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ハプログループDは、東アジアに住むためにアラビアから南アジアの沿海岸を通って東南アジアから北方への経路を進んだ南ルート、
イラン付近からアルタイ山脈付近を経由して東アジアに拡散した北ルート[1]の双方が考えられるが、地球上でハプログループDが人口比に対して高頻度で見つかるのは
日本・チベット・ヤオ族・アンダマン諸島・フィリピン・グアム島などである。これらのハプログループは、同じハプログループDに属していても、サブグループが異なるため、
分岐してから3.5～4万年の年月が経ていることを示している[2] 。*は同じ変異を持つ人が見つかっていないという意味であり、
まとまりを意味するものではない。またハプログループDは、中国、朝鮮、東南アジアにおいて一般的なハプログループOに至る系統とは、
分岐から5万年以上の隔たりがある。D系統は東アジアにおける最古層のタイプと想定できるが[2]、一つの説として東アジア及び
東南アジアにO系統が広く流入した為、島国日本や山岳チベットにのみD系統が残ったと考えられている。