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4. 第2回日朝首脳会談（2004年5月）
第2回日朝首脳会談
2004年5月22日、小泉総理が再度訪朝し、金正日国防委員長との間で、拉致問題を始めとする日朝間の問題や、核、ミサイルといった安全保障上の問題等につき議論が行われた。
拉致問題に関しては、この会談を通じ、以下の諸点が両首脳間で申し合わされた。
北朝鮮側は、地村さんの御家族と蓮池さんの御家族の計5名が、同日、日本に帰国することに同意する。
安否不明の拉致被害者の方々について、北朝鮮側が、直ちに真相究明のための調査を白紙の状態から再開する。
この申し合わせに基づき、地村さんの御家族と蓮池さんの御家族の計5名は、小泉総理と共に帰国した。また、曽我ひとみさんの御家族3名については、その後7月18日に帰国・来日が実現した。
5. 日朝実務者協議（2004年8月及び9月：北京、同年11月：平壌）
（イ）2004年8月（第1回）及び9月（第2回）にかけて日朝実務者協議が開催され、北朝鮮側から、安否不明者に関する再調査の途中経過について説明が行われたが、情報の裏付けとなる具体的な証拠や資料は提供されなかった。
（ロ）2004年11月の第3回協議は50時間余りに及び、北朝鮮側の「調査委員会」との質疑応答の他、合計16名の「証人」からの直接の聴取、拉致に関係する施設等に対する現地視察、横田めぐみさんの「遺骨」とされるもの等の物的証拠の収集が行われた。
なお、同協議では、日本政府として拉致被害者とは認定していないが北朝鮮に拉致された疑いが排除されない失踪者（特定失踪者等）の問題について、北朝鮮側に対し5名の氏名を示して関連情報の提供を求めたが、北朝鮮側からは、当該5名について入境は確認できなかったとの回答があった。
（日本政府は、その後の協議等の場においても、北朝鮮による拉致の可能性を排除できない事案に係る関連情報の提供を繰り返し要求してきている。）
（ハ）日本政府は、第3回協議において北朝鮮側から提示のあった情報及び物的証拠に対する精査を直ちに実施したが、「8名は死亡、2名は入境確認せず」との北朝鮮側の説明を裏付けるものはなかった。
また、これまでに提供された情報及び物的証拠には多くの疑問点があり、横田めぐみさんの「遺骨」とされた骨の一部からは、めぐみさんのものとは異なるDNAが検出されたとの鑑定結果を得た。
日本政府は、これらの点を北朝鮮側に申し入れ、強く抗議した。