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加計学園の獣医学部新設（愛媛県今治市）に関し、前川喜平前文科省事務次官が「行政が官邸によってゆがめられた」と発言した背後には、2015年からの官邸VS文科省の暗闘がある。
第1幕は、新国立競技場新設案件だ。
文科省は、ザハ・ハディド案を採用した新国立競技場の総工費膨張と白紙撤回で、世論の袋叩きに遭い、日本スポーツ振興センター（JSC）ともども首相官邸から“無能”呼ばわりされた。
その結果、再コンペは官邸と国土交通省に主導権を奪われてしまった。
「2015年7月17日の安倍首相によるハディド案の白紙撤回会見から11日後の定例異動の発表で、新国立担当の事務方トップ、久保公人スポーツ・青少年局長（現：尚美学園大学長）の辞職が
発表されました。文科省からは『定年まで1年半もある久保局長の辞職などありえない。下村博文文科相（当時）のスケープゴートにされた』という恨み節が続出したのです」（文科省記者会記者）
スケープゴート説は政府内にもあった。総工費膨張と白紙撤回の責任は、整備計画全体を統括する文科省より事業主体者のJSCにあるのは誰の目にも明らかだったからだ。
「前川前次官は、2015年8月に文部科学審議官として、新国立競技場整備計画経緯検証委員会の事務局長を務めていますから、この問題とは無関係ではありません。
JSCは入口の国立解体工事の入札で官製談合を指摘されるなど、“巨大ハコモノ”の事業推進には荷が重すぎました。ですから、担当理事の更迭は不可避だったのです。
しかし、それを強行すれば、森喜朗元首相の側近である河野一郎JSC理事長（当時）の処分問題にも発展するため、担当理事の責任は問わず、文科省からスケープゴートを出す必要があったのです」（同・記者）
血で血を洗う官邸と文科省の戦いは、こうして幕を開けたのだ。