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1章～5章
・過去へ意識を飛ばせるタイムリープマシンを開発した日、ＳＥＲＮの実行部隊がきてまゆりを殺す
・まゆりを救うため、タイムリープしまくるが何度も失敗する。Ｄメールで過去をかえたためまゆりの死ぬ世界が固定
（α世界）してまったため(世界収束線)、再度過去改変しＤメールを無かったことにしβ世界へいくことにする。
6章～9章
・ジョンタイターは鈴羽、バレルタイター（父親）はダル
・フェイリスが過去に送ったＤメールは父親が死なないようにすること、まゆりを救うため、そのメールを取り消す
・まゆりを救うため、るかは女から男に戻る
・テレビ屋の親父、ミスターブラウンはSERNの実行部隊（ラウンダー）でＦＢ（萌郁）の上司
・萌郁のコードネームはＭ４、ＦＢに依存してるが正体はしらない
・ミスターブラウンの娘は、オカリンと萌郁を殺すため15年後からタイムリープ（記憶移動）をしまくって現代にきた
・娘は2025年にオカリンを拷問して殺す
10章
・苦労の末ＩＢＭ５１００を手に入れるがエシェロンのＤＢから最初のメールを消すと紅莉栖が死ぬβ世界へ移行することが判明
・紅莉栖を見殺しにしてまゆしいを救う→まゆしいルート
・紅莉栖を救おうとしてエンドレスエイトをする→やっぱりむりぽで紅莉栖にごめんなさいする→11章
11章
・紅莉栖が死んだβ世界線にいって苦いハッピーエンドと思いきや鈴羽が未来からきて
β世界線は第三次世界大戦がおきて人口が10億人になるという絶望的な事を告げられる
・紅莉栖もまゆしいも死なないα世界線とβ世界線の狭間「シュタインズゲート」の世界にいくためもういちどタイムトラベルすることに
・ヒロインの紅莉栖を殺すのは主人公のオカリン
・「ドクター中鉢」 は 「牧瀬 紅莉栖」 の父親で 「紅莉栖」殺しの真犯人。
・「阿万音 鈴羽」は 未来からタイムトラベルしてきた主人公の友人のダル（橋田 至）の娘。
・綯はﾔﾝﾃﾞﾚ 萌郁は黒幕 ブラウン管萌えはFB
・トゥルーエンドが別世界の大人岡部の言う通りに行動して
今までの事無かった事になって最後に紅莉栖に再会で終わり