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憲法第20条第1項後段によれば、「いかなる宗教団体も、国から特権を受け、又は政治上の権力を行使してはならない。」と、
同条第3項によれば、「国及びその機関は、宗教教育その他いかなる宗教的活動もしてはならない。」と定められており、
さらに、憲法第89条によれば、「公金その他の公の財産は、宗教上の組織若しくは団体の使用、便益若しくは維持のため、
（中略）これを支出し、又はその利用に供してはならない。」とされており、憲法は、いわゆる政教分離原則を定めている。
この点、政教分離原則についてのリーディングケースである津地鎮祭訴訟最高裁判決（最大判昭和52年7月13日）によれば、
「信教の自由を確実に実現するためには、単に信教の自由を無条件に保障するのみでは足りず、国家といかなる宗教との結びつきをも排除するため、
政教分離規定を設ける必要が大であった」のであり、政教分離規定とは、「国家と宗教との完全な分離を理想とし、
国家の非宗教性ないし宗教的中立性を確保しようとしたもの」とされている。
もっとも、同判決によれば、「政教分離規定の保障の対象となる国家と宗教との分離にもおのずから一定の限界があることを免れず」、
政教分離原則は、「国家が宗教とのかかわり合いをもつことを全く許さないとするものではなく」、「宗教とのかかわり合いをもたらす行為の目的及び効果にかんがみ」、
そのかかわり合いが「相当とされる限度を超えるものと認められる場合」にこれを許さないとするものであると解すべきであるとしている。
そして、憲法20条第3項により禁止される宗教的活動とは、「そのかかわり合いが右にいう相当とされる限度を超えるものに限られるというべきであつて」、
「当該行為の目的が宗教的意義をもち、その効果が宗教に対する援助、助長、促進又は圧迫、干渉等になるような行為をいう」ものとされている。
端的にいえば、宗教を特別扱いしてはならないということである。