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●2000/6000番台について●
一次車……0.75M、8連のMcと4連のMc・Mのモーターは3軸のみ装備（1998～1999年度、236両、Mc3001～Mc3041）
二次車……グリーンガラス、バリアフリー深度化、廃障器大型化（2004年度車のみ、Mc2056～）（2003～2004年度、244両、Mc2042～Mc2086）
三次車……速度計321タイプ、空気配管ホースカチット化(2005年度、8両、Mc2087～Mc2088)
四次車……火災対策強化（床材・照明フードなど）、スイッチ類形状変更（ワイパーなど）（2006年度、32両、Mc2089～Mc2094）
五次車……2シート工法の縮小による下降窓への再変更（2006～2007年度、68両、Mc2095～Mc2110）【一部は宮原２基Pan車】
六次車……主電動機のマイナーチェンジ（WMT102C・定格230kW←従来車は220kW）並びに軸受や継手等を豪雪地帯向けと同一とした耐寒耐雪性能の強化（2007～2008年度、52両、Mc2111～Mc2123）【宮原２基Pan車】
七次車……世相を反映した運転記録装置の搭載や骨格構造の強化など（2008年度、８両、Mc2124～Mc2125）
※現在W38編成（8両編成）の下り方の先頭車のみHIDライトが装着されています
●2500番台について●
一次車……2000台一次車に準拠（ただしM車系は全軸M）（1999年度、McT'cのみ計4両、Mc2501～Mc2502）
二次車……2000台四次車に準拠（2006年度、3連5連各一本計8両、Mc2503～Mc2504）
三次車……2000台六次車に準拠（2007年度、4連5本及び組換用変則4連10本計60両、Mc2505以降）
●5000番台/5000系について●
外観こそ2000台五次車であるが、2000台二次車と同世代であり、これに準拠（2003年度、McT'cのみ14両）
●5500番台について●
2000台七次車に準拠し、外見は5000番台に準拠、腰掛類配置は521系に準拠（但馬地区近代化並び山陰線京都口輸送改善用、32両）
※2000番台五次車と2000番台六次車については、発注～製造のタイムラグの関係からか並行製造された模様。