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明治後期に英語教師の佐伯好郎や牧師の川守田英二らが同調し、1930年代には対日禁輸政策を取る米国への対応策及びの一環として立案された河豚計画(ユダヤ人難民の満州入植計画)などに利用されたほか、日本ホーリネス教会の中田重治も超国家主義な観点からこれを唱えホーリネス分裂事件を起こした。
第二次大戦後に新宗教団体の「キリストの幕屋」（1948年設立）が説を支持してイスラエルに接近し、1970年代には英文冊子を作成して同国大統領に進呈するなどして同説を広め、これを基に在米ユダヤ人ラビのマーヴィン・トケイヤーが大々的に宣伝した。宗教学者の大田俊寛は、同祖論普及の背景には、聖書に出てこない日本が神の救済対象に含まれているのかという不安があったと論じている。
この他、反ユダヤ主義から親ユダヤに転向した酒井勝軍は、逆説的に、日本民族がユダヤ人含む全人類の起源であると主張した。近年では、イスラエル・アリエル大学のアビグドール・シャハン博士や、ユダヤ人研究家のジョセフ・アイデルバーグなども、古代イスラエルと日本の文化伝統の類似、ヘブル語（ヘブライ語）と日本語の類似などを説いている。DNAは類似していないにも関わらずユダヤ同祖論を強弁する、日ユ同祖論者はトンデモ論者とされている。
学術的には偽史運動のひとつとされている。ユダヤだけでなく日本人シュメール起源説などこの手の起源説はオカルト等では人気のジャンルである。20世紀の終わりには、日ユ同祖論に関する多くの本が販売され、世界のユダヤ人支配を主張した数多の理論と説明が出回った。これらの本は「トンデモ本」と呼ばれ、オカルトとタブロイドのような推測の要素を含んでいた。