12/09/11 21:40:19.94
エヴァ2準拠で答えるとこんな感じか
1
使徒はアダムから生まれた単一の生命体。本来地球上で栄えるはずだった。
一つの星に二つの生命体は不要なのでもう一つの生命体（リリスより生まれし人間）を排除する目的でリリスを目指す。
2
ユイの事故以前のゼーレはE計画とアダム計画の2つの計画を進めていた。
セカンドインパクトによりアダムを喪失してしまったゼーレはアダムの復活を試みる。
これがゲルヒン（＝ネルフ）によって進められたE計画（アダムのコピーを作る計画）。
後にアダムそのものを再生する別プロジェクトが立ち上げられる。これがアダム計画。
ユイの事故後はゲンドウによって人類補完計画も提唱される。
3
質問の意味がちょっと分からないけどロンギヌスの槍を使うことと、遺伝子をダイブさせることは別作業。
これはあくまで俺の考えだけど、手順としては
1.南極で発見されたアダムは強力なATフィールドのために思うように調査できなかった。
2.ロンギヌスの槍を使ってATフィールドを中和（アンチAT）した状態で人間の遺伝子をダイブさせて調査しようとした。
3.ところが暴走が起きてしまいロンギヌスの槍で停止しようとするも間に合わずセカンドインパクトが起きてしまった。
遺伝子をダイブさせた理由については
人間の遺伝子をダイブさせた方が調査に都合が良かったから？
なぜ暴走したかはS2機関の人為的暴走と言われてるが調査隊の生存者がいない為に不明。
知恵の実を取り込んで神になったかについてはその後使徒があらわれてるから無いと思う。