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この「現代日本列島には旧石器時代から日本列島に住む縄文人の系統と弥生系渡来人の系統が共存する」という、
二重構造説は、眉唾物ものと言わざるをえない。
というのも、母集団のサンプル調査が適正に行われていないからである。
（この発表は、左翼史観に基づいた学術的プロパガンダの一つなのだろうと思わざるをえない。
なぜなら、このような統計学上の初歩的な誤りを理系の人間が犯すはずがないからだ。
真偽のほどは分らないが、斎藤成也教授には在日朝鮮人寄りのサンプル調査をするとの風評がある。）
ゲノムの抽出は現代人からのものであるが、「縄文人（倭人）の系統と弥生系渡来人（シナ・朝鮮人）の系統が共存する」とまで言及するのであれば、
その抽出標本は縄文時代と弥生時代の人骨からでなければ、二重構造説や人種置換説の根拠とはなりえない。
そもそも、日本人の遺伝子の多様性は、弥生時代以前の旧石器時代における南北モンゴロイド移住に始まっている。
つまりゲノムの解析からは、斎藤成也教授の言うように「現代日本列島人は、縄文人の系統と、
弥生系渡来人の系統の混血であることを支持する結果を得た」と、人種の混血時期を弥生時代と特定したり、
縄文・弥生時代の人々が異なる人種であると認定することまでは出来ないのだ。
結論をいえば、国際結婚などによる混血化が進んでいる現代人のゲノムからのサンプル調査では、
現在日本列島に住んでいる人々と大陸系の人々の遺伝子の繋がりはある程度分るが、
「縄文人の系統と弥生系渡来人の系統が共存する」とまで、判断することはできない。
仮に、二重構造説や人種置換説が正しいのであれば、弥生人の生活様式（日用品）が、
そのルーツであるはずの朝鮮半島や中国大陸の遺跡から見つからなければならない。
しかし実際には、弥生文化は日本以外に見られず、
かつ周や春秋時代などの大陸系渡来人の生活用品や物資は、日本列島から出土していない。
この考古学的事実こそが、二重構造説を否定するものに他ならない。