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一類感染症、二類感染症、三類感染症は法第六条第二項～第四項により、四類感染症は法第六条第五項および本法施行令により、五類感染症は法第六条第六項および本法施行規則により定められている。
[編集] 一類感染症
エボラ出血熱、クリミア・コンゴ出血熱、痘瘡(天然痘)、南米出血熱、ペスト、マールブルグ熱、ラッサ熱
以上7疾患
[編集] 二類感染症
急性灰白髄炎、結核、ジフテリア、重症急性呼吸器症候群（病原体がコロナウイルス属SARSコロナウイルスであるものに限る。）
以上4疾患
[編集] 二類感染症に相当する規定を準用するものとして指定されている指定感染症
インフルエンザ（H5N1型に限る）（2006年6月12日~2008年6月11日）
[編集] 三類感染症
コレラ、細菌性赤痢、腸管出血性大腸菌感染症 （O157等)、腸チフス、パラチフス
以上5疾患
[編集] 四類感染症
E型肝炎、A型肝炎、黄熱、Q熱、狂犬病、炭疽、鳥インフルエンザ（H5N1型については二類感染症の規定を準用する指定感染症の指定がある）、ボツリヌス症、マラリア、野兎病
（以上法第六条第五項 10疾患）
ウエストナイル熱、エキノコックス症、オウム病、オムスク出血熱、回帰熱、キャサヌル森林病、コクシジオイデス症、サル痘、腎症候性出血熱、西部ウマ脳炎、ダニ媒介脳炎、つつが虫病、デング熱、東部ウマ脳炎、ニパウイルス感染症、日本紅斑熱、
日本脳炎、ハンタウイルス肺症候群、Bウイルス病、鼻疽、ブルセラ症、ベネズエラウマ脳炎、ヘンドラウイルス感染症、発しんチフス、ライム病、リッサウイルス感染症、リフトバレー熱、類鼻疽、レジオネラ症、レプトスピラ症、ロッキー山紅斑熱
（以上施行令 31疾患）
合計 41疾患
[編集] 五類感染症
全数把握
ウイルス性肝炎（E型及びA型肝炎を除く）、クリプトスポリジウム症、後天性免疫不全症候群、梅毒、アメーバ赤痢、急性脳炎（ウエストナイル脳炎及び日本脳炎を除く）、クロイツフェルト・ヤコブ病、劇症型溶血性レンサ球菌感染症、ジアルジア症、髄膜炎菌性髄膜炎、
先天性風疹症候群、破傷風、バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌感染症、バンコマイシン耐性腸球菌(VRE)感染症、麻疹（2008年1月1日から）
（以上14疾患）
小児科定点把握
RSウイルス感染症、咽頭結膜熱、A群溶血性レンサ球菌咽頭炎、感染性胃腸炎、水痘、手足口病、伝染性紅斑、突発性発疹、百日咳、風疹、ヘルパンギーナ、流行性耳下腺炎
（以上13疾患）
インフルエンザ定点把握（小児科・内科）
インフルエンザ（鳥インフルエンザを除く）
（以上1疾患）
眼科定点把握
急性出血性結膜炎、流行性角結膜炎
（以上2疾患）
STD定点把握（産婦人科・皮膚科・泌尿器科・性病科）
性器クラミジア感染症、性器ヘルペスウイルス感染症、尖圭コンジローマ、淋菌感染症
（以上4疾患）
基幹定点把握（内科・外科を持つ300床以上の病院）
クラミジア肺炎（オウム病を除く）、細菌性髄膜炎（髄膜炎菌性髄膜炎を除く）、ペニシリン耐性肺炎球菌感染症、マイコプラズマ肺炎、成人麻疹、無菌性髄膜炎、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌感染症、薬剤耐性緑膿菌感染症
（以上8疾患）
合計 27疾患