【元気朝礼】NEC 日本電気の裏事情 79【最終年度】at COMPANY【元気朝礼】NEC 日本電気の裏事情 79【最終年度】 - 暇つぶし2ch■コピペモード□スレを通常表示□オプションモード□このｽﾚｯﾄﾞのURL■項目テキスト409:theEndo 12/05/17 08:38:34.08 TGGWHPFqi ITが花形でなくブラックなのは問題なんだけど、そういう議論は出ないのね 410:名無しさん 12/05/17 08:45:51.14 VATf/86+0 本研究開発は、国立医薬品食品衛生研究所の中野達也室長、神戸大学大学院システム情報科学 の田中成典教授らと共同で、また、日本電気株式会社と連携して行われました。 ■技術的内容 テトラマーまでの計算では、組合せ的にダイマー/トリマーよりも遥かに多くの数となりますし、 主鎖と側鎖の分離によってタンパク質側のフラグメント数は倍化されます。 近接モノマーから成る場合のみ計算すればよいのですが、テトラマーではサイズが大きくなる こともあり、高速実行のためにはプログラムとしても様々な工夫が必要になります。 並列化率が高いことはもちろんですが、中間作業ファイルを一切使わないこと、演算効率の 高い行列ライブラリを使用する最深部の処理などがポイントです。 ベクトル型スーパーコンピュータである地球シミュレータ向けのチューニングとしては ベクトル化も併せて行っています。 これにより、地球シミュレータ上でのエイズウイルスのHIV-1プロテアーゼとロピナビルの 複合体のFMO4-MP2の計算ジョブは僅か1.4時間で終了し、FMO2-MP2に比して約10倍の 相対コストで済んでいます。 現在、スカラ型の京速コンピュータである「京」への対応作業も進めており、 超大規模並列処理によるFMO4計算の加速を期待しています。 リガンドの分割とタンパク質のアミノ酸残基の主鎖・側鎖分割を伴うFMO4-MP2計算からは 膨大な数値データが得られますが、利用者がそれらを追っていくことは困難です。 そのため、可視化インターフェースであるBioStation Viewerも拡張し、IFIEを通じた 相互作用解析を直感的に行えるようにしています（応用事例を参照）。 一方、スーパーコンピュータではなく数十コア程度の小規模クラスター計算機の使用を 前提に、タンパク質側をリガンド周辺のファーマコフォア(注6)に領域限定した簡易解析 を行いたいという要望もあります。 それに応えるコレスキー分解法(注7)も併せて提供しており、50残基程度のモデル系では 精度を保持したまま1日以内で計算処理を行うことが可能です。 次ページ最新レス表示レスジャンプ類似スレ一覧スレッドの検索話題のニュースおまかせリストオプションしおりを挟むスレッドに書込スレッドの一覧暇つぶし2ch