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小保方氏は私立の進学校・東邦大付属東邦高校（千葉県）出身。ある同級生は当時の小保方氏の強烈な印象を明かす。
「ひと言で表すと“不思議ちゃん”。友人と話すときも１人でガーッとしゃべって、相手の話は聞かず、会話が自己完結して最後に満足そうに『ウフフ』と笑う。そんなお花畑にいるようなメルヘンな人でした」
男子バレーボール部のマネジャーとなった後、同級生の男子２人を巻き込む騒動を起こしたこともあったという。
「Ａ君にはストーカーのようなことをしてましたね。『私はＡ君の彼女なの。一緒に帰って、こないだは家にも行った。Ａ君の部屋は階段を上がった２階にあって…』と具体的に話すので、Ａ君にみんなが問いただしたんです。
そしたら『一緒に下校したこともないし、家に来たこともない』。妄想、虚言の癖があるとみんなわかったから、仲の良かった女子の友達も離れていった」