STAP細胞の懐疑点 PART296at LIFE
STAP細胞の懐疑点 PART296 - 暇つぶし2ch2:名無しゲノムのクローンさん
14/04/16 09:37:45.76
□主要文献
小保方Nature論文(オープンアクセス)
URLリンク(www.nature.com)
URLリンク(www.nature.com)

Nature News記事:Acid-bath stem-cell study under investigation
URLリンク(www.nature.com)

上記Nature News翻訳版: 理化学研究所、STAP細胞論文の調査に着手
URLリンク(www.natureasia.com)

体細胞の分化状態の記憶を消去し初期化する原理を発見-細胞外刺激による細胞ストレスが高効率に万能細胞を誘導-
URLリンク(www.riken.jp)

理化学研究所:60秒でわかるプレスリリース
URLリンク(www.riken.jp)

研究論文(STAP細胞)に関する情報等について
URLリンク(www.riken.jp)

Essential technical tips for STAP cell conversion culture from somatic cells
URLリンク(www.nature.com)

Refined protocol for generating STAP cells from mature somatic cells.
URLリンク(research.bwhanesthesia.org)

京都大学iPS細胞研究所: iPS細胞とSTAP幹細胞に関する考察
URLリンク(www.cira.kyoto-u.ac.jp)

3:名無しゲノムのクローンさん
14/04/16 09:38:12.30
□参考リンク
11jigen氏まとめ URLリンク(stapcells.blogspot.jp)<)
kahoの日記: STAP細胞の非実在について#1-5 URLリンク(slashdot.jp)

◯小保方論文コピペ疑惑画像詰め合わせ◯
スレリンク(future板:13番)

最後にもう一度TCR、慶應大学吉村研究室
URLリンク(new.immunoreg.jp)
URLリンク(new.immunoreg.jp)
分子生物学会理事長声明 、『STAP細胞論文等への対応について』『再要望』
URLリンク(www.mbsj.jp)
URLリンク(www.mbsj.jp)

日本学術会議会長談話 STAP細胞をめぐる調査・検証の在り方について
URLリンク(www.scj.go.jp)
理研・野依理事長が研究・出版倫理と不正行為についてAdv. Synth. Catal.誌に寄稿
URLリンク(www.wiley.co.jp)

STAP 細胞に関する難波紘二先生の辛辣なコメント(目次)
URLリンク(blog.fujioizumi.verse.jp)
小保方他(2014a)の日本語解説(by md345797氏)
URLリンク(syodokukai.exblog.jp)
小保方他(2014b)の日本語解説(by md345797氏)
URLリンク(syodokukai.exblog.jp)
□兄弟スレ
STAP細胞(未来技術板:ID表示) スレリンク(future板)
STAP細胞の懐疑点 出張所 スレリンク(future板)
STAP細胞の懐疑点に関する質問点 PART2 スレリンク(life板)
□謎の予言:ムーミン谷のオホホポエム (時系列・暫定版・3.13修正版)
URLリンク(www.poverty.jeez.jp)

4:名無しゲノムのクローンさん
14/04/16 09:38:35.93
理研
研究論文(STAP細胞)に関する情報等について
URLリンク(www.riken.jp)

研究論文の疑義に関する調査報告書(全文) URLリンク(www3.riken.jp)
研究論文の疑義に関する調査報告書(スライド) URLリンク(www3.riken.jp)

野依理事長コメント URLリンク(www3.riken.jp)
竹市センター長コメント URLリンク(www3.riken.jp)
研究不正再発防止について URLリンク(www3.riken.jp)
STAP現象の検証の実施について URLリンク(www3.riken.jp)

小保方氏コメント URLリンク(www3.riken.jp)
若山氏コメント URLリンク(www3.riken.jp)
笹井氏コメント URLリンク(www3.riken.jp)
丹羽氏コメント URLリンク(www3.riken.jp)

ーー
4/1 理化学研究所記者会見~STAP論文調査・最終報告~前編
URLリンク(www.youtube.com)
4/1 理化学研究所記者会見~STAP論文調査・最終報告~後編
URLリンク(www.youtube.com)

STAP現象の検証の実施について URLリンク(www3.riken.jp)
STAP現象の検証の実施について(スライド)URLリンク(www3.riken.jp)

5:名無しゲノムのクローンさん
14/04/16 09:39:02.07
2014/3/14 (全録)「STAP細胞」論文 理研の調査委員会が中間報告
URLリンク(www.youtube.com) (1/7)
URLリンク(www.youtube.com) (2/7)
URLリンク(www.youtube.com) (3/7)
URLリンク(www.youtube.com) (4/7)
URLリンク(www.youtube.com) (5/7)
URLリンク(www.youtube.com) (6/7)
URLリンク(www.youtube.com) (7/7)

2014/4/1 (全録)「STAP細胞」論文 理研の調査委員会が最終報告
URLリンク(www.youtube.com) (午前、最終報告)
URLリンク(www.youtube.com) (午前、質疑応答)
URLリンク(www.youtube.com) (午後、理研の会見)

2014/4/7 (全録)「STAP細胞」検証計画について理化学研究所が会見
URLリンク(www.youtube.com) (1/3)
URLリンク(www.youtube.com) (2/3)
URLリンク(www.youtube.com) (3/3)
 
2014/4/9 (全録) 理化学研究所・小保方晴子ユニットリーダーらによる記者会見
URLリンク(www.youtube.com) (1-21)
URLリンク(www.youtube.com) (1/5)
URLリンク(www.youtube.com) (2/5)
URLリンク(www.youtube.com) (3/5)
URLリンク(www.youtube.com) (4/5)
URLリンク(www.youtube.com) (5/5)

6:名無しゲノムのクローンさん
14/04/16 09:39:27.56
<STAP論文疑義調査最終報告まとめ>

【調査の対象】
(1)Obokata et al., Nature 505:641-647(2014) 論文 ( 以下 、「 論文 1」 という 。)
URLリンク(www.nature.com)
(1-1)Figure 1f の d2 及び d3 の矢印で示された色付きの細胞部分が不自然に見える点。
→改ざんの範疇にある不正行為はなかったと判断される 。
Figure1 URLリンク(www.nature.com)
(1-2)Figure 1i の電気泳動像においてレーン 3 が挿入されているように見える点。
→改ざんに当たる研究不正と判断した 。
(1-3)Methods の核型解析に関する記載部分が他の論文からの盗用であるとの疑い 。
→研究不正であっ たと判断することはできない。
(1-4)Methods の核型解析の記述の一部に実際の実験手順とは異なる記述があった点。
→実際 に行われた実験手法と一部異なる記載がなされたものと認められる
(1-5)Figure 2d, 2e において画像の取り違えがあった点 。
また 、これらの画像が小保方氏の学位論文に掲載された画像と酷似する点 。
→捏造に当たる研 究不正と判断した 。
Figure2 URLリンク(www.nature.com)
(2)Obokata et al., Nature 505:676-680(2014) 論文 ( 以下 、「 論文 2」 という 。)
URLリンク(www.nature.com)
(2-1)Figure 1b( 右端パネル ) の胎盤の蛍光画像と Fig. 2g( 下パネル )
の胎盤の蛍光画像が極めて類似している点 。
→改ざんの範疇にはあるが 、 その行 為について悪意があったと認定することはできず 、
研究不正であるとは認められ ない 。
Figure1 URLリンク(www.nature.com)

【結論】
2 つの点について小保方氏に研究不正行為があったという結論に達した。
最終報告全文 URLリンク(www3.riken.jp)

7:名無しゲノムのクローンさん
14/04/16 09:39:51.88
■キメラマウスの二重のトリック

「STAP細胞が胎盤に分化」というのは二重のトリックによる。

第一に、コントラストと露光時間を弄って光らせている点。
この画像、bがSTAP細胞が胎盤にも分化することを示す証拠とされている画像だ。
 URLリンク(www.nature.com)
次に、この画像は、TS細胞が胎盤に分化することを示したものだが、上とは明らかに光り方が違う。
 URLリンク(www.vm.a.u-tokyo.ac.jp)
コントラストと露光時間を弄って、胎盤への分化を主張しているだけである。

第二に「STAP細胞が胎盤に分化」がES細胞との対比で主張されてる点。
胎盤の血管など一部組織は、内部細胞塊に由来するものだから、ES細胞でも光るのだが、
上に挙げた図のaでは、ES細胞でも光るはずの臍の緒でつながっている血管すら光ってない。
これは「STAP細胞が胎盤に分化」すると示すために画像を弄っていることを意味する。

以上のように、トリックはES+TSあるいは桑実ではないが、これは上記の写真に限る
例えばArticle Ex.Fig.5f見ると、メス細胞は「ESと区別できない」なんてことはなく、
全く初期化されていない。これは受精卵か別の体細胞だったかもしれない
またLetter Fig.2fはTS細胞と考えてもほぼ辻褄があい、
Ext.Fig.1a は別々の胎児と胎盤等を並べて撮影しただけとも見える

つまり、その時々にストーリーにあう細胞を使っていたことになる。
実験ごとにマウスがてんでバラバラなのは、そのためである

スレリンク(life板:131番) スレリンク(life板:151番)
スレリンク(life板:156番) スレリンク(life板:195番)
スレリンク(life板:289番) スレリンク(life板:306番)
スレリンク(life板:314番) スレリンク(life板:444番)
スレリンク(life板:777番) スレリンク(life板:787番)
スレリンク(life板:897番)

8:名無しゲノムのクローンさん
14/04/16 09:40:22.64
キメラマウスの不正実験疑惑・ネイチャー論文 LETTER 【Fig.1 】

ネイチャー論文 LETTER【Fig.1】
1ページ左下の写真・下段 b に注目
URLリンク(www.nature.com)

★どこがおかしいのか?
・緑色の発光が弱い→PC上で画像処理しているのでは?
・マウスの胎児と胎盤が切り離されているのでは?
(本来、胎児と胎盤は、臍の緒でつながっていなければいけない)
根拠は、上の「キメラマウスの二重のトリック」 を参照してください。
----------------------------------------------------------------------
本来のキメラマウスの写真・見本(どのように光るのか?)

理研CDB検証実験スライド(丹羽氏会見時の資料)
5ページ(Niwa, H. et al, 2005)下の2枚の写真
URLリンク(www3.riken.jp)

東大農学部HP(若山氏に関係のある施設)
URLリンク(www.vm.a.u-tokyo.ac.jp)
-----------------------------------------------------------------------
その他の指摘事項:
【Fig.1】と見本の写真を比べてみると、丹羽氏と東大農学部の写真は、鮮明であり
マウスの胎児の背骨などもはっきりと移っている。
それに対し、ネイチャー論文では、マウスがの写り具合が不鮮明である。
ネイチャー論文 LETTERの【Fig.1】は、上段 a・下段 bともに、不鮮明でピンぼけ
でしょ? 理由は不明だが、せっかくのネイチャー掲載なのだから、もっときれいな
写真を出せばよかったのではないだろうか? 理研CDBには、高性能のカメラもあるはずだ。
また、若山氏によると、キメラマウスの写真は数百枚も撮影したとのことである。
その数百枚のマウスの写真は、どこにあるのかも明らかにはされていない。
理研の調査において、この点も明らかになることを期待する。

9:名無しゲノムのクローンさん
14/04/16 09:43:12.88
スレリンク(newsplus板:35番)
①小保方は、あまりにもキメラが出来ないので、1年半経過した途中から、ある時は、ESの
コンタミを渡し、ある時はTSのコンタミを若山に渡していた

②若山は、小保方ユニットを、全面的に信用していたため、渡される細胞塊に注意を払うことを怠って、
1年半経過した途中から、渡される細胞塊が、ESやTSのコンタミに変わったことに気が付かず、
普通ならコンタミなんて見れば一発でわかるのに、いつものモノだと、頭から信じ込んでいた

③若山は、ESのコンタミを渡された時は胎児が光る写真を撮影出来て、TSのコンタミを渡された時は
胎盤の栄養膜細胞など胚外組織が光る写真を撮影出来て、ESやTSではなく同じ細胞から作った
「STAP細胞だ」と小保方から言われて信じ込んでいたので、この細胞は、培養方法によって胎児にも
胎盤の栄養膜細胞など胚外組織にも分化する「全能性がある万能細胞だ」と結論付けた

④しかし、小保方の論文が出来上がり見てみると、自分はある時は胎児が光る写真を撮影し、ある時は
胎盤の栄養膜細胞など胚外組織が光る写真を撮影したはずなのに胎児と胎盤の栄養膜細胞など
胚外組織が「同時に両方光っている」写真にすり替えられていることに若山は、すぐ気が付いた

⑤しかし若山は、同じ細胞を培養方法の違いで胎児にも胎盤の栄養膜細胞など胚外組織にも
分化させられるのだから、まぁいいか・・で、何にも言わなかった

⑥論文がそのままネイチャーに掲載され、STAPの再現性や、小保方のコピペや、TCR再構成が
無かったことがトリだたされ、そこで始めて若山は同じ細胞を培養方法の違いで胎児にも胎盤の
栄養膜細胞など胚外組織にも分化させられるのだから、まぁいいか・・・じゃすまねーじゃん・・と
自分の実験の、「科学者としての脇の甘さ」に気が付き、白旗上げた。たぶん、こんなところだろう

②と③は、情状の余地があるが、⑤が、共著で名前を晒す、世界トップレベルの科学者として、決定的にダメだった
写真には気が付いていただろうだけに、若山は悔やんでも悔やみきれないだろうねぇ・・・・

10:名無しゲノムのクローンさん
14/04/16 09:43:52.33
スレリンク(life板:241番)
241 :名無しゲノムのクローンさん:2014/04/12(土) 12:36:03.22
些細な人が主張する (であろう)
「STAP細胞は胎盤にもなれる (だからES細胞ではない)」
の根拠を論文から拾い上げて見た (潰すために)。
Article の方には出てこないから Letter だけ追った。

1. Fig.1ab の写真
→ 画像に不自然な点と偽造疑惑が指摘されている。
スレリンク(life板:15番)
スレリンク(life板:12番)

2. Fig.1c のグラフ
→ 10例中4例はES、6例はTSを使ったとすればつじつまがあいそう。こんなもの簡単に捏造できそう。
スレリンク(life板:25番)

3. Fig.2f の写真
→ 元がTSで実験したとすればつじつまがあいそう。
スレリンク(life板:15番)

4. Ext.Fig.1a
→ 別々の胎児と胎盤その他を並べて撮影しただけのようにも見える。
スレリンク(life板:15番)

5. Ext.Fig.1b
→ ES・TSでバラバラに実験した画像を並べればつじつまがあいそう。簡単に捏造できそう。

漏れてる点やおかしい点があったら追加・修正お願いします。

11:名無しゲノムのクローンさん
14/04/16 09:44:21.59
Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency
URLリンク(www.nature.com)

>Contributions
>H.O. and Y.S. wrote the manuscript.
>H.O., Y.S., M.K., M.A., N.T., S.Y. and T.W. performed experiments, and M.T. and Y.T. >assisted with H.O.’s

experiments.
>H.O., Y.S., H.N., C.A.V. and T.W. designed the project.

Q1.この論文を執筆したのは誰ですか?
A.小保方、笹井の両氏です。

Q2.実験を担当したのは誰ですか?
A.小保方、笹井、門田、アンドラビ、高田、米村、若山の7氏及び野老(ところ)、寺下の2氏、合わせて9氏です。

Q3.この研究を設計したのは誰ですか?
A.小保方、笹井、丹羽、バカンティ、若山の5氏です。

Q4.誰がどの実験部分を担当したのですか?
A.詳細が明かされておらず不明です。

Q5.それでは、この研究のすべてに関わり、かつ中心的役割を果たしていたのは誰ということになりますか?
A.小保方、笹井の両氏です。
 

12:名無しゲノムのクローンさん
14/04/16 09:45:22.59
●免疫系の研究者は、フツーにSTAP=死亡細胞を食べたマクロファージの塊とみてる
1)STAP現象とは何か?
自家蛍光を発する死細胞をマクロファージが取り込んだもの。
当然、増殖能力はないし、多能性もない。

2)STAP細胞とは何か?
1を小保方が新型の多能性細胞と見誤ったことから始まっている。
増殖しないので、実験の途中からES細胞を混入させたと思われる。
ES細胞を浮遊培養し、球状のコロニーを形成させたものがSTAP細胞として若山に渡されていた。

●マクロファージも緑に光るし
303 :名無しゲノムのクローンさん:2014/04/11(金) 21:53:21.78
自家蛍光してるのをマクロファージが食うと、自家蛍光してるやつが透けてよく見えるよ

●丹羽先生もSTAPはマクロファージを含む細胞塊だと認めてるし
丹羽「生後一週間のCD45陽性として取得された血液細胞の場合、おおよそその半分がB細胞。
 10~20%がT細胞。また10~20%がマクロファージで、それ以外がその他の細胞ということになります。

 このような細胞の中で約70%は酸処理により死亡し、そのうちの半分がリプログラミングされて
 GFP陽性になるというのが前の論文における主張になります。ここで一つ注意していただきたいのは
 この間細胞の増殖は確認されませんのでSTAP細胞の塊というのは、このような各種細胞の混在した集団の
 性質をそのまま残したような混成集団である。この中に仮にT細胞受容体再構成を含むT細胞がいれば
 一部含まれるということになります。」

●丹羽先生もマクロファージが食べてるところとSTAP細胞区別できないと言うし
・4/7の丹羽先生の記者会見で「死後蛍光を発した細胞がマクロファージに食べられているところ」の
動画と「Oct4を発現したSTAP細胞」の動画は区別がつかない、と発言されていました。

13:名無しゲノムのクローンさん
14/04/16 09:46:44.99
丹羽の会見のとき、どこかの記者さんが質問されていた通り
死んで自家蛍光してる細胞をマクロファージが食べてるだけ

素人でも分かるように説明すると、まず、この動画を見て
URLリンク(www.youtube.com)

マクロファージ(アメーバみたいなやつ)が異物を取り込んでるでしょ
これが「食作用」と呼ばれる現象

次に、これを見て
STAP現象の証拠の1つとされるライブイメージング動画
URLリンク(www.nature.com)

一見すると、緑色に発光した細胞が凝集していくかのように見えるけど、違う
画面を拡大したり、一時停止させたりしながら、よく確認てみると、緑色に光ってる細胞が自ら凝集しているのでも、
増殖しているのでもなくて、透明なアメーバみたいなやつが動き回っていて、次々に取り込んでるでしょ

明らかにマクロファージの食作用であって、これを見て「STAP現象だ!」なんて思うのは、
初歩的な免疫学の知識がないか、嘘つきかのどっちか
 

14:名無しゲノムのクローンさん
14/04/16 09:47:25.65
 
Pluripotent cells generated by STAP/ リンパ球初期化3日以内
URLリンク(www.youtube.com)

Q.細胞の動きが速すぎて何が何だかわかりません。動画の再生速度を遅くできませんか?

A.以下の要領でできるようになります。

1.動画ページの一番下に、「新機能を試してみませんか」 というリンクがあるのでクリック。
2.TestTubeのページへ飛ぶので、<HTML5動画>の 「試してみる」 というリンクをクリック。
3.「HTML5プレーヤーをリクエストする」 という青いボタンをクリック。
4.動画のページに戻って右下の設定(ギアみたいなアイコン)をクリック。
5.動画の再生速度を変更できるようになっているはず。
6.ちなみに最遅設定の0.25がオヌヌメ。
7.あとはマクロファージちゃんに引きずり回されるありさまを生温かいまなざしで鑑賞しませう。
 

15:名無しゲノムのクローンさん
14/04/16 09:49:25.66
 
★小保方氏が発表の文書の全文 2014/4/14 
URLリンク(www3.nhk.or.jp)

【進退争い】STAP細胞の有無どう説明? 笹井氏、16日会見へ
スレリンク(newsplus板)

【細胞】「残存の幹細胞、第三者が解析」 小保方氏「メスも存在」、本紙に反論 STAP論文
スレリンク(newsplus板)

【科学】「STAP論文は英語がこなれていて、小保方さんには到底無理。笹井さんが主に執筆したのでは?」と関係者
スレリンク(newsplus板)

【STAP細胞】STAP細胞:理研・笹井氏が近く会見 小保方氏の助言者
スレリンク(newsplus板)

【STAP問題】小保方氏の指導役、笹井氏「STAPは本物の現象」 来週会見へ★4
スレリンク(newsplus板)

【STAP問題】小保方リーダーの恩師、バカンティ教授が京都で講演
「STAP細胞ある」「STAP細胞移植で脊髄損傷の犬も歩けるようになった」
スレリンク(newsplus板)

【STAP騒動】iPS細胞が見つかるまで上にいた笹井氏とメディア戦略が〝あだ〟となった
理研 ピンクや黄色の実験室 かっぽう着アイデアも
スレリンク(newsplus板)
 


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