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数週間のうちに、COVID-19とそれを引き起こすウイルスであるSARS-CoV-2について多くのことを学びました。しかし、多くの噂もありました。また、このウイルスに関する科学論文の数は増えていますが、その起源についてはまだ多くのグレーな領域があります。
どの動物種で発生しましたか？コウモリ、センザンコウ、または他の野生種？それはどこから来たのですか？中国湖北省の洞窟や森から、または他の場所から？
2019年12月、入院した最初の41人のうち27人（66％）が湖北省武漢市の中心部にある市場を通過しました。しかし、武漢病院で行われた調査によると、最初に確認された人の症例はこの市場に頻繁には現れませんでした。代わりに、SARS-CoV-2ゲノムシーケンスに基づく分子年代推定は、11月の起源を示しています。これにより、このCOVID-19の流行と野生生物との関連について疑問が生じます。
ゲノムデータ
SARS-CoVの-2ゲノムは急速に中国の研究者によって配列決定しました。それは、ウイルスエンベロープの表面に位置するタンパク質をコードするS遺伝子を含む15個の遺伝子を含む約30,000塩基のRNA分子です（比較のために、私たちのゲノムは約30億塩基のDNAの二重らせんの形をとっていますサイズが約30,000の遺伝子を含む）。
比較ゲノム解析により、SARS-CoV-2はベータコロナウイルスのグループに属し、SARS-CoVに非常に近く、2002年11月に中国広東省で発生し、その後に広がった急性肺炎の流行の原因であることが示されました2003年に29か国。774人の死亡を含む合計8,098人の症例が記録された。Rhinolophus属のコウモリ（潜在的にいくつかの洞窟種）がこのウイルスの貯蔵庫であり、小さな肉食動物であるヤシジャコウネコ（Paguma larvata）がコウモリと最初のヒトの症例の間の中間宿主として働いた可能性があることが知られています。
それ以来、多くのベータコロナウイルスが、主にコウモリだけでなくヒトでも発見されました。これらの結果は、コウモリ、および特にリノロフス属の種がSARS-CoVおよびSARS-CoV-2ウイルスの貯蔵所を構成することを示しています。
再結合メカニズム
2020年2月7日、SARS-CoV-2にさらに近いウイルスがセンザンコウで発見されたことを知りました。ゲノムの一致率の99％が報告されており、これはコウモリよりも可能性が高い貯水池を示唆しています。しかし、レビュー中の最近の研究では、マレーシアのセンザンコウ（Manis javanica）から分離されたコロナウイルスのゲノムは、SARS-Cov-2との類似性が低く、ゲノムの一致率は90％に過ぎないことが示されています。これは、パンゴリンで分離されたウイルスが、現在猛威を振っているCOVID-19の流行の原因ではないことを示しています。
ただし、パンゴリンから単離されたコロナウイルスは、Sタンパク質の特定の領域で99％に類似しており、これは、ウイルスの侵入を可能にするACE（Angiotensin Converting Enzyme 2）受容体結合ドメインに関与する74アミノ酸に対応しますそれらに感染するヒト細胞。対照的に、コウモリR. affinisから分離されたRaTG13ウイルスは、この特定の領域で大きく異なっています（類似性の77％のみ）。これは、パンゴリンから分離されたコロナウイルスはヒト細胞に侵入できるのに対し、コウモリR.アフィニスから分離されたコロナウイルスは侵入できないことを意味します。
さらに、これらのゲノム比較は、SARS-Cov-2ウイルスが、RaTG13に近いウイルスとパンゴリンウイルスに近いウイルスの2つの異なるウイルス間の組換えの結果であることを示唆しています。言い換えれば、それは2つの既存のウイルス間のキメラです。
この組換えメカニズムは、特にSARS-CoVの起源を説明するために、コロナウイルスですでに説明されていました。組換えの結果、新しいウイルスが新しい宿主種に感染する可能性があることを知ることが重要です。組換えが起こるには、2つの異なるウイルスが同じ生物に同時に感染している必要があります。
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コロナウイルスの起源：ゲノム解析により、2つのウイルスを結合させたキメラウイルスの可能性を示唆
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