13/06/24 18:22:28.90 /DGrK8Z/0.net
567です。
568さんのご指摘のように、環境変数をみなおしたり、MacTex2013にアップグレードしたりしているうちに、
最終的に569さんのご指摘にあったように/usr/local/bin/にあったdvipdfmxのエイリアスを削除すると動き始めました！
もうひとつ根本的な理解が不十分ですが、環境変数が相対パスになっているので,
エイリアスから起動するとうまくいかなかったのでしょうか。
こういう
GPL Ghostscript 9.07: PDFDocEncoding 0 cannot be represented in Unicode
ちょっとよくわからないメッセージを吐かれますが、とりあえずPDFはうまくできているようです。
みなさんありがとうございました。