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他方で自民党からは、学術会議を問題視する声が強まった。これを受けたのが、1983年の学会推薦制への改組である。
このとき共産党は強く反対したが、中曽根首相は「政府は推薦された会員を拒否しない」と約束して押し切った。
それでも1000以上の学会員の投票では左翼の活動家が選ばれる傾向が強く、
橋本行革のときも学術会議の特殊法人化や民営化がテーマになったが、学術会議が反対し、総務省の下部機関となった。
2005年に学会推薦を会員推薦に改めたときも民営化が議論されたが、学術会議の反対で内閣府の直轄になった。
予算も1990年代から10億円前後とほとんど変わらないが、
2000億円の科研費の配分を左右する政治的影響力が強いため、政府機関としての地位を手放さないのだ。
非営利組織として独立して再出発せよ
活動家に乗っ取られた学術会議は政府の諮問機関として機能しなくなり、政府に答申したのは2007年が最後である。
2017年3月には、軍事的安全保障研究に関する声明で防衛装備庁の委託研究に反対した。
これが安倍政権が人事に介入したきっかけだろう。
2017年10月の改選では、内閣は105人の定員に対して110人の候補を出すよう学術会議に要求し、
18年には「内閣総理大臣に、日学法第17条による推薦のとおりに任命すべき義務があるとまでは言えない」と解釈を変更した。
このように死に体になった学術会議を抜本改革する（最終的には民営化する）ことが菅首相のねらいだと思われるが、
政府見解が1983年と2018年以降で矛盾しているので、学術会議の対抗措置としては行政訴訟が本筋だろう。
しかし裁判所が「内閣府直轄の国家公務員の人事について内閣に裁量権がない」という判決を出すことは、
憲法15条に違反するので考えられない。任命されなかった6人について個別にその理由を開示することもありえない
（そんなことをしたら公務員人事に重大な支障を来す）。