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エヴァンゲリオン Mark.11
黄色の4つ目を持つ灰色(ロールアウトカラー)の機体
主要装備 ビームランチャー×2
その他：聖剣アストレア×2
試作型RS Hopper
エヴァンゲリオン第13号機のプロトタイプ エヴァMark.06 プロトタイプ2のデータを元に開発された機体
本機は初めてダブルエントリーシステム、ビーム兵器を搭載した機体でもある
聖剣アストレアにいたってはエヴァMark.08が使用していた西洋剣を改良したもの
ビーム刃を纏わすことによって驚異的な切断力を実現することに成功した
パイロットは生き残りの加藤智大と宅間守
エヴァンゲリオン Mark.05 (エヴァMark.06 プロトタイプ2)
元はエヴァMark.06の試作2号機 バイザーの色や塗装カラーは全体的に薄くなっている
主要装備 ハンドガン
その他：プログナイフ
アサルトライフル
スナイパーライフル
グレネードランチャー
後に暴走問題が解消され新たにエヴァンゲリオン Mark.05の称号が与えられる
エヴァンゲリオン Mark.12
酒鬼薔薇が駆る最強のエヴァンゲリオン カラーリングはエヴァMark.06より全体的に濃いネイビー
主要装備 槍(ロンギヌスの槍に変形可能)
その他：RS Hopper
その実態はかつて消滅させられたと思われていた3号機に完成間近であったエヴァンゲリオン第13号機の性能を組み込んだ機体である