14/04/19 10:11:30.36
372 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/04/17(木) 10:54:18.65
>>287
昨日の笹井氏の会見は全くまともな反論になっていない。ただのこけおどし。
ライブイメージングがどうとか → 死んだ細胞がマクロファージに食われただけ
ｽﾚﾘﾝｸ(life板:12-14番)
13 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/04/16(水) 09:46:44.99
...
明らかにマクロファージの食作用であって、これを見て「STAP現象だ！」なんて思うのは、
初歩的な免疫学の知識がないか、嘘つきかのどっちか
STAP細胞とES細胞の大きさがどうとか → どうとでもなる
ｽﾚﾘﾝｸ(life板:466番)
466 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/04/17(木) 01:30:43.12
...
笹井「全てのSTAP細胞は全てのES細胞より小さいので、細胞の大きさを見ていればES細胞と混同することはあり得ない」
反例
URLﾘﾝｸ(www.nature.com)
6μmのES細胞、8μmのSTAP細胞をFACSで抽出すれば、細胞サイズの大小関係は反転する
ES細胞とかTS細胞を混ぜても云々 → 混ぜないでそのまますり替えればいい
ｽﾚﾘﾝｸ(life板:7-10番)
...
つまり、その時々にストーリーにあう細胞を使っていたことになる。
実験ごとにマウスがてんでバラバラなのは、そのためである
URLﾘﾝｸ(slashdot.jp)
...
作成日時によってその時々の「STAP細胞」があるかのようです．
そうであれば他の幹細胞と一致しないのは当然だと思います．「STAP細胞」と同じ名で呼んでいながら
その性質は日々変わることになりますから．
13:名無しゲノムのクローンさん
14/04/19 10:12:07.95
[笹井氏の会見に対する反応: 狭まる笹井包囲網]
2ch 生物板での反応:
ｽﾚﾘﾝｸ(life板:28番)
「昨日の笹井氏の会見は全くまともな反論になっていない。ただのこけおどし。 」
岸輝雄・ 東京大名誉教授・理研「研究不正再発防止のための改革委員会」委員長の反応:
URLﾘﾝｸ(www.nikkei.com)
笹井芳樹氏の責任について「（理研の小保方晴子氏と）同等の責任を持つべきだ」
と批判した。改革委は理研に対し、共著者の責任を明確にするよう求めていく方針。
…
実験ノートを見ていないと発言したことに関し「一緒に出したことが大事で、ある
部分は知ってるが、ある部分は知らないということは普通はあり得ないだろうと思
う」と苦言を呈した。
大隅典子・東北大学教授・日本分子生物学会理事長のコメント:
URLﾘﾝｸ(nosumi.exblog.jp)
「以上のような可能性を総合的に判断すると、
「STAP細胞が無くても十分説明できる現象である」と考えられます。」
吉村昭彦・慶応義塾大学教授のコメント:
URLﾘﾝｸ(new.immunoreg.jp)
「現在のところキメラや幹細胞でTCR再構成もBCR再構成も見つかっていないので
STAP現象があるという積極的な根拠はなく、むしろ『ない』と考えたほう常識的である。」
著者らの公表したゲノムデータを解析し、疑義を指摘した kaho 氏のコメント:
URLﾘﾝｸ(slashdot.jp)
「作成日時によってその時々の「STAP細胞」があるかのようです．
そうであれば他の幹細胞と一致しないのは当然だと思います．
「STAP細胞」と同じ名で呼んでいながらその性質は日々変わることになりますから．」
14:名無しゲノムのクローンさん
14/04/19 10:12:46.48
慶応義塾大学・吉村昭彦教授がブログで同意見と明言した記事:
URLﾘﾝｸ(blog.goo.ne.jp)
...
さらにこの細胞からできた幹細胞が胎盤を形成したからES細胞ではない、
という主張は間違いです。ES細胞はたとえブラストシストに注入しても
胎盤形成に寄与します。したがって、全能性試験の際にES細胞が混入さ
れた可能性は否定できません。さらに、論文の最も重要な主張であった
T細胞レセプターゲノム遺伝子の組換え現象に関してはまったく言及が
ありませんでした。この点こそ、もっとも疑惑がもたれている点なので
す。ここに関する説明がない限り、どのような会見があっても無意味で
す。
15:名無しゲノムのクローンさん
14/04/19 10:13:29.11
大隅典子・東北大学教授・日本分子生物学会理事長に寄せられたメールの一部:
URLﾘﾝｸ(nosumi.exblog.jp)
「ESキメラとSTAPキメラは作製法が異なっていたことがそのまま答えになる」と思うに至りました。
つまり
（１）ES細胞をsingle cellにばらしてblastcystにinjectionすると胎児のみに寄与する
（注：胎盤中央部は胎児由来なのでGFP陽性になります。ここで「胎児のみに寄与する」とは
「胎盤全体がGFP陽性にはなるわけではない」という意味です）、
（２）ES細胞塊を小塊に切り分けてblastcystにinjectionすると胎児と胎盤の両方に寄与する、
ということではないかと考えてみました。残念ながら（２）に相当する実験を行った文献は見つかり
ませんでしたが、「8-cell embryoとES細胞塊とを融合させる」という形でのキメラマウス作製
を行っている文献が見つかりました（添付）。これは、ES細胞を「細胞塊として取り扱う」（single
cellにしない）という意味においては（２）に限りなく近い状況を再現していると考えられると思
います。驚くことに、Fig. 2J, 2KではTrophectodermにES細胞が取り込まれています。これ
は「invivoで作製されたiPS細胞はtotipotentである」というHannaらの論文（Nature 502
340-345, 2013）のFig. 4f によく似ています。なお添付文献のtext中には「積極的にtrophectoderm
に寄与したのではないかもしれない」という遠慮深い表現もありますが、Fig. 5Hでは胎盤（しか
も胎盤外縁部まで）が明らかにGFP陽性となっており、textにもそのように記載されています（黄
色でハイライトしました。なおここでFig. 5Gと書かれているのはFig. 5Hの誤りと思われます）。
つまり、ES細胞を「塊のまま」使ってキメラマウスを作製すれば胎児と胎盤の両方にコミットする、
と考えられるのではないかと思いました。そして、笹井氏の「胎児と胎盤に寄与できる既知の多能性
細胞はない」という主張は誤りであると思いました。即ち「STAP細胞の存在を仮定しなければ説明
ができない現象がある」のではなく、kahoさんの解析を基づいて考察すれば「ES細胞であったとし
なければ説明ができない現象がある」と言うべきと思われます。
16:名無しゲノムのクローンさん
14/04/19 10:14:11.84
大隅ブログURLﾘﾝｸ(nosumi.exblog.jp) コメント欄より
Commented by LiveCell at 2014-04-18 08:41
ライブセルイメージングの開発を行っている者です。
話題になっているので、イメージを見てみました。
セティングはx１０オブジェクティブ、DICイメージの質が悪いのでおそらくプラスティックボトルかディッシュ、自動焦点機能を使用、といったところでしょう。
興味深いのは蛍光非発現の細胞が減っていること。
細胞死によるのであれば、死んだ細胞のカスが残りますが（DICでは白く光って見える）、きれいに無くなっているので何かによって処理されていると考えられます。
この系ではおそらくマクロフェージの類だと思います。
では、マクロフェージであればイメージ中に見えているはずですが、最初の方のイメージ中にはありません。
これは自動焦点機能によるマジックでしょう。
たぶん、輪郭抽出による自動焦点機能が使われていると思いますが、この場合、焦点はディシュ表面ではなく、丈のある物体（イメージでは球形の細胞）の方に当たります。
マクロフェージのようなディシュ表面にべたっと付くタイプの細胞はこの条件では見にくいはずです。
後半に行くに従い、激しく動く細胞が見えだしますが、これは球形の細胞が減ったため、自動焦点がディシュ表面に移動し、見え始めたと思われます。
もし、この激しく動く細胞がSTAP細胞であれば、蛍光発現細胞に由来するはずですが、このイメージング条件ではディシュ表面に居る細胞が分からないので何とも言えません。
が、マクロフェージに補食されたと考えた方が合理的なように思います。
焦点をディシュ表面に固定化するかz－スタックを取ってイメージングすれば答えは簡単にでます。
おそらく、蛍光発現細胞がマクロフェージに補食されたイメージが取れると思います。
また、理研のURLﾘﾝｸ(www.youtube.com)を見てみましたが、細胞がクシュとなるきれいな細胞死の一つのパターンのように見えます。
個人的にはこのような細胞（おそらく死細胞）からマウスが発生するとは思えません。
ですので、未だ隠されたトリックがあるはずです。。
17:名無しゲノムのクローンさん
14/04/19 10:14:51.07
現時点ではマスコミの追求が及んでいない部分
(１)小保方研究室の研究費の使途
(２)調査委員会押収のノート２冊と残りのノートの公開(内容と使用済み分量とノート規格)
(３)小保方研究室に残っていたサンプルの詳細(一部追求済み)
(４)小保方の私物ＰＣに残っている記録
(５)小保方の採用プロセスとＰＩ昇格時の審査プロセスと昇格理由
(６)小保方の杜撰なデータ管理を野放しにした理研のチェック体制
(７)ポートピアホテルの宿泊費用を本当にハーバードが負担していたのか(ハーバードに要確認)
(８)Ｎ論文と行使価額修正条項付新株予約権大量行使における利益相反関係の有無
(９)特許出願に係る理研内審査の記録
(10)研究に関わったテクニカルスタッフを含む全員の氏名
(11)３月５日に理研が成功を発表したＳＴＡＰ細胞の再現実験のデータと報告プロセス
(12)生データを公開しない理由
(13)顕微鏡のハードディスクに残されている画像データの詳細
(14)調査委員会が小保方に対して私物ＰＣの提出を求めたにも関わらず小保方が断った事実
(15)J. Guo他(2005)論文不当転載部分の実験ノートの内容
(16)2014年2月20日ヒアリングの数日前に取り直したはずの画像データが2012年4月特許出願書類に掲載されている事実
(17)部外者が小保方研究室に侵入してＥＳ細胞を混入させることが可能か否か
(18)丹羽氏の確認した「ＳＴＡＰ細胞ができていく過程」で細胞をすり替えることができる等の隙はなかったか
(19)なぜ小保方は再現実験に成功した独立した研究者氏名を公表しないのか
(20)理研が国家予算で高級家具を購入する必要性
(21)特許明細書が小保方論文骨子のコピペである理由
(22)STAP細胞の作製を200回以上行ったにも関わらず実験ノートが4～5冊に止まる理由
(23)なぜ理研は次世代シークエンサーでサンプルを分析しないのか(あるいは既に分析したのではないか)
(24)少なくとも200回に渡って同様の実験に公金を使用し続けた合理的な理由とその正当性
(25)「夜寝る前に明日失敗したらもうこの実験を止めてやろう今日一日だけは頑張ろうと思ってる間に５年経った」のはずが200回も成功していた
(26)ハーバード大研究員兼理研客員研究員時代、理化学研究所に来訪し実験したのは１年未満なのか(理研に要確認)