがな。
それは量子化学とは関係ないだろ。
計算機化学やってる人でもPCに詳しくない人も多いよ。
243:あるケミストさん
11/09/23 11:09:44.78
定期的に同じ話題がでるNE
244:あるケミストさん
11/09/23 16:13:44.00
FireflyでMP2の構造最適化をやってるんだけど、
Core i7 2600K(quad core, hyper-threading)で8並列で流してるのに
1スレッドしか動いてないみたい(CPU使用率が13%までしか上がらない・・・)
だいぶ古い情報でPCchem infoのブログにも少し書いてあるけど、現在のVerでもMP2のoptimizeは並列化されてないの？
245:あるケミストさん
11/10/02 15:51:03.72
天皇カルトとＧＨＱが呼んでいたことだけは
覚えておいたがいい。
その天皇カルトをＧＨＱは利用したがね。
只の人間や、只の人間の家系を尊ぶなど
時代錯誤であり、人が人として、この世に生まれさせられた
意味を否定する、迷信でしかない。
そんなものは、ゴミ箱に捨て去り、
人の心の平安は、別次元に求められるべきであるのは
当然のことだ。
天皇という存在が、近代になって
日本人に与えたものは、
「惨禍」でしか無かった筈だ。
取り巻きは別だろうが、
大多数の日本人にとってはね。
246:あるケミストさん
11/10/11 04:27:55.55
ROHFとUHFの違いって何ですか？
数式を使わずに教えて下さい。
247:あるケミストさん
11/10/11 23:40:19.65
ROHFは内殻の方はαとβで同じ空間軌道を用いる。
UHFは内殻も別の空間軌道を用いる。
248:あるケミストさん
11/10/12 00:40:34.72
話題がないようなのでMP9からは質問スレに変更ということで
249:あるケミストさん
11/10/12 01:35:04.60
このスレ埋まるのに2-3年かかるんじゃねえのｗ
250:あるケミストさん
11/10/12 07:44:06.70
ログにあったMP6は140レス／年だったので5年はかかるな
人がいないのか話題がないのか・・・
とりあえず次スレの内容を決めておこうぜ
【猫を】量子化学質問スレ-AM1【虐待するな】
タイトルは↑でどうよ
251:sage
11/10/17 16:15:51.33
Gaussian09M と GaussView3.09をMac OS X 10.5.8(Intel Mac)で使ってるのですが、
分子軌道図等が表示できません。
Edit > MOs... の画面だとどの軌道をクリックしても出てきませんし、
Results > Surfaces... はクリックしても反応しません。
formchkしたfchkを使っても同じですし、
URLﾘﾝｸ(www.hulinks.co.jp)のfchk（g03で計算した物）を使っても同じです
ルートセクションや理論が特定のものでないとダメなのでしょうか？
それともなにか別の根本的な問題なのでしょうか？
252:あるケミストさん
11/10/17 18:00:48.89
>>251
MOから表示したい軌道を選択してvisualize
精度などの詳細を決めてshowをクリック
描画計算が入るから表示には数分程度かかる
253:あるケミストさん
11/10/17 22:23:34.50
混成軌道についての問題
CuInSe2のすべての結合軌道が2個ずつの電子で埋め尽くされていると、
それはもとの銅、インジウム、セレン原子におけるどの軌道の電子何個
によって形成されているのか説明せよ。
Cuの4s軌道の電子1個、Inの5s軌道の2個、5p軌道の1個
(Seの4s軌道の2個、4p軌道の4個)×2の計16個で合っていますか？
254:あるケミストさん
11/10/18 15:46:49.04
>>252
水分子一個のHOMO, LUMOの表示だけで３０分以上も時間がかかるものなんですかね…？
計算が終わる気配が全くしないです
255:あるケミストさん
11/10/18 15:54:17.63
一瞬で終わるよ
256:あるケミストさん
11/10/18 18:10:55.40
>>254
スペックが分からないと断言できんが、gauss viewが動くPCなら水分子程度なら一分もかからんはず
何かやり方が間違ってそうだからマニュアルでも確認したほうがいい
スクショでも貼ってくれれば何か分かるかもしれんが
257:あるケミストさん
11/10/18 18:50:32.93
>>256
スペックは2.4GHz Intel Core 2 Duo/メモリ4GBです
水分子の構造最適化は６秒くらいで終わります
スクショです
URLﾘﾝｸ(iup.2ch-library.com)（MOsを開いたところ）
URLﾘﾝｸ(iup.2ch-library.com)（HOMO,LUMOを選択したところ）
やり方って、
g09計算後、チェックポイントファイル(.chk)をformchkコマンドでフォーマット化済みチェックポイントファイル(.fchk)に変換
↓
フォーマット化済みチェックポイントファイル(.fch*)を読み込ませる
↓
MOsを開く
で合ってますか？
あと、 fchkを読み込ませるときに、
「Can't find Gaussian freqchk utility. Will have no vibration data.」
って出るんですけど、それってなにか関係ありますかね？
振動数解析だから関係ないとは思うんですけど…
258:あるケミストさん
11/10/18 18:55:49.10
>>257
visualize→showを押してもMOが出ない？
そっちのスクショも
＞「Can't find Gaussian freqchk utility. Will have no vibration data.」
これはMO表示には関係ないはず
259:あるケミストさん
11/10/18 18:58:05.60
ちなみに黄色反転は表示したいMOを選択してるだけだからその段階待ってても何も起こらないよ
260:あるケミストさん
11/10/18 19:04:49.50
visualize→showじゃなくてvisualize→updateだったかも
手元に今無くて確認できんが
261:あるケミストさん
11/10/18 21:53:15.50
>>258
visualize → update後のスクショです
URLﾘﾝｸ(www.dotup.org)
この画面からずっと変わりません…
262:あるケミストさん
11/10/18 22:15:23.47
>>261
うーむ、これで待ってるとMOが生成されるはずだけど（水分子程度なら多分1分以内）、
なんらかのエラーで計算が止まってるとかそんな感じなのかな
CPU消費してるプロセスにそれっぽいのがあるか確認してみたら？
もしダメならcubegenコマンドでコマンドラインから直接cubeファイルを作成してsurface画面で読み込むという手もあるよ
263:あるケミストさん
11/10/18 23:08:13.81
>>262
あー、できない原因わかったかもです…
CPU消費プロセスを見ようとアクティビディモニタを見たんですが、GaussView3.09ってPowerPC用だったんですね
僕が使ってるのはIntel Macなので、それだと表示はできても計算はできないってことなんでしょう…
Surface画面が開かないのもそのせいじゃあないかと思われます
とりあえず明日PowerPCがあればそれで試そうと思います…無かったら教授に買ってくれってせがもうかな
ありがとうございました！
264:あるケミストさん
11/10/18 23:32:15.15
>>263
そんなことあるのかｗｗ
gaussianがwindows 64bitで使えないっていう話は聞いたことがあるけど、macでもそんなことがあるのな
予算はどの研究室も大変だから、頼むならよく調べてからにしような
おつ
265:あるケミストさん
11/10/30 03:42:15.93
gaussian03を使い始めたばかりのものです。水分子の構造最適化などの
基本中の基本的なインプットファイルの書き方はなんとか理解できたのですが、
水分子のポテンシャル曲線（距離ーポテンシャルエネルギー）を計算するような
インプットファイルの記述の仕方とアウトプットファイルのどのあたりを見れば
いいのかがわからないので、ご存知のかたがいたらご教授お願いします。
まわりに、gaussianをやっている人がいなくて、手探り状態でやっていて大変困っています。
つたない文章で申し訳ないのですが、よろしくお願いします。
266:あるケミストさん
11/10/30 10:56:47.81
>>265
URLﾘﾝｸ(www.gaussian.com)
267:あるケミストさん
11/10/30 19:30:31.54
ホストEATcf-161p211.ppp15.odn.ne.jp
名前： あるケミストさん
E-mail：
内容：
>>266
ありがとうございました。↓は、水分子で角度を104.5で固定して、
ＨとＯの距離ｒを0.96から0.05刻みで計算させたものです。
#p rhf/3-21g scan test
Water RHF scan
0,1
o
h,1,r
h,1,r,2,a
r 0.96 10 0.05
a 104.5
インプットファイルでｒを0.96ではなく0.05とかに変更すると
エラーが出てしまいます。どうすればいいのでしょうか？
268:あるケミストさん
11/11/01 22:23:50.19
>>267
エラーメッセージ読め。なんで計算止まるのか書いてあるから。
たぶん0.05だと核間距離が近すぎるので計算止まってるだけだと思う。
269:あるケミストさん
11/11/11 22:41:11.44
各種計算ソフトで得られる結果の有効桁数はどの程度なのでしょう？
270:あるケミストさん
11/11/11 23:27:16.22
計算に有効数字という概念自体ないと思うけど
271:あるケミストさん
11/11/11 23:32:08.81
でも、単精度、倍精度とかあるじゃないですか。
272:あるケミストさん
11/11/11 23:48:22.93
>>268
r=0.1にして10点分打った時のポテンシャルエネルギー探索時のエラーが、
「Inaccurate quadrature in CalDSu.」
と出ました。
r=0.2～2.05の範囲でなら正常に計算できました。
初歩的なことかもしれないのですが、核間距離が近すぎたり、遠すぎたりすると
計算できないのでしょうか？
273:あるケミストさん
11/11/12 02:25:39.51
>>271
SCFの収束条件ならばアウトプットに書いてあるはず
274:あるケミストさん
11/11/12 08:41:48.83
>>272
極端に近かったり、遠かったりするとSCFこけることありますよね。特に遠いと開殻系に近くなるし、計算方法そものに問題が出てくるかと。電子相関考慮の方法でやらないといけない場合もたまにあるんで、前例とか類似の系を調べるのも手です。
275:274
11/11/12 08:48:41.13
追加
SCF収束オプションを見直すべし。
276:あるケミストさん
11/11/12 14:01:18.62
>>272
極端に核間距離が短いと核同士の反発が近くなるし、電子の反発も強くなるのでSCF収束しにくいはず。
そもそも、平衡核間距離よりも非常に短い部分のPES描いてもあまり利点はないと思うけどな
277:274
11/11/12 15:12:11.29
たしかに...
278:あるケミストさん
11/11/14 08:14:09.20
>>276
結果のＳＣＦ収束条件を探してみます。
今は、Gaussianを使い始めたばかりなので試しに、簡単な分子のPESを計算
させているのですが、できれば２つの分子間に働く非経験的ポテンシャルをフィッティング
したいと思っています。
たとえば、He+(イオン）と水分子間のポテンシャルを計算させることってできますか？
279:あるケミストさん
11/11/18 11:39:48.13
>>278
もちろんできる
280:あるケミストさん
11/11/18 13:09:09.79
電波テロ装置の戦争(始)
エンジニアと参加願います公安はサリンオウム信者の子供を40歳まで社会から隔離している
オウム信者が地方で現在も潜伏している
それは新興宗教を配下としている公安の仕事だ
発案で盗聴器を開発したら霊魂が寄って呼ぶ来た
<電波憑依>
スピリチャル全否定なら江原三輪氏、高橋佳子大川隆法氏は、幻聴で強制入院矛盾する日本宗教と精神科
<コードレス盗聴>
2004既に国民20%被害250～700台数中国工作員3～7000万円2005ソウルコピー2010ソウルイン医者アカギ絡む<盗聴証拠>
今年５月に日本の警視庁防課は被害者SDカード15分を保持した有る国民に出せ!!<創価幹部>
キタオカ1962年東北生は二十代で2人の女性をレイプ殺害して入信した創価本尊はこれだけで潰せる<<<韓国工作員鸛<<<創価公明党 <テロ装置>>東芝部品)>>ヤクザ<宗教<同和<<公安<<魂複<<官憲>日本終Googl検索
281:あるケミストさん
11/11/18 18:11:01.26
学部生が量子・計算化学系の研究室でまともにやっていくには配属以前にどの程度の知識をつけておかなければなりませんか？
200ページ前後の量子化学の教科書を押さえておくだけでは足りませんかね
それとプログラミングスキルは必須ですか？そうだとしたら何の言語学んどけばいいんでしょうか
282:あるケミストさん
11/11/18 18:58:18.95
>>281
本によるけどそのくらい読んでおけばどうにかなると思う。
プログラムは組めた方が後々役立つ。やるとしたらFORTRAN
283:あるケミストさん
11/11/19 11:55:56.99
FORTRANなんて化石じゃないですか？
284:あるケミストさん
11/11/19 12:37:25.09
計算方法の開発じゃなくて計算で反応の解析するなら
量子論以前の考えだとどうなるのか分かるようにしといた方が
いいと思うんだが
心配ならここで聞くよりも狙ってる研究室行って聞いて来い
一応勉強してるなら邪険にはされないだろ
285:あるケミストさん
11/11/23 19:36:31.54
>>283
昔からあるプログラムは大体Fortranだから
GAMESSもGaussianも
286:あるケミストさん
11/11/25 17:22:29.92
>>279
試しに簡単そうなAr-Arの分子間ポテンシャルを求めてみようと、
Ar-ArについてMP2/6-31++G(d,p)でscan計算してみたのですが、
URLﾘﾝｸ(www.rafal.co.jp)(6-12).pdfのサイトのようなＬＪポテンシャル
と比較してみたら、2桁オーダーくらい違ってしまいました。
比較対象がＬＪポテンシャルだから違ってしまうのでしょうか？
それとも、根本的に計算過程が間違っているのでしょうか？
もし何か良いアドバイスがあったら、お願いします。
287:あるケミストさん
11/11/25 17:32:54.85
質問です。
DFT計算にsiesta(ver2.0)を使用しているのですが、
有効溶媒近似を用いた計算の方法で悩んでいます。
どなたか手順をご存じないでしょうか？
288:あるケミストさん
11/11/25 18:17:50.09
>>286
そもそもエネルギーの単位換算間違えてるとかじゃねーの
289:あるケミストさん
11/11/28 01:24:09.40
じゃねーよ、カス
290:あるケミストさん
11/11/28 11:11:08.94
>>288
単位換算は間違えてないと思います。何度も確認しました。また、単位換算を
間違えた時のようなグラフにはなっていませんでした。
Ar-Arの分子間ポテンシャル＝（Ar-Arのscan計算）－2×(Arのscan計算）
この方法で計算すれば、いいのですよね？
291:あるケミストさん
11/11/28 11:39:36.60
>>290
普通は、
（Ar-Arの距離ｒでのエネルギー）－（Ar-Arの無限遠でのエネルギー）
ではないかと思うけど、その式でもそんなに誤差が出るとは思いないですけども。
こちらでMP2/aug-cc-pVTZで計算したら、平衡核間距離近傍と無限遠の差が0.5mHartreeくらいだったので、LJのと較べて同じ程度のオーダーになってました
292:あるケミストさん
11/11/28 21:45:18.93
>>291
291さん、ありがとうございます。
基底関数をaug-cc-pVTZにしてもう一度計算してみたいと思います。
293:あるケミストさん
11/11/29 15:43:28.07
>>291
もう一度、MP2/aug-cc-pVTZで計算してみたら、MP2のほうの計算が
LJポテンシャルと近くなりました。
いままで、Ar-Arの無限遠でのエネルギー）の値ところを使わなかったのが
誤差が過大になってしまう原因でした。おかげさまで助かりました！
294:あるケミストさん
11/12/03 01:06:25.68
もう計算化学にスレタイ変更だな
295:あるケミストさん
11/12/03 01:28:13.70
知的財産・受験生ブロガーの一覧
士業名鑑
URLﾘﾝｸ(www.samrai-index.com)
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URLﾘﾝｸ(benrishi-street.com)
296:あるケミストさん
11/12/03 23:11:11.01
計算科学と量子化学の違いを3行くらいで頼む
297:あるケミストさん
11/12/04 00:07:20.16
計算科学は化学に限らず物理学等も含んで計算機やら計算を用いた科学全般を指す
量子化学は量子力学を化学に応用したもの。
298:あるケミストさん
11/12/04 00:33:01.91
量子化学の教科書や参考書について質問です。
古典的名著と、現代の代表的な本を、それぞれ和書と洋書で教えて下さると嬉しいです。
299:あるケミストさん
11/12/04 00:45:45.46
>>298
求めてるものと違うかもしれんが、
藤永茂 入門分子軌道法
今俺も読んでるけど分かりやすくて感覚を掴むのにちょうどいい感じ
式の変換、導出などは省略してることが多いから別の教科書は必須だけど
この著者の入門じゃない方の分子軌道法という本は絶版だったけど、名著ということで最近復刻版が出たらしい
金に余裕が出たら買おうと思ってる