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京浜東北線・根岸線用の0・900番台は、車両故障が多発するようになった上、搭載されている電機系機器の生産の縮小・終了が相次いだことから、保守が難しくなった走行機器の更新を行わずに2007年12月から2010年にかけてE233系1000番台に置き換える発表がなされた。
900番台・910番台・920番台は0番台より先に運用を離脱して、一旦東大宮操車場に疎開回送され、その後長野総合車両センターに廃車回送された。
また、2007年11月より0番台の疎開回送と廃車回送も開始され、なかには青森車両センターや直江津駅構内などに疎開された編成もある（現在は一部の車両が東京総合車両センター、大宮総合車両センター、秋田総合車両センターで転用改造を受けている）。
0番台で最初に廃車回送されたのは2007年12月14日に長野総合車両センターへ回送されたウラ37編成であった。
一方で南武線用0番台の一部と500・1000・3000・3100番台は電子機器の更新を実施して引き続き運用を続ける予定である。
また、中央・総武緩行線用の500番台は自動放送装置が設置されている。