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超音速試験機ダークスターのパイロットのマーベリック、無人機プロジェクトを推進したい少将が基地に来る前に頭上を超音速で駆け抜けマッハ10を出すが、機体が壊れ脱出。
責任を取る形&偉くなったアイスマン大将の推薦でTOP GUNに戻る。
TOP GUNに戻ったが、今回は敵の核製造プラントをホーネットで攻撃するためにTOP GUN卒業生が集められ、その教官として訓練生を空中戦ボコボコに叩きのめす。
その訓練生の中にグースの息子がいる。
訓練生のなかから実戦に数人出さなければならない。
グースの息子は親父を失う事になったマーベリックを良く思っていない。しかも過去に息子の海軍兵学校志願書をマーベリックが捨てていた過去があった。
グースの息子とマーベリックは対立を繰り返し、戦闘訓練で危険行為をお互いにしてしまう。
助けを求めにマーベリックはアイスマンに会いにいく。
アイスマン大将は重病に犯されており、数週間後に死んでしまう。
アイスマンという大きな後ろ楯を失ったマーベリックはTOP GUN隊長から危険飛行の責任を取らされ飛行停止となるが、TOP GUN隊長の指導方針と技量に対して次第に訓練生は疑問を呈していく。
そんな中、またも勝手にホーネットに乗り込み一人で模擬ミッションを成功させてしまうマーベリック。隊長から実戦にはマーベリックが編隊長になれとの命令。
出撃の日、マーベリックが選んだ実戦パイロットの中にはグースの息子が
出撃し、トマホークミサイルにより飛行場を爆撃、マーベリックたちの活躍により核プラントの爆撃は成功するが、敵戦闘機su-57に味方をかばったマーベリックが撃墜されてしまう。脱出したマーベリックを襲う敵ヘリコプター(mi-24)、もう終わりだと思った瞬間、グースの息子がヘリを撃墜。その後にグースの息子が撃墜される。
二人は敵基地に潜入し、敵のF-14を奪い取る。空母までもどる途中またもやSU-57と空中戦。ここでF-18の訓練生問題児が登場。敵を撃墜
ボロボロになったトムキャットで空母にヒットバリア
エンディング