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菅義偉首相は２６日のＮＨＫ番組で、日本学術会議が推薦した新会員候補６人の任命見送りについて、「一部の大学に偏っている。誰かがもう一度組織全体を見直さなければならない時期ではないかと思う」「民間出身者や若手研究者、地方の会員も選任される多様性が大事だ」と語った。
さらに、菅首相は「推薦された人を前例踏襲で任命していいのか、迷った結果の対応だった」と強調。任命には学術会議の推薦をすべて追認するのではなく、「政府として関与して責任を取る必要がある」とも述べた。
学術会議については、特定の政治勢力の影響力が指摘されている。防衛・軍事研究反対を確認した２０１７年の「軍事的安全保障研究に関する声明」への批判も多い。学術会議ＯＢを含む識者から、「民営化」「廃止」論が噴出している。